laboratorio de referencia para tipado molecular de...

Álvaro Pascual

UGC Intercentros de Enfermedades Infecciosas, Microbiología Clínica y Medicina Preventiva

Hospital Universitario Virgen Macarena. Sevilla

Laboratorio de Referencia para tipado molecular de patógenos nosocomiales y detección genotípica de

mecanismos de resistencia a antimicrobianos de interés sanitario en Andalucía

Programa PIRASOA

Álvaro Pascual

Unidad Intercentros de Enfermedades Infecciosas, Microbiología Clínica y Medicina Preventiva

Hospital Virgen Macarena

Universidad de Sevilla

Mapa de Resistencias en Andalucía

Antecedentes

1. Reconocimiento como laboratorio dereferencia (UPRA) en noviembre de2013.

2. Finalidad: tipado molecular debacterias MR y ofrecer informaciónrelevante en tiempo real para elcontrol de brotes producidos porbacterias MR.

Objetivos (I)

Herramienta del Programa PIRASOA en ladetección, investigación y control de brotes porbacterias MR. Apoyo a SVEA.

Determinar la relación clonal de los aislamientosde patógenos nosocomiales MR mediante lacombinación de pruebas fenotípicas ygenotípicas en tiempo suficiente para descartaro confirmar hipótesis.

Estudio fenotípico y genotípico de losmecanismos de resistencia de patógenosnosocomiales de interés y que puedan favorecerel desarrollo de medidas terapéuticas y/opreventivas.

Objetivos (II)

Identificación y seguimiento de clones demicroorganismos MR que circulen en centroshospitalarios de la Comunidad. Creación de unabase de datos con los genotipos de interés.

Servir de centro centinela para la detección denuevos mecanismos de resistencia enpatógenos nosocomiales o de la comunidad.

Cartera de Servicios (I)

Resistencia a antimicrobianos

• Detección de resistencia a oxacilina (SARM) enStaphylococcus aureus.

• Detección de resistencia a vancomicina en Enterococcus spp.

• Detección e identificación de genes de beta-lactamasas deespectro extendido (BLEE) tipo TEM, SHV y CTX-M, másfrecuentes en nuestro entorno, en enterobacterias.

• Detección e identificación de genes de AmpC plasmídicas ycromosómicas.

• Detección e identificación de genes de beta-lactamasas quehidrolizan carbapenems (carbapenemasas).

Cartera de Servicios (II)

Tipado molecular o Genotipado

• Enterobacterias productoras de BLEE ocarbapanemasas.

• Otras enterobacterias multirresistentes

• Acinetobacter baumannii

• Pseudomonas aeruginosa

• S. aureus resistente a meticilina.

• Enterococcus resistente a vancomicina

Metodología

Detección de mecanismos de resistencia:

Marcadores fenotípicos

Marcadores genotípicos: PCR +/-secuenciación

Identificación molecular:

REP-PCR, PFGE, MLST, Secuenciación

Base de datos históricas

Flujo de trabajoP

rim

er

pas

o

Pri

me

rp

aso

Solicitud de estudios .

Recepción de aislados

Solicitud de estudios .

Recepción de aislados

RES

ISTE

NC

IAR

ESIS

TEN

CIA Pruebas de

sensibilidad

Test rápidos

PCR de genes diana

Pruebas de sensibilidad

Test rápidos

PCR de genes diana

TIPA

DO

TIPA

DO PFGE

MLST

Comparacióncon bases dedatos

PFGE

MLST

Comparacióncon bases dedatos

INFO

RM

EIN

FOR

ME Preliminar

Definitivo

Preliminar

Definitivo

Perfiles de la base de datos de Andalucía

PFGE

Normalización

Comparación con perfiles previos

MLST

Nuevos aislados Comparación con previos

ActividadOctubre 2013-Septiembre 2015

Año Nº de aislados

Nº de episodios

Media de aislados/

episodio

Centros

2013* 9 2 4.5 2

2014 162 57 2.8 21

2015** 186 84 2.2 20

*2013: octubre-diciembre**2015: enero-octubre

Microorganismos

Bacilos Gram negativos 338

K. pneumoniae 168

A. baumannii 105

P. aeruginosa 18

E. coli 13

S. marcescens 10

E. aerogenes 7

B. cepacia 5

K. oxytoca 4

E. cloacae 4

C. freundii 3

S. maltophilia 1

Cocos Gram positivos 9

S. aureus 5

S. cohnii 2

E. faecium 2

Microorganismos/Determinantes más prevalentes

Especie/determinante 2014 2015

K. pneumoniae 81 87

BLEE 10 26

Carbapenemasa 41 39

Carbapenemasa+BLEE 18 15

Carbapenemasa+BLEE+pAmpC 0 1

pAmpC 11 4

Carbapenemasa y BLEE negativo 1 2


A. baumannii 55 50

OXA-23 38 23

OXA-58 15 19

OXA-24/40 1 8


otras enterobacterias 8 33

BLEE 1 6

Hiper OXY 1 0

Carbapenemasa 2 7

Carbapenemasa+BLEE 0 1

todo negativo 4 19

Microorganismos/Determinantes más prevalentes

Aislados /Hospital

Centro 2014 2015

H. San Cecilio 27 0

H. Reina sofia 22 0

H. Virgen de la Victoria 37 14

H. Alto Guadalquivir Andujar 14 19

H. San Juan de Dios 3 20

H. Jerez 7 31

H. Costa del Sol 7 24

H. Regional de Málaga 9 6

H. Virgen Macarena 6 19

H. Valme 3 13

H. Virgen del Rocio 0 13

H. Virgen de las Nieves 5 6

H. de la Línea 5 4

H. la Inmaculada Nuercal-Overa 2 3

H. Serrania Malaga 2 3

HARE Puente Genil 5 2

H. Infanta Margarita Cabra 0 9

H. Montilla 2 0

H. Pozoblanco 1 0

H. Riotinto 1 0

HARE Guadiato 3 0

H. Alcala la Real 1 0

K. pneumoniae ST512 productor de KPC3

agosto 2012CórdobaTransfer de Italia

Abril, 2013Cabra

Febrero, 2014Montilla

Abril, 2014Pozoblanco

Mayo, 2014Sevilla

Mayo, 2014Jerez

Agosto, 2014Alcala la Real

Agosto, 2014, Peñarroya-Pueblonuevo

Diciembre, 2014Puente Genil

Febrero, 2015Andujar

95% similitudDice (Opt:0.60%) (Tol 1.2%-1.2%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%]

PFGE

100

9590

85

PFGE

2014082

2014114

2014061

2014069

2014083

2014084

2014113

2014115

325/#1

327/#1

40447

262

281

266

268

278

2014100

40185

CA-6390/#1

CA-12539/#1

2014073

2014079

2014080

2014065

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3

KPC-3v

KPC-3v

KPC-3

11/03/14

29/08/14

11/03/14

01/04/14

12/05/14

16/05/14

28/08/14

30/09/14

01/08/12

02/08/12

03/02/14

27/06/12

10/07/12

28/06/12

28/06/12

06/07/12

06/08/14

04/02/14

29/04/13

25/07/13

10/04/14

16/05/14

13/05/14

19/03/14

H de Jerez

H Valle del Guadiato

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H de Jerez

H de Jerez



H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Montilla

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Alcala la Real

H Montilla

H Infanta Margarita

H Infanta Margarita

H Reina Sofia

H San Lazaro

H San Lazaro

H Reina Sofia

Nuevo perfil en marzo 2014

Primeros aislados 2012

A partir de ese momento empieza a evolucionar……

Dice (Opt:0.80%) (Tol 1.0%-1.0%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%]

PFGE1

00

95

90

85

PFGE

2015179

2015223

2015192

309

CA-6110/#1

CA-13656/#1

2014073

2014082

2015175

2015180

2015256

2015258

2015194

2015255-1

400

2015188

2015049

313

2015172

2015193

CA-13656

2015206

2015204

2014065

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Orina

F rectal

F rectal

F rectal

F rectal

F rectal

Ex purulento

orina

Orina

F rectal

F rectal

Cama BOX-5

F rectal

F rectal

F rectal

F rectal

A bronquial

Exudado

orina

F rectal

F rectal

F rectal

Respiratoria

19/06/13

14/08/15

ANULADA

25/07/12

29/04/13

17/09/13

10/04/14

11/03/14

13/02/14

02/03/15

17/09/15

22/09/15

25/02/15

16/09/15

05/03/15

04/02/15

27/07/12

08/07/15

15/01/15

17/09/13

18/03/15

25/09/14

19/03/14

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H U Reina Sofia

H Alto Guadalquivir Andujar

H U Reina Sofia

H Reina Sofia

H Infanta Margarita

H Infanta Margarita

H Reina Sofia

H de Jerez

H U Reina Sofia

H U Reina Sofia

H Infanta Margarita

H Infanta Margarita

H U Reina Sofia

H Infanta Margarita

H U Reina Sofia

H U Reina Sofia

H Alto Guadalquivir Andujar

H Reina Sofia


H U Reina Sofia

H Infanta Margarita

H U Reina Sofia

H U Reina Sofia

H U Reina Sofia

Dice (Opt:0.80%) (Tol 1.0%-1.0%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%]

PFGE

10

0

95

90

PFGE

CO-10

CO-13

CO-8

CO-1

CO-11

CO-14

CO-15

CO-16

CO-17

CO-18

CO-2

CO-3

CO-4

CO-5

CO-6

CO-7

CO-9

2014131

971

2015218

CTX-M-15

CTX-M-15

CTX-M-15

CTX-M-15

CTX-M-15

CTX-M-15

CTX-M-15

CTX-M-15

CTX-M-15

CTX-M-15

CTX-M-15

CTX-M-15

CTX-M-15

CTX-M-15

CTX-M-15

CTX-M-15

CTX-M-15

CTX-M-15

OXA-48+CTX-M-15

CTX-M-15+TEM-1

16/09/14

25/07/15

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H Reina Sofia

H La Paz

H La Línea

K. pneumoniae ST405 productor de CTX-M-15

Brote de Neonatología.

HURS (Cordoba)2013

Aislado 2014

Brote Hospital La Paz de Madrid

K. pneumoniae productor de OXA-48+CTX-M-15

ST15

6/2014 H S Juan de Dios

10/2014 H Regional Malaga

5/2015 H Virgen de las Nieves

10/2015 H Valme

ST431 (variante ST15)

4/2015 H Costa del Sol

4/2014 H Virgen de la Victoria

ST15 K. pneumoniae OXA-48 + CTX-M-15

Dice (Opt:0.80%) (Tol 1.0%-1.0%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%]

PFGE

10

0

80

60

PFGE

2014058

2014180

2014033

2014034

2014145

2014181

2014057

2014129

2014185/#1

2015014

2015018

2015050

2014128

2014149

2014033/#1

2014034/#1

2014127

2015261

2014081

2014187

2015130

2014028

2014144

2014150

2014146

2014142

2014143

2015189

2014088

2014090

orina/sangre

orina

orina

Sangre

Respiratoria

Exudado

orina

Ex purulento

F axilar

F rectal

Exudado

Exudado

Ex purulento

orina

orina

Sangre

F rectal

Orina

orina

Sangre

Orina

orina

Endoscopio

Bilis

orina

Bilis

Sangre

orina

Sangre

orina

07/05/14

10/10/14

14/09/13

16/09/13

26/10/14

24/11/14

03/04/14

01/09/14

03/12/14

09/01/15

19/01/15

10/02/15

29/08/14

29/10/14

14/09/13

16/09/13

03/09/14

02/10/15

20/03/13

25/12/14

25/05/15

250/3/14

27/10/14

30/10/14

22/10/14

13/10/14

14/10/14

21/01/14

10/05/14

09/06/14

H U Virgen de la Victoria

H Maritimo

H U Virgen Macarena

H U Virgen Macarena

H Carlos Haya

H Maritimo








H Carlos Haya

H U Virgen Macarena

H U Virgen Macarena

H Pascual

H Valme

H U Virgen Macarena

H U Virgen Macarena

H Virgen de las Nieves

H U Virgen Macarena

H Carlos Haya

H Carlos Haya

H Carlos Haya

H Carlos Haya

H Carlos Haya

H U Reina Sofia


H San Juan de Dios

K. pneumoniae productor de OXA-48+CTX-M-15

ST11

5/2014 H Jerez

9/2014 H Virgen de la Victoria

3/2015 H Costa del sol

9/2015 H Linares

A. baumannii productor de OXA-23

ST2

2/2014 H. San Cecilio

6/2014 H S J Dios

10/2014 H V Victoria

12/2014 H V Macarena

3/2015 H A G Andújar

9/2015 H Costa Sol

7/2014 H V Victoria

ST85

A. baumannii productor de OXA-24/40

ST2

6/2014 H S J Dios

2/2014 H V Macarena

A. baumannii productor de OXA-58

ST2

3/2015 H Regional Malaga

3/2015 H A G Andújar

8/2015 H Costa del Sol

ST98

2/2014 H A G Andujar

Objetivos 2016

• Mejorar la infraestructura del laboratorio

– Técnicas de secuenciación para tipado molecular

– Adquisición de nuevo software (Bionumerics)

– Petición electrónica

• Incrementar la participación de nuevos centros

– Difusión de resultados y contacto directo

• Acortar los tiempos de respuesta de informes

• Implementar la investigación (explotación de resultados)

CMI. 2013

Agradecimientos

laboratorio de referencia para tipado molecular de...

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