MRM significa monitoreo de mltiples reacciones (Multiple Reaction Monitoring). En MRM, se selecciona un in especfico (in precursor) en Q1 (primera fase de un sistema triple cuadrupolo) entre los diversos iones generados en la fuente de ionizacin. Este in es destruido en la celda de colisin (Q2, cmara de colisin) a travs de procesos de disociacin inducida por colisiones, finalmente un in especfico (in producto) es seleccionado en Q3 (segunda fase del MS) entre los fragmentos del in destruido permitiendo que el mismo incida en el detector MS para logar su deteccin . A lo largo de una nica corrida cromatogrfica se pueden configurar mltiples canales al fin de maximizar la versatilidad y calidad analtica de los resultados. En el LCMS-8030, se puede definir un mximo de 512 eventos x 32 canales por anlisis. MRM tambin es conocido como SRM (Selected Reaction Monitoring).

En anlisis de muestras cuyo compuesto target se presenta en cantidades poco significativas frente a la cantidad de muestras, como en el anlisis de pesticidas en alimentos, el uso de LC-MS es a veces inadecuado. Esto ocurre porque los niveles de ruido de fondo son muy elevados. En LC-MS/MS, el anlisis puede ser realizado sin ninguna interferencia de iones del fondo presentes, debido a la alta selectividad resultado del aislamiento de masas en dos etapas.

En LC-MS/MS (MRM) la intensidad del pico del analito es ms baja comparada con la obtenida en LC-MS en modo SIM (Single Ion Monitoring). Sin embargo, el LC-MS/MS proporciona mayor sensibilidad analtica que el LC-MS debido a la significativa reduccin de los niveles de ruido y consiguiente aumento de la relacin seal/ruido. (MRM) programada simplifica adicionalmente el desarrollo de mtodos y garantiza la obtencin de estadsticas inicas consistentes que permitan obtener datos cuantitativos de la mxima calidad posible. Asimismo, los espectrmetros de triple cuadrupolo son capaces de monitorizar mltiples transiciones en un mismo evento analtico, (MRM, monitorizacin de mltiples reacciones).