BIOINFORMÁTICA: INTERFAZ GRÁFICA PARA COMPARACIÓN DE GENOMAS

VÍA WEB

Oscar Castro GarcíaTutores: Jordi Gonzàlez, Mario Huerta

Julio 2009

ÍNDICE

IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación

Pre-proceso Trabajo realizado

Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos

Qué es un genoma?

Secuenciación del ADN

TCAATATGGACGCCTGTAAAGGAGAGCATAGGCTATGTTTATGTTTCTAGGCGCGTCACGGTTAAAGCGAGCAAGCTATTGGGTTCGCTTACTTTGTTAGCGAGTTTAATATCTTTTGTGGTTGGTGCAGCATATGGTA

TTAC

La longitud de un genoma se contabiliza por su número de bases.

INTRODUCCIÓN

Sub-división de los genomas en 3 grandes Dominios (Carl Woese)

Archaea Bacteria Eucariota

INTRODUCCIÓN

Maximal Unique Matchings

• Secuencias que aparecen en los dos genomas• Únicas. No se repiten a lo largo de las secuencias• Longitud mas larga posible

En el proceso evolutivo de las especies, en ocasiones la cadena de un gen muta invirtiéndose completamente

..taggcATGGCACAATAGaact.. ..taggcATGGCACAATAGaact..

..taacctagGATAACACGGTAtt.

...taacctagATGGCACAATAGtt..

INTRODUCCIÓN

IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación

Pre-proceso Trabajo realizado

Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos

• MUMmer [1999]• MUMs On-Line [2002]• MALGEN [2003]

• M-GCAT [2006]

ESTADO DEL ARTE

IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación

Pre-proceso Trabajo realizado

Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos

• Proporcionar una interface gráfica vía web a la comunidad científica para el estudio de las relaciones entre genomas.

• Claves: visión en detalle de la comparación de genomas para poder observar los cambios evolutivos, interactividad con el usuario, fácil de manejar e intuitiva.

• Modificar la aplicación principal (FILOMUMS) para que lance nuestra interface.

• Generar los datos que necesitará nuestra aplicación.

• Gestionar el servidor web para poder lanzar nuestras aplicaciones.

OBJETIVOS

IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación

Pre-proceso Trabajo realizado

Especificaciones técnicasConclusionesFuturos desarrollos

Pre-procesoGestio_genomes

IMPLEMENTACIÓN

Pre-procesoGestio_genomes

Rename

IMPLEMENTACIÓN

Pre-procesoGestio_genomes

Rename

Mumunix

IMPLEMENTACIÓN

Pre-procesoGestio_genomes

Rename

Mumunix

Lanza_mums

IMPLEMENTACIÓN

Pre-procesoGestio_genomes

Rename

Mumunix

Lanza_mums

FILOMUMS

IMPLEMENTACIÓN

Trabajo realizado

IMPLEMENTACIÓN

IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación

Pre-proceso Trabajo realizado

Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos

Entorno de desarrolloSistemas operativos: Windows,

LinuxHerramientas de desarrolloC++ (gcc)ActionScript 2 (Flash)Java (Eclipse)PHPJavascript

ESPECIFICACIONES TÉCNICAS

IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación

Pre-proceso Trabajo realizado

Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos

Host: PC Local:

DEMO Off-line

Host: revolutionresearch.uab.es

DEMO On-line

DEMO

IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación

Pre-proceso Trabajo realizado

Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos

• Cumplimiento de todos los objetivos.• Abierto a nuevas funcionalidades para el

futuro.• Descubrimiento del mundo de la biología

molecular y de la bioinformática.• Participación en un proyecto puntero en

investigación.

CONCLUSIONES

IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación

Pre-proceso Trabajo realizado

Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos

• Ubicación de genes dentro del genoma• Acceso a bases de datos del NCBI• Seguimiento de MUMs comunes a varios

genomas• Localización de genes mediante un buscador

FUTUROS DESARROLLOS

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