uso actual de snomed-ct en los servicios de anatomía patológica coordinador de sistemas de...

Uso actual de SNOMED-CT Uso actual de SNOMED-CT en los Servicios de en los Servicios de

Anatomía Patológica Anatomía Patológica

http://serendipia.hgcr.sescam.jccm.es/

Coordinador de Sistemas de Información

Hospital General de Ciudad RealServicio de Salud de Castilla-La Mancha (SESCAM) Junta Directiva de la SEIS

en España y Europaen España y Europa Marcial García Rojo

Servicio de Salud de Castilla-La Mancha 2

Objetivos de la presentación1. Contexto actual: Estándares SI en Patología2. Introducción a SNOMED: Evolución de

codificación a terminología clínica3. Principios básicos de SNOMED: Contenido y

estructura. Ejemplos4. SNOMED y Europa: Del NHS del Reino Unido, a

la International Health Terminology Standards Development Organisation (IHTSDO).

5. SNOMED en España6. Mantenimiento y mejora del contenido7. Subconjuntos, referencias cruzadas (“mapeos”)


Interoperability in the Hospital

Servicio de Salud de Castilla-La Mancha

Situación actual

Mambrino / Mambrino XXI

Laboratorio(SigloWeb)

Cartelería digital


Interoperabilidad: Hay estándares para Anatomía Patológica?

Aún no se ha conseguido integración en los sistemas de información implicados en Anatomía Patológica.Los esfuerzos de estandarización se los sistemas de información (proyecto Serendipia) se basan en:CEN TC 251 (pr EN13606): Historia Clínica ElectrónicaHL7: Mensajes entre aplicaciones informáticas DICOM: imagen médicaIHE iniciativa (http://www.ihe.net/): Cómo utilizar estándares.

Noticia reciente: Se ha publicado para fase de implementación el Marco Técnico para Patología que identifica los flujos de trabajo, los actores (unidades funcionales y roles, p.ej: El S.I. de Anatomía Patológica es un “actor”) y las transacciones entre ellos.


Necesidad de interoperabilidad de contenidos

• Ámbito europeo: iniciativa i2010: Espacio Europeo de la Información, Innovación y Servicios Públicos (eHealth)

• Ámbito nacional: Historia Clínica del SNS. Plan Avanza (Red.es: “Sanidad en línea”)

• Intercambiar informes de Anatomía Patológica entre diferentes hospitales

• Consensuar tipos de muestras, diagnósticos• Uso científico eficiente de registros de tumores • Elaborar guías o procedimientos normalizados a

nivel regional o nacional• Búsquedas de información (entre hospitales)


Flujo de trabajo: IHE


Normalización de términos

“Specimen” is the physical object that is subjected to technical process(es) and/or imaging procedure(s) which results in an image(s). Part: removed during a harvesting or surgical procedure (usually put in a Box)Tissue dice(s) created after a fixation process (embedded in a Block, contained in a Cassette) A Tissue item (section or smear) (on a Slide).


IHE. Actores y Transacciones


HL7: Lenguaje para máquinasMensaje entre aplicaciones:

MSH|^~\&|APA||||20050714150127||ORM^O01|-11407200515012714|R|2.3|PID||1|1||MOD_NOMB^MOD_APE1^MOD_APE2||19410907000000|F|||^^^^||||||||||||||||||||PV1|||^|||^|||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||ORC|XO|-1|05B0000003||CM||||||||||||

MSH|^~\&|APA||||20050714150134||ORU^R01|-11407200515013414|R|2.3|PID||1|1||MOD_NOMB^MOD_APE1^MOD_APE2||19410907000000|F|||^^^^||||||||||||||||||||PV1|||^|||^|||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||ORC|XO|-1|05C0000001||CM|||||0^DESCONOCIDO||10009^GOMEZ , ALICIA|||||OBR|1|-1|05C0000001|^^^^|||20050714145607||0|^^^|F|||20050714000000|^^^^^|10009^GOMEZ , ALICIA^^|||GI^GINECOLOGIA|||20050714145607|||F||0^^^^^^^^^|||||10002^GARCIA^F.^H.^^||||20050714145607|0||^^^^|OBX|1||73^MUESTRA^L^A^|0|CERVIX CT1|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|2||^MATERIAL REMITIDO^L^^|1|CITOLOGIAS/ RASPAT CV/ A) CERVIX CT1|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|3||^DATOS CLINICOS^L^^|2||^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|4||^MACRO^L^^|2||^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|5||^MICRO^L^^|2|A ) celulas vaginales normales|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|6||^MICRO^L^^|3| |^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|7||^DIAGNOSTICO^L^^|4|A ) CITOLOGIA NORMAL|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|8||^DIAGNOSTICO^L^^|5| |^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|9||T83000^SNOMED^L^^|6|CERVIX|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|10||M00120^SNOMED^L^^|7|CITOLOGIA NORMAL|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|


Intercambio de información


Evolución de SNOMED-CT

SNOMED nació como un sistema de codificación, es decir, asignar un código (SNOP, 1965). Aún utilizado en su versión SNOMED II (1979) y 3.0 (1993).

En 2000 pasó a ser una terminología clínica de referencia: SNOMED Reference Terminology (SNOMED RT)

En 2002, acuerdo con Reino Unido SNOMED Clinical Terms (SNOMED CT). Es año, nace la versión en Español.LOINC (laboratorios) y NDF-RT son vocabularios controlados.

Terminología clínica: Diseñada para registrar datos clínicos en historia clínica electrónica. Orientada a registrar aspectos relevantes de la atención médica en forma normalizada. SNOMED se considera una “terminología de referencia” (incluye relaciones entre los conceptos que definen su significado) y una “terminología de interfase”.

Nomenclatura Sistematizada de Patología Medicina


Terminología de interfase

Facilita el ingreso de datos utilizando términos familiares para el usuario Facilita la búsqueda eficiente de conceptos

Búsqueda de texto Navegación de conceptos Posibilidad de agregar calificadores

Permite representar los conceptos utilizando los términos preferidos por el usuario Permite entender el significado del concepto al proveer una descripción completa (FullySpecifiedName) Permite “filtrar” los conceptos en base al contexto de la aplicación, mediante el mecanismo de definición de subconjuntos de la terminología


Terminología de Referencia


Ventajas de SNOMED CT

Amplitud del contenidoCompatibilidad con versiones previasAdaptabilidad para su uso en diferentes escenariosDesarrollo basado en las necesidades e implementaciones de los usuariosPosibilidad de pre y post coordinaciónExtendiblePosibilidad de mapeosPosibilidad de definición de subconjuntosMúltiples lenguajes y dialectos


Escasa implantación SNOMED CT

Es poco frecuente ver sistemas de información con una integración de SNOMED CT. Podría ser debido a:Desconocimiento sobre sus beneficios o Desconocimiento en la forma de integrar SNOMEDProblemas con la conversión de sistemas anterioresLos usuarios creen que SNOMED puede que no cubra sus necesidadesDificultades para la representación de conocimiento de determinados dominios


Contenidos de SNOMED CTHallazgos/conclusiones/evaluaciones

trastornosHallazgos clínicos (por lugar, método, función)

Procedimientosplanes, intervenciones, tratamientos, prescripciones, cirugías

Estructuras anatómicasEstructuras normales (anatomía/ topografía)Estructuras anormales (patología/ morfología)

Función (incluso habilidades y propiedades)Organismos VivosSustancias (drogas, productos químicos, productos biológicos)Agentes físicos, fuerzas y actividades (causas de lesión)OcupacionesContexto social y demográfico (raza, grupo étnico, religión, estado civil, nivel de la educación, hábitos, relaciones familiares, etc.)General (contexto, modificadores, localización, certeza, severidad, curso, períodos de tiempo, estadificación, estado, características)Otro (especímenes, relaciones espaciales, unidades)

January 2008

311,000 Concepts794,000 Descriptions920,000 Relationships

January 2008

311,000 Concepts794,000 Descriptions920,000 Relationships


Content Summary: January 2008

Substance: 23,4557%

Pharmaceutical / biologic product: 19,083

6%

Clinical finding: 109,31035%

Organism: 27,9518%

Procedure: 53,85317%

Body structure: 31,83610%

Clinical f inding: 109,310 Procedure: 53,853 Body structure: 31,836

Organism: 27,951 Substance: 23,455 Pharmaceutical / biologic product: 19,083

Qualif ier value: 8,903 Event: 8,446 Observable entity: 7,833

Social context: 5,251 Situation w ith explicit context: 4,911 Physical object: 4,514

Environment or geographical location: 1,740 Linkage concept: 1,135 Staging and scales: 1,112

Specimen: 1,054 Record artifact: 201 Physical force: 171


Hallazgos clínicos

También pueden llamarse “observaciones”Incluye signos, síntomas, trastornos, enfermedades, resultados de laboratorio, observaciones de imágenes, etc. – Ejemplos:

Dolor Descenso del sodio sérico Capaz de caminar


Trastornos

Incluye enfermedades, o alteraciones que puedan ser listadas como diagnósticos. Desde enero de 2005 son considerados hallazgos, pues suele haber superposición.– Ejemplos:

Leucemia aguda promielocítica Gingivitis aguda ulcerativa y necrotizante


Diagnósticos


Entidades observables

Incluye entidades que son el sujeto de una observaciónUna vez realizada la observación– Hallazgo= observable + valorEjemplos

Frecuencia cardiaca Temperatura Viscosidad del líquido sinovial


Procedimientos

Incluye acciones en el contexto de la administración, tratamiento y provisión de cuidados de la saludIncluye intervenciones quirúrgicas y procedimientos diagnósticosEjemplos

Examen físico Cambio de vendaje Apendicectomía Rehabilitación poslaringectomía


Ejemplos: procedimientos


Ejemplos: Procedimientos


Anatomía y morfología

Estructuras anatómicas– HígadoEstructura del hígadoHígado como un todo

Estructuras anormales– Anomalías morfológicasQuisteNeoplasiaFractura


Organismos

Bacterias, hongos, parásitosAnimales, plantasCriterio de inclusión– De interés para la medicina humana y veterinaria


Sustancias y productos farmacéuticos

Separados en dos jerarquías Substancias

Ingredientes genéricos Productos

Drogas clínicas* Nombre, potencia, forma

farmacéutica


Uso de SNOMED: Tinciones


Cómo se organizan los conceptos

Trastorno = Sitio del hallazgo + Morfología asociada

Carcinoma papilar de tiroides

Sitio del hallazgo: Estructura de la glándula tiroides

Morfología asociada: Adenocarcinoma papilar


Sinónimos


Relaciones ente términos


Estadificaciones


carcinoma de órgano

genital

carcinoma de órgano

genitourinario

hallazgo relacionado

con estructura

pélvica

hallazgo en la estructura

del tronco


con las regiones

corporales

hallazgo por localización

hallazgo clínico

concepto de SNOMED CT

masa del tronco

masa de una región del

cuerpo

masa de una estructura corporal

tumor maligno de

la pelvis

neoplasia de la pelvis

neoplasia del tronco

neoplasia clasificada según el

sitio anatómico

trastorno, clasificado por sitio

anatómico

enfermedad

enfermedad neoplásica

neoplasia y/o

hamartoma

trastorno del tronco

masa pélvica

trastorno de la pelvis

neoplasia maligna

trastorno del aparato

genitourinario

trastorno de sistema corporal

neoplasia maligna

primaria de la pelvis

neoplasia maligna primaria

hallazgo genital


reproductor

neoplasia maligna

primaria del cuello uterino

tumor maligno del

cuello uterino

neoplasia del cuello uterino

neoplasia del útero

trastorno del útero

trastorno del abdomen

hallazgo abdominal

trastorno de los órganos genitales

femeninos

trastorno del aparato genital

femenino


reproductor femenino

trastorno de cavidad corporal


con una estructura

visceralneoplasia de los órganos genitales

femeninos

neoplasia del abdomen

masa abdominal

trastorno del cuello del

útero

neoplasia maligna del

útero

tumor maligno de abdomen

tumor maligno de los órganos genitales

femeninos

neoplasia maligna

primaria de órgano genital

femenino


El Identificador de concepto


Las tablas principales


Sinónimos


Licencias de SNOMED

En abril de 2007 la gestión de SNOMED CT fue transferida a la Organización para el Desarrollo de Estándares Internacionales de Terminología de Salud / International Health Terminology Standards Development Organisation (IHTSDO)IHTSDO asume la responsabilidad de: mantenimiento, desarrollo, garantía de calidad y distribuciónEl Colegio Americano de Patólogos (CAP) da apoyo inicial a IHTSDO durante 3 años y de forma separada ofrece productos y servicios relacionados con SNOMED, como consultoría, o formación.Cada país que participa en IHTSDO tiene su propia entidad gestora: En Reino Unido antes NHS ahora UK Terminology Centre (UKTC), con las funciones de:

Oficina de gestión, distribución, soporte y control del uso de SNOMED-CT y productos relacionados


Qué incluye SNOMED-CT

–Las “tablas” de los conceptos, descripciones y relaciones–Referencias cruzadas a CIE-9-MC -con fines epidemiológicos y/o estadísticos. –Guía de Referencia Técnica de SNOMED CT.–Un browser que permite navegar la terminología.–2 actualizaciones: abril y octubre (Ed. Español) o enero y julio (Ed. Inglés EEUU)


SNOMED CT en EuropaInternational Health Terminology Standards Development Organisation (IHTSDO), con sede en DinamarcaSNOMED CT es un producto propiedad intelectual registrada por el IHTSDO 9 países son miembros del IHTSDO5 de 9 miembros son países europeos:

DinamarcaLituaniaLos Países BajosReino UnidoSuecia


SNOMED CT en Europa

5 países europeos tienen derechos nacionales para el uso de SNOMED CT23 organizaciones dentro de Europa tienen licenciasUnas organizaciones:

Hospital Geral Santo Antonio (Portugal)

C2C Consultoria TSIS (España)

Hospital de Fuenlabrada (España)

Hospital General de Ciudad Real (España)

Sociedad Española de Informatica y Salud (SEIS) (un acuerdo de colaboración con SNOMED Terminology Solutions)


SNOMED en Europa

Qué recibe el Servicio de Salud Británico (NHS) de SNOMEDProductos/Servicios

El núcleo de SNOMED CT (inglés británico), mapeos (ICD-10 y OPCS-4), documentación

Aplicacion(es)Mercado(s)

Hospitales, clínicos y otros lugares de atención dentro del NHS

Cómo entrega los productos/servicios al mercado A través del NHS y SNOMED (ahora IHTSDO)

Mantenimiento Actualizaciones: enero, julio


SNOMED en Europa


European COST Action IC0604 Scientific programme

Automation procedures in Pathology. Best technology available and under research.

Scanning solutions for Pathology microscopic slides.

Technological solutions for compression and storage problems with large image files.

Virtual slide standard viewer specifications which allow efficient reviewing of pathology images.

International standards (DICOM, HL7, SNOMED, CEN) and IHE initiative.

Model for pathology and other hospital information systems

An European-scope telepathology network

Collection of interesting and typical samples, and clinico-pathological sessions

http://www.conganat.org/eurotelepath


EURO-TELEPATHCurrent research groups

Action kick-off

Finland: Tampere University & University of Helsinki

France: INSERM & Tribvn

Germany: University of Regensburg & Charité Universitätsmedizin Berlin

Italy: University of Udine

Lithuania: National Centre of Pathology & Kaunas University of Technology

Poland: Institute of Tuberculosis and Lung Diseases, Warsaw

Portugal: Hospital Espirito Santo

Serbia: University of Belgrade

Spain: University of Castilla-La Mancha, Hospital General deCiudad Real & SESCAM

Switzerland: EPF Lausanne

United Kingdom: University of Nottingham


SNOMED en España

Edición en español: Actualización de julio de 2007 (basada en la edición en inglés de enero de 2007)Conceptos activos: Más de 300.000Descripciones: Más de 700.000Relaciones: Más de 900.000

Usuarios: Institut Catalá d’Oncologia Servicio Gallego de Salud Consellería de Sanidad de la Generalitat Valenciana SESCAM Balidea WebSanitaria…


10 componentes esenciales en patología digital

1. Sistema de información de Anatomía Patológica (SIAP)

2. Gestión de imágenes3. Automatización de laboratorio4. Identificación de objetos5. Estaciones de trabajo específicas6. Entrada de datos (interfaz de usuario)7. Visualización de imágenes y datos8. Herramientas de comunicación9. Búsqueda de información10. Gestión del conocimiento


Telepatología

HOSPITAL A HOSPITAL B

Remitente Segunda opinión


SESCAM Diseño de integración


Aurora Viewer


Identificación portas: Tinciones

DocumentsContainersCassettesSlides

Bar codeDirect print: Leica/Sakura(2D: datamatrix)Label (resistant) with bar code:

Radiofrequency (RFID): tissue blocks and slides


Mantenimiento y mejora del contenido

Actualizaciones (2 /año)Aportación de nuevas entidades (¿Desde España?)


SNOMED CT en Patología

91 licencias por el mundo para el uso de SNOMED CT en patologíaIncluye vendedores de sistemas informáticos para el laboratorioIncluye el Centers for Disease Control and Prevention (EEUU) para los checklists de cáncerIncluye licencias para el uso del subconjunto de patología, los checklists de cáncer y las versiones previas de SNOMED que tiene un énfasis en patologíaLa mayoría de las organizaciones con licencias son hospitales dentro de los EEUU


Subconjunto Anatomía Patológica

Incluye más de 70.000 conceptos relacionados con anatomía patológica que forman parte de SNOMED CT. Corresponde a una extensión del antiguo Surgical Pathology Microglossary

Contribución esencial del CAPPrincipal expansión: Cancer checklists (protocolos)Colaboración con ICD-O para morfología (M-codes) y topográficos (T-codes)


Subconjuntos: Patología


SNOMED en NHS


Referencias cruzadas

Referencias cruzadas [CIE-03; LOINC®; CIE-9; CIE-10 (edición británica); OPCS-4 (edición británica); NIC; NOC; NANDA; PNDS; HHCC; The Omaha System]

Vocabularios: Enfermería, lab LOINC, SNODENTClasificaciones y agrupaciones: ICD-9CM, ICD-10, ICD-O, PNDS)


Standardized Terminologies Integrated within SNOMED CT

SNOMED CT

ICD-9 and ICD-10 (UK)

LOINC

PNDSCCC NANDA

NIC

OmahaSystem

NOC ICNP

CPT


Conclusiones

España tiene previsto participar en IHTSDO Las empresas españolas de S.I. de Patología tienen poca experiencia en la integración de SNOMED (más allá de codificación). En SESCAM: Patwin (iSoft) Novopath Web (Vitro)Principales problemas:

Códigos locales ¿Migrar histórico SNOMED II a SNOMED CT?


Conclusiones. Aplicaciones de SNOMED

Historia clínica electrónicaInformes de laboratorioAlmacenamiento de imágenesInformes de anatomía patológica – protocolos

Base de datos para las autopsiasSistema de apoyo para la toma de decisionesCodificación de la noticia sobre la salud en la prensaBanco de tejidos


Enlaces de interés

IHTSDO: http://www.ihtsdo.org/

CAP (SNOMED Terminology Solutions): www.capsts.org NHS: http://www.connectingforhealth.nhs.uk/systemsandservices/data/snomed


Agradecimientos

Guillermo Reynoso, [email protected]

Joe Schramm, [email protected]

[email protected]


9th European Congress on Telepathology

[email protected]

http://www.seapcongresos.com/telepathology2008/