La obra y apostolado de San Pedro Nolasco llega a esta parte del Perú: PUNO, donde floreció la cultura Tiahuanaco a orillas de las tranquilas aguas azules del lago Sagrado de los Incas, los primeros días del mes de octubre del año 1926, con la presencia del hermano mercedario; SATURNINO RODRÍGUEZ y los sacerdotes Fray CRISTÓBAL POLANCO y VÍCTOR BARRIGA, para hacer que conozcan y amen a nuestra Madre María de la Merced y la devoción al Señor de la Sentencia. El 1º de noviembre del mismo año fundan LA HERMANDAD DEL SEÑOR DE LA SENTENCIA, integrada por altas personalidades puneñas. El 6 de setiembre de 1928 los esposos Arturo Melitón Arroyo y Braulia Aguilar, donan por escritura pública la manzana de terreno que actualmente ocupa el convento, cuyo deseo de los donantes era erigir un colegio para la educación de los niños del barrio Porteño.

El 4 de mayo de 1959 a mérito de la R. M. Nº 5597, nace nuestra Institución Educativa, siendo su primer Director el R.P. HERACLIO PÉREZ MUJICA y su primer profesor el R. Hermano Ramón Carrasco Lloclla; posteriormente le suceden en la Dirección el R.P. Fray RAMÓN SUAREZ SAURI; en 1965 el R.P. Fray LIZARDO ALZAMORA GUARNIZO, durante su gestión se construyó un pabellón de aulas para el NIVEL SECUNDARIO. Por razones no necesarias a comentario y por disposición de la Provincia Mercedaria del Perú cerró sus puertas por espacio de casi seis años.

El 5 de mayo de 1982 a iniciativa del R.P. Fray TRIFÓN TUPA nuevamente la I.E. "Nuestra Señora de la Merced" apertura sus aulas con las docentes: Señoritas Yolanda Quenta Camacho y Paulina López Yanqui. Muy recordado fue el R.P. TRIFÓN porque irradiaba a través de Radio Onda Azul el programa "EL MINUTO DE DIOS", A hs. 12.00 m. momento de reflexión del hombre andino frente a Dios.

Desde el año 1984 a 1988 conduce los destinos del C. E. el R.P. Fray JUSTO GERMÁN YEPEZ CAÑARI, quien presenta un PROYECTO a la Región de Educación para lograr la R.D. Nº 0738 que CREA EL NIVEL SECUNDARIO.

El año de 1988 por disposición superior se hace cargo de la Dirección el R.P. Fray Salvador Crisanto Zapata, quien se retira concluyendo su gestión el R.P. FELIPE OLIVARES SIFUENTES, durante su gestión puso a disposición de la Región de Educación el Nivel Inicial, que no tenía formalidad y legalidad dentro del Centro Educativo, por ser del Estado, sin embargo la propia instancia Educativa lo integra mediante un CONVENIO, surgiendo la nueva nomenclatura: "COMPLEJO EDUCATIVO PARTICULAR MUESTRA SEÑORA DE LA MERCED", con sus tres niveles de estudios.

El año de 1990 es nombrado Director el R.P. Fray MILTON OSWALDO FLORES GAN, sacerdote muy dinámico que mediante juicios logra el desalojo de todos los inquilinos precarios que tenían posesión de terrenos frente a las calles Cahuide y Melgar, pese a ser amenazado de muerte. Logra la elaboración total de los planos para la nueva infraestructura del C.E. en convenio con la CORPUNO sin costo alguno, y de inmediato se construyó dos aulas modernas frente a la calle Pineda Arce.

Desde el año de 1994 se hace cargo el R.P. Fray JUAN CHIRE MURILLO, consigue la instalación del centro de cómputo con computadoras que el Colegio de Ate le concedió. Logra la construcción del pabellón de aulas de las calles Pineda Arce y Melgar, con fondos de la Provincia Mercedaria del Perú. En su gestión el C.E. obtiene el subcampeonato nacional de "LOS QUE MÁS SABEN", y en Ica, el campeonato con dos proyectos en la FERIA DE CIENCIAS.

En el año 2002 en la Dirección el R.P. DIONISIO SILVA AMÉZQUITA, moderniza toda la infraestructura del C.E. con el cambio de puertas, enlozado de los corredizos y gradas; construcción del teatro "TIRSO DE MOLINA"; asimismo con fondos de la Provincia Mercedaria se adquieren más computadoras.

En el año 2005 asume la Dirección el R.P. Fray FRANCISCO J. QQUENTA HUAHUASONCCO O. de M., a quien el destino le deparó la responsabilidad de generar y conducir múltiples acciones de conmemoración a las BODAS DE ORO, que subsistirán en el recuerdo de alumnos, padres de familia, exalumnos, docentes y sociedad puneña; deja con mucho esmero: las construcciones de un pabellón de aulas con tres pisos y de cuatro baterías de SS.HH con equipamiento moderno; instalación del centro de cómputo con maquinarias actualizadas para el nivel inicial y primario; adquisición e implementación de material educativo: MICROSCOPIOS, MAQUETAS Y MEDIOS AUDIOVISUALES, para dar solidez a las tareas educativas y capacitación de docentes; adquisición de libros para diferentes áreas y especialidades; instalación, equipamiento y adecuación de la infraestructura de acuerdo a las exigencias de Defensa Civil, habiendo logrado la certificación pertinente de esta entidad; que dio como resultado una Resolución de Felicitación de la UGEL PUNO.

En la actualidad asume la Dirección de la Institución el R.P. Antonio NAVARRO ZEVALLOS O. de. M.