Moisés Alberto Árquez Mendoza.

Grupo de Investigación en Evolución y Sistemática Molecular.

Universidad del Magdalena

TUTORIAL:

Alineamiento de secuencias (Translator server)

Conversión formatos (Alter)

Selección modelo de proteínas (Protest)

Translator server: realiza el alineamiento de los nucleótidos con base en aminoácidos y limpia los gaps del alineamiento.

Link: http://www.translatorx.co.uk/

En el pantallazo inicial de la aplicación (Fig1.) se modifican las opciones en rojo; esto Arroja 4 matrices alineadas, de la

cual se escoge la que dice clean aminoacid alignment (Gblocks) (Fig2).

Fig1. Pantallazo inicial Translator server

Esta arroja una matriz alineada sin gaps, en formato fasta. Esta matriz tenemos que cambiarla a formato .phy y para

esto se emplea el Software alter disponible en el posada labs de la Universidad de Vigo.

Fig2. Pantallazo de selección de matrices alineadas.

Alter: Aplicación web para conversión de archivos, de secuencias génicas.

Links: http://darwin.uvigo.es/software/software.html

http://sing.ei.uvigo.es/ALTER/

Para convertir un archivo fasta a uno con extensión .phy, se selecciona la opción Autodetect para que el programa de

forma automática encuentre el formato del archivo que se va a convertir y después se da click en la opción Upload…,

aquí se especifica la ruta del archivo sobre el cual se va a trabajar. Así se ve el archivo cuando ha cargado correctamente.

Posterior a esto se selecciona la opción RAxML del menú desplegable Select Program, como muestra la figura, una vez

clickeada esta opción se selecciona en el menú encerrado en verde la opción PHYLIP. Verificar que en el menú Advanced

options, este activada la opción sequential.

Debe aparecer algo como lo siguiente:

Se selecciona la opción save y se especifica la ruda para guardar el archivo de salida, el cual debe tener extención .phy,

con este archivo se busca el mejor modelo de evolución para proteínas, para ello se emplea el software PROTTEST 3,

PROTTEST 3: software para buscar el mejor medelo de evolución, para una secuencia de aminoácidos.

Disponible para instalar en MAC o Linux en la pagina http://code.google.com/p/prottest3/.

O se puede correr una aplicación web disponible en la página de Universidad de Vigo (posada labs)

http://darwin.uvigo.es/software/software.html

Esta opción abre el siguiente pantallazo

En este pantallazo se debe cargar el archivo de extensión .phy, se especifica un nombre y una cuenta de correo donde

será enviado el link para ver los resultados del análisis, los cuales se visualizan de la siguiente forma.

En este archivo aparecen los datos de la selección del modelo más apropiado. En la primera sección están los datos del

análisis.

El segundo módulo incluye las especies de las matrices.

El tercer módulo incluye información de las frecuencias de los nucleótidos y de los modelos testeados.