Métodos de “Cluster”: UPGMA

Los árboles filogenéticos pueden estar basados en matrices de distancias, obteniendo estas distancias entre pares de unidades operacionales taxonómicas (OTU, las siglas en inglés). Usando estas distancias se pueden aplicar los clásicos procedimientos de “agrupamientos” tratados por los métodos multivariantes que nos entrega la Estadística.

A continuación graficaremos un ejemplo de método UPGMA (Unweighted Pair Group

Method with Arithmetic mean), donde las OTUs serán secuencias de ADN, y elegiremos una región llamada HAR1 Por Katerine Pollard para los humanos y las regiones análogas para otras especies.

1),(ln4

3ln4

3),(

jiqjiK secuencialadelongitud

jsec.conisec.aciertosdesfrecuencia),( jiq

desaciertos

Nota: La distancia de Jukes-Cantor será explicada en extenso en los métodos de máxima verosimilitud

0.0047450.004745

Hey, mickey mouse, somos los que

estamos más cerca.

En efecto, rata de alcantarilla,

repartamos esa distancia

en partes iguales

0.0047450.004745

0.009550.00955

ey!, mouse de laboratorio, tú

mide tu distancia con el resto, que yo haré lo mismo

De acuerdo rata asquerosa, pero

luego promediamos,

vale?

Nos repartimos en partes iguales nuestra

distancia

0.0047450.004745

0.009550.00955

Desde este nivel hasta arriba nos

hemos repartido en

partes iguales la distancia

0.02815

0.01860.023405

Vaya, estamos más cerca de

los “domésticos

que del hombre

Me he medido con cada uno de los “domésticos” y luego he

promediado. Lo mismo ha hecho cada “doméstico” con el grupo de

las ratitas

0.0047450.004745

0.009550.00955

0.023405

0.02815

0.0858

0.0577

Promediamos la distancia de cada uno de

nuestro grupos con el

“humanito” ese

… y como antes, nos repartimos en

partes iguales esa distancia

Hurra! Según la Katherine Pollard, este segmento es el que “nos hace

humanos”

Problemitas

Realice un árbol mediante la distancia de Juker y Cantor.

Realice un árbol mediante la distancia de “desencuentros”

Solución problema 1

Solución problema 2