Ej.: CON SECUENCIA Nº 8 Sec. 8: AreA regulador de metabolismo de nitrógeno en Aspergillus nidulans http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/CAA36731.1

1 msgltlgggs grvrptqaaa afptshdfad pdrssvarna nrpsrrfaap pqlsddfsle 61 sptdsaqvhd nllqdalfpe wkansprgvd spdemqkkdp latqiwklys rtkaqlpnqe 121 rmenltwrmm alslrrqere raqqqarass qkspvpgmsg iaqlrlsdrv sntptttadt 181 vsdamnlddf iipfspsdhp spsttkasea ttgaipikar rdqsaseatp vpasfphpaq 241 dqrresefgy vprrvrktsi derqffnlqi psrkrpaess phvppvstsm lahdpdfsha 301 vpeytldtsh glslqnqmna qqlanaqnht spnmafaldt fnlgddpilp sagpyqqqft 361 fspsespmts gnpfanlyaq tpiasslnst dffspppsgy qstastpqpa ydgehskyfd 421 mpvdarsqrr vvpayitqrs snlsaslqpr ymynqggssq ditqqnahmg aqsssmqspg 481 fsipqhvdpt qvlnpnefng nhaamfsfga dsdvedddgn qfsagglamp aefgddsisd 541 mnsnmawets ypnsfqslpa faaqhrkhvt igsadmmdtp sewnqggslg rthesaasvs 601 evrnrdqdpr rqkiartsst pntaqllrqs mqnqsshtsp ntppesglns aapsrpaspg 661 gtkngeqngp ttctncftqt tplwrrnpeg qplcnacglf lklhgvvrpl slktdvikkr 721 nrnsanslav gssrvskksa rknsvqqvtp taptssraqs nttsesppam pgssgrgsgv 781 vpiaaappks ssaattspgt nngcgavqva pkrqrrleka sdvdmaesps stssggrskv 841 vplapamppa avnpanhsia agqgasqewe wltmsl

Entro en http://www.broadinstitute.org/annotation/genome/fusarium_group/MultiHome.html Analysis Selecciono el primero “blastp”

Transcripts � Details Copio la secuencia de la prot de esta especie, Voy a pfam

pfam de secuencia Query (nº8)

pfam secuencia encontrada por blast de F.graminearum

Me fijo dónde empiezan los dominios funcionales y lo subrayo en los resultados del CLUSTAL (F. es F.graminearum) DUF1752 Fungal Protein of Unknow Function GATA Zinc Finger CLUSTAL 2.0.12 multiple sequence alignment Query MSGLTLGGGSGRVRPTQAAAAFPTSHDFADPDRS---SVARNANRPSRRFAAPPQLS--- 54 F. ---MSTSVSITNSSPILTMNPTITEHDFRFPRRPSAWPATTAYHAPTQRSGQSSHIPNSR 57 :: . . . * : . *.*** * *. ..: : *::* . ..::. Query ------DDFSLESPTDSAQVHDNLLQDALFPEWKANSPRGVDSPDEMQKKDPLATQIWKL 108 F. DVSASFKEHKTDMATTYSLARQGLGVTPSFPFLHNGPADSDRSIDKMQQDDPLATQVWKF 117 .:.. : .* : .::.* . ** : ... . * *:**:.******:**: Query YSRTKAQLPNQERMENLTWRMMALSLRRQERERAQQQARASSQKSPVPGMSGIAQLRLSD 168 F. FAKTKQQLPSQHRMENLTWRMMALSMRKHKEEQQRQNEAEARRKRNMEASNRLGRPLMQS 177 :::** ***.*.*************:*:::.*: :*: : :* : . . :.: :..

Query RVSNTPTTTADTVS-----DAMNLDDFIIP---FSPSDHPSP-----STTKASEATTGAI 215 F. SPSGIAQLRKSSEHNMPQPDPMNLDDFIFSDNSASPGNFASPQGDKMADDRVSNPMASAI 237 *. . .: *.*******:. **.:..** : :.*:. :.** Query PIKARRDQSASEATPVPASFPHPAQDQRRE-SEFGYVPRRVRKTSIDERQFFNLQIPSRK 274 F. PIKSRKE--LSHQTFVPQSVPVQPLHQATQGHEFNYVNRHLRKTSIDDR-------RTRK 288 ***:*:: *. * ** *.* . .* : **.** *::******:* :** Query RPAESSPHVPPVSTSMLAHDPDFSHAVPEYTLDTSHGLSLQNQMNAQQLANAQNHTSPNM 334 F. RPADFSPQVPAVNT-AAQNDLDLDSELHDYSLDQPNQTSIPQQSNGVAVP---------- 337 ***: **:**.*.* :* *:. : :*:** .: *: :* *. :. Query AFALDTFNLGDDPILPSAGPYQQQFTFSPSESPMTSGNPFANLYAQTPIASSLNSTDFFS 394 F. -FGLDTFMENDASMVNNNGNFQQNFSFSPSTSPMIPHGPFSGMYHNSSVPTTSVNNDFYS 396 *.**** .* .:: . * :**:*:**** *** . .**:.:* ::.:.:: ..**:* Query PPPSGYQSTASTPQPAYDGEHSKYFDMPVDARSQRRVVPAYITQRSSNLSASLQPRYMYN 454 F. PPASAYPSNVSTPHPVPE--QDGFYFGSQDARAQR------PQGFQQSINSMLSQQFMYG 448 **.*.* *..***:*. : :. :: . ***:** ...:.: *. ::**. Query QG-GSSQDITQQNAHMGAQSSSMQSPGFSIPQHVDPTQVLNPNE------FNGNHAAMFS 507 F. SANGNNGNTMFSAPGTGSESMSAYSTAPSSFGHIDPTQVFQNDQPVQSPTMQTQQDSMFS 508 .. *.. : . . *::* * *.. * *:*****:: :: :: :: :*** Query FGADSDVEDDDGNQFSAGGLAMPAEFGDDSISDMNSNMAWETSYPNSFQSLPA--FAAQH 565 F. FGADSDDEDN--NAFADRNVPMQKDIS--SSLDDSGSMGWDASLPGQFSTQAARFPGGPT 564 ****** **: * *: .:.* ::. * * ...*.*::* *..*.: .* .. Query RKHVTIG--SADMMDTPSEWNQGGSLGRTHESAASVSEVRNRDQDPRRQKIARTSSTPNT 623 F. RKQVTIGGATTDFVDNNGDWEANG-LERSQSQSFRGGNLRRQHPKLPRNASTPVHFSGQQ 623 **:**** ::*::*. .:*: .* * *::..: .::*.:. . *: : . : : Query AQLLRQSMQNQSSHTSPNTPPESGLNSAAPSRPASPGGTKNG-------------EQNGP 670 F. NGFDQLAQSMQSSPAGDANGTMSGFSSVAPSRPSSPPMSKQGSSTNLQAAAGNGSDGNAP 683 : : : . *** :. . . **:.*.*****:** :*:* : *.* Query TTCTNCFTQTTPLWRRNPEGQPLCNACGLFLKLHGVVRPLSLKTDVIKKRNRNSANSLAV 730 F. TTCTNCFTQTTPLWRRNPEGQPLCNACGLFLKLHGVVRPLSLKTDVIKKRNRGSGTNVPV 743 ****************************************************.*...:.* Query GSSRVSKK------SARKNSVQQVTPTAPTSSRAQSNTTSESPPAMPGSSG--------- 775 F. GGSSTRSKKTASALNSRKNSTLSMSTAATNNTNPNSSNPTPKATTPPAASRPASSKDVES 803 *.* . .* .:****. .::.:*...:..:*...: ...: *.:* Query ------------------------------RGSGVVPIAAAPPKSSSAATTSPGTNNGCG 805 F. PISGTTSGTNTAGSTPNSHLVGPGASSGAMGGKGVVPIAAAPPKTSPGPGASSMSMQRP- 862 *.***********:*... :*. : : Query AVQVAPKRQRRLEKAS--------DVDMAESPSSTSS----GGRSKVVPLAPAMPPAAVN 853 F. -TTASSKRQRRHSKSIGGDVPVSMDIDSPDSTSSIDAPRPFGSSAGLSSLPGGMSASSFN 921 . .:.***** .*: *:* .:*.** .: *. : : .*. .*..::.* Query PAN--------------------HSIAAGQGASQEWEWLTMSL 876 F. LNQRPSTLGSATGMISMSGGGQTSSLIGSSAGPQEWEWLTMSL 964 : *: ......**********