avances genéticos en diagnóstico prenatal - …€¦ · aumenta entre un 15 y un 20% los casos...

Dr. David Poyatos Andújar. Especialista de producto Área Molecular

Avances genéticos en diagnóstico prenatal

Avances genéticos en diagnóstico prenatal

Laboratorio Echevarne · Tel. 902 525 500 · www.echevarne.com 2

1er trimestre 2º trimestre 3er trimestre

9 11 14

Test Prenatal No Invasivo

Detección T13, T18, T21, monosomía X, Triploidía y sexo fetal en sangre materna

Estimación del riesgo basado en:

4Laboratorio Echevarne · Tel. 902 525 500 · www.echevarne.com

80-95% Tasa de detección >99%90% Sensibilidad >99%

95% Especificidad >99%

5% Falsos positivos <0.1%

5-15% Falsos negativos < 0.1%

FACTORES FENOTIPICOS DNA FETAL

Test Prenatal No Invasivo


Obstet Gynecol. 2012 Dec;120(6):1532-4. doi: 10.1097/01.AOG.0000423819.85283.f4.

Indicaciones para Test Prenatal No Invasivo de aneuploidías fetales


Conclusiones

ACOG Committee Opinion Número 545, Diciembre 2012

• Mujeres > 35 años.

• Antecedentes de aneuploidia

• Screening bioquímico en suero materno alterado.

• Hallazgos ecográficos de aumento de riesgo de aneupoloidía.

• Parejas con translocación robertsoniana del 13 o el 21.

Casos de bajo riesgo: Ansiedad materna/ recomendaci ón por ginecólogo


Test Prenatal No Invasivobasado en DNA fetal

Detección DNA fetal (cffDNA) en sangre materna


Sequenom Verinata Ariosa Natera

Secuenciación dirigida

Secuenciación dirigid a

MPSS-Secuenciación

masiva

MÉTODO CONTAJE ANÁLISIS SNPs

BGI

Polimórfismos (SNPs)Regiones no polimórficas

Detección DNA fetal Secuenciación masiva


Detección DNA fetal Secuenciación masiva


1.5% del genoma

Diferencias con otros métodos

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Método de contaje Análisis de SNPs

CompetenciaHarmony, Trisonim, Nace plus…

EchevarneTest Prenatal No Invasivo (PanoramaTM)

No diferencia ADN materno del fetal Separa y genotipa el ADN fetal

Algoritmo informático


Z-score ≥ 3.0 = abnormal

Método de contaje Análisis de SNPs


Importancia concentración de cffDNA en sangre materna

FP / FN


Impacto concentración de cffDNA en sangre materna

• En el estudio de Palomaki :– 12 casos con Tri21 tuvieron una fracción fetal de 4-8% – 3 fueron reportados como normales = 25% falsos negativos

• En los datos de ISPD de Natera (Junio 2013):– 18 casos con aneuploidía tuvieron una fracción fetal de 4-8 % – 4 no tuvieron resultados = 22% nueva muestra

Palomaki G, Kloza E, Lambert-Messerlian G, et al. DNA sequencing of maternal plasma to detect Down syndrome:

An international clinical validation study. Genet Med 2011;11:913-20


Impacto concentración de cffDNA en sangre materna

0

200

400

600

800

1000

1200

Núm

ero

de M

uest

ras

Fracción Fetal

4.8% de casos

<4% FF

28.8% de casos

tienen entre

4% y 8% de FF


Discordancias método de contaje

17

Cromosomas materno / paterno

Células progenitoras

SNP

• Análisis de la distribución alélica

• No es necesaria la cuantificación de lecturas

• Detección de todos los cromosomas por igual (no

influye el contenido GC)

• No se necesita cromosoma de referencia

• Reduce el error por azar

• Detecta triploidias

• PCR multiplex con 19,5k sondas

• Resultados exactos y fiables con fracciones bajas

de ADN fetal.

• Realizar a partir de la semana 9 de gestación

Ventajas análisis de SNPs



Ratios de detección en diferentes estudios


Comparativaen diferentes estudios


Validación clínica

Natera’s Non-Invasive Prenatal Testing Technology Shows Unparalleled Specificity,

Sensitivity in Clinical Data Presented at American Society of Human Genetics

Data from Additional Patients Confirms High Accuracy in Detection of Trisomy 13, Trisomy 18, Trisomy 21, Sex

Chromosome AbnormalitiesAmerican Society of Human Genetics 2012. November 09, 2012 08:00 AM Eastern Time


Validación clínica. Estudio ciego independiente


Test Prenatal No invasivo Resultado

NatalChip®

Citogenética humana: del microscopio al microchip

24

Razones para el cambio


25

¿Qué tipo de array escoger?


26

Aplicaciones Clínicas

NatalChip ® Prenatal 750K y Postnatal Array HD

¿Porqué 2 pruebas?

NatalChip ® Prenatal 750KInteresa ofrecer resultados concluyentes que expliquen alteraciones genéticas conconsecuencia conocida y de efecto patogénico bien establecido.

NatalChip ® Postnatal HDInteresa conseguir la máxima resolución para detectar toda s aquellas alteracionesque puedan tener un mayor o menor efecto en la sintomatología descrita, y con ellotomar futuras decisiones de seguimiento clínico y reproduc tivas.


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NatalChip ®

Tecnología Affymetrix (array CGH + SNP array)

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Importancia de la Resolución

La resolución es directamente proporcional al

nº de sondas y a la distancia entre las sondas.


200,000 genotype-able SNPs

550,000 non-polymorphic probes.

Comparación cobertura distintas plataformas


30

NatalChip ®

Tecnología Affymetrix (array CGH + SNP array)

• Mayor resolución para detectar desequilibrios genómicos.

• Detecta síndromes de microdeleción y microduplicación >400Kb.

• Detecta disomías uniparentales, consanguinidad, LOH y triploidías.

• Más sensible para la detección de mosaicismos.


Beneficios frente a técnicas convencionales :

Rapidez : resultados en una semana, no cultivo celular

Mayor resolución : permite la identificación de pequeñas alteraciones

Mayor capacidad de interpretación diagnóstica , identificación >250 síndromes

Ventajas

31

Aplicación Arrays diagnóstico postnatal


Aumenta entre un 15 y un 20% los casos diagnosticados DI-RD vs. cariotipo.

Directrices

ACMG (2011)

Recomendaciones de

ACMG & ISCA,(2010)

32

Aplicación Arrays diagnóstico prenatal


Indicaciones

� Anomalías ecográficas

� Resultado de cariotipo ambiguo

� Sospecha de síndrome por deleción/duplicación

� Historia familiar de desequilibrio cromosómico

� Screening bioquímico alterado

Aplicación diagnóstico prenatal

Indicado en malformaciones fetales

NT >3 mm y/o TS elevado

Tasa detección 3-10%

Rápido y seguro


3000 muestras

Tasa de detección

Alto riesgo …… 5,8% (7/120)

Bajo riesgo ….. 0,5% (6/1118)

Ansiedad ………. 0,7% (11/1674)

Indicaciones

� Edad materna avanzada

� Ansiedad



3.6% when conventional karyotyping was ‘normal’

5.2% when indication was a structural malformation on ultrasound.

Increased detection rate of chromosomal imbalances,

Mayor tasa de detección



Aplicaciones Arrays en Diagnóstico prenatal

Ultrasound Obstet Gynecol. 2012 Apr;39(4):384-8. do i: 10.1002/uog.11092.

we recommended the application

of a genome-wide, and not a

targeted

Human Mutat. 2012 Jun;33(6):923-9. doi: 10.1002/hum u.22050. Epub 2012 Apr 16.

It is preferable to use the sameplatform for both prenatal andpostnatal settings. A high-resolution array guarantees aminimum of false-negative results”

Mayor resolución


Conclusion: Based on the increased detection of clinically

relevant abnormalities in both, structurally normal and

abnormal pregnancies, chromosomal microarray analysis

should be transitioned to become the first tier test for

invasive prenatal cytogenetic diagnosis.

Indicaciones Arrays en Diagnóstico prenatal

Preeclampsia

Detección precoz

Diagnóstico clásico PE

Estimación de riesgo de PE

¿Por qué marcadores angiogenicos??

80-90%10-20%

Estimación de riesgo en 1er trimestre

PlGF

11-13+6 semanas

Factores maternos

Doppler AUt

PAPP-A

PlGF

Score

Alto riesgo

Bajo riesgo

AASdosis baja

sensibilidad y una especificidad cercanas al 90%

para la PE temprana

Embarazo normal Preeclampsia

PlGF ↑ hasta ½ 3er Trim Niveles más bajos ↓↓

Diagnostico PE en 2º y 3er trimestre

sFlt-1/PIGF

20-22 semanas

Doppler AUt

+/-

sFlt-1/PlGFDx.

Bajo riesgo

Alto riesgoSeguimiento

intensivo

Diagnostico y manejo

sensibilidad y especificidad > 95% para el

diagnóstico de la PE temprana 4-5.

4. Sunderji S,. Am J Obstet Gynecol. 2010;202:40.e1–7. 5. Verlohren S, Am J Obstet Gynecol. 2010;202:161.e1–11.

Embarazo normal Preeclampsia

PlGF ↑ hasta ½ 3er Trim Niveles más bajos ↓↓

sFlt1 ↑ final embarazo Niveles + altos y antes↑↑

Diagnostico PE en 2º y 3er trimestre

Aplicaciones de los marcadores angiogénicos en la práctica clínica

Score

Herraiz et al,. Diagn Prenat. (2011);22(2):32–40

Manejo

Muchas gracias por su atención

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