vigilancia de resistencia antimicrobiana
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INSTITUTO NACIONAL DE INVESTIGACION EN SALUD PÚBLICA CENTRO DE REFERENCIA NACIONAL DE RESISTENCIA
ANTIMICROBIANA
VIGILANCIA DE RESISTENCIA
ANTIMICROBIANA
MANUAL DE USUARIO DEL SOFTWARE WHONET 5.6
2015
INSTITUTO NACIONAL DE INVESTIGACIÓN EN SALUD PÚBLICA
(INSPI)
Ministra de Salud Pública Margarita Guevara
Director INSPI
Santiago Apunte
Director INSPI Región Norte
David Sarmiento
Director Técnico General - INSPI
Manuel González
Directora Técnica de Laboratorios de Vigilancia Epidemiológica y Referencia
Nacional - INSPI
Greta Franco
Laboratorio de Resistencias a Antimicrobianos - INSPI
Jorge Reyes
José Eduardo Villacís
Fernando Villavicencio
Liliana Ushiña
Ruth Rivera
Glenda Castro
Viviana Vintimilla
Especialista en Vigilancia de Resistencias Antimicrobianas OPS/OMS
Jorge Matheu
Comité Científico Colaborador
Santiago Escalante
Carlos Flores
Pablo Acosta
Noviembre, 2015
Contenido VIGILANCIA DE RESISTENCIA ANTIMICROBIANA ........................................................................... 1
MANUAL DE USUARIO DEL SOFTWARE WHONET 5.6 ................................................................... 1
1. Introducción a Whonet. .................................................................................................... 5
Los objetivos del software: ................................................................................................... 5
Características del software: ................................................................................................. 5
Componentes del software: .................................................................................................. 5
2. Instalación del WHONET ................................................................................................... 6
Compatibilidad sistemas operativos: .................................................................................... 6
Instaladores: .......................................................................................................................... 6
Paso de Instalación ................................................................................................................ 6
3. Inicio del programa ........................................................................................................... 6
Ingreso al programa .............................................................................................................. 6
Pantalla de inicio Whonet. .................................................................................................... 6
Cambio de idioma ................................................................................................................. 6
Pantalla principal de Whonet ................................................................................................ 7
4. Configuración Whonet en el laboratorio local. ................................................................. 8
Archivo LABECU.CNI. ............................................................................................................. 8
Grabar archivo LABECU.CNI en carpeta Whonet 5 ............................................................... 8
Verificación Configuración Nacional INSPI (CNI) ................................................................... 9
Configuración del laboratorio: .............................................................................................. 9
Configuración de antibióticos: ............................................................................................ 10
Configuración de localizaciones de pacientes ..................................................................... 13
Configuración campo de datos: .......................................................................................... 15
5. Ingreso y edición de datos .............................................................................................. 18
Creación de un nuevo archivo de datos: ............................................................................. 18
Introducción al BacLink ....................................................................................................... 20
Whonet y Equipos Automatizado ....................................................................................... 20
Parte 1. Descarga, instalación y configuración Whonet Baclink ......................................... 20
Parte2. Exportación de datos de equipos automatizados ................................................... 21
2.1 VITEK 2 Compact ........................................................................................................... 21
2.2 Microscan ....................................................................................................................... 24
Parte 3. Convertir el archivo del equipo automatizado con BACLINK ................................. 27
3.1 Configuración BacLink al equipo automatizado. ........................................................... 27
6. Análisis de datos .............................................................................................................. 30
Introducción ........................................................................................................................ 30
Listado de Aislamientos y Resumen .................................................................................... 31
Mediciones porcentaje de Resistencia, Intermedio y Sensible (% RIS) ............................... 35
Comenzar el análisis y la interpretación de los resultados ................................................. 36
Transferencia de resultados WHONET a Excel y otros programas ..................................... 38
Análisis adjuntando más variables ...................................................................................... 40
Opciones adicionales ........................................................................................................... 43
Diagramas de dispersión ..................................................................................................... 44
Perfiles de resistencia a los antimicrobianos ...................................................................... 45
Bac Track - Alertas para los aislamientos ............................................................................ 47
1. Introducción a Whonet.
Whonet en su versión 5.6 es una aplicación informática que permite la gestión de la información
de microbiología producida por los laboratorios de la red, mediante la estructuración de una
base de datos y análisis de los mismos a través de funciones establecidas en el software.
Los objetivos del software:
Mejorar la Vigilancia Epidemiológica de RAM mediante el uso universal en los
laboratorios de la red.
Promover el uso de la información microbiológica generada por los laboratorios en
todos los niveles de la red.
Promover el intercambio de información en microbiología para la aplicación en la
vigilancia epidemiológica e investigación en salud pública.
Características del software:
Estructura una base de datos, estandarizando las variables en todos los laboratorios.
Posee herramientas de análisis de los datos mediante el cual se puede establecer:
o La microbiología y perfiles de resistencia de los microorganismos de los
servicios del hospital.
o Distribución y tendencias de los principales mecanismos de resistencia por
servicio hospitalario, muestra.
o Detección presuntiva de brotes intrahospitalarios
o Identificación de problemas de control de calidad.
Componentes del software: 1. Configuración del laboratorio:
Este componente permite parametrizar los campos de datos que se incluirán en los registros,
para el efecto se requiere contar con información de los servicios del hospital, antibióticos
seleccionados, entre otros. Esta configuración ha sido estandarizada por el laboratorio de
referencia nacional (INSPI) para toda la red.
2. Entrada de datos:
Permite el ingreso manual de los datos generados por el laboratorio de forma rutinaria de las
pruebas de sensibilidad y resistencia a los antibióticos. Puede además ingresar información
directamente de los equipos automatizados (tipo Microscan, VITEK y Phoenix).
3. Análisis de datos
Permite el análisis de listados de aislamientos, tabulación de resistencias, creación de gráficos y
tablas de los datos mediante histogramas, diagramas de dispersión, curvas de regresión y
perfiles de resistencia.
2. Instalación del WHONET
Compatibilidad sistemas operativos: Whonet es compatible con sistemas operativos Windows 2000/XP/Vista/ Windows 7 Server
2003/ Windows Server 2008/Windows 10 para versiones 32 y 64 bits.
Instaladores: El Whonet es un software libre cuyos instaladores pueden ser descargados directamente
(recomendable) de la página WEB (www.whonet.org). WHONET actualiza las bases de datos de
puntos de corte de los antibióticos según las diferentes normas acreditadas (CLSI, EUCAST, etc)
por lo que se recomienda la actualización anual a través del sitio web indicado.
Paso de Instalación
Descargue los instaladores de la página web
No hace falta cerrar los programas que estén abiertos en su PC.
Haga doble clic en el archivo “ Whonet 5.6 setup 32 bit”
Siga las instrucciones de instalación
Una vez instalado en el escritorio de su PC aparecerá dos iconos el de acceso
directo al programa y el Baclink 2. (ver figura N 1) El programa quedará instalado
en la carpeta C:\Whonet 5
Figura N° 1.- Iconos de acceso directo Whonet 5.6 y BacLink2
3. Inicio del programa
Ingreso al programa Existen tres opciones para el iniciar el programa:
Con un clic en el icono de acceso directo ubicado en el escritorio
Con un clic en Inicio, abrir todos los programas abrir carpeta Whonet 5.6 hacer clic
icono Whonet 5.6
Pantalla de inicio Whonet. Al iniciar por primera vez se desplegada la pantalla LABORATORY (Inglés). En esta le da las
opciones para crear un laboratorio, modificar un laboratorio, eliminar y copiar un laboratorio.
Además presenta la opción seleccionar lenguaje y/o cambiar la fuente de texto.
Cambio de idioma Siga los siguientes pasos:
En la pantalla LABORATORY haga clic en la opción Select_Language.
El software Whonet es el aplicativo informático oficial de la Vigilancia de Resistencia
Antimicrobiana, por esta razón su uso es obligatorio en todos los laboratorios públicos y
privados del Sistema Nacional de Salud.
Se desplegara una segunda pantalla Select language en la que aparecen varias opciones
de idiomas, seleccione Messages busque la opción Spanish, y automáticamente
cambiaran el resto de opciones al idioma seleccionado en este caso Spanish.
De clic en la opción OK y automáticamente el programa se configura al idioma
seleccionado Figura N° 2.
Figura N° 2.- Pantalla de Selección de Lenguaje en Whonet
Pantalla principal de Whonet Una vez que el programa se ha configurado para el idioma español, vuelva a la pantalla de inicio
de Whonet Laboratorio, ahí se encuentra los nombres de los laboratorios configurados
anteriormente, seleccione el laboratorio configurado para la red (figura 3), automáticamente
se despliega la pantalla principal de Whonet.
Figura N° 3.- Selección de laboratorio en la pantalla inicial de Whonet 5.6
En la parte superior de pantalla principal de Whonet, aparecen cuatro opciones (figura N° 4):
Archivo: Se despliega las opciones similares a la pantalla de inicio de Whonet
Entrada de datos: Permite crear un archivo de datos nuevo o modificar un existente.
Hay opciones para combinar archivos y transformar archivos de versiones anteriores
de Whonet. Oculta información del paciente y modifica estructura de un archivo de
datos.
Análisis de datos: Opción para analizar datos
Ayuda: Le proporciona información sobre el manejo de programas.
Figura N° 4.- Opciones de la pantalla principal de Whonet 5.6
4. Configuración Whonet en el laboratorio local.
Archivo LABECU.CNI.
El archivo LABECU.CNI (figura N° 5) guarda la CONFIGURACION NACIONAL que deben tener
todos los laboratorios de la red. Este archivo estandarizado lo proporciona el laboratorio de
Referencia Nacional de RAM del INSPI. El archivo podrá ser actualizado según los requerimientos
de la Red y será enviado vía mail o estará colocado en Google Drive (nube).
Figura N° 5.- Archivo LABECU.CNI
Grabar archivo LABECU.CNI en carpeta Whonet 5
De clic en Inicio de Windows luego seleccione Equipo o Mi PC (equipo)
De clic en Disco local (C:)
Seleccione la carpeta WHONET5 y de clic
Inmediatamente se despliega todas las carpetas y archivos del WHONET
Pegue el archivo LABECU.CNI (Figura N 6)
Figura N° 6.- Archivo LABECU.CNI ubicado en carpeta WHONET5
Verificación Configuración Nacional INSPI (CNI)
Abrir nuevamente el programa Whonet 5.6
En la pantalla de inicio de Whonet Laboratorio, se observará la CONFIGURACIÓN
NACIONAL INSPI (CNI) que se encuentra dentro del panel de laboratorios disponibles.
(figura N° 7).
Configuración del laboratorio: La configuración del laboratorio NO iniciará desde el comando Nuevo laboratorio ya que está
programado con la configuración nacional. Por esta situación realice los siguientes pasos:
En la pantalla de inicio Laboratorio seleccione la opción Modificar laboratorio. (figura
N° 7).
Figura N° 7.- Configuración Nacional INSPI (CNI)
En la nueva ventana desplegada en el campo Nombre de Laboratorio cambie el
nombre CONFIGURACIÓN NACIONAL INSPI ECUADOR por el nombre del hospital al que
pertenece el laboratorio.
En el campo Código de laboratorio coloque el código asignado por el INSPI a su
hospital. El nombre del hospital y código asignado por el INSPI.
Seleccione la opción Humano. (figura N° 8)
Una vez activado aparecerá un mensaje donde se escogerá la opción ACEPTAR e
inmediatamente se creará la configuración del Hospital deseada. (figura N° 9)
Figura N° 8.- Nombre y código del laboratorio y opción antibióticos
Figura N° 9.- Crear nueva configuración del laboratorio.
Configuración de antibióticos: En la opción de ANTIBIÓTICOS se encuentran ingresados los paneles recomendados por
consenso RelaVra 2013 y consenso Ecuador 2015 de acuerdo al tipo de microorganismo. Esta
configuración viene programada por el archivo LABECU.CNI.
Configuración opcional de antibióticos:
Si a la lista de antibióticos establecidos por el INSPI se requiere incorporar otros (no se debe
eliminar antibióticos), cada laboratorio puede ampliar la lista y configurar antibióticos
adicionales, dependiendo de la necesidad clínica y equipo automatizado que se esté utilizando
si corresponde al caso (Figura 8).
Figura N° 10.- Configuración de antibióticos.
La pantalla de Configuración de antibióticos (figura N° 10) contiene en su lado izquierdo el
listado de antibióticos, de los cuales se seleccionará él o los antibióticos probados en su
laboratorio; la selección se lo hace de la siguiente forma:
Seleccione la norma. Se recomienda seleccionar la norma CLSI vigente, debido a que el
INSPI realizó la definición nacional de los antibióticos con este instrumento.
Seleccione la metodología de prueba utilizada (disco, CIM, Etest).
Seleccione el antibiótico de la lista que se ubica al lado derecho de la pantalla (debe
seleccionar el antibiótico con normas CLSI)
Configuración de antibióticos, la selección se lo realiza de tres formas:
o Doble clic en el antibiótico seleccionado,
o Seleccione el antibiótico y de clic en la flecha que está en sentido derecho.
o Seleccione el antibiótico y de ENTER.
Una vez que el antibiótico se ha seleccionado, éste aparecerá en el lado derecho de pantalla. Si
está de acuerdo con la selección de clic en ACEPTAR.
Si se desea realizar alguna modificación, cómo por ejemplo sacar alguno de los antibióticos de
esta lista, utilice la flecha con sentido hacia la izquierda. Finalizado este paso haga un clic en
ACEPTAR. Es IMPORTANTE indicar que cualquier ingreso o modificación de la Lista local de
antibióticos, será grabada una vez que de clic en la opción GUARDAR en la pantalla
Configuración de laboratorio.
Puntos de corte
Whonet automáticamente carga los puntos de corte de las guías que usted haya especificado.
Sin embargo, si usted va a ingresar resultados de pruebas cuantitativas, es esencial que usted
revise los puntos de corte y se asegure que sean los usados en su laboratorio. Sin embargo
debido a que los puntos de corte vienen dados del centro de referencia, no se deberán
modificar, a menos que sea estrictamente necesario. Para configurarlos de clic en el botón
Puntos de Corte. Esto desplegará una pantalla (figura N° 11) que le permite acceder a las
especificaciones generales de la norma seleccionada, donde puede modificar los valores sino
concuerda con los usados en su Institución. Adicionalmente puede editar los puntos de corte
específicos para cada especie. El botón Actualizar le permite deshacer los cambios realizados y
regresar a los puntos de corte de la norma seleccionada.
Figura N° 11.- Puntos de corte
Paneles de antibióticos
Para facilitar la entrada de datos, usted puede indicar la manera en que el laboratorio prueba antibióticos para los diferentes grupos de microorganismos. De igual forma esto se encuentra previamente programado en el archivo LABECU.CNI.
Figura N°12.- Paneles antibióticos
Perfiles de resistencia a los antibióticos
Whonet permite la construcción de perfiles de resistencias, también conocidos como patrones, fenotipos o antibióticos. Estas son herramientas útiles para identificar brotes, mecanismos de resistencia y transmisión de plásmidos (Figura N° 13). Y son utilizados en el análisis de datos, cuando se realiza la gráfica de %RIS los antibióticos que aparecerán son los de este perfil configurado.
Figura N° 13.- Perfiles de resistencia a los antibióticos.
Configuración de localizaciones de pacientes La localización del paciente permite ubicarlo dentro de un servicio, sala, tipo de ubicación, si es
esta internado o es ambulatorio estos datos permiten mejorar el proceso de análisis
generalizando los servicios comunes en todo hospital. La localización es el nombre exacto de
cada unidad, área o servicio propio de cada hospital, por ejemplo, Consulta Externa puede ser
para un hospital Ambulatorios, para otro CEXT, para otro COEXT, esta es propia de cada hospital
y cuando se define servicio y tipo de localización es cuando se estandarizan todos los hospitales.
Esto en función del consenso Ecuador
Figura N° 14.- Pantalla de localizaciones
En la pantalla de localización se ingresará la siguiente información:
Nombre de la localización: Se ingresa los nombres de los servicios que dispone el hospital, de
los cuales se recibe muestras para microbiología.
Código: El ingreso va de uno a tres caracteres. El código lo asigna el propio laboratorio del
hospital. Se recomienda utilizar la primera letra de cada palabra que conforma el nombre del
servicio, por ejemplo:
Medicina Interna Hombres Código: mih
Medicina Interna Mujeres Código: mim
Pediatría Sur Código: ps
Institución: Se escoge el nombre del hospital y automáticamente la variable será llenada por el
código del hospital que le asignó el INSPI.
Servicio: Esta variable está estandarizada para todo el país, para el efecto se utilizará por norma los siguientes códigos:
Todas las áreas clínicas con el código med (medicina)
Todas las áreas quirúrgicas con el código sur (cirugía)
Todas las áreas de UCI con el código icu (unidad de cuidado intensivo)
Todas las áreas de pediatría con el código ped (Pediatría)
Todas las áreas de gineco-obstetricia con el código obg (Obstetricia/ginecología)
Todas las áreas de emergencia/ urgencia con el código eme (urgencia)
Todas las muestras de otras casas de salud con el código oth (otros) Tipo de localización: De igual forma esta variable esta estandarizada para todo el país, se utilizara por norma los siguientes códigos:
Todo lo de ambulatorio OUT
Todo lo de hospitalizado IN
Todo lo de emergencia EME
Todo lo de Terapia Intensiva ICU
Todo lo que corresponde a otros si son centros de salud OUT Todas estas variables deben ser llenadas y completas de manera obligatoria por cada
laboratorio (Figura N° 15).
Figura N° 15.- Configuración final localizaciones
Configuración campo de datos: La pantalla Campo de datos son las variables de las cuales se va a ingresar información. En la
parte izquierda de la pantalla se puede observar el listado de variables que han sido configuradas
por el INSPI para todo el país a través del archivo LABECU.CNI. (Figura N° 16)
Figura N° 16.- Pantalla de Campo de datos.
Figura N° 17.- Pantalla de Campo de datos.
Crear un nuevo campo de datos: Dentro de esta opción se observan todas las variables que
deberán ser completadas con los datos de cada muestra ingresada. A la vez serán las variables
que pueden ser analizadas. Si es el caso de agregar campos personalizados, es necesario ir al
ícono de Modificar lista (Figura N° 17) dentro de lo cual aparecerá una nueva ventana, eligiendo
la opción definido por el usuario, donde aparecerá una ventana adicional, permitiendo ingresar
los datos de la nueva variable a ser ingresada. (Figuras N° 18)
Figuras N° 18.- Pantalla de Campo de datos – modificar lista.
Una vez que el nuevo campo fue creado, la nueva variable aparecerá dentro del listado general.
El paso siguiente será definir parámetros como códigos, etc.
Figura N° 19.- Pantalla de Campo de datos – modificar lista.
Una vez que la elegimos la opción aceptar, aparecerá la ventana donde se puede codificar la
variable o codificarla con parámetros. Ícono: lista de códigos (figura N° 20)
Figura N° 20.- Pantalla de Campo de datos – modificar lista de códigos.
Figura N° 21.- Pantalla de Campo de datos – codificación nueva variable.
Luego elegir la opción señalada en la figura 21 para poder aplicar y definir los códigos
necesarios a interés del usuario.
Una vez terminada la sección de configuración de variables, elegir la opción de guardar para
terminar la operación.
Figura N° 22.- Pantalla de nuestro laboratorio – guardar configuración.
5. Ingreso y edición de datos En la pantalla principal de WHONET la segunda opción luego de ARCHIVO, es ENTRADA DE
DATOS. Dentro de esta sección, dependerá si queremos ingresar de forma manual o realizar el
paso de información desde un sistema automatizado.
Creación de un nuevo archivo de datos: Para la creación de una nueva hoja de trabajo debemos acudir al ícono: Entrada de datos- Nuevo
archivo de datos y se desplegará la ventana de creación de la nueva hoja de trabajo denominada
w15ecucni, que significa w: whonet, 15 el año, ecu: ecuador, cni: configuración nacional. Esta
página estará destinada a almacenar por año, sin embargo para el funcionamiento de la red de
resistencia es necesario la opción mes/año, donde el número del mes que fue creado aparecerá
w0515ecu.cni. (Figuras 23 y 24)
Figura N° 23.- Pantalla de nuestro laboratorio – creación de una nueva hoja de datos.
Figura N° 24.- Pantalla de nuestro laboratorio – guardar hoja de datos.
Elegimos la opción aceptar y de inmediato se despliega la base de datos con nuestras variables
a ser completadas y que organizamos en el apartado de creación de un laboratorio (Figura 25).
Figura N° 25.- Pantalla de nuestro laboratorio – Ingreso de datos.
Cada vez que ingresemos una muestra o cepa debemos grabar el aislamiento, en caso tener la
necesidad de revisar toda la base de datos escoger la opción respectiva. Es necesario recordar
que todos los archivos creados van a ser grabados en la carpeta data.
Para modificar nuestra base de datos, seleccionamos, revisar base de datos e inmediatamente
se desplegarán todos los datos contenidos en la misma, si necesitamos modificarlos podemos
elegir la opción Editar aislamiento, pero si es de interés eliminar datos de forma directa de
nuestra pantalla también es una opción disponible (Figura 26).
Figura N° 26.- Pantalla de nuestro laboratorio – modificar/editar un aislamiento de datos.
BACLINK
Introducción al BacLink WHONET cuenta con un traductor de archivos distintos a Whonet que es el Baclink, por medio de este se puede transformar de hojas Excel, texto, etc. a formato whonet. Si en su laboratorio existe un método automatizado que maneje los resultados de microbiología, usted puede usar la aplicación BacLink para transferir los datos periódicamente de su sistema hacia WHONET para de esta forma aprovechar las capacidades analíticas del WHONET. BacLink es un software que fue desarrollado para importar los datos de un sistema de información o un equipo automatizado de pruebas de sensibilidad a antibióticos (tipo MicroScan, VITEK, Phoenix y otros formatos) hacia WHONET.
Whonet y Equipos Automatizado Las instrucciones se dividen en tres partes: 1. Descarga e instalación de WHONET y BacLink 2. Exportación de datos de equipos automatizados 3. La conversión de datos con BacLink utilizando una configuración predeterminada.
La frecuencia del proceso de conversión de datos depende de las necesidades e intereses de análisis de datos locales. Para la red del Ecuador se recomienda la descarga mensual.
Parte 1. Descarga, instalación y configuración Whonet Baclink.
Los softwares WHONET y BacLink están disponibles sin costo alguno en el sitio web de la OMS: http://www.whonet.org/www/software.html. Inicie el programa BacLink haciendo doble clic en el icono de acceso directo BacLink instalado en tu ordenador.
Cambie el idioma mediante la selección de la opción Select lenguaje
En la nueva pantalla seleccione Spanish y haga clik en OK (Figura N° 27)
Figura N° 27.- Pantalla de cambios de idioma en BacLink.
Aparecerá la pantalla BacLink 2 configurada en español.
Figura N° 28.- Pantalla BacLink configurada a español.
Parte2. Exportación de datos de equipos automatizados
2.1 VITEK 2 Compact
El ícono de la caja de herramientas elegir la opción importar aislamientos inactivos (Figura
29)
Figura N° 29.- Pantalla de Vitek 2
En la ventana que aparecerá debemos elegir el rango de fechas que deseamos extraer los datos, y escoger las opciones “MIC” y “Interpretación”, para finalizar elegir el icono del CD y la flecha (Figura N° 30).
Figura N° 30.- Pantalla de Vitek 2
Aparecerá una ventana con los aislamientos hallados dentro del tiempo elegido y solicitará la confirmación de la exportación (Figura N° 31)
Figura N° 31.- Pantalla de Vitek 2 confirmando la exportación de los datos
Por último elegir la carpeta donde deseamos grabar el archivo plano que se ha extraído y
convertido rotulándolo de forma entendible con el mes correspondiente (Figura N° 32).
Figura N° 32.- Pantalla de Vitek 2 seleccionando la carpeta donde se desea guardar al archivo
2.2 Microscan Configuración de la Interface Si su laboratorio maneja Microscan con el software Labpro, es posible crear una interface entre el software del sistema automatizado y un reporte en archivo plano para descargar la información periódicamente siguiendo los siguientes pasos: 1. Debe habilitar el centro de comandos de LabPro (Figura 33).
Figura N° 33.- Pantalla-barra de herramientas del LabPro
2. De clic en el ícono de Utilidades (figura N° 34)
3. Haga doble clic en Interfaz (figura N° 34).
Figura N° 34.- Pantalla de LabPro con ícono de utilidades
4. Usted verá la pantalla Configurar dispositivos de comunicación. Usted creará una nueva interfaz, la cual dirigirá datos de exportación a una carpeta en el disco duro de su equipo.
Figura N° 35.- Ventana Configuración de dispositivos.
5. Haga clic en Dispositivo, luego en Agregar dispositivo y en LIS, o caso contrario en el icono “más” (+) y seleccionar LIS. 6. En la pantalla que corresponde a Configuración del Dispositivo, usted verá las siguientes opciones.
•Nombre Configuración –nombre la configuración de la interface, ejemplo: WHONET. •Physical –cambie la opción Serial a la opción File (Archivo). •Data Link –LabPro automáticamente cambiará la selección a Null. •Message –LabPro pondrá esta opción en MicroScan.
7. Haga clic en la opción Physical y luego en Configurar. En Propiedades de nuevo dispositivo, usted observará: Importar Nombre de Archivo y Exportar Nombre de Archivo que significa desde y hacia donde se exportarán los datos. El más importante es Exportar Nombre de Archivo. El archivo EXPORT EXP. Se encuentra en la carpeta Microscan, contenido en la carpeta LabPro en el disco local D, y es donde se debe buscar el archivo, esta es una opción que está ya predeterminada.
Figuras N° 36.- Pantalla de LabPro
8. Es necesario elegir el icono Monitor de Interfaz, donde se encontrará la nueva interfaz
creada, luego de lo cual haga clic en Dispositivo y seleccionar Transmitir datos del
paciente
Figura N° 37.- Pantalla de LabPro
9. Es necesario conocer y seleccionar las fechas cuando fueron ingresadas las muestras
que se desea enviar, siempre deben ser días antes o si el laboratorio lleva una secuencia
numeral, también lo puede realizar con esta asignación. Haga clic en el icono de
Transmisión nuevamente y deberá aparecer la pantalla del monitor y el Estado:
enviando. Esperar hasta que quede inactivo nuevamente. Si usted ha trasmitido datos
previamente, debe activar la casilla retransmitir datos previamente enviados, para
enviar toda la selección.
Figura N° 38.- Pantalla de LabPro
Cuando haya finalizado toda la transmisión de datos, el sistema le informará. Se debe buscar el
archivo Export.exp, en la carpeta que configuró previamente como se comentó previamente en
la carpeta data. El archivo generado estará listo para transformar los datos a formato Whonet.
Parte 3. Convertir el archivo del equipo automatizado con BACLINK
Ahora que ha creado un archivo con los datos deseados, se puede utilizar el BacLink para convertir el archivo de exportación del equipo automatizado al formato de archivo WHONET. Las instrucciones a continuación pretenden ser una guía rápida. Las instrucciones detalladas se pueden encontrar en el manual BacLink, baclink2manual.doc, por defecto en la carpeta: c: \ whonet5 \ docs.
3.1 Configuración BacLink al equipo automatizado.
El Centro de referencia nacional creará un formato de transformación BacLink para el laboratorio que lo solicite, este formato contendrá todos los datos necesarios para transformar los archivos extraídos del equipo automatizado. Al abrir BacLink 2 aparecerá la ventana de Formato de archivo sin ninguna referencia, para esto es necesario descargar y copiar el archivo enviado por el INSPI en el disco local C-----carpeta Whonet 5.6. (Figura N° 39)
Figura N° 39.- Carpeta con la configuración enviada por el INSPI
Luego de esto, en la ventana de BacLink --- Formato de archivo aparecerá la configuración para poder convertir los archivos.
Figura N° 40.- Pantalla de inicio conversión BacLink a la izquierda sin la configuración, a la
derecha con la configuración.
Como se puede ver en la Figura N° 39 es necesario dentro del campo Nombre, escoger la
opción examinar de esta forma poder elegir el archivo que descargamos de los equipos
automatizados.
Luego en el campo Nuevo archivo de datos en la opción Nombre: debemos eliminar el signo
asterisco ( *) y dar el nombre al nuevo archivo Whonet generado y convertido por medio del
baclink, escogiendo la opción comenzar conversión
Figura N° 41.- pantalla de conversión BacLink.
En la pantalla desplegada aparecerán todas las variables empatadas, elegir la opción siguiente.
Inmediatamente aparecerá un mensaje de revisión de códigos Figura N° 42
Figura N° 42.- pantalla de conversión BacLink – definir códigos.
Una vez que elegimos la opción SI, continuará la conversión y aparecerá la pantalla de códigos
no definidos, en nuestro ejemplo vamos a trabajar con los antibióticos que no ha reconocido y
deben ser definidos.
Figura N° 43.- Pantalla de conversión BacLink – definir códigos.
Al elegir el campo de dato y seleccionar Definir códigos. Para que en una nueva ventana
aparezcan los antibióticos que no han sido reconocidos. Inmediatamente elegir la opción de
elegir Definir código
Figura N° 44.- pantalla de conversión BacLink – definir códigos.
Se debe elegir el antibiótico y la norma utilizada para interpretar y luego Aceptar
Figura N° 45.- pantalla de conversión BacLink – definir códigos.
Una vez realizado esta acción en cada una de las variables no reconocidas, elegir la opción
continuar y la base de datos en formato Whonet será visualizado en la carpeta Data del disco
local C, y se encontrará en formato Whonet.
6. Análisis de datos
Introducción El análisis de datos permitirá conocer los fenotipos presentes en nuestro laboratorio así como
analizar las variables ingresadas en nuestros campos de datos
Haga clic en el icono WHONET en el escritorio para iniciar el software. Haga clic en "Abrir
laboratorio".
Figura N° 46.-Pantalla de Abrir Laboratorio.
Desde la pantalla principal WHONET, haga clic en "Análisis de datos" y "Análisis de datos" de
nuevo.
Figura N° 47 Pantalla de Abrir Laboratorio- análisis de datos.
Ahora verá la pantalla principal de análisis WHONET. Desde esta pantalla, usted será capaz de
escoger el tipo de análisis que desea realizar.
En la pantalla principal del análisis, hay cuatro secciones que se debe responder: Tipo de análisis,
microrganismos, Aislamientos y los archivos de datos. A la derecha, hay algunas opciones
adicionales que pueden ser útiles para el análisis.
Figura N° 48.- pantalla de Análisis de datos.
Listado de Aislamientos y Resumen
Par obtener una lista en frecuencia de los aislamientos en mi laboratorio o pacientes que
cumplen con ciertos criterios. Haga clic en Tipo de Análisis, y seleccione listado de aislamientos
y resumen.
Figura N° 49.- Selección del tipo de análisis
Podemos hacer el análisis por mes seleccionando la opción Mes. Deje las otras opciones sin
cambios, y haga clic en Aceptar.
Luego de lo cual debe elegir los patógenos seleccionando la opción microorganismos y grupos
de microrganismos y aceptar
Figura N° 50 Selección del o los microorganismo/s a ser analizado
Luego es necesario elegir la base de datos que deseamos analizar, como se dijo
anteriormente es mejor si las bases de datos se encuentran en la carpeta data (Figura N° 50).
Figura N° 51.- Selección del archivo de datos a ser analizado.
Posteriormente se desplegará la pantalla donde podemos elegir el archivo que va a ser
analizado
Figura N° 52.- selección del archivo Whonet que vamos analizar
Aceptamos y elegimos la opción Comenzar el análisis. En este ejemplo, se mostrará una lista
de todos los aislados del conjunto de datos con enterobacterias, como a continuación y
luego hacer elegir la opción continuar.
Figura N° 53.- Primera pantalla en aparecer dentro de nuestro análisis
Luego de lo cual se desplegará la pantalla que contiene las frecuencias de los patógenos más
prevalentes aislados en nuestro laboratorio. Como se observa en el resumen o consolidado de
datos de la pantalla de abajo, usted vera que los organismos están ordenados alfabéticamente,
si usted desea ordenar de mayor a menor para saber la frecuencia de microorganismos,
ubíquese en Número de aislamientos haga clic, se ordenará de menor a mayor, si hace de nuevo
clic se ordenara de mayor a menor y vera la frecuencia. Este ordenamiento puede realizarse
para ordenar cualquier variable que desee (Figura N° 54).
Figura N° 54.- Frecuencia de los patógenos aislados en nuestro laboratorio
Mediciones porcentaje de Resistencia, Intermedio y Sensible (% RIS)
Tipo de análisis: Para ello, haga clic en Tipo de análisis. Para este primer análisis, seleccione la
opción % RIS y medidas de las pruebas. Haga clic en Aceptar para volver a la pantalla principal
de análisis (Figura N° 55).
Figura N° 55.- Selección del análisis de sensibilidad y resistencias
Haga clic sobre microorganismos, donde se visualiza las opciones disponibles para usted en el
lado izquierdo de la pantalla. En el lado derecho de la pantalla, usted pondrá sus selecciones.
En el lado de la izquierda, en primer lugar ver una lista de las bacterias y los hongos
relativamente comunes. Elija dos organismos de este primer análisis: E. coli (eco) y S. aureus
(SAU). Puede seleccionar un microorganismo de varias formas posibles: haga doble clic sobre el
microrganismo o de un solo clic en el organismo y pulsa el botón de flecha derecha "->" o escriba
el código de tres letras y pulse <Intro>. Su pantalla debe parecerse a la siguiente (Figura N° 56).
Figura N° 56.- pantalla de Análisis de datos – elección de microorganismos a ser analizados.
Cuando termine de mirar las opciones disponibles, haga clic en Aceptar para volver a la pantalla
principal de análisis.
Para analizar los archivos de datos whonet disponibles hacer clic en Archivos de datos para
seleccionarlos para nuestro análisis. Para esta parte del documento tutorial, seleccionaremos el
w0195who.tst archivo". Después de seleccionar el archivo, haga clic en Aceptar para volver a la
pantalla principal de análisis (Figura N° 57).
Figura N° 57.- pantalla de Análisis de datos – elección de los archivos a ser analizados.
Después de seleccionar los archivos, aparecerá lo siguiente, elegir: comenzara análisis
Figura N° 58.- pantalla de Análisis de datos – elección de microorganismos a ser analizados.
Comenzar el análisis y la interpretación de los resultados
Ahora que usted ha dado los detalles del análisis para llevar a cabo, haga clic en comenzar
análisis. Se debe mostrar la siguiente pantalla.
Figura N° 59.- Tabla con los datos de % RIS y medidas de las pruebas realizadas en los
aislados de nuestro laboratorio
En la parte superior de esta pantalla, se visualiza las columnas con las estadísticas de las
pruebas de sensibilidad a los antimicrobianos para cada uno de los antimicrobianos
probados.
Para la E. coli, en nuestra base de datos se encontraron (86 aislamientos) en total, y los
antimicrobianos que se ensayaron. En los resultados también se pueden encontrar errores
en la entrada de datos (por ejemplo, si hay resultados vancomicina tabulados para E. coli)
que no tendrían que ser enviados al Laboratorio Nacional de Referencia del INSPI.
Ahora, al hacer clic en algunos de los antimicrobianos enumerados en el panel inferior, por
ejemplo ampicilina y trimetoprim / sulfametoxazol. El programa WHONET mostrará el
diámetro de la zona o distribución MIC del antibiótico seleccionado. Las líneas rojas en el
gráfico representan los puntos de corte interpretativos del programa whonet. Para obtener
resultados de difusión de disco, aparecerán bacterias susceptibles a la derecha de las líneas
rojas; aislados resistentes están a la izquierda; y los resultados intermedios son entre las dos
líneas.
Figura N° 60.- Análisis de datos – Imagen con la distribución de los halos obtenidos en
nuestros aislados frente a Ampicilina y Trimethoprim/Sulfametoxazole
El segundo histograma representa los resultados de trimetoprim / sulfametoxazol e ilustra
dos poblaciones distintas que se encuentran en la categoría susceptibles: una población con
el fenotipo "de tipo salvaje", con diámetros de zona relativamente grandes y una segunda
población con "disminución de la susceptibilidad", con diámetros de zona disminuidas.
Transferencia de resultados WHONET a Excel y otros programas
Luego de este análisis los resultados WHONET que se ven en la pantalla se pueden transferir
fácilmente a otros softwares tales como Microsoft Excel, Word o PowerPoint. Usted puede
hacer esto ya sea mediante el uso de "Copiar" y "Pegar".
Opción 1.- Haga clic en Copiar tabla. Luego abrir en Microsoft Excel y Pegar.
Figura N° 61.- Datos copiados y pegados en hojas de cálculo Excel
Opción 2- Guarde directamente el archivo WHONET. Para guardar las tablas y gráficos como un
archivo de Excel, haga clic en Archivo. Dé un nombre al archivo, por ejemplo "S aureus
Resultados.xls RIS ". Por tipo de archivo, seleccione "Excel". Tenga en cuenta que la ubicación
predeterminada para este archivo es c: \ whonet5 \ salida. Luego haga clic en Aceptar
Figura N° 62.- Análisis de datos – exportación de datos a Excel
Ahora abrir el Excel y seleccione "Archivo", "Abrir". Mirar en la carpeta c: \ whonet5 \ salida
para el archivo que acaba de crear, y se abre. Verá algo lo siguiente.
Figura N° 63.- Análisis de datos – datos exportados a Excel
Luego volver a WHONET y haga clic en "Continuar" para volver a la pantalla principal de
análisis.
Análisis adjuntando más variables 1.- Seleccionar % RIS y medidas de las pruebas
2.- Uno-por-paciente
Para los cálculos de % Resistencia o % Susceptible, se relocalizó de todas las muestras, sin
embargo se recomienda realizar un por paciente en vista que algunos pacientes tienen múltiples
resultados de los cultivos de las especies analizadas. El Instituto CLSI ha publicado un documento
"M39 - Analysis and Presentation of Cumulative Antimicrobial Susceptibility data", recomienda
que los laboratorios utilizan el primer aislado por especie para el período de tiempo analizado
en el cálculo de la susceptibilidad y resistencia proporciones para efectos de la elaboración de
directrices para el tratamiento empírico.
Para ver estas opciones, haga clic en uno-por-paciente. En la parte superior de la pantalla,
seleccione Por paciente. A continuación, seleccione Solo primer aislamiento.
Figura N° 64.- Análisis de datos – uno por paciente
Figura N° 65.- Análisis de datos – uno por paciente
3.- Para microorganismo, seleccione S. aureus = sau
4.- Aislamientos, se trata de una “condición” o “especificación” que por lo general me
permite elegir un tipo de análisis, (muestra, localización, resistencia, etc…) en el
microorganismo que nosotros elegimos de un archivo específico, para esto trabajaremos
con la selección sangre = sa
Para realizarlo, haga clic en aislamientos. Adicionalmente puede elegir entre cualquiera de
las variables como paciente, la ubicación, la muestra, o microbiológicos / campos de
antibióticos disponibles.
Figura N° 66.- Análisis de datos – por tipo de muestra
Por ejemplo, haga doble clic en tipo de muestras (o en tipo de muestras y luego haga clic
en Definir criterios. Haga doble clic en Sangre para seleccionar esta opción y haga clic en
Aceptar.
Figura N° 67.- Análisis de datos – por tipo de muestra
Dentro de la misma opción de Aislamientos, elegir la opción Penicilina ---Resistente.
Escoger la opción aceptar
Figura N° 68.- Análisis de datos – Selección de categoría como resistentes a Penicilina
Luego de lo cual se elegirá la opción Clindamicina ---sensible
Figura N° 69.- Selección de categoría como sensibles a Clindamicina
Resumiendo, escogemos todos los S. aislados de sangre resistentes a la penicilina y sensibles
a la clindamicina
4.- Para archivos de datos, seleccione w0195who.tst. Luego haga clic en comenzar análisis
para obtener los resultados.
Figura N° 70.- Tabla aislamientos de Staphylococcus aureus resistente a la penicilina y
sensible a la Clindamicina.
Encontrando 6 aislamientos en total que cumplen todos los criterios establecidos en el
análisis
Si está pendiente realizar otro análisis con variables diferentes, retire los criterios de
selección que haya definido. Para ello, haga clic en aislados y Borrar todos los criterios. Se
le pedirá que confirme su elección, por lo que se debe responder Sí.
Opciones adicionales
Hay varias opciones adicionales que permiten pequeños ajustes en la presentación de los
resultados. Para ver esto, haga clic en Opciones, y revisar las opciones disponibles para
usted.
Para histogramas % RIS, cambie la opción Porcentaje de aislados a Número de
aislamientos. Luego hacer clic en Aceptar, y Comenzar Análisis. En la salida, verá el número
de cepas resistentes, intermedios, y susceptibles, en lugar de los porcentajes observados en
el análisis anterior.
Haga clic en Aceptar para continuar para volver a la pantalla principal de análisis.
Figura N° 71.- Opciones de análisis para reglas de interpretación
Ciertos laboratorios pueden realizar el pruebas de susceptibilidad utilizando difusión de
disco, CIM automatizado o por tirilla, para esto la segunda opción combinar resultados de
disco, CIM y Etest, nos permite realizar un análisis en conjunto todos los datos
Diagramas de dispersión
El propósito es analizar la relación que existe entre los valores de 2 antibióticos. Haga clic
en Tipo de Análisis, y seleccione Scatterplot. En la parte inferior de la pantalla, deberá
seleccionar a pruebas de antibióticos para comparar. Para el primer ejemplo, poner la
prueba de penicilina-disco en el eje X y disco de cefoxitina- en el eje Y. Luego haga clic en
Aceptar y comenzar análisis para obtener el siguiente gráfico.
Figura N° 72.- Diagrama de dispersión para Cefoxitin y Penicilina
Este gráfico muestra la distribución del diámetro de los aislamientos probados tanto contra
la penicilina y cefoxitina. Los números en la figura representan porcentaje de aislamientos,
y las líneas rojas indican los puntos de corte.
Por ejemplo, en la esquina superior derecha de la gráfica, hay un número de aislamientos
con diámetros grandes de penicilina (≥30mm) y diámetros grandes para Cefoxitina
(≥22mm). Estos aislados son susceptibles a ambos agentes. El cuadrante inferior izquierdo
representa aislamientos resistentes a ambos fármacos. Afortunadamente, no hay
aislamientos en el cuadrante inferior derecho. Tales aislamientos tendrían el fenotipo
susceptible a la penicilina y resistentes a oxacilina (FOX). Microbiológicamente, tales
resultados serían muy raros, y muy probablemente atribuible a un error en el laboratorio.
Haga clic en Tipo de análisis. En el centro de la pantalla, seleccione la corriente es Formato
para los informes. Haga clic en por interpretaciones. Haga clic en Aceptar y comenzar
análisis.
Figura N° 73.- Diagrama con los porcentajes para Cefoxitin y Penicilina
En este gráfico, se observa el mismo tipo de resultados se ven en el diagrama de dispersión
cuantitativa, pero utilizando categorías de R, I, S. Va de nuevo a observar los tres subtipos
principales de S. aureus en esta tabla. 6,7% de los aislamientos tienen el fenotipo de tipo
salvaje (PEN-S, OXA-S), el 68,6% tienen el fenotipo penicilinasa-productor (PEN-R, OXA-S), y
el 24,8% tienen el fenotipo MRSA (PEN-R, OXA-R). Haga clic en Continuar para volver a la
pantalla de análisis de datos.
Perfiles de resistencia a los antimicrobianos
El estudio de los patrones de multi-resistencia elegir Tipo de Análisis, y seleccione perfiles
resistencia.
Figura N° 74.- Selección de análisis Perfiles- de resistencia
Elegir Staphylococcus aureus y el archivo de datos a analizar y seleccionar Comienza el
análisis.
Figura N° 75.- Tabla con el análisis Perfiles de resistencia
Hay dos columnas adicionales: Perfil y perfil de resistencia. Estas columnas nos muestran el
patrón de multi-resistencia de los aislamientos. Haga clic en Continuar para ver un resumen
de esta lista.
Figura N° 76 Tabla con el análisis Perfiles de resistencia
Este análisis demuestran los perfiles de resistencia de una forma resumida. El fenotipo más
frecuente es el resistente a la penicilina (P). Haga clic en Continuar para volver al menú principal.
Bac Track - Alertas para los aislamientos
El estudio de los fenotipos inusuales resistentes que se encuentran en nuestra casa de salud
podemos elegir la opción en Tipo de Análisis, y seleccione Bac Track - Alertas para los
aislamientos luego analizar en comenzar análisis
Figura N° 77.- Selección de Análisis Bac Track – alertas para los aislamientos
Una vez que tengamos el listado elegir la opción se desplegará el listado, elegir la opción
continuar y se observará la lista de los fenotipos inusuales presentes en su laboratorio por
ejemplo existen 9 Staphylococcus aureus Meticilin-resistente
Figura N° 78.- Análisis Bac Track – alertas para aislamientos
REFERENCIAS
1.- Documentos Whonet. Recuperado 10 de noviembre del 2015 de
http://www.whonet.org/www/documentation.html