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LABORATORIO DE REFERENCIA SARS-CoV-2 EN LA REGION DE LAS AMÉRICAS

InDRE

Subsecretaría de Prevención y Promoción de la SaludDirección General de Epidemiología

Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE)

Presenta:M en C. Gisela Barrera Badillo

Ciudad de México, 28 octubre, 2020

AGENDA

Diagnóstico Inicial

Descentralización del Diagnóstico

Implementación del Diagnóstico en el InDRE

Evaluación de Estuches comerciales

Evaluación de pruebas rápidas de antígeno

Serología

Secuenciación

SARS-CoV-2. Diagnóstico inicial

Un nuevo Betacoronavirus (SARS-CoV-2) distinto de SARS-CoV y MERS-CoV y Coronavirus endémicos (HKU1, OC43, 229E, NL63)

16/01/2020. Diagnóstico de Betacoronavirus por RT-PCR en punto final/Secuencia. Protocolo implementado en InDRE

Betacoronavirus: SARS-CoV, MERS-CoV, CoV-HKU-1, CoV-OC43 y SARS-CoV-2

220 pb

SARS-CoV-2. Diagnóstico inicial

SARS-CoV-2. Diagnóstico inicial

Protocolos avalados por la OMS para realizar el Diagnóstico de SARS-CoV-2

Fuente: who.int/publications/m/item/molecular-assay-to-diagnose-covid-19-summary-table-of available-protocols

Primeros protocolos de diagnóstico. Protocolo de Berlín

Corman Victor M et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 2020;25(3):pii=2000045.https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045

30/01/2020-09/02/2020. Implementación del Diagnóstico de SARS-CoV-2 por RT-PCR en tiempo real. Protocolo de Charité, Berlín, Alemania

7500 Fast Real-Time PCR System, Applied

Biosystems

Detección del gen E.

Detección del gen RdRP

Detección del gen E.

Detección del gen RdRP

CFX96 Real Time System, BioRad

Detección del gen E.

Detección del gen RdRP

QuantStudio 5, Real-Time PCR Systems, Applied

Biosystems

Star Q

SS III

Comparación de enzimas

Obtención control positivo plasmídico

sintetico producido en InDRE , no contabamos con muestras positivas

AGENDA

Diagnóstico Inicial

Descentralización del Diagnóstico

Implementación del Diagnóstico en el InDRE

Evaluación de Estuches comerciales

Evaluación de pruebas rápidas de antígeno

Serología

Secuenciación

Descentralización del diagnóstico.- 12 y 13 de febrero. Taller de Capacitación a 8 países de Centro América. Diagnóstico de SARS-CoV-2 por RT-PCR en tiempo real.

Protocolo de Charité, Berlín, Alemania

Costa Rica

Cuba

Guatemala

Honduras

El Salvador Nicaragua BeliceRepublica Dominicana

Descentralización del diagnóstico.- 20-21 de febrero 2020. Taller a 37 Laboratorios dela Red Nacional de Influenza. “Detección por Laboratorio del Nuevo Coronavirus SARS-CoV-2”. Protocolo Berlín, Alemania (OMS)

Red Nacional de Laboratorios de Influenza

Centro Nacional de Influenza y de Rererencia COVID-19 (

InDRE)

6 Laboratorios en la Ciudad de México (2 Institutos Nacionales INER y INCMNSZ), IMSS (Centro Médico Nacional, "La Raza"), ISSSTE (Centro Medico Nacional”20 de Noviembre”),

Hospital General de México y Laboratorio de la CDMX

31 Laboratorios Estatales de Salud Pública

También se capacitó a Hospital Infantil de

México, IBT Morelos, UADY

Descentralización del diagnóstico

Implementación del protocolo de Berlín en la Red Nacional y laboratorios privados y de la academia. 24-28 Febrero

27 Febrero. Primer caso de SARS-CoV-2 en México

Descentralización del diagnóstico

Taller Red Nacional de Laboratorios de

Salud Pública

Implementación de Protocolo de Berlín

Envío de gráficos para validación de los

resultados*

Envío de muestras positivas para banco

Implementación es correcta?

Se otorga el oficio de autorización

* Temporal hasta que no exista problemas de interpretación

Taller Laboratorios de la academia y

privados

Implementación de Protocolo de Berlín ó cualquier otro estuche autorizado por el

InDRE

Envío de gráficos para validación de los

resultados*

Envío de 10 muestras (5 positivas y 5 negativas para evaluación

comparativa)

Implementación es correcta?

Se otorga el oficio de autorización

100% de concordancia

Si SiNo se otorga el oficio de autorización

Si

Se mantiene autorización

No

No

Se quita autorización

Descentralización del diagnóstico 168 Laboratorios Estatales de SaludPública, de la academia y privados.

Descentralización del diagnóstico. 168 Laboratorios Estatales de SaludPública, de la academia y privados.

1,960,798 muestras procesadas por la RNLSP

874,519 muestras POSITIVAS

Positividad nacional 45%

Muestras procesadas a nivel nacional

Diagnóstico Inicial

Descentralización del Diagnóstico

Implementación del Diagnóstico en el InDRE

Evaluación de Estuches comerciales

Evaluación de pruebas rápidas de antígeno

Serología

Secuenciación

AGENDA

Implementación del Diagnóstico en el InDRE

214,000 muestras procesadas. Capacidad instalada 2,500 muestras diarias

AGENDA

Diagnóstico Inicial

Descentralización del Diagnóstico

Implementación del Diagnóstico en el InDRE

Evaluación de Estuches comerciales

Evaluación de pruebas rápidas de antígeno

Serología

Secuenciación

61 Estuches moleculares evaluados en México

61 Estuches moleculares evaluados en México

Comparación de estuches de extracción de ácidos nucleicos, esto se realizó por desabasto en el mundo y dar respuesta al país

AGENDA

Diagnóstico Inicial

Descentralización del Diagnóstico

Implementación del Diagnóstico en el InDRE

Evaluación de Estuches comerciales

Evaluación de pruebas rápidas de antígeno

Serología

Secuenciación

Estuche Sofia® SARS Antigen FIA

• Metodología basada en el principio de inmunofluorescencia• Detección de la Nucleoproteína del SARS-CoV-2• Ensayo cualitativo• Muestras de personas sintomáticas con no más de 5 días de evolución• Puede ser empleada como prueba tamiz• Requiere de personal capacitado

RT-PCR en tiempo real

Positivo Negativo nt

SofiaPositivo 69 6 75

Negativo 16 172 188

nt 85 178 n Total: 263

• n = 263 muestras• Sensibilidad = 81.1 %• Especificidad = 96.6 %

Estuche Sofia® SARS Antigen FIA. Análisis de Resultados

Estuche Sofia® SARS Antigen FIA: Resultados positivos SOFIA Vs CT´s RT-PCR

Valor de Ct´s (RT-PCR)

POSITIVO (Sofia)

POSITIVO (RT-PCR)

0-20 29 31

21-30 35 40

31-40 5 14

Total 69 85

0.2

.4.6

.81

Re

sulta

do p

rueba

s

15 20 25 30 35Valor CTS

PCR R SOFIA R

Valor de 1 significa positivo; Valor de 0 significa negativo

AGENDA

Diagnóstico Inicial

Descentralización del Diagnóstico

Evaluación de Estuches comerciales

Evaluación de pruebas rápidas de antígeno

Serología

Secuenciación

Grupo de serología SARS-CoV-2 en InDRE: Proyectos de invest igación en México para la seroprevalencia de SARS-CoV-2

Evolución d e la p and em ia d e COVID-19 en CDMX:Estud io p iloto d e serop revalen cia rum b o a un a en cuestacon rep resen tat ivid ad n acion al.

Serocon versión n eg at iva y d eterm in ación d ean t icuerp os en el t iem p o d e p acien tes con COVID-19.Núm ero de Reg ist ro:R-2020 -785-065

Serop revalen cia d e SARS-CoV-2 en con tactos d e casoscon firm ad os d e COVID-19.

Línea basal positiva

- Muest ras obt en idas del Biobanco de m uest ras de la Encuesta

Nacional de Salud y Nutrición 2018 .

- Periodo previo a la em ergencia del SARS-CoV-2. n 210 part icipantes (5-80 años de edad).

Línea basal negat iva:

• Las m uest ras posit ivas fueron p rocesad aspor d uplicado por ob servadores dist in t osobt eniendo el m ism o result ado.

• Se analizó el sit io de residencia paradescart ar posib le in t eracción con ot rosagent es et iológ icos en zon ashiperendém icas.

• Act ualm ent e se encuent ran en p rocesopara para descart ar efect o m at riz.

Prueba ResultadoELISA-ind irect a

n 100NEG: 96 POS: 4

Elect ro-quim iolum in iscencia

n 210NEG: 209

POS: 1

Personas confirmadas a COVID-19 con resultado de RT-PCR en tiempo real Positivo con una evolución menor o

igual a 7 días, toma de muestra de suero basal y la segunda toma de muestra de suero (pareada) con un tiempo

de evolución mayor o igual a 22 días. n= 133 participantes (22-69 años de edad) con muestras pareadas.

Cohorte de positivos: Resultados seroprevalencia

• En el 20% (26) de los participantes, se detectaronanticuerpos IgG en suero 1.

• Del total de negativos a IgG (107) en S1 el 94%(101) seroconvierte en elS2.

• En el 9 % de los participantes no se detectaronanticuerpos IgG.

Evaluación de la sensibilidad y especificidad de las pruebas realizadas

ELISA-indirecta Electro-quimioluminiscencia

Sensibilidad 96% 99%

Especificidad 88% 88%

VPP 96% 96%

VPN 88% 89%

010

2030

4050

6070

8090

100

110

120

130

140

150

VA

LOR

ES

CO

I

0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 70 75 80 85 90 95 100

DÍAS DE EVOLUCIÓN

V_CORTE _S1 V_CORTE _S2

(Positivos pareados. México, 2020)Resultados de prueba IgG de anticuerpos SARS-CoV-2

Agenda

Diagnóstico Inicial

Descentralización del Diagnóstico

Evaluación de Estuches comerciales

Evaluación de pruebas rápidas de antígeno

Serología

Secuenciación

Secuenciación

217 genomas completos de SARS-CoV-2

5 Grupos -17 Linajes

Grupo

G GH GR S L

FEBRERO MARZO ABRIL MAYO JUNIO JULIO AGOSTO

GGRGHSL

GGRGH

GGRGH

GR GGRGH

# SEC. CLADO(GISAID)

LINAJE(Pangolín)

127 G B.1, B.1.5, B.1.5.11

31 GH B.1

44 GR B.1, B.1.1

2 L B

13 S A, A1, A2, A5

GGRGH

GGRGHS

LINAJES (17)A Root of the pandemic 1

A.1 Norte America 7A.2 España 1A.5 España/Sudamerica 4B Base en China/Global 2

B.1 Europa/Italia 87B.1.1 Europa 38

B.1.1.1 Europa/UK 1B.1.1.20 Europa /UK Portugal 3

B.1.2 USA 2B.1.3 USA 1B.1.5 Europa/España 29

B.1.5.11 USA/México/Rumania 37B.1.43 USA 1B.1.75 UK 1B.1.78 Holanda 1

B.1.102 Islandia 1

Secuenciación

InDRE a realizado

217 genomas completos de SARS-CoV-2

(Febrero-Agosto 2020)

• 32 Estados • 5 Grupos

• 17 linajes

L2

A A.1 A.2 A.5 B B.1 B.1.5 B.1.5.11 B.1.75 B.1.78 B.1.102 B.1 B.1.2 B.1.3 B.1.43 B.1 B.1.1 B.1.1.1 B.1.1.20 B.1.5

Aguascalientes 2 1 1Baja California 55 36 12 6 1Baja California 3 2 1Campeche 3 1 1 1CDMX 76 1 6 1 7 17 13 1 10 1 1 15 3Chiapas 3 1 1 1Chihuahua 6 3 2 1Coahuila 4 1 3Colima 2 1 1Durango 1 1Estado de Mexico 9 2 4 1 2Guanajuato 2 2Guerrero 6 1 3 1 1Hidalgo 3 1 2Jalisco 2 2

Michoacán 3 1 1 1Morelos 1 1Nayarit 2 1 1Nuevo León 3 1 2Oaxaca 1 1Puebla 2 1 1Querétaro 2 2Quintana Roo 2 1 1San Luis Potosí 1 1Sinaloa 1 1Sonora 6 4 1 1Tabasco 3 1 1 1Tamaulipas 2 1 1Tlaxcala 4 2 2Veracruz 3 3Yucatan 2 1 1Zacatecas 2 1 1

Total 217 1 7 1 4 2 59 28 37 1 1 1 27 2 1 1 1 38 1 3 1

Estado

Grupo/LinajeS G GH GR

13 127 31 44

Número de

secuencias

Secuenciación

Agradecimientos

Direccion:

Biól. Irma López Martínez, Instituto de Diagnósticoy Referencia Epidemiológicos (InDRE)

M en GS. Lucía Hernández Rivas, Institutode Diagnósticoy Referencia Epidemiológicos (InDRE)Dra. Celia Alpuche Aranda, Instituto Nacional de Salud Pública (INSP)

Evaluaciones:

M en C. Hiram Olivera Díaz

D en C. Noe Escobar Escamilla

Secuenciación:

D en C. José Ernesto Ramirez Gonzalez

Serologia:

Rodrigo Aparicio AntonioM. en C. Mauricio Vázquez Pichardo

A el personal del InDRE que apoya en la respuesta a la pandemia por COVID-19

Gracias

gisela.barrera@salud.gob.mx laboratoriovirusrespiratorios@yahoo.com.mx