Ecología Molecular – TP 7

Selección natural

Adaptación

El caracol curador

4 muestras de 40 individuos

10 loci, izoenzymas

2

3 Isla

1

20 km

Paso 4: Fst por pares y permutaciones

3

1

20 km

ml de bava

z: valor fenotípico de un indivudog: efecto medio del genotipoe: efecto del ambiente

z = g + e

Cultivo

Componente genética

31

ml de bava

31

ml de bava

B1=1,070

VB1=0,128B3=2,336

VB3=0,290

Fst = 0,145

Qst = 0,49

¿Conclusión?

Escaneo GenómicoDetección de Loci Outliers

Cuenca del Río Limarí: se muestrearon 3 sitios.

Cuenca del Río Maipo: se muestrearon 3 sitios.

Se amplificaron 136 AFLP.

Basilichthys microlepidotus

Objetivos:

• Determinar loci bajo selección entre las cuencas

• Determinar loci bajo selección dentro de cada cuenca

Programa Mcheza: Marcadores dominanteshttp://popgen.eu/soft/mcheza/

Selección direccional:

• reduce la diversidad genética dentro de la población • incrementa la diferenciación entre las poblaciones.

Selección balanceadora: • responsable de la mantención de la variación genética, es decir mantiene diferentes alelos en los loci seleccionados. • Tiende a la homogenización de las frecuencias alélicas, por lo tanto disminuye la diferenciación genética entre las poblaciones.

Se contruyen set de datos con los loci neutrales, loci bajo selección

balanceadora y bajo selección direccional.

Cuenca del Río Limarí

Limarí 1 Limarí 2 Limarí 3

Limarí 1 0.0

Limarí 2 -0.035 (0.99) 0.0

Limarí 3 -0.035 (0.99) -0.035 (0.99) 0.0

Tabla: Fst pareados y p values para loci bajo selección balanceadora

Tabla: Fst pareados y p values para loci neutrales

Comparaciones pareadas para loci neutrales y bajo selección balanceadora

Limarí 1 Limarí 2 Limarí 3

Limarí 1 0.0

Limarí 2 0.073 (0.00) 0.0

Limarí 3 0.031 (0.005) 0.075 (0.00) 0.0

Cuenca del Río Maipo

Limarí 1 Limarí 2 Limarí 3

Limarí 1 0.0

Limarí 2 -0.034 (0.99) 0.0

Limarí 3 -0.0325 (0.99) -0.029 (0.99) 0.0

Tabla: Fst pareados y p values para loci bajo selección balanceadora

Tabla: Fst pareados y p values para loci neutrales

Comparaciones pareadas para loci neutrales y bajo selección balanceadora

Limarí 1 Limarí 2 Limarí 3

Limarí 1 0.0

Limarí 2 0.037 (0.00) 0.0

Limarí 3 0.073 (0.00) 0.082 (0.00) 0.0

Entre cuencas

RNA-seqDetección de genes con

expresión génica diferencial

Cuenca del Río Maipo: se muestrearon 4 sitios.2 sitios de alta contaminación y 2 sitios con

menor contaminación (3 individuos por sitio, 2 en SFM).

Objetivo

Determinar genes con expresión diferencial entre individuos habitando zonas contaminadas y no

contaminadas

Pasos previos

- Filtrado de los datos

- Ensamble de novo

- Mapeo de los fragmentos (reads)

- Conteo de los reads en cada contig

- Selección de contigs con expresión en todos los individuos

Determinación de genes expresados diferencialmente

MeV: MultiExperiment Viewer

31 genes con expresión diferencial entre los individuos

de zonas contaminadas y no

contaminadas

Pero, algunos genes podrían estar

sesgados por un solo individuo!!!

6 contigs con expresión diferencial entre los individuos habitando zonas contaminadas y no

contaminadas

4 sobre expresados en contaminación

2 sub expresados en contaminación

Ornitina descarboxylasa-like Proteína nuclear cisteína rica en serina-1-like Factor de transcripción Junb-likeFosfoenolpiruvato citosólico

Quimotripsina b-likeProbable proteína

ubiquitina ligasa DTX2-like

Ornitina descarboxylasa-like (ODC-like): activación de ODC ha sido asociada con la promoción y progresión de tumores.

Estudios han y no detectado actividad de la descarboxilasa asociados a ODC-like.

Proteína nuclear cisteína rica en serina-1-like

Factor de transcripción Junb-like

Posiblemente asociados a la supresión de

tumores.

Posiblemente asociados a la supresión de

tumores.

Fosfoenolpiruvato citosólico: tiene actividad fosfoenolpiruvato carboxiquinasa y ha sido considerada como una de las

enzimas controladoras de la gluconeogénesis.

Dos contigs sub-expresados en los individuos que habitan zonas contaminadas:

Quimotripsina b-like

Probable proteína ubiquitina ligasa DTX2-like

Ambos involucrados en la degradación de las proteínas

Organismos de zonas contaminadas presentan menor degradación de proteínas que los individuos que habitan

zonas no contaminadas