III Curso de Patología Digital. Jerez 26-28/XI/2014

Microscopía Digital sometida a disección

Luis Alfaro

Calidad de imagen

• Las imágenes de origen digital (escáneres) tienen más calidad que las de dispositivos exclusivamente ópticos (microscopios)

• Excepciones:

– Monitores de mala calidad

– Uso de Zoom digital

– Mala calibración del escáner (autofoco)

– Subjetividad

20x

• 1280 x 1024 17’

• Diagonal = 1639,20

• Densidad de pixeles 96,42

• VGA 640x480

• SVGA 800 x 600

• XGA 1024 x 768

• WXGA 1280 x 800

• WUXGA 1900 x 1080

Microsoft Image Composite Editor

Escaneo en múltiples planos (eje Z)

• Imprescindible para citologías

• Tamaño aproximado de una citología cervicovaginal convencional:

– 5 planos (separados por 1 micra) con objetivo 20x = 10 GB (compresión JPEG2000)

• ¿Necesario en biopsias?

Forzando la compresión

• Los escáneres suelen estar configurados con niveles de compresión bajos para que no haya perdida de información.

• Es posible utilizar compresiones mas agresivas conservando buena calidad de imagen

Enfoque automatizado

• Es la parte mas sofisticada de los escáneres

• En general aceptablemente bueno.

• Siempre quedan un proporción de casos con problemas de foco.

• Los problemas de foco con frecuencia se deben a deficiencias en la preparación microscópica.

http://scanner-contest.charite.de/en/

Concurso de escáneres

• Muy complejo por la dificultad de definición de criterios.

• Muy difícil establecer valoraciones homogéneas

• Múltiples parámetros a valorar

• Muchas ausencias en las dos ediciones (2010 y 2012) hasta la fecha (6 participantes)

Servidores en Microscopía Virtual

• Software en microscopia virtual: visores gratuitos y servidores caros y complejos.

• Las restriciones de seguridad para los servidores hospitalarios dificultan su uso.

• La mayoría diseñados en exclusiva por los fabricantes de escáneres para su propio formato de imagen.

• Existen servidores gratuitos.

• Unas pocas opciones admiten formatos de imágenes de múltiples fabricantes

http://jvsmicroscope.uta.fi/?q=software

JVSview

http://iipimage.sourceforge.net/

http://www.geo-solutions.it/blog/jpip-protocol-for-dummies/

Formatos de imágenes digitales en Patología

• Tiff

• JPEG2000

• JPG

Cualquier formato propietario debe poder

exportarse al menos a alguno de los anteriores,

mientras no se implante algún estándar del tipo de

DICOM

Los conversores existen y deben difundirse más.

Visualización de preparaciones microscópicas digitales

• Flash

• Java

• Silverlight

• HTML5

http://www.redeszone.net/2014/05/20/youtube-

apuesta-seriamente-por-html5-en-lugar-de-flash/

HTML5 • ¿Es realmente el mejor?