cap 10 – análisis de genes y genomas
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Cap 10 – Análisis de Genes y Genomas. JA Cardé, PhD Universidad Adventista Alberts et al. Objetivos. Al finalizar la presentación el estudiante podrá: Definir biotecnología Conocer los mecanismos de corte y unión del DNA por enzimas - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
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Cap 10 – Análisis de
Genes y Genomas
JA Cardé, PhD
Universidad Adventista
Alberts et al.
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Objetivos• Al finalizar la presentación el estudiante
podrá:– Definir biotecnología– Conocer los mecanismos de corte y unión del
DNA por enzimas– Conocer métodos de visualización de las
moléculas orgánicas.– Establecer diferencias, parecidos la
importancia y los diferentes tipos de vectores y bibliotecas
– Conocer distintas aplicaciones de la biotecnología
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Biotechnology3 greeks roots
- Bios - life- Teuchos - tools- Logos - study
- Study of tools from living things
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Biotechnology
“The application of science and technology to living organisms, as well as parts, products and models thereof, to alter living or non-living materials for the production of knowledge, goods and services.”
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Biotechnology
Biotechnology means any technological application that uses biological systems, living organisms, or derivatives thereof, to make or modify products or processes for specific use.” - Wikipedia.org
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Biotechnology
- Using living organisms, their products or derivatives as tools to solve human issues to improve our life quality.
- Organisms: Model systems
- Products: Proteins, Antibiotics, Genetically Modified Products (GMPs)
- Issues: health, environmental, economical
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¿Qué es biotecnología?
• Es el uso de organismos vivos, o sus productos para mejorar nuestra calidad de vida y/o nuestro ambiente.
• Dependiente grandemente de avances en:– Biología molecular– Métodos y/o Tecnología de DNA
recombinante
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10_04_Restrict.nuclease.jpgEnzimas de Restricción
Palíndromes
5’ GTAATC 3’
3’ CTAATG 5’
Cohesivos
Romos
Nomenclatura
Aplicaciones
M a n I p u l a c I ó ndelDNA
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10_05_gel.electrophor.jpgAnalisis y Visualización de DNA
Azul MetEtBR-UVRadioactividad
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Como se verá la gel?
EcoRI 5GA / ATTC5 3CTTA / AG3Alu I 5AG / CT 3
3TC / GA5Not I 5GC / GGCCGC3
3CGCCGG / CG5
LAS 3 A LA VEZ?!!!
5’AAGAATTCGCGGAATTCGAGCTTAAGGGCCGCGCGCCGAAGCTTTAAA3’3’ TTCTTAACGCCTTAAGCTCGAATTCCCGGCGCGCGGCTTCGAAATTT 5’
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10_11_BAC.clones.jpgMapas de Restricción Clonos de BAC
Varias enzimas - individuales y en conjunto
Solapamientos
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10_12_de_renaturation.jpgDenaturación y Renaturación
DNA - DS - Complementaridad - GC / AT
3 enlaces vs 2 enlaces; TM
Complejidad del Genoma – Experimentos Cot
Secuencias altamente repetitivas
Moderadamente Repetitivas
Unicas
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10_14_1_Southrn.blotting.jpg
Southern/Northern Blotting
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10_14_2_Southrn.blotting.jpg
Visualización
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10_18_ DNA.in.vitro.jpg
Moléculas QuiméricasLigación = ClonaciónCortesLigación y/oComplementaridad
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10_19_DNA.uptake.jpgTraTransformación Bacteriana –
Griffith
Competencia
Transformacion 2
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10_20_Bacteria.plasmid.jpgPlasmidos Bacterianos
Vectores
Ori
Antibiótico
MCS/Polylinker
ORF
Ejemplos:pAMPpKANpBLUE
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10_21_DNA ligase.jpg
Digestión/Digestión
Cloning
Ligación
Quimera
Transformación
Cultivo/Resistencia
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10_22_cloned.DNA.frag.jpgTransformación – Selección - Replicación –
DNA Miniprep
Transformacion 1
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10_23_genomic.library.jpg
Bibliotecas: Genómica
-Restricción
-Ligación
-Clonación
-Replicación
-Selección
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10_24_hybridization.jpgScreening - Replica plating - Probing radioactivo - Autoradiografía
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10_25_cDNA.jpg
Bibliotecas: de cDNA
mRNA Total
Oligo dT
RT
RNAsa H
DDDP - replicación
DS DNA copia mRNA
ClonarSelecciónScreen.
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10_26_Genomic_cDNA.jpg
vs
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10_27_1_PCR_amplify.jpgReacción de la Polimerasa en Cadena: PCR
-Objetivo
-aplicaciones
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10_27_2_PCR_amplify.jpg
PCR 1, PCR 2
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10_28_PCR_clones.jpgAplicación-cloning
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10_29_PCR_viral.jpgAplicación – detección/diagnóstico
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10_30_1_PCR_forensic.jpgAplicación - Forense - VNTR
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10_30_2_PCR_forensic.jpg
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10_07_1_enzym.dideoxy.jpg
Secuenciacion
Di-deoxi
Aplicación - Secuenciación
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10_07_2_enzym.dideoxy.jpg
4 reacciones
ddNTPs
PCR
PAGE
Autoradiografia
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10_08_DNA.sequencing .jpgSecuencia Digitalizada/Color Code PCR / Fluorescencia
http:www.dnalc.org/ddnalc/resources/animations.html
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10_31_SerialDNA.clone.jpgClonación en secuencia
Para unir un grupo de fragmentos derivados de distintos origenes
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10_32_expressionvector.jpgVectores de Expresión-Ori, Antibiotico, Polylink
-Promotor eficiente
-Senales de poliA etc
-Transformado en celulas
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10_33_gene_protein.jpgDogma Central Repensado - huevo o gallina/gen o
proteína?
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10_34_Reporter.genes.jpg
cual será el efecto de seq 1 sobre seq 3)
Genes Reporteros-Determinar el patron de expresion de un gen-Quiero saber cual celua expresa a X, proteina indetectable
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10_35_GFP.jpgGFP: Gen Reportero
Promotor de neurona con GFP
Neuronas expresando GFP
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Hibridización In situ
- Detección de la presencia de papiloma humano
- Sonda pink complementaria al genoma viral
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10_16_In.situ.hybrdztn.jpgIn situ
En cromosomas
Localizar genes
Cromosoma 5
2 pts/por cada gen, WHY?
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10_13_hybridization.jpgDiagnósticos
DiagnósticoScreening poblacional para Sckl cell anemia
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10_15_DNA.microarrays .jpg
cDDNs de dos celulas para comparar expresion
Marcarlos fluorescente(rojo/verde)
Mezclar e hibridizar con el array
Lavados, Rastreos, Lectura 110 genes
Rojo A > B o Verde B>A o Amarillos
Análisis: spot Rojo, este gen es del pool R, donde se expresa mas que en el otro pool, lo mismo para verde
DNA Microarray- Para monitorear la expresión de miles de genes a la vezER Rx
ER No Rx
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10_36_mutagenesis.jpgSite Directed Mutagenesis
![Page 43: Cap 10 – Análisis de Genes y Genomas](https://reader035.vdocuments.co/reader035/viewer/2022081503/56814629550346895db336fe/html5/thumbnails/43.jpg)
10_37_engineered.org.jpgSustituciones: mutantes, KO, doble copia
![Page 44: Cap 10 – Análisis de Genes y Genomas](https://reader035.vdocuments.co/reader035/viewer/2022081503/56814629550346895db336fe/html5/thumbnails/44.jpg)
10_38_ES.cells.jpgTransgénicos
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10_39_Transgenic.mice.jpg
![Page 46: Cap 10 – Análisis de Genes y Genomas](https://reader035.vdocuments.co/reader035/viewer/2022081503/56814629550346895db336fe/html5/thumbnails/46.jpg)
10_40_Transgenic.plant.jpg
Transgénicos
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¿Preguntas?