Francisco Riveros y Emilia Rubilar | Informática Médica | 26 de Agosto de 2013

Medibulary TERMINOLOGÍA MÉDICA AL ALCANCE DE TODOS

Universidad de La Frontera

Facultad de Ingeniería, Ciencias y Administración

Departamento de Ingeniería de Sistemas

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Introducción

CONCEPTOS GENERALES Y PROBLEMÁTICA

Para el estudio de las ciencias en las diversas ramas de la medicina existen muchas

herramientas de carácter físicas que brindan ayuda a los estudiantes, académicos y médicos

que buscan saciar el hambre de conocimiento respecto a los diversos temas, o inducir en la

búsqueda de información vital para algunas asignaturas a sus pupilos, y de esta forma

orientarlos para una buena toma de decisiones. Muchos lumbagos acompañados de horas de

sueño y pérdida de tiempo invertidos en colas de estudiantes en las bibliotecas, para solicitar

algún libro de conceptos o información, hacen impetuoso e imperioso una herramienta

digital que ayude a las personas solucionar el problema de agilizar las búsquedas conceptos.

Lamentablemente, en Chile, no existe hasta el día de hoy tal herramientas que permita

homologar conceptos, asociar contenidos e interpretar para tomar decisiones; Hasta hoy.

Estado del arte y posibles soluciones

En el mercado digital se encuentran muchos diccionarios de terminología médica, la cual

entrega, a través de herramientas de difícil manejo, información acerca de conceptos,

trabajando con tecnologías llamadas WIKI o de similares características, las cuales son de

aspecto poco llamativo y de difícil búsqueda, sobre todo al momento que querer relacionar

estos conceptos. Por separado se puede encontrar Vocabularios, Sufijos, Prefijos,

Acrónimos y todos estos de forma desordenada.

Para obtener los resultados que realmente sirvan a un mercado cada vez más exigente se

debe crear una integración de todos estos recursos, para lo cual se ha establecido una idea

de utilizar terminología que se asocie con inteligencia informática; es así como llegamos a

los conceptos de Thesaurus y Taxonomía.

THESAURUS:

Thesaurus, palabra procedente del latín y el griego, significa tesoro, depósito de riqueza o

libro mágico. En su sentido moderno es un instrumento de control de la terminología,

utilizado para trasladar a un lenguaje más estricto (lenguaje documental) el lenguaje

natural utilizado en los documentos.

Un thesaurus se forma mediante descriptores que sirven para representar sin ambigüedad

los conceptos (no las palabras) contenidos en los documentos y en las consultas

documentales. Cada descriptor se relaciona con otros mediante tres formas jerárquicas:

Relación específica, donde el vínculo se da con uno o varios conceptos que le son

subordinados y representan una parte del descriptor.

Relación genérica, que expresa la relación con los conceptos que comprenden al

descriptor.

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Relación asociativa, que se emplea para cubrir relaciones diferentes a las jerárquicas,

donde los conceptos o descriptores tienen una clara vinculación.

Adicionalmente, cada concepto puede estar relacionado con otros que sólo

cumplen el papel de Sinónimos, por lo que éstos no contienen relaciones

jerárquicas.

(Referencia: http://www.siemexico.com/estudios/diccionario/thesaurus.html)

TAXONOMIA:

La taxonomía es la disciplina académica de la definición de los grupos de organismos

biológicos sobre la base de características comunes y dar nombres a los grupos. A cada

grupo se le asigna un rango y grupos de un rango dado pueden agregarse para formar un

super grupo de mayor rango y por lo tanto crear una clasificación jerárquica. Los grupos

creados a través de este proceso se conocen como taxones. Un ejemplo de una

clasificación moderna es el publicado en 2009 por el Grupo de APG para todas las

familias de plantas con flores vivas.

La definición exacta de la taxonomía varía ligeramente de una fuente a otra, pero el núcleo

de la disciplina sigue siendo: la concepción, denominación, y la clasificación de grupos de

organismos. Como puntos de referencia, tres definiciones últimos libros de texto se

presentan a continuación:

Teoría y práctica de la agrupación de los individuos en las especies, la organización de

las especies en grupos más grandes, y dar los nombres de los grupos, lo que produce una

clasificación;

Un campo de la ciencia que abarca la descripción, identificación, nomenclatura y

clasificación;

La ciencia de la clasificación, en la biología de la disposición de los organismos en una

clasificación.

Para dar mayor especificación a continuación se hace referencia a Taxonomía aplicada a

Informática.

(Referencia:

http://centrodeartigos.com/articulos-de-todos-los-temas/article_36326.html

http://www.cyta.com.ar/elearn/edita/material/taxonomia.htm )

Aunque estos conceptos se manejan de forma separada para crear una herramienta que sea

versátil se debe pensar en la utilización de algo que permita “NO REINVENTAR LA

RUEDA” si no que hacer caso al paradigma de ORQUESTACION DE SISTEMAS.

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Dicho lo anterior se comenzó la búsqueda de una herramienta que permita crear a través

de módulos una integración de terminología y asociatividad.

HERRAMIENTAS CMS

Una herramienta CMS significa (Content Manager System) que traducido al español es

Sistema Manejador de Contenidos. Se basa en un sistema de tipo Web, trabajado bajo la

forma MVC (Modelo Vista Controlador) y que permite a través de cuentas de usuario crear

de forma dinámica contenidos para subir información de forma más sencilla para un usuario,

sin necesidad de conocer programación ni código HTML.

De las herramientas existentes destacan JOOMLA, TYPO3 y DRUPAL, las cuales están

muy vigentes en el mercado renovando versiones todos los años para dar mejor usabilidad

y conformismo a los usuarios. Estas herramientas (CMS) trabajan en base a la creación y

adaptación de módulos y para utilizarlos de mejor forma existe información directa de los

creadores en la cual se orienta a los usuarios como integrar dichos módulos a cada

plataforma.

De toda la oferta del mercado se inició el estudio de 2 herramientas, tomando como 1era

opción TYPO3 y los diversos componentes que integra esta plataforma y se descubrió la

información que se detalla a continuación.

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TYPO3 – Proyecto Teserack

TYPO3 es una herramienta de gestión de contenidos abierta y flexible que permite diseñar

espacios web a medida de las necesidades y personalidad de cada empresa. Esta tecnología

abre un nuevo concepto de website funcional estructurada sobre tres sólidos pilares:

Máxima facilidad y rapidez en la gestión y actualización de contenidos, Integración de

diferentes idiomas en un mismo proyecto y multiplicidad de usuarios, páginas y recursos.

Se trata de un sistema Open source, distribuido y desarrollado libremente, muy intuitivo y

fácil de manejar. Presenta una estructura globalizada que integra un editor web, un gestor

inteligente de contenidos, un intérprete encargado de comunicarse con el servidor, etc.

Esta integración permite a usuarios redactores poder modificar diariamente de forma

rápida y cómoda su propio portal en Internet, Intranet y Extranet, ahorrando costes en

herramientas y tiempo de aprendizaje

(Referencia: http://www.factoressencial.com/conoce-typo3/que-es-el-cms-typo3.html)

Proyecto Tesseract:

Es un proyecto de FrameWork MVC para TYPO3, el cual está basado en la creación de un

Nucleo de Datos con creación interna de Tesauro, para agilizar la búsqueda y relaciones

entre conceptos.

(Referencia: http://www.typo3-tesseract.com/en/concepts/)

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DRUPAL – Modulación de Taxonony

Drupal:

Es un CMF (Content Management Framework) modular multipropósito y muy

configurable que permite publicar artículos, imágenes, y otras cosas u otros archivos y

servicios añadidos como foros, encuestas, votaciones, blogs y administración de usuarios y

permisos. Drupal es un sistema dinámico: en lugar de almacenar sus contenidos en archivos

estáticos en el sistema de ficheros del servidor de forma fija, el contenido textual de las

páginas y otras configuraciones son almacenados en una base de datos y se editan

utilizando un entorno Web.

Es un programa libre, con licencia GNU/GPL, escrito en PHP, desarrollado y mantenido

por una activa comunidad de usuarios. Destaca por la calidad de su código y de las páginas

generadas, el respeto de los estándares de la web, y un énfasis especial en la usabilidad y

consistencia de todo el sistema.

El diseño de Drupal es especialmente idóneo para construir y gestionar comunidades en

Internet. No obstante, su flexibilidad y adaptabilidad, así como la gran cantidad de módulos

adicionales disponibles, hace que sea adecuado para realizar muchos tipos diferentes de sitio

web.

(Referencias: www.drupal.org)

Taxonomía es el sistema de Drupal para clasificar el contenido.

Algunos módulos usan taxonomía para su funcionalidad, por ejemplo el módulo “Ad”

describe los lugares donde van los avisos con taxonomía.

Cómo se usa

Se definen vocabularios (grupos de términos que comparten algún tipo de relación entre

ellos). A cada vocabulario se le agregan términos. Los vocabularios pueden ser planos

(todos los términos al mismo nivel) o jerárquicos (términos que dependen de otros), pueden

permitir múltiples selecciones, y pueden ser libres, de modo que nuevos términos pueden

ser agregados por los usuarios "al vuelo".

Se asocia el vocabulario a uno o más tipos de contenido. De esta forma, los nodos del sitio

pueden ser agrupados en categorías, etiquetados o clasificados como se elija.

A veces se usa "categoría" como sinónimo de Taxonomía.

(Referencias: http://www.drupalsoul.com/que-es-taxonomia)

Análisis y Aplicación de Solución

Para la sorpresa de todos, y aunque ambas herramientas cuentan con una robustez sólida

como para montar una solución óptima, los módulos de Teserack ligados a TYPO3 están en

una etapa de abandono total por sus creadores, por una razón de falta de investigación e

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implementación el proyecto de módulo para TYPO3 quedó obsoleto. De esta manera se

inició el trabajo para integrar los módulos existentes en DRUPAL como parte de la

herramienta elegida para dar solución a los problemas existentes.

Así se comenzó con la implementación de DRUPAL – TAXONOMY de lo cual se detalla

a continuación paso a paso.

INSTALACIÓN DE DRUPAL V 7

ANTES DE INICIAR (Localhost, XAMPP)

1. Si se está trabajando con Windows, descargue e instalé XAMPP

2. También descargue el comprimido de Drupal 7.2. Y luego debe descomprimirlo en

la carpeta del servidor, para XAMPP, por defecto es “C:\xampp\htdocs\”, en este

caso, la carpeta como “drupal7”:

3. Ingrese a “http://localhost”, y desde allí al PhpMyAdmin, en donde se ha agregado

una nueva base de datos nombrándola también “drupal7” (no es necesario que la

carpeta donde va a instalar se llame igual que la base de datos), la puede dejar vacía.

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4. Ahora volvamos a nuestro navegador e ingresamos la dirección URL en donde

descomprimimos Drupal (http://localhost/drupal7), tendremos esto:

Para instalar directamente Drupal 7 en español tenemos que seguir los siguientes pasos:

- Descargamos la última traducción en español de Drupal 7 en la web:

http://localize.drupal.org/translate/languages/es

- Colocamos el archivo de la traducción en español (tiene extensión .po) en la

siguiente ruta de nuestra instalación:

carpeta_drupal/profiles/standard/translations

o En Choose profile podemos elegir Standar o Minimal. Elegimos Standar.

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Choose profile drupal 7

En Choose language elegimos idioma Spanish.

Elegir idioma español en la instalación de drupal 7

En Configurar base de datos introducimos los datos de nuestra base de datos, el

usuario y su contraseña.

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Configurar base de datos en drupal 7 en la instalación en español

Configuramos los campos de nuestro sitio.

Ventana de confirmación de instalación de drupal completa.

Instalación drupal 7 en español completo

Con esto ya tenemos nuestro sitio Drupal 7 instalado directamente en español.

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INSTALACIÓN DE MÓDULOS NECESARIOS EN TAXONOMY

1. Install new module

2. Seleccionar archivo: buscar en el disco los archivos de los módulos descargados

desde la página www.drupal.org/project/nombre_modulo luego presionar el botón

Instalar. (proceso se realiza módulo por módulo)

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3. Habilitar los módulos instalados: en el menú superior, existe una pestaña que dice

Módulos, debemos acceder realizando un clic izquierdo sobre ella en la cual

debemos seleccionar a través de un check box la habilitación de los módulos que

queremos utilizar. Luego de esto ir al final del menú y presionar el botón Guardar

Configuración.

En algunos casos, al habilitar algunos módulos aparecerá una pantalla como esta

Lo cual dependiendo los módulos que se hayan instalados saldrá con otras dependencias a

instalar, solo se debe presionar aceptar.

Notará que existen módulos que tienen dependencias de otros módulos que están o no

habilitados para poder trabajar con ellos o sobre ellos, para poder reconocer esto solo se

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debe observar la descripción que existe sobre los módulos instalados. Al apreciar esta

descripción se observan 2 colores característicos: Café y Rojo.

Café: quiere decir que los módulos dependen de aquellos módulos que salen descritos de

color café, para que sean buscados dentro de toda la lista de los instalados y se le selecciones

el check box. Luego de hacer esto se debe ir al final del menú para guardar los cambios.

Rojo: quiere decir que el módulo a utilizar depende de otro módulo a habilitar, con la

diferencia que se debe descargar de la página oficial de Drupal.org porque el módulo que

sale nombrado de rojo no está instalado en DRUPAL.

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CREACIÓN Y ADAPTACIÓN DE MÓDULOS PARA LOS DISTINTOS

CONTENIDOS Y POSICIONES

Para el ejercicio de adaptación de Drupal solo hace falta entrar a la documentación oficial

que se entrega en la página oficial de Drupal (www.drupal.org), por lo cual la etapa más

complicada se realiza en el momento de adaptar los módulos a la forma que queramos

utilizarla, por lo cual la explicación se centrará en aquello.

Para comenzar, se debe saber cuáles, de todos los módulos existentes e instalados, se van a

utilizar para trabajar la Taxonomía y estos son:

- TAXONOMIA (Módulo que viene por defecto en la instalación de Drupal,

pero que necesita módulos complementarios para ser utilizado, ya debieran

estar instalados previamente).

- FEEDS IMPORTER

- VIEWS

- BLOQUES

Todos estos menús se encuentran alojados en el menú de administración en la etiqueta

Estructura y se detallan a continuación:

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Taxonomía:

El módulo de los vocabularios. En este módulo se deben crear los aquellas listas de

conceptos que se utilizarán para trabajar las relaciones.

Los diccionarios a crear son:

a. Acrónimos

b. Especialidades

c. Contextos

Tipo de Contenido:

El módulo de Tipo contenido crea y mantiene los tipos de contenidos existentes dentro de Drupal, como los

nodos y cualquier otro tipo que se requiera. En este caso se crearon Acrónimos, Definiciones,

Especialidades, y Contextos (sin contar Artículos y Páginas básicas que están por defecto en Drupal).

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Feeds Importer:

Este módulo se utiliza para crear los archivos de carga masiva. Se adapta para generar los

prototipos de CSV, XML o el archivo que se requiera para ingresar los datos ordenados

con un formato.

a. Creación de un Feed Importer:

i. Add importer >> Se ingresa el Nombre y una

descripción. Luego de eso aparecerá otro menú de

ingreso de Datos

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ii. Basic Settings: Es un menú donde se debe dar

propiedades a las diversas OPCIONES según lo que

se necesite. Si lo que necesitamos es crear una

definición, para Drupal, una Definición tendría que

ser un NODO común y corriente, para lo cual

debemos ingresar datos como tiempo de

importación. Como segundo dato importante es el

RECUPERADOR; este Submenú entrega opciones

sobre el tipo de archivo que se manejará; si se desea

subir un archivo se utiliza el File Upload, si se desea

cargar una URL se elige la otra opción. Dependiendo

lo elegido dará un submenú asociado a lo anterior.

Dependiendo de lo elegido anteriormente se deberá seleccionar las

opciones del INTERPRETE; El intérprete es el tipo de archivo que

se tomará para parsear los datos, en este caso es CSV parser.

Luego de elegir la opción siempre se debe “Guardar”.

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En PROCESSOR, se debe elegir el tipo de archivo que vamos a

trabajar y a qué vamos a asociar lo que cargaremos. Si es una

Definición como es un artículo, en Drupal se considera como

NODE. Si es un Acronimo u otro tipo de archivo de Vocabulario

tipo Taxonómico se debe elegir un Taxonomy Term, Si es una lista

de usuarios que se cargará desde archivos se debe elegir User

Processor.

Si elegimos Taxonomy Term (como en la mayoría de los casos)

veremos que en el submenú que aparece se crean opciones y

mapping. Para Opciones se debe asociar el tipo de dato que

ingresará al Vocabulario que deberá ingresarse los datos. Elegir si

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se reemplazará los datos existentes o se actualizarán. Y el tipo de

texto que ingresará.

Luego al ir a la opción de Mapping, se debe estructurar el archivo o

Plantilla del CSV para lo cual debemos agregar campos eligiendo el

tipo de datos que el sistema tiene.

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Manual de Usuario

Este es un manual simple de uso para los usuarios y los privilegios asignados a cada uno de

ellos. Dentro del sistema se ha creado solamente el Administrador y el User View.

ADMINISTRADOR

Este usuario tiene los privilegios completos, Ingresar Usuarios, dar privilegios, Modificar

todo tipo de contenidos, Ingresar datos individuales y en gran cantidad por archivos.

Además es el encargado de crear contenidos páginas y hacer escalable el sistema.

Para ingresar debe ingresar al Login como administrador con la cuenta que se ha creado por

defecto. Este Admin, tiene la particularidad de editar los privilegios que se dan a todos los

usuarios y crear nuevos tipos de participantes en el sistema.

Cuando se abre el Home de la página desde el administrador se aprecia que se puede Agregar

Contenidos e importar archivos. Además ingresar una búsqueda de archivos.

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Ingreso de Contenidos individuales

Para ingresar contenidos se debe ir a la opción más sencilla del sistema en el panel izquierdo

“Agregar Contenido”, dentro del cual se puede elegir qué tipo de contenido se requiere.

Al momento de elegir una opción se debe llenar los datos del formulario sencillo en el cual

se ingresan los datos requeridos. Si se elige Definición se requerirá ingresar acrónimos,

especialidad, y contexto, pero si al momento de ingresarlos estos no existen en sus

respectivos vocabularios se ingresan a la base de datos y están disponibles para ser usados

después.

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Importación de Datos

Para Importar Datos masivos se debe ir al panel izquierdo donde dice “Importar”. Al

seleccionar dicha opción

De elegir cualquier tipo de estos el procedimiento es el mismo. Se desplegará un menú

donde se verá una opción de descargar la plantilla (Download a Template) con la estructura

de CSV, el cual deberemos sacar el modelo para ingresar los datos. (revisar el concepto de

estructura de CSV)

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Se debe elegir el tipo de delimitador (Separador), Luego presionar el botón Seleccionar

Archivo y buscar tu archivo con los datos a ingresar. Luego de eso, se debe presionar

Importar.

De no existir errores debe salir la cantidad de nodos que se ingresaron como información al

usuario.

USER VIEW

Es un usuario que solo puede ver datos, ingresa desde la URL y puede buscar y ver todos

los contenidos existentes en la página.

Existe una opción de registrarse, pero el Admin es el que ve que privilegios deberá asignar

a este tipo de usuarios.

En la pantalla principal se verá los últimos Conceptos ingresados al sistema en el centro.

Además en el panel izquierdo se observará un Buscador de conceptos y además debajo de

eso los Acronimos existentes en el sistema.

En el menú superior se ve el Inicio, Qué es Medibulary y los Créditos. Estas dos últimas son

paginas informativas acerca del uso contexto y creadores de esta aplicación web.