ecología molecular – 2014 – tp1

Ecología Molecular – 2015 – TP1

Marcadores moleculares

Región de Control (D-loop) del ADN mitocondrial del jurel Trachurus murphyi

- un azúcar de 5 carbonos – desoxirribosa- fosfato - uniones entre los azúcares- bases: purinas = adenina y guanina pirimidinas = timina y citosina

Muestreo

1. Extracción

2. Amplificación¿Y los partidores?

1 2

¿Existen secuencias de la D-loop de Trachurus murphyi?

3

1

1 2

Diseñar sus partidores propios:¿Existe una secuencia del genoma mitocondrial del género?

1

1

1

1

Busqueda de los partidores

1. Extracción

2. Amplificación

3. Secuenciación

H

L

AA C A C

T T G T G

T T G T G

AA C A C

AA C A C

GT G T T

AA C A C

T T G T G

AA C A C

AA C A C

R

F

5' 3'

5'3'

5' 3'

importar JREL2-TRNA-F.ab1

PROcessor of SEQuences (ProSeq)

(c) 1999 - 2007 by Dmitry Filatov, 

http://www.biology.ed.ac.uk/research/institutes/evolution/software/filatov/proseq.htm

H

L

AA C A C

T T G T G

AA C A CF

5' 3'

5'3'

H

importar JREL2-TRNA-R.ab1

AA C A C

GT G T T

AA C A C

GT G T T

5' 3'

5' 3'

AA C A C

T T G T G5'3'

5' 3'

Reverse

AA C A C

AA C A C5'3'

5' 3'

Complemente

Emsamblar secuencias:

JREL12-TRNA-F.ab1 con JREL2-TRNA-R.ab1

1. Invertir la secuencia complementaria

2. sobreponer

3. fusionar

Alineamiento de las secuencias F y R

I Insertar un espacio

I Insertar un espacio

Eliminar base(s)

Alineamiento de secuencias

1. Importar todas las secuencias F

2. Alinear

3. Cortar las extremidades

4. Verificar cada mutación

Pero ustedes tienen esto…

Y luego de alinear (ctrI)

Y del otro lado…

Cortar las extremidades

Revisar las secuencias alignadas

Polimorfismo

Aprob

ado

Estadísticas para caracterizar la variación del ADN

1) Número de sitios polimórficos S

2) Número de alelos diferentes (haplotipos) K

3) Diversidad H = 1 - pi2 (pi

2 : frecuencia del haplotipo i)

4) Número promedio de diferencias entre 2 secuencias

Abrir jurel.nex

Calcular los índices de diversidad (S, K, H, Π)

1

1

Abrir el archivo: Jurel1pop.arp

1

13

2

3

1

2

Secuencias Fabiola

1. ¿Qué son estas secuencias? (organismo, gen)

1. ¿Existe sitios variables entre estos individuos?

1. ¿Algo que comentar…?

AAAACAATGAAAAGAATG

¿Genotipos para cada individuos?

ARD4 TG/TG

ARD5 CC/CC

ARD6 TG/CC – TC/CG

ARD16 CC/CG

Solución más parsimoniosa

3 haplotipos

Microsatélites o SSR

(Single Sequence Repeats)

Locus Motivo repetido Tamaño del alelo

7F12 (AC)29180 bp

7D3 (AG)4AT(AG)12276 bp

Frecuencias alélicas e índices de diversidad

Abrir el archivo: micro1pop.gtx

1

2

3

1