tutorial para correr matriz de brooks etal1994 en tnt

Abrimos la matriz en formato TNT

Si el archivo se encuentra en el formato correcto, nos dará un mensaje como este.

Podemos ver la matriz con este comando

También podemos usar el Block de notas o Notepad.

Aquí se notan los comandos para ver los nombres de caracteres y sus estados.

Ahora vamos a realizar una búsqueda para < 15 taxa (Enumeración implícita). En este caso se evalúan TODOS los posibles arboles dicotómicos.

Una vez realizada la búsqueda, se aprecia la longitud y número de árboles más parsimoniosos.

Ahora podemos ver el o los árboles más parsimoniosos.

Y podemos apreciar los caracteres sobre el mapa y las reconstrucciones de cada estado:

Este comando nos muestra las sinapomorfías en el árbol.

Recuerden que los caracteres se cuentan a partir de el 0 (y no 1).

S y na p o mo r p h i e s f o r t r e e 0

Al l i g a t o r

T u r t l e

S n a k e

L i z a r d

B i r d

Ma mma l

Amp h i b i a n

7 , 8

0 , 4

9

1 , 2 , 3

1

5

5 , 9

Este comando nos muestra las reconstrucciones de cada estado por carácter.

T r e e 0 , c h a r . 0 ( 1 s t e p s ) - S k u l l _ j o i n t

Al l i g a t o r

T u r t l e

S na k e

L i z a r d

Bi r d

Ma mma l

Amp h i b i a nT woO neAmb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 1 ( 2 s t e p s ) - Hi n d _ d i g i t s

Al l i g a t o r

T u r t l e

S na k e

L i z a r d

Bi r d

Ma mma l

Amp h i b i a n> = _ 4< = _ 4Au s e n tAmb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 2 ( 1 s t e p s ) - Gi z z a r d

Al l i g a t o r

T u r t l e

S na k e

L i z a r d

Bi r d

Ma mma l

Amp h i b i a nAu s e n tP r e s e n tAmb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 3 ( 1 s t e p s ) - B l a d d e r

Al l i g a t o r

T u r t l e

S na k e

L i z a r d

Bi r d

Ma mma l

Amp h i b i a nP r e s e n tAu s e n tAmb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 4 ( 1 s t e p s ) - Wa s t e _ t y p e

Al l i g a t o r

T u r t l e

S na k e

L i z a r d

Bi r d

Ma mma l

Amp h i b i a nUr e aUr i cAmb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 5 ( 2 s t e p s ) - Me t a b o l i s m

Al l i g a t o r

T u r t l e

S na k e

L i z a r d

Bi r d

Ma mma l

Amp h i b i a nEc t oEnd oAmb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 6 ( 1 s t e p s ) - Eg g

Al l i g a t o r

T u r t l e

S na k e

L i z a r d

Bi r d

Ma mma l

Amp h i b i a nAu s e n tP r e s e n tAmb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 7 ( 1 s t e p s ) - He mi p e n i s

Al l i g a t o r

T u r t l e

S na k e

L i z a r d

Bi r d

Ma mma l

Amp h i b i a nAu s e n tP r e s e n tAmb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 8 ( 1 s t e p s ) - Q u a d r a t e _ f u s i o n

Al l i g a t o r

T u r t l e

S na k e

L i z a r d

Bi r d

Ma mma l

Amp h i b i a nP r e s e n tAu s e n tAmb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 9 ( 2 s t e p s ) - T e mp o r a l _ h o l e s

Al l i g a t o r

T u r t l e

S na k e

L i z a r d

Bi r d

Ma mma l

Amp h i b i a n012Amb i g u o u s