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Ecología Molecular – 2015 – TP1 Marcadores moleculares

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Ecología Molecular – 2014 – TP1. Marcadores moleculares. ¿Existen secuencias de la D-loop de Trachurus murphyi?. 1. 2. 3. Diseñar sus partidores propios: ¿Existe una secuencia del genoma mitocondrial del género?. 1. 2. 1. 1. 1. 1. Busqueda de los partidores. - PowerPoint PPT Presentation

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Page 1: Ecología Molecular – 2014 – TP1

Ecología Molecular – 2015 – TP1

Marcadores moleculares

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Región de Control (D-loop) del ADN mitocondrial del jurel Trachurus murphyi

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- un azúcar de 5 carbonos – desoxirribosa- fosfato - uniones entre los azúcares- bases: purinas = adenina y guanina pirimidinas = timina y citosina

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Muestreo

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1. Extracción

2. Amplificación¿Y los partidores?

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¿Existen secuencias de la D-loop de Trachurus murphyi?

3

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Diseñar sus partidores propios:¿Existe una secuencia del genoma mitocondrial del género?

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Busqueda de los partidores

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1. Extracción

2. Amplificación

3. Secuenciación

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H

L

AA C A C

T T G T G

T T G T G

AA C A C

AA C A C

GT G T T

AA C A C

T T G T G

AA C A C

AA C A C

R

F

5' 3'

5'3'

5' 3'

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importar JREL2-TRNA-F.ab1

PROcessor of SEQuences (ProSeq)

(c) 1999 - 2007 by Dmitry Filatov, 

http://www.biology.ed.ac.uk/research/institutes/evolution/software/filatov/proseq.htm

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H

L

AA C A C

T T G T G

AA C A CF

5' 3'

5'3'

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H

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Page 28: Ecología Molecular – 2014 – TP1

importar JREL2-TRNA-R.ab1

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AA C A C

GT G T T

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AA C A C

GT G T T

5' 3'

5' 3'

AA C A C

T T G T G5'3'

5' 3'

Reverse

AA C A C

AA C A C5'3'

5' 3'

Complemente

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Emsamblar secuencias:

JREL12-TRNA-F.ab1 con JREL2-TRNA-R.ab1

1. Invertir la secuencia complementaria

2. sobreponer

3. fusionar

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Alineamiento de las secuencias F y R

I Insertar un espacio

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I Insertar un espacio

Eliminar base(s)

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Alineamiento de secuencias

1. Importar todas las secuencias F

2. Alinear

3. Cortar las extremidades

4. Verificar cada mutación

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Pero ustedes tienen esto…

Y luego de alinear (ctrI)

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Y del otro lado…

Cortar las extremidades

Revisar las secuencias alignadas

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Polimorfismo

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Aprob

ado

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Estadísticas para caracterizar la variación del ADN

1) Número de sitios polimórficos S

2) Número de alelos diferentes (haplotipos) K

3) Diversidad H = 1 - pi2 (pi

2 : frecuencia del haplotipo i)

4) Número promedio de diferencias entre 2 secuencias

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Abrir jurel.nex

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Calcular los índices de diversidad (S, K, H, Π)

1

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Abrir el archivo: Jurel1pop.arp

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1

2

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Secuencias Fabiola

1. ¿Qué son estas secuencias? (organismo, gen)

1. ¿Existe sitios variables entre estos individuos?

1. ¿Algo que comentar…?

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AAAACAATGAAAAGAATG

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¿Genotipos para cada individuos?

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ARD4 TG/TG

ARD5 CC/CC

ARD6 TG/CC – TC/CG

ARD16 CC/CG

Solución más parsimoniosa

3 haplotipos

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Microsatélites o SSR

(Single Sequence Repeats)

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Locus Motivo repetido Tamaño del alelo

7F12 (AC)29180 bp

7D3 (AG)4AT(AG)12276 bp

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Frecuencias alélicas e índices de diversidad

Abrir el archivo: micro1pop.gtx

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