EBT / CSLACC2 / 04 OPERACIÓNS SINXELAS CON SECUENCIAS

FECHA INICIO: FECHA FINALIZACIÓN: TIEMPO EMPLEADO

(HORAS) CONTROLADA:

SI [ ] / NO [ } 01/12/13 06/12/13 4

ELABORADO POR: REVISADO POR: APROBADO POR:

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Pérez

Carlos de Paz

Secuencia inicial de ADN

ATGTGCGACCATACCAAGCTGAAAATACTGCATCCCGTCTGATCTGCACAGTCAAGCAGCTTA

GGGCCCAGTCAGTAGTGCGGTGGGGGACCATGCGCGAACATTGTGGTGTTGCACTTATGTGC

GACCATACCAAGCTGAAAATACTGCATCCCGTCTGATCTGCACAGTCAAGCAGCTTAGGGCC

CAGTCAGTAGTGCGGTGGGGGACCATGCGCGAACATTGTGGTGTTGCACTTATGTGCGACCA

TACCAAGCTGAAAATACTGCATCCCGTCTGATCTGCACAGTCAAGCAGCTTAGGGCCCAGTC

AGTAGTGCGGTGGGGGACCATGCGCGAACATTGTGGTGTTGCACTTATGTGCGACCATACCA

AGCTGAAAATACTGCATCCCGTCTGATCTGCACAGTCAAGCAGCTTAGGGCCCAGTCAGTAG

TGCGGTGGGGGACCATGCGCGAACATTGTGGTGTTGCACTT

Secuencia reversa segundo a pauta de lectura 3´-5´

0001TTCACGTTGTGGTGTTACAAGCGCGTACCA 0030

0031 GGGGGTGGCGTGATGACTGACCCGGGATTC 0060

0061 GACGAACTGACACGTCTAGTCTGCCCTACG 0090

0091 TCATAAAAGTCGAACCATACCAGCGTGTAT 0120

0121 TCACGTTGTGGTGTTACAAGCGCGTACCAG 0150

0151 GGGGTGGCGTGATGACTGACCCGGGATTCG 0180

0181 ACGAACTGACACGTCTAGTCTGCCCTACGT 0210

0211 CATAAAAGTCGAACCATACCAGCGTGTATT 0240

0241 CACGTTGTGGTGTTACAAGCGCGTACCAGG 0270

0271 GGGTGGCGTGATGACTGACCCGGGATTCGA 0300

0301 CGAACTGACACGTCTAGTCTGCCCTACGTC 0330

0331 ATAAAAGTCGAACCATACCAGCGTGTATTC 0360

0361 ACGTTGTGGTGTTACAAGCGCGTACCAGGG 0390

0391 GGTGGCGTGATGACTGACCCGGGATTCGAC 0420

0421 GAACTGACACGTCTAGTCTGCCCTACGTCA 0450

0451 TAAAAGTCGAACCATACCAGCGTGTA 0476

Secuencia complementaria

0001 TACACGCTGGTATGGTTCGACTTTTATGAC 0030

0031 GTAGGGCAGACTAGACGTGTCAGTTCGTCG 0060

0061 AATCCCGGGTCAGTCATCACGCCACCCCCT 0090

0091 GGTACGCGCTTGTAACACCACAACGTGAAT 0120

0121 ACACGCTGGTATGGTTCGACTTTTATGACG 0150

0151 TAGGGCAGACTAGACGTGTCAGTTCGTCGA 0180

0181 ATCCCGGGTCAGTCATCACGCCACCCCCTG 0210

0211 GTACGCGCTTGTAACACCACAACGTGAATA 0240

0241 CACGCTGGTATGGTTCGACTTTTATGACGT 0270

0271 AGGGCAGACTAGACGTGTCAGTTCGTCGAA 0300

0301 TCCCGGGTCAGTCATCACGCCACCCCCTGG 0330

0331 TACGCGCTTGTAACACCACAACGTGAATAC 0360

EBT / CSLACC2 / 04 OPERACIÓNS SINXELAS CON SECUENCIAS

FECHA INICIO: FECHA FINALIZACIÓN: TIEMPO EMPLEADO

(HORAS) CONTROLADA:

SI [ ] / NO [ } 01/12/13 06/12/13 4

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Pérez

Carlos de Paz

0361 ACGCTGGTATGGTTCGACTTTTATGACGTA 0390

0391 GGGCAGACTAGACGTGTCAGTTCGTCGAAT 0420

0421 CCCGGGTCAGTCATCACGCCACCCCCTGGT 0450

0451 ACGCGCTTGTAACACCACAACGTGAA 0476

Tránscrito de ARN

0001 AUGUGCGACCAUACCAAGCUGAAAAUACUG 0030

0031 CAUCCCGUCUGAUCUGCACAGUCAAGCAGC 0060

0061 UUAGGGCCCAGUCAGUAGUGCGGUGGGGGA 0090

0091 CCAUGCGCGAACAUUGUGGUGUUGCACUUA 0120

0121 UGUGCGACCAUACCAAGCUGAAAAUACUGC 0150

0151 AUCCCGUCUGAUCUGCACAGUCAAGCAGCU 0180

0181 UAGGGCCCAGUCAGUAGUGCGGUGGGGGAC 0210

0211 CAUGCGCGAACAUUGUGGUGUUGCACUUAU 0240

0241 GUGCGACCAUACCAAGCUGAAAAUACUGCA 0270

0271 UCCCGUCUGAUCUGCACAGUCAAGCAGCUU 0300

0301 AGGGCCCAGUCAGUAGUGCGGUGGGGGACC 0330

0331 AUGCGCGAACAUUGUGGUGUUGCACUUAUG 0360

0361 UGCGACCAUACCAAGCUGAAAAUACUGCAU 0390

0391 CCCGUCUGAUCUGCACAGUCAAGCAGCUUA 0420

0421 GGGCCCAGUCAGUAGUGCGGUGGGGGACCA 0450

0451 UGCGCGAACAUUGUGGUGUUGCACUU 0476

Proteína codificada (estructura primaria)

Marco de Lectura RF+1:

MCDHTKLKILHPV*SAQSSSLGPSQ*CGGGPCANIVVLHL

CATIPS*KYCIPSDLHSQAA*GPVSSAVGDHARTLWCCTY

VRPYQAENTASRLICTVKQLRAQSVVRWGTMREHCGVALM

CDHTKLKILHPV*SAQSSSLGPSQ*CGGGPCANIVVLH

Marco de Lectura RF+2:

CATIPS*KYCIPSDLHSQAA*GPVSSAVGDHARTLWCCTY

VRPYQAENTASRLICTVKQLRAQSVVRWGTMREHCGVALM

CDHTKLKILHPV*SAQSSSLGPSQ*CGGGPCANIVVLHLC

ATIPS*KYCIPSDLHSQAA*GPVSSAVGDHARTLWCCT

Marco de Lectura RF+3:

VRPYQAENTASRLICTVKQLRAQSVVRWGTMREHCGVALM

CDHTKLKILHPV*SAQSSSLGPSQ*CGGGPCANIVVLHLC

ATIPS*KYCIPSDLHSQAA*GPVSSAVGDHARTLWCCTYV

RPYQAENTASRLICTVKQLRAQSVVRWGTMREHCGVAL

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Marco de Lectura RF-1:

KCNTTMFAHGPPPHY*LGPKLLDCADQTGCSIFSLVWSHI

SATPQCSRMVPHRTTDWALSCLTVQIRRDAVFSAWYGRT*

VQHHNVRAWSPTALLTGP*AA*LCRSDGMQYFQLGMVAHK

CNTTMFAHGPPPHY*LGPKLLDCADQTGCSIFSLVWSH

Marco de Lectura RF-2:

SATPQCSRMVPHRTTDWALSCLTVQIRRDAVFSAWYGRT*

VQHHNVRAWSPTALLTGP*AA*LCRSDGMQYFQLGMVAHK

CNTTMFAHGPPPHY*LGPKLLDCADQTGCSIFSLVWSHIS

ATPQCSRMVPHRTTDWALSCLTVQIRRDAVFSAWYGRT

Marco de Lectura RF-3:

VQHHNVRAWSPTALLTGP*AA*LCRSDGMQYFQLGMVAHK

CNTTMFAHGPPPHY*LGPKLLDCADQTGCSIFSLVWSHIS

ATPQCSRMVPHRTTDWALSCLTVQIRRDAVFSAWYGRT*V

QHHNVRAWSPTALLTGP*AA*LCRSDGMQYFQLGMVAH

Existen seis marcos de lectura posibles e polo tanto seis posibles solucións para a secuencia

problema por ser de dobre cadea, dependendo o inicio de cada unha delas de onde

comecemos a ler e cada unha das cales comeza cun codón de inicio (AUG) e remata cun

de parada (UAA, UAG ou UGA). Así, os tres primeiros marcos de lectura correspondentes á

secuencia problema, serán +1 se se comeza a ler dende o primeiro carácter, +2 se se

comeza dende o segundo e +3 se se comeza dende o terceiro. Por outro lado os tres

marcos seguintes, correspondentes á secuencia reversa complementaria, serán -1 se se

comeza a ler dende o primeiro carácter, -2 se se comeza dende o segundo e -3 se se

comeza dende o terceiro.

Estadística da secuencia

Porcentaxe de nucleótidos:

A: 112 nucleótidos 23.52%

C: 120 nucleótidos 25.21%

G: 136 nucleótidos 28.57%

T: 108 nucleótidos 22.68%

Porcentaxe de dímeros:

AA: 24 dímeros 5.04%

AC: 28 dímeros 5.88%

AG: 32 dímeros 6.72%

AT: 28 dímeros 5.88%

CA: 48 dímeros 10.08%

CC: 28 dímeros 5.88%

CG: 20 dímeros 4.2%

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Pérez

Carlos de Paz

CT: 24 dímeros 5.04%

GA: 20 dímeros 4.2%

GC: 44 dímeros 9.24%

GG: 32 dímeros 6.72%

GT: 40 dímeros 8.4%

TA: 19 dímeros 3.99%

TC: 20 dímeros 4.2%

TG: 52 dímeros 10.92%

TT: 16 dímeros 3.36%

Porcentaxe de tripletes:

AAA: 8 tripletes 1.68%

AAC: 4 tripletes 0.84%

AAG: 8 triplete 1.68%

AAT: 4 tripletes 0.84%

ACA: 8 tripletes 1.68%

ACC: 12 tripletes 2.52%

ACG: 0 tripletes 0%

ACT: 8 tripletes 1.68%

AGA: 0 tripletes 0%

AGC: 12 tripletes 2.52%

AGG: 4 tripletes 0.84%

AGT: 16 tripletes 3.36%

ATA: 8 tripletes 1.68%

ATC: 8 tripletes 1.68%

ATG: 8 tripletes 1.68%

ATT: 4 tripletes 0.84%

CAA: 8 tripletes 1.68%

CAC: 8 tripletes 1.68%

CAG: 16 tripletes 3.36%

CAT: 16 tripletes 3.36%

CCA: 16 tripletes 3.36%

CCC: 8 tripletes 1.68%

CCG: 4 tripletes 0.84%

CCT: 0 tripletes 0%

CGA: 8 tripletes 1.68%

CGC: 4 tripletes 0.84%

CGG: 4 tripletes 0.84%

CGT: 4 tripletes 0.84%

CTA: 0 tripletes 0%

CTC: 0 tripletes 0%

CTG: 16 tripletes 3.36%

CTT: 8 tripletes 1.68%

GAA: 8 tripletes 1.68%

GAC: 8 tripletes 1.68%

EBT / CSLACC2 / 04 OPERACIÓNS SINXELAS CON SECUENCIAS

FECHA INICIO: FECHA FINALIZACIÓN: TIEMPO EMPLEADO

(HORAS) CONTROLADA:

SI [ ] / NO [ } 01/12/13 06/12/13 4

ELABORADO POR: REVISADO POR: APROBADO POR:

Página 5 de 5 Noelia Deibe

Pérez

Carlos de Paz

GAG: 0 tripletes 0%

GAT: 4 tripletes 0.84%

GCA: 16 tripletes 3.36%

GCC: 4 tripletes 0.84%

GCG: 16 tripletes 3.36%

GCT: 8 tripletes 1.68%

GGA: 4 tripletes 0.84%

GGC: 4 tripletes 0.84%

GGG: 16 tripletes 3.36%

GGT: 8 tripletes 1.68%

GTA: 4 tripletes 0.84%

GTC: 12 tripletes 2.52%

GTG: 20 tripletes 4.2%

GTT: 4 tripletes 0.84%

TAA: 0 tripletes 0%

TAC: 8 tripletes 1.68%

TAG: 8 tripletes 1.68%

TAT: 3 tripletes 0.63%

TCA: 8 tripletes 1.68%

TCC: 4 tripletes 0.84%

TCG: 0 tripletes 0%

TCT: 8 tripletes 1.68%

TGA: 8 tripletes 1.68%

TGC: 24 tripletes 5.04%

TGG: 8 tripletes 1.68%

TGT: 12 tripletes 2.52%

TTA: 7 tripletes 1.47%

TTC: 0 tripletes 0%

TTG: 8 tripletes 1.68%

TTT: 0 tripletes 0%

Fuentes de información consultadas

http://www.dnai.org/geneboy/

http://www.marcoregalia.com/STUFF/UDISTRITAL/Bioinformatica/Actividades/Resumenes%20

Clases/Openreadingframes.html