Importancia de la supercomputadora Miztli para estudios

de genética en especies vulnerables

Desarrollo

En el proyecto titulado: Genómica Poblacional del tiburón toro (Carcharhinus leucas) se utilizó el software científico Stacks, mediante su implementación en la Supercomputadora de la UNAM: Miztli. Durante el desarrollo de mi proyecto, me incorporé al programa de becarios de la Coordinación de Supercómputo, y junto con ellos elaboré una guía de uso para dicho programa computacional, con la finalidad de facilitar su uso. La guía elaborada consta de una base teórica para entender el funcionamiento del software¸ ejemplos de trabajos ya publicados y de un script, mediante el cual puede probarse el correcto funcionamiento del programa.

Introducción Las poblaciones naturales de numerosas especies se encuentran amenazadas, debido, entre otros factores, a la degradación de su hábitat, su comercialización y al Cambio Climático Global. El desarrollo y utilización de herramientas científicas es fundamental para su conservación, dentro de las cuales, los datos genéticos han contribuido en el conocimiento de la biología reproductiva, estructura genética, taxonomía, etc., en diversas especies. Mediante las denominadas técnicas de Secuenciación de Nueva Generación (NGS, por sus siglas en inglés), es posible llevar a cabo la secuenciación a gran escala de cualquier ácido nucleico (ADN y ARN), lo que brinda mayor información acerca de aspectos biológicos y evolutivos (Supple y Shapiro 2018). El análisis de datos NGS, requieren del uso de herramientas bioinformáticas, siendo Stacks (Catchen et al. 2013) uno de los programas computacionales más utilizados para la construcción de loci, a partir de fragmentos cortos de ADN. Este software permite buscar variantes genéticas para análisis filogeográficos, mapeo del genoma y genético-poblacionales, por lo que su uso se ha expandido dentro de diversos estudios.

Bibliografía Catchen J, Hohenlohe PA, Bassham S, et al (2013) Stacks: An analysis tool set for population genomics. Mol Ecol 22:3124–3140. doi: 10.1111/mec.12354 Supple and Shapiro , Conservation of biodiversity in the Genomics era. Genome Biology (2018) 19:131 https://doi.org/10.1186/s13059-018-1520-3

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Genómica poblacional del tiburón toro (Carcharhinus leucas) en el Caribe y Golfo de México

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Licencia creative commons

Conclusiones El uso de recursos de supercómputo, hace posible el análisis preciso de datos científicos para el desarrollo de investigaciones enfocadas en la conservación de especies, cuidado de los recursos naturales y de la salud. La colaboración entre usuarios y administradores de supercómputo, fortalece, y mejora el uso, la divulgación y aprovechamiento de software científico.

Nadia Sandoval Laurrabaquio Alvarado1 y Silvia Frausto 2

Posgrado en Ciencias del Mar y Limnología, UNAM1

Coordinación de Supercómputo, UNAM 2

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Coloquio de Supercómputo 2020

Foto: Inti Iván Sánchez

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Agradecemos los recursos de Supercómputo asignados al proyecto: LANCAD-UNAM-DGTIC-341