diversidad de bacterias endofiticas y sus impactos …

66
INSTITUTO POLITÉCNICO NACIONAL ESCUELA NACIONAL DE CIENCIAS BIOLÓGICAS SECCIÓN DE ESTUDIOS DE POSGRADO E INVESTIGACIÓN Departamento de Microbiología Bacterias endofíticas aisladas de fresa (Fragaria × ananassa Dutch.) y su impacto sobre plantas de interés agrícola T E S I S QUE PARA OBTENER EL GRADO DE MAESTRIA EN CIENCIAS QUIMICOBIOLÓGICAS P R E S E N T A Q.F.B. Denisse Ramírez Rodríguez DIRECTORES DE TESIS: DR. EN TAO WANG HU DRA. AÍDA VERÓNICA RODRÍGUEZ TOVAR México, D. F. Junio 2010

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Page 1: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

INSTITUTO POLITÉCNICO NACIONAL

ESCUELA NACIONAL DE CIENCIAS BIOLÓGICAS

SECCIÓN DE ESTUDIOS DE POSGRADO E INVESTIGACIÓN

Departamento de Microbiología

Bacterias endofíticas aisladas de fresa

(Fragaria × ananassa Dutch.) y su impacto sobre

plantas de interés agrícola

T E S I S

Q U E P A R A O B T E N E R E L G R A D O D E

M A E S T R I A E N C I E N C I A S

Q U I M I C O B I O L Ó G I C A S

P R E S E N T A

Q . F. B . Den i s se Ra mí r e z Ro d r í gu e z

DIRECTORES DE TESIS:

DR. EN TAO WANG HU

DRA. AÍDA VERÓNICA RODRÍGUEZ TOVAR

México, D. F. Junio 2010

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ii

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iii

APOYOS Y RECONOCIMIENTOS

El presente trabajo se desarrolló en el Laboratorio de Ecología Microbiana del

Departamento de Microbiología en la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas del

Instituto Politécnico Nacional bajo la dirección del Dr. En Tao Wang Hu y la Dra. Aída

Verónica Rodríguez Tovar.

La sustentante fue becaria del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología

(CONACYT), durante el periodo febrero 2008 a diciembre 2009 del Programa

Institucional de Formación de Investigadores (PIFI) de febrero de 2008 a junio 2010 y

de la beca extraordinaria de posgrado del IPN de febrero a junio de 2010.

Este trabajo fue financiado por la Secretaria de Investigación y Posgrado el IPN

por parte de los siguientes proyectos:

Bacterias endofíticas y simbióticas de la planta de fresa y frijol. Clave SIP

20080322

Caracterización molecular de las bacterias endofíticas y simbióticas de las plantas

de fresa y frijol en México Clave SIP 20090179

Diversidad de los microorganismos simbióticos- endófitos y sus potenciales en

agricultura y biotecnología Clave SIP20100067

Page 4: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

iv

AGRADECIMIENTOS

Al Dr. En Tao y a la Dra. Aída mis directores de tesis por su apoyo durante mi

formación y mi estancia en la ciudad.

A la Dra. Soledad por todo su apoyo y la orientación en este trabajo.

A mis sinodales por tomarse el tiempo de revisar, corregir y comentar esta tesis:

Dr. Carlos Fabián Vargas Mendoza, Dra. Janet Jan Roblero, Dra. Enriqueta F. Amora

Lazcano, Dra. Soledad Vásquez Murrieta.

Y a todos aquellos laboratorios que colaboraron, prestaron instalaciones y me

brindaron el material necesario para terminar esta tesis. Muchas gracias.

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v

DEDICATORIA

A Dios gracias por la vida y permitirme culminar esta linda etapa.

A mis padres José Virgilio y María de la Paz por todo su apoyo en cada etapa de

mi vida, por sus consejos, por su ejemplo, por siempre tener una palabra de aliento en

los momentos mas difíciles. A ellos dedico este gran esfuerzo.

A mis hermanos Itzel, Juan Carlos y José Antonio por esa manera tan especial de

vivir la vida, porque siempre han hecho mi vida mas divertido, por ser mis compañeros

en todas mis travesuras.

A mi sobrina que aun siendo bebé me da muchos ánimos para seguir adelante.

A David por estar a mi lado, por apoyarme por estar conmigo en momentos

importantes, por ser mi compañero y gran amigo.

A los grandes amigos que conocí Claudia, Alma, Esmeralda, Myrtha, Andy,

Sofía, Julio, Oliver, Yane, Aline, Edson, Juan… gracias por todo su apoyo, por que

estuvieron a mi lado, por darme ánimos y siempre hacerme reír, por sus consejos y por

que gracias a ustedes conocí a la verdadera Denisse.

Page 6: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

i

ÍNDICE GENERAL

Capítulo Páginas

ÍNDICE GENERAL i

ÍNDICE DE TABLAS iii

ÍNDICE DE FIGURAS iv

RESUMEN v

ABSTRACT vi

I. INTRODUCCIÓN 1

1.1 Historia del cultivo de fresa 1

1.2 Clasificación de la fresa 2

1.3 Características de la fresa 2

1.4 Importancia económica del cultivo de fresa en México 3

1.5 Relación planta – endófitos 5

1.6 Bacterias endofíticas 6

1.7 Bacterias endofíticas como promotoras del crecimiento vegetal 8

II. ANTECEDENTES 10

III. JUSTIFICACIÓN 12

IV. OBJETIVOS 13

4.1 Objetivo general 13

4.2 Objetivos particulares 13

V. MATERIALES Y MÉTODOS 14

5.1 Diagrama general de trabajo 15

5.2 Muestreo 15

5.3 Análisis fisicoquímico del suelo 15

5.4 Aislamiento de bacterias endofíticas 15

5.5 Identificación molecular de aislados 17

5.5.1 Extracción de DNA genómico 17

5.5.2 Amplificación del gen 16S rDNA por PCR 18

5.5.3 Análisis filogenético 18

5.6 Caracterización fenotípica de los aislados 19

5.6.1 Producción de Ácido Indol Acético (AIA) 19

Page 7: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

ii

5.6.2 Solubilización de fosfato inorgánico 20

5.6.3 Fijación Biológica de Nitrógeno (FBN) 20

5.7 Evaluación del inóculo en cultivos de interés agrícola 20

5.7.1 Efecto de la producción de fitohormonas (AIA)

trigo y alfalfa 20

5.7.1.1 Trigo (Tritricum aestivum) y alfalfa (Medicago sativa) 22

5.7.2 Evaluación del efecto de las bacterias solubilizadoras de fosfato

tricálcico en bioensayos con cultivo de trigo y alafalfa 23

5.7.2.1 Diseño experimental 23

5.7.2.2 Trigo (Tritricum aestivum) y alfalfa (Medicago sativa) 24

5.8 Análisis estadístico 25

VI. RESULTADOS 27

6.1 Análisis fisicoquímico del suelo 27

6.2 Aislamiento de bacterias endofíticas 28

6.3 Identificación molecular de aislados 29

6.4 Caracterización fenotípica de los aislados 32

6.4.1 Producción de Ácido Indol Acético (AIA) 32

6.4.2 Solubilización de fosfato tricálcico Ca3(PO4)2 33

6.4.3 Fijación biológica de nitrógeno: Reducción de Acetileno (ARA) 35

6.5 Evaluación de la producción de fitohormonas en plantas 35

6.6 Movilización del fosforo inorgánico a nivel de invernadero 38

VII. DISCUSIÓN 41

VIII. CONCLUSIONES 46

IX. REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS 47

X. ANEXOS 54

Page 8: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

iii

ÍNDICE DE TABLAS

Número Páginas

Tabla 1. Origen y nombres de las principales variedades de fresa cultivadas en México.

Tabla 2. Bacterias endofíticas aisladas de plantas de interés agrícola y función dentro de

la planta.

Tabla 3. Características fisicoquímicas de los suelos.

Tabla 4. Unidades formadoras de colonia de bacterias endofíticas provenientes de hojas

y raíces de la planta de fresa.

Tabla 5. Identificación molecular de los aislados obtenidos de hoja y raíz.

Tabla 6. Índices de solubilización de fosfatos.

Tabla 7. Resumen de los aislados identificados y sus características fenotípicas.

Tabla 8. Evaluación del efecto de la producción de fitohormona en alfalfa.

Tabla 9. Evaluación del efecto de la producción de fitohormona en trigo.

Tabla 10. Evaluación del efecto de la solubilización de fosfato en alfalfa.

Tabla 11. Evaluación del efecto de la solubilización de fosfato inorgánico en trigo.

Page 9: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

iv

ÍNDICE DE FIGURAS

Número Páginas

Figura 1. Planta de fresa.

Figura 2. Diagrama de las diferentes interacciones endofíticas planta-bacteria y sus

efectos sobre la planta.

Figura 3. Sitios donde se recolectaron las plantas de fresa.

Figura 4. (a) Porcentaje de bacterias endofíticas solubilizadoras de fosfato. (b)

formación de halos de solubilización.

Figura 5. Amplificado del gen 16S rDNA.

Figura 6. Dendograma de las secuencias parciales del gen 16s rRNA con el iniciador

FD1.

Figura 7. Curva de calibración de AIA.

Figura 8. Aislados de hoja que presentaron producción de AIA.

Figura 9. Aislados que se obtuvieron de raíz con producción de AIA.

Figura 10. Bacterias endofíticas solubilizadoras de fosfato.

Figura 11.Análisis de los componentes principales (ACP) para fitohormona en alfalfa.

Figura 12. Análisis de los componentes principales (ACP) para fitohormona en trigo.

Figura 13. Análisis de los componentes principales (ACP) para solubilización de

fosfatos en alfalfa.

Figura 14. Análisis de los componentes principales (ACP) para solubilización de

fosfatos en trigo.

Page 10: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

v

RESUMEN

Aunque se desconoce la participación de las bacterias endofíticas, se ha demostrado

promueven el crecimiento de la planta; solubilizan nutrientes indispensables como

fósforo o contribuyen a asimilar el nitrógeno en las plantas. Actualmente se considera a

México como un productor y exportador importante de fresa y para mantener su posición

en el mercado internacional, existe interés en mejorar la producción del cultivo. Por lo

tanto, este trabajo se enfocó en aislar las bacterias que se encuentran en tejidos de esta

planta; así como también, se evaluó el efecto que pueden tener en otras plantas. Se

recolectaron plantas de fresa procedentes de los estados de Guanajuato y México. Se

aislaron bacterias endofíticas de raíces y hojas desinfestando previamente la superficie de

éstas. La mayor distribución de bacterias endofíticas se encuentra en la raíz y esta

influenciada por la disponibilidad de nutrientes y por la competencia con las bacterias de

la rizósfera; El aislamiento e identificación de las bacterias endofíticas se llevo a cabo por

métodos convencionales de cultivo y métodos moleculares. Para su identificación

molecular se extrajo el DNA de los aislados y se secuenció sus genes 16S rDNA aislados

relacionados con los géneros Pseudomonas, Bacillus, Paenibacillus, Rhizobium,

Arthrobacter, Rhodococcus, Staphylococcus, Burkholderia y Agrobacterium. Siendo

Pseudomonas el género de mayor abundancia. Las bacterias endofíticas aisladas tienen la

capacidad de solubilizar nutrientes indispensables para la planta, como el fosfato;

además producen fitohormonas, como el ácido indol acético, que promueve el

crecimiento vegetal por lo que se proponen como bioinoculantes por otra parte los

aislados que presentaron mayor producción de AIA fueron BE048 y BE036 los cuales se

evaluaron como productoras de fitohormonas a nivel invernadero. BE068 y BE080

solubilizaron el fosfato tricálcico y movilizaron fosforo hacia la planta; estos aislados

pertenecen al género Pseudomonas fluorescens. Finalmente se inocularon en plantas de

alfalfa y trigo, para evaluar su potencial como bacterias promotoras del crecimiento,

Page 11: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

vi

ABSTRACT

Until today the role of bacteria inside plants is still unknow; it has been demonstrated

that endophytic bacteria are in a close contact with the plant, wich can be attribuited to

its ability to increase plant growth, solubilization of essential nutrients as phosphorus or

its help in nitrogen fixation in plants. Nowadays, Mexico is considered a main

strawberry productor and exporter and to be able to keep said level in the worldwide

market, the concern about the improvement of its production has increased recently;

that’s why this work was focused in the isolation of bacteria from the internal tissue of

this plant; as well as the assessment of a putative effect on plant growth. Strawberry

plants from the states of Guanajuato and México were sampled and bacteria were

isolated from superficially disinfested leafs and roots. The majority of the isolated were

obtained from root, and this distribution its supposed to be influenced by the availability

of nutrients and the minor competition against rhizosphere bacteria. Molecular and

traditional methodologies were used for the characterization and identification of the

isolates. For the molecular identification, the DNA from each isolated was obtained and

its 16S rRNA gene was sequenced, finding strains closely related to the genera

Pseudomonas, Bacillus, Paenibacillus, Rhizobium, Arthrobacter, Rhodococcus,

Staphylococcus, Burkholderia and Agrobacterium, being Pseudomonas the genera with

the most isolates. These strains have the capacity to solubilize essential nutrients for the

plant as indole acetic acid wich promotes the plant growth; based on these features, our

isolates can be suggested as bioinoculants for the improvement of crops. Based on these

results, the strains BE048 and BE036 are the best IAA producers an because of this

were selected for a greenhouse test. The strains BE068 and BE080 were able to

solubilize tricalcic phosphate and were tested as phosphorus solubilizer in plants. These

isolates belong to the species Pseudomonas fluorescens and wheat and alfalfa seedlings

were inoculated with these strains to assess its potential as growth promoting bacteria

under different treatments and the results were analized statistically.

Page 12: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

1

I. INTRODUCCIÓN

1.1 Historia del cultivo de Fresa

Por el año 1400, se comenzó a cultivar en las laderas del sur de los Alpes la fresa

“alpina” (Fragaria moschata) que se distinguía por ser un planta con buen desarrollo y

frutos de un olor a almizcle. Alrededor del 1600 la planta de F. moschata fue llevada

por los colonizadores a América del Norte donde se adaptó muy bien en las costas del

Este. En 1614, el misionero español Alfonso Ovalle descubrió en Chile, cerca de la

población de Concepción, unos frutos grandes de fresas, que fueron clasificados

posteriormente como Fragaria chiloensis

(http://www.proexant.org.ec/Manual_Frutilla.html). Por otro lado, otros misioneros

documentaron otra especie nativa en el Norte de América, nombrándola Fragaria

virginiana (Ashman 1998).

En 1714, iniciaron los primeros trabajos de mejoramiento a través de

cruzamientos e hibridaciones. Del cruzamiento entre las especies de Fragaria chiloensis

y Fragaria virginiana se obtuvo una subespecie híbrida de mejor rendimiento y de

frutos grandes, la cual se clasificó como Fragaria × ananassa Dútchense, y entonces

regresó a América del Norte como un híbrido domesticado

(http://www.proexant.org.ec/Manual_Frutilla.html), a partir de este híbrido se han

desarrollado las variedades cultivadas actualmente (Stuadt 1989).

Cabe destacar que los trabajos de mejoramiento a través de cruzamientos e

hibridaciones usando especies americanas continuaron realizándose por varios

investigadores a finales del siglo XVIII. A partir de 1900, la Universidad de California,

EUA intensificó notablemente los trabajos de mejoramiento genético.

La fresa es una de las frutas de mayor aceptación mundial, utilizándose a nivel

comercial como producto de exportación e importación ya sea estado de congelación o

bien como producto fresco, también se utiliza en medicina y repostería como

saborizante (Zabetakis 1997).

Page 13: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

2

Macías Rodríguez et al. (2002) señala que la composición química y los

atributos de calidad de la fresa se ven altamente influenciados por la combinación de

varios factores genéticos (variedad) y geográficos (clima y suelo, entre otros).

1.2 Clasificación de la Fresa

Familia Rosaceae

Subfamilia Rosoideae

Tribu Potentilleae

Género Fragaria

Especie Fragaria vesca, Fragaria dioica, Fragaria chiloensis

Fragaria virginiana

Fragaria × ananassa Dutch. es la subespecie híbrida más empleada en cultivos,

caracterizada por el incremento en la demanda de algunos de sus nutrientes como

fósforo, potasio y nitrógeno (Nestby & Tagliavini 2005).

1.3 Características de la fresa

La fresa es una planta perenne que produce brotes nuevos cada año. Presenta una

roseta basal de donde surgen las hojas y los tallos florales, ambos de la misma longitud.

En los tallos florales no presentan hojas. En su extremo aparecen las flores de cinco

pétalos blancos, que pueden ser perfectas (hermafroditas) o imperfectas (unisexuales),

las variedades actuales producen flores hermafrodita (Parker 2000).

Las hojas se subdividen en tres foliolos, pinadas o palmeadas, que se hallan

insertadas en pecíolos pilosos, tiene estipulas en su base y el espesor varía según la

variedad, son de color verde que manifiesta una nervadura destacada al igual que una

gran pilosidad como se observa en la Figura 1(Parker 2000).

El tallo es un eje corto de forma cónica denominado “corona”, a partir de éste se

genera una estructura denominada estolón, los cuales proceden de una planta madura

(planta madre); éstos crecen a lo largo del suelo. Se forman a partir del ápice apical de

la planta y en su extremo final se forma una roseta de hojas que en contacto con el suelo

Page 14: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

3

puede originar raíces; produciendo una planta nueva idéntica a la planta madre (Parker

2000).

La raíz es de aspecto fibroso originada en la corona, presenta raíces primarias y

secundarias. Las raíces primarias o principales son gruesas y de color café oscuro con

una función de soporte. Las raíces secundarias son delgadas y de color marfil, las cuales

presentan una capacidad mayor en la captación de nutrientes (Parker 2000).

El fruto es de color rojo, carnoso, formado a partir del receptáculo floral de una

flor simple; es la parte comestible de la planta. En la superficie presenta múltiples

semillas duras llamadas aquenios de color amarillo. El fruto puede presenta de 150 a

200 aquenios (Figura 1) (Parker 2000).

Figura 1. Planta de fresa. De izquierda a derecha: hoja, flor y fruto (www.organic-city.com).

Las condiciones óptimas de crecimiento de la planta de fresa se presentan en una

gran intensidad de luz. La influencia del suelo, su estructura física y contenido químico

es una de las bases para el desarrollo de la planta, ésta requiere suelos equilibrados,

ricos en materia orgánica, aireados y bien drenados. El pH del suelo debe oscilar entre

6.5 a 7.0, situándose el óptimo en 6.5 e incluso menor (Parker 2000).

1.4 Importancia económica del cultivo de fresa en México

El cultivo de la fresa en México se inició a mediados del siglo pasado, en el

estado de Guanajuato, con variedades procedentes de la región de Lyon, Francia. En un

principio, esta producción apenas incipiente, se concretaba a cubrir las necesidades del

mercado doméstico; sin embargo, no fue sino hasta 1950, cuando la importancia de este

Page 15: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

4

cultivo fue en aumento, debido a la creciente demanda por parte de Estados Unidos, con

el fin de asegurar su consumo durante el periodo invernal. Fue precisamente en ese

momento la posibilidad de México de exportar fresa, lo que originó que la instalación

de congeladoras y empacadoras proliferara en la región fresera de Guanajuato y se

extendiera al estado de Michoacán (http://sagarpa.gov.mx).

Para finales de los años ochenta, nuevas y mejores variedades se introdujeron al

país, y son, las que actualmente se cultivan y comercializan tanto en el mercado

nacional como en el internacional. Entre estas variedades podemos mencionar a la

Pájaro (o Pico de Pájaro como se conoce en algunas regiones del país), Chandler, Selva,

Oso grande, Seascape, Camarosa, Parker, Fern, etc. (Tabla 1) (http://sagarpa.gov.mx).

Tabla 1. Origen y nombres de las principales variedades de fresa cultivadas en México.

Variedades de la Universidad de

California

Variedades de la Universidad de

Florida

Pájaro o Pico de pájaro Camino real

Chandler Ventana

Oso grande Festival

Selva Carisma

Seascape

Camarosa

Parker

Fern

Gaviota

La fresa (Fragaria × ananassa Dutch.) es uno de los frutos mas populares en el

mundo. Se considera a México como un productor nacional importante y exportador de

fresa. Para poder mantener su posición en el mercado internacional existe un enorme

interés para mejorar la producción de fruta y su calidad (Macías-Rodríguez 2002).

En México el cultivo de fresa cubre una superficie de 2,500 a 3,000 hectáreas

(ha) aproximadamente. Los cultivos de fresa se concentran en los estados de

Michoacán, Guanajuato, Baja California Norte, Jalisco y el Estado de México

(Fundación PRODUCE 2003).

Page 16: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

5

De acuerdo a datos dados a conocer por la Secretaría de Agricultura, Ganadería,

Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación (SAGARPA), en el año 2001 cada uno de esos

estados alcanzaron el siguiente monto de producción de fresa medido en toneladas:

Aguascalientes 20, Baja California 31617.88, Baja California Sur 6122.30, Chihuahua

490.80, Durango 18.75, Guanajuato 19585, Jalisco 274.25, Edo. de México 3510.5,

Michoacán 68461.22, Morelos 224.5, Nayarit 360 y Querétaro 3.

La importancia de los cultivos de fresa radica en que es un producto perecedero

rentable, con una creciente posibilidad de expansión de consumo que genera un gran

número de empleos en la época de cosecha y de actividades laborales que se dan en la

industria de congelados, preparados y mermeladas (SEDAGRO 2005).

La mayoría de los cultivares de fresa provienen de clima templado, por lo que

requieren de cantidades moderadas de calor y no responden a altas temperaturas como

otros cultivos (Martínez Téllez et al. 2004).

1.5 Relación planta - endófitos

La palabra endófito se deriva del griego endon, que significa dentro y phyte que

significa planta. De Barry fue el primero en utilizar este término, en el año 1866, al

referirse a hongos viviendo dentro de los tejidos de una planta (Petrini 1986). Hasta la

fecha, el término endófitos se refiere a los microorganismos que pueden ser aislados de

tejidos vegetales desinfestados por superficie o extraídos del interior de la planta, y

visiblemente no perjudican a éstas (Hallman et al. 1997; Schulz & Boyle 2006).

También se puede definir a los endófitos como microorganismos que pueden colonizar

espacios intercelulares y vasculares en tejidos de plantas sin expresar patogenicidad o

proporcionar algún beneficio (Wang et al. 2006). En esta definición, se pueden

diferenciar los endófitos simbióticos y patógenos.

Anteriormente se desconocían las funciones de los endófitos. Inicialmente, las

bacterias endofíticas fueron consideradas como patógenos latentes o como

contaminantes de una incompleta desinfestación incompleta de la superficie, pero desde

entonces varios reportes han demostrado que las bacterias endofíticas son capaces de

promover el crecimiento y la salud de la planta (Compant et al. 2005).

Page 17: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

6

Los microorganismos endófitos también inhibir patógenos, ayudan a remover

contaminantes, solubilizan fosfatos y contribuyen a asimilar el nitrógeno por las plantas.

Algunos endófitos se encuentran desde la semilla, pero otros tienen mecanismos para

colonizar las plantas. Otros son patógenos para humanos, tal es el caso de Salmonella

sp., que se ha encontrado como endófito en zanahoria, y esa bacteria no se ha eliminado

por el procedimiento de desinfestación el cual eliminan las bacterias superficiales

(Rosenblueth et al. 2006).

La estimulación del crecimiento por microorganismos puede ser a consecuencia

de la fijación de nitrógeno (Hurek et al. 2002; Iniguez et al. 2004; Rosenblueth et al.

2006; Sevilla et al. 2001) o la producción de fitohormonas, biocontrol de fitopatógenos

en la zona de raíz a través de la producción de agentes antifúngicos o antibacteriales,

producción de sideróforos o inmunidad (Sessitsch et al. 2002).

1.6 Bacterias endofíticas

Dentro de los endófitos un grupo importante son las bacterias endofíticas, estas

bacterias son universales en las plantas y a su vez cada planta puede tener uno o más

especies. Por eso es de esperarse una gran diversidad de bacterias endofíticas.

Recientemente se han realizado estudios moleculares sobre diversidad de bacterias

endofíticas y han revelado que existe una gran riqueza de géneros y especies

(Rosenblueth et al. 2006).

El número de bacterias endofíticas varia principalmente depende de la planta que

colonizan y la región de donde fueron obtenidas, por ejemplo, existen reportes de

poblaciones de organismos endofíticos diazotróficos en arroz de 102 a 10

3 UFC g

-1

(peso fresco) tanto de raíces y tejidos (Gyaneshwar et al. 2001). En ramas de plantas

cítricas se ha reportado de 103 a 10

4 UFC g

-1 (peso fresco)(Araújo et al. 2002); también

se han reportado en caña de azúcar 102 a 10

6 UFC g

-1 (Mendes et al. 2007).

Se ha reportado que las bacterias endofíticas pueden tener dos efectos

principales (Figura 2). En primer lugar, es posible que, incrementen la capacidad de las

plantas de absorber los nutrientes del suelo, mediante el incremento y desarrollo de

Page 18: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

7

raíces, ayudando a la solubilización de los fosfatos y la fijación biológica del nitrógeno

(Li et al. 2007).

En segundo lugar, se documenta el potencial de estos microorganismos como

agentes controladores de patógenos. Este fenómeno de biocontrol se presenta debido a

que los endófitos pueden establecer una relación mutualista con la planta desde su

interior, mediante la cual le confieren protección contra factores bióticos y abióticos

adversos (Schulz & Boyle 2006).

Figura 2. Diagrama de las diferentes interacciones endofíticas planta-bacteria (Ryan et al. 2008). En esta

figura se muestran las funciones de las bacterias endofíticas en la planta.

Los nichos endofíticos ofrecen protección del ambiente a aquellas bacterias que

puedan colonizar y establecerse en las plantas. Estas bacterias normalmente colonizan

espacios intercelulares y se han aislado en todos los componentes de las planta (Posada

Vega; Ryan et al. 2008).

Producción de plantas y promoción

del crecimiento

Promoción del crecimiento en

la planta/ Fitoestimulación

Solubilización de nutrientes/

captación

Pseudomonas sp.

Enterobacter sp.

Staphylococcus sp.

Azotobacter sp.

Azospirillum sp.

Bacterias Endofíticas

Cultivables/no cultivables

Salud de la Planta y protección

Protección contra patógenos

Producción de compuestos

antimicrobianos

Pseudomonas sp.

Serratia sp.

Clavibacter sp.

Bacillus sp.

Page 19: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

8

Las bacterias endofíticas se han aislado de plantas monocotiledóneas y

dicotiledóneas, que va desde especies de árboles leñosos, tales como roble o peral, hasta

cultivos de plantas herbáceas como la remolacha y el maíz. Los estudios clásicos de la

diversidad de bacterias endofíticas se han enfocado en la caracterización de los aislados

obtenidos de los tejidos internos tras una desinfestación de la superficie de las plantas

con hipoclorito de sodio o algún agente similar (Miche & Balandreau 2001; Ryan et al.

2008).

Franks et al. (2006) dieron una aproximación molecular para el aislamiento y

caracterización de bacterias endófitas y su asociación con la planta. Las comunidades

bacterianas que no habitan tejidos, raíces o tubérculos de diferentes variedades de

plantas fueron analizadas por técnicas moleculares como, T-RFLP (Terminal Restriction

Fragment Length Polymorphism), DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)

usando como marcador molecular para al gen 16S rDNA. Dichas clasificaciones,

demostraron que la mayoría de los microorganismos endófitos promueven la

colonización y fueron identificadas como Cellulomonas sp., Clavibacter sp.,

Curtobacterium sp., Pseudomonas sp. y Mycobacterium sp., además se identifiacron

con otras pruebas de ácidos grasos y utilización de fuentes de carbono (Ryan et al.

2008; Recuenco & Van Vuurde 2000; Zinniel et al. 2002).

El aislamiento de bacterias endofíticas se puede caracterizar por la comparación

de un análisis parcial de la secuencias de los genes 16S rDNA, BOX-PCR y una

caracterización fisiológica con respecto a la utilización de sustratos, producción de

antibióticos, sensibilidad a los metales y resistencia a patógenos (Germaine et al. 2006;

Ryan et al. 2008).

1.7 Bacterias endofíticas como promotoras del crecimiento vegetal

En la rizósfera existe una gran diversidad de bacterias, lo cual ocasiona que en

este ambiente exista una competencia fuerte por los nutrientes y en consecuencia que su

disponibilidad sea limitada. Con base en esos se ha considerado que las bacterias

endófitas pueden tener algunas ventajas competitivas sobre otras bacterias rizosféricas,

ya que la disponibilidad de los nutrientes es mayor en el interior de las plantas y el

Page 20: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

9

número de microorganismos endófitos es menor que los rizosféricos (James 2000;

Muñoz Rojas & Caballero-Mellado 2003).

Considerando que las bacterias se ubican en contacto íntimo con las plantas,

estas podrían brindar beneficios más directos hacia su hospedero. Por ejemplo, la

producción de fitohormonas juega un papel muy importante como reguladoras del

crecimiento y desarrollo de las plantas. De acuerdo con la clasificación convencional

existen cinco grupos de fitohormonas: auxinas, giberelinas, citocinas, etileno, y acido

abscícico. Las fitohormonas contribuyen a la coordinación de diversos procesos

fisiológicos en las plantas incluyendo la regulación de la germinación, formación de

raíz, fructificación y maduración del fruto. Estas, además incrementan la resistencia a

factores ambientales e inducen la supresión y expresión de genes, la síntesis de enzimas,

pigmentos y metabolitos (Tsavkelova et al. 2005).

Los inoculantes bacterianos pueden ser generados a base de bacterias endofíticas

que colonizan la rizósfera antes de penetrar a los tejidos (Azevedo 1998). Estas

bacterias, deben presentar algún mecanismo para una de las siguientes funciones:

Control biológico contra fitopatógenos, producción de fitohormonas o suplemento de

nutrientes para la planta (nitrógeno o fosfato). Aunque los endófitos pueden

interaccionar con las plantas a través de diferentes vías, es importante que los endófitos

se relacionen con el crecimiento de la planta y la producción de moléculas como

auxinas.

Las auxinas son las responsables del crecimiento de la planta por división y

alargamiento de sus células en todos los niveles; este grupo estimula la germinación,

incrementa el xilema y la formación de raíces, controlan procesos vegetativos como

crecimiento, tropismo, floración y fructificación en plantas. Su representante principal,

por ser el mas abundante en la naturaleza es el ácido indol acético (IAA) cuyo precursor

es el aminoácido triptófano (Tsavkelova et al. 2005).

El fósforo es uno de los nutrientes esenciales más importantes para el

crecimiento y desarrollo de las plantas en todas sus etapas fisiológicas, además de

formar parte de biomoléculas vitales para la planta, pero es a la vez el elemento que esta

en menor disposición, ya que rápidamente es inmovilizado después de agregarlo al

Page 21: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

10

suelo como fertilizante (Días et al. 2008). Es posible que las bacterias endofíticas

incrementen la capacidad de las plantas para absorber los nutrientes del suelo, mediante

la solubilización de los fosfatos (Li et al. 2007).

Page 22: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

11

II. ANTECEDENTES

La asociación de los microorganismos endófitos con su hospedero puede ser

mutualista, simbiótica o bien algunos de estos microorganismos son patógenos y estar

en estado de latencia. Actualmente existe un gran interés por estudiar las bacterias

endofíticas, ya que éstas se asocian a una gran cantidad de plantas así como sus posibles

aplicaciones en el área de agrobiotecnología. En la Tabla 2 se muestran algunos cultivos

de los cuales se han aislado dichas bacterias y su posible función dentro de la plantas

(Muñoz & Caballero 2001).

Tabla 2. Bacterias endófitas aisladas de plantas de interés agrícola y función dentro de la planta.

PLANTA REFERENCIA BACTERIAS

ENDOFÍTICAS ORÍGEN FUNCIÓN

Arroz Chantreuli et al. 2000 Bradyrhizobium

japonicum

Rhizobium

leguminosarum

Serratia marcescens

Filipinas

Brasil

México

Bacterias Promotoras del

Crecimiento (PGPB)

Maíz Rosenblueth et al.

2006

Araújo et al. 2001

Burkholderia sp.

Enterobacter sp.

Klebsiella sp.

Bacillus megaterium

México

Brasil

Fitorremediación promueve

resistencia al tolueno

Mayor producción

Papa Azevedo et al. 2008

Sturtz 1995

Sinorhizobium meliloti

Pseudomonas sp.

Brasil

Austria

PGPB

Protección contra patógenos

Cítricos Araújo et al. 2001 Curtobacterium

flacumfaciens

Enterobacter cloacae

Bacillus sp.

Nocardia sp

Brasil Resistencia a infecciones de

patógenos

Caña Jiménez- Salgado et

al. 1997

Gluconobacter

diazotrophicus

Herbaspirillum sp.

México Fijación de nitrógeno

Crecimiento de la planta

La diversidad de las bacterias endofíticas y simbióticas asociadas a las plantas

cultivadas en México y sus interacciones entre sí, son las líneas principales de

investigación en nuestro grupo de trabajo.

En nuestro laboratorio se realizaron investigaciones de los microorganismos

asociados a plantas nativas importantes de México. Se encontró en la leguminosa

arbórea Conzattia multiflora, nativa de México, enterobacterias de los géneros Pantoea

sp., Enterobacter sp., Klebsiella sp., Erwinia sp, y Salmonella sp. como endófitos; las

Page 23: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

12

cuales no tienen un efecto claro en el crecimiento del árbol (Wang et al. 2006). En

alfalfa, otra leguminosa importante en México, se aisló Bacillus sp. y Serratia sp. como

las bacterias endofíticas más abundantes (resultados no publicados). En un trabajo del

efecto del hongo micorrízico arbuscular Glomus intraradices sobre la planta de fresa

Fragaria x ananassa, también se encontraron bacterias endofíticas en las raíces y hojas

del orden de 107 y 10

4 UFC g

-1 de tejido fresco, aunque no hubo más caracterizaciones

sobre estas bacterias. La abundancia de éstas en la planta se incrementó con la

inoculación del hongo micorrízico (datos no publicados).

Lo anterior demostró que un gran número de géneros y especies bacterianas se

puede encontrar en diferentes plantas, las cuales son importantes para las actividades

agrícolas de México. Estos resultados y los de otros grupos de investigación han

causado gran interés en nuestro grupo de trabajo sobre la diversidad e impacto de las

bacterias endofíticas asociadas a las plantas en México, además del potencial uso que

pueden tener en la agrobiotecnología.

Page 24: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

13

III. JUSTIFICACIÓN

México ocupa uno de los primeros lugares a nivel mundial como productor y

exportador de fresa. Los estados de Baja California, Michoacán y Guanajuato son los

mayores productores de este cultivo.

Se ha demostrado que las bacterias endofíticas pueden promover el crecimiento

de las plantas debido a la producción de fitohormonas y solubilización de nutrientes.

En México existe una gran diversidad de estudios enfocados a las asociaciones

planta-microorganismo en cultivos agrícolas; aún no existe evidencia experimental de

trabajos sobre la interacción de bacterias endofíticas en la planta de la fresa.

Considerando lo anterior este trabajo se realizará con el fin de identificar a las

bacterias que se encuentran eneolíticas de la planta de fresa y el efecto que pueden

ejercer al colonizar los tejidos de plantas, además de que podrían utilizarse como

bacterias promotoras del crecimiento en fresa y otros cultivos de importancia agrícola.

Page 25: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

14

IV. OBJETIVOS

4.1 Objetivo General

Aislar, caracterizar e identificar las bacterias endofíticas de Fragaria ×

ananassa Dutch. y evaluar su efecto en plantas de interés agrícola.

4.2 Objetivos particulares

Cuantificar y aislar de bacterias endofíticas de hojas y raíces de la planta de

fresa.

Identificar molecular de las bacterias aisladas basadas en el marcador molecular

16S rDNA.

Evaluar el efecto de la producción de fitohormona en alfalfa y trigo por los

aislados endofíticos de Fragaria × ananassa Dutch.

Page 26: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

15

V. MATERIALES Y MÉTODOS

El diseño general del trabajo experimental fue el siguiente.

5.1 Diagrama general de trabajo

Muestreo de

plantas de fresa

Análisis Fisicoquímico

del suelo

Cuantificación de

bacterias endofíticas

pH

Nitrógeno

Fósforo

Potasio

Aislamiento de bacterias en

raíces y hojas

Purificación y conservación

de aislados

Secuenciación

Identificación molecular

de aislados

Caracterización fenotípica de

aislados

Análisis de diversidad

Fijación de Nitrógeno

Producción de IAA

Solubilización de fosfatos

Selección de aislados

Evaluación del efecto de los

aislados en plantas de interés

agrícola

Page 27: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

16

5.2 Muestreo

Las plantas se recolectaron de dos estados de la República Mexicana en las

cuales se cultiva fresa.

En el Estado de México: Ixtapan de la sal. Rancho “La Finca”. Municipio Villa

Guerrero.

En el estado de Guanajuato: Irapuato. Rancho “El Cohecillo” carretera rumbo a

Abasolo km6 (Figura 3).

Figura 3. Sitios de muestreo de izquierda a derecha Rancho “La Finca”, Estado de México; Rancho “El

Cohecillo”, Guanajuato.

Se recolectaron 5 plantas de cada lugar; en el mes de febrero 2008, durante la

temporada de cosecha, las plantas pertenecían a la variedad Camino Real; a este cultivo

se adicionaba fertilizantes y en ese campo se lleva a cabo la rotación de cultivos como

sorgo y trigo para alimento de ganado. La planta fue extraída del suelo a una

profundidad de 30 cm aprox.

5.3 Análisis fisicoquímico del suelo

Se realizó un análisis del suelo del área del cultivo bajo las siguientes metodologías:

a) pH: Se pesaron 10 g de suelo y se colocaron en un vaso de precipitado de

150ml, al cual se le agregaron 10 mL de CaCl2 0.01 M se mezcló y

posteriormente se tomaron las lecturas con un potenciómetro previamente

calibrado (Jackson 1970).

Page 28: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

17

b) Nitrógeno total, fósforo total y potasio: Estos análisis se realizaron en un

laboratorio externo. Previamente las muestras fueron secadas y tamizado. La

prueba de nitrógeno total se realizo por método de Kjeldahl, el fosforo por el

método de Olsen y el Potasio por la técnica de flavometría.

5.4 Cuantificación y aislamiento de bacterias endofíticas

Para la obtención de bacterias endofíticas se realizó la metodología citada por Wang

et al. (2006). Se realizó un conteo de Unidades Formadoras de Colonias (UFC) en 1g de

muestra de tejido fresco.

Los aislados fueron seleccionados con base en su morfología colonial y agrupados;

se realizó una tinción de Gram para su caracterización morfológica (Vincent 1970).

Para el proceso de purificación los aislados se resembraron hasta la obtención de

un cultivo puro y para la conservación, se sembraron en caldo PY, y después se

adicionó 500 µl de glicerol al 40% v/v, esto se hizo por duplicado. Se almacenaron a -

20ºC y posteriormente se pasaron a -70ºC.

5.5 Identificación molecular de los aislados

5.5.1 Extracción del DNA Genómico

Se extrajo DNA de los aislados por la técnica del CTAB propuesta por Allers &

Lichten 2000 y modificada por Rodríguez Tovar (ver anexo).

Para evaluar la calidad del DNA extraído primero se realizó una electroforesis

colocando 3 µl del DNA en un gel de agarosa al 1% (w/v) corrido a 70 volts durante 45

minutos utilizando un regulador de TBE 1X, después el gel se tiñio con 0.5 µl ml-1

de

bromuro de etidio durante 5 min y se observó bajo luz UV (Sambroock et al. 2002).

Page 29: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

18

5.5.2 Amplificación del gen 16sDNA

El gen 16S rDNA se amplificó utilizando los siguientes iniciadores fD1 (5´-

AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG-3´) y rD1 (5´-AAG GAG GTG ATC CAG CC-

3´). Estos iniciadores son universales y están derivados de las regiones conservadas del

gen 16S rDNA (Weisburg et al. 1991).

La reacción de PCR se llevó a cabo en un volumen de reacción de 100 μL,

conteniendo 50 μg de DNA molde, 5 μL de regulador (10 mM Tris-Cl [pH 9.0] a 25ºC,

50 μM de KCl, 1% Triton X-500), 1.5 mM de MgCl2, 200 μM de cada dNTP, 0.1 μM

de cada iniciador y 2.5 U de Taq polimerasa. Bajo los siguientes ciclos y temperaturas

primer ciclo de 5 min a 95ºC, 35 ciclos de desnaturalización (2 min a 94ºC),

alineamiento (30 s a 42ºC), y extensión (4 min a 72ºC) y un extensión final (10 min a

72ºC) Los productos de PCR se visualizaron mediante una electroforesis en gel de

agarosa al 1% teñido con bromuro de etidio.

,.

Los productos finales de la amplificación del gen 16S rRNA de todas las cepas

se purificaron mediante un kit de purificación, kit PCR DNA purification (Quiagen).

Las secuencias se realizaron externamente por el Laboratorio de Bioquímica Molecular

Unidad de Biología, Tecnología y Prototipos (UBIPRO) FES IZTACALA, UNAM,

mediante el sistema ABI 3100 de 16 capilares que utiliza el MÉTODO BIG DYE

Terminator fluorescence based sequencing para análisis de secuencia y utiliza la Matrix

DS-30 para análisis de los fragmentos.

5.5.3 Análisis filogenéticos

Las secuencias obtenidas se sometieron a una búsqueda en el Gen Bank por

medio del programa BLASTN versión 2.2.3 en la página de la NCBI

(http://ncbi.nlm.nih.gov/).

Posteriormente se realizó un alineamiento múltiple con el programa CLUSTAL

W Múltiple Alignment, las secuencias se editaron con el .programa SEAWIEW, para

finalmente construir un árbol filogenético empleando el programa MEGA utilizando el

método de agrupamiento de “neighboor joining” y un análisis de bootstrap de 1000

Page 30: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

19

repeticiones. Se usó el programa MODEL TEST para elegir el modelo de sustitución

más apropiado de acuerdo a los datos (Thompson et al. 1997).

5.6 Caracterización Fenotípica de los Aislados Representativos

5.6.1 Producción de indoles: Ácido Indolacético (AIA)

Se utilizó el protocolo de Glickmann - Dessaux (1994) con medio King B (Peptona

20 g L-1

; K2HPO4 1.15 g L-1

; MgSO4. 7H2O 1.5 g L-1

; Glicerol 1.5% vol/vol) con

triptófano a una concentración de 0.5 g L-1

. Los aislados fueron inoculados y se

incubaron a 28ºC en agitación durante 48 h, posteriormente, se centrifugó a 10000 rpm

durante 5 min y se tomó 1 mL del sobrenadante al cual se le agregó 2 mL del reactivo

de Salkowski (421.1 mL de H2SO4 concentrado; 10.81 g FeCl3) para tener una relación

1:2. La absorbancia fue leída a 530 nm de longitud de onda. Para conocer la

concentración de AIA se realizó una curva patrón a diferentes concentraciones de AIA:

0, 2, 4, 8, 10, 15, 20, 30 µg mL-1

. Con base en esta curva se calculó la concentración de

AIA producido por los aislados.

5.6.2 Solubilización de fosfato inorgánico

Para esta prueba se siguió la metodología citada por Nautiyal 1999 en donde se

utilizó el medio NBRIP el cual contiene: Glucosa 10 g; Ca3(PO4)2 5 g; MgCl2.6H2O 5 g;

MgSO4.7H2O 0.25 g; KCl 0.2 g; (NH4)2SO4 0.1 g; Agar 18 g en 1 L de agua destilada.

Las bacterias se sembraron por picadura en placa y se incubaron durante 7 días a

28ºC hasta la aparición de halos claros alrededor de la colonia. Después se midió el

tamaño de los halos y se calculó el índice se solubilización según la siguiente fórmula:

Índice de Solubilización = A/B

Donde: A= diámetro de la colonia + diámetro del halo

B= diámetro de la colonia (Kumar y Narula 1999)

Page 31: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

20

5.6.3 Prueba de fijación biológica de nitrógeno

Para esta prueba se utilizó el medio Bridges, el cual es un medio sin fuente de

nitrógeno y su composición es K2HPO4 6.3 g L-1

; NaH2PO4 1.9 g L-1

; MgSO4 0.1 g L-1

;

Na2MoO4 0.008 g L-1

; Citrato férrico 0.008 g L-1

; Tioglicolato de sodio 0.5 g L-1

;

Glucosa 20 g L-1

.

Se inoculó el medio líquido con cada uno de los aislados y se dejaron incubar

durante 7 días, aquellas que resultaron positivas se volvieron a inocular en este mismo

medio para comprobar su crecimiento.

Después se midió la actividad de la enzima nitrogenasa en un cromatógrafo de

gases mediante la prueba de reducción de acetileno en donde se comprobó la actividad

bioquímica de esta enzima. Para esta prueba se inocularon viales de 20 mL, los cuales

contenían 10 mL de medio Bridges semisólido (2 g L-1

de agar) y se incubaron por 7

días o hasta observar un buen crecimiento. Después se colocó un tapón de goma y se

reemplazó el 10% de aire por el acetileno, se incubó por 48 h para después medir la

actividad en un cromatógrafo de gases. Los testigos utilizados para esta prueba son

Escherichia coli DH5α (control negativo) y Klebsiella varicola 801 (control positivo).

5.7 Evaluación del inóculo en plantas de interés agrícola

5.7.1 Efecto de la producción de fitohormona en trigo y alfalfa

De acuerdo con los resultados obtenidos en base a las pruebas fenotípicas de los

aislados, se seleccionaron los mejores representantes de cada prueba BE048 proveniente

de hoja y BE036 proveniente de raíz; se evaluó su efecto a nivel invernadero en semillas

de trigo y alfalfa. Debido a que la fresa requiere condiciones especiales para su cultivo y

no se contó con la infraestructura adecuada en el laboratorio, se utilizo un modelo

alternativo para evaluar el efecto del inóculo.

Page 32: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

21

5.7.1.1 Trigo (Triticum aestivum) y alfalfa (Medicago sativa)

Se determinó el porcentaje de germinación el cual debería ser mayor a 90% para

asegurar el buen estado de las semillas (Beneduzi et al. 2008).

Las semillas se lavaron superficialmente con detergente, posteriormente se

colocaron en etanol al 70% por dos minutos y después hipoclorito de sodio al 1.2%

durante 10 min. Finalmente se realizaron diez lavados con agua estéril y se colocaron

las semillas en placas de Petri con medio agar agua (agar 0.75%) las placas se incubaron

durante 2 días a 28°C.

Preparación de maceteros

En el caso de trigo como maceteros se usaron vasos de unicel de 1L, los cuales se

desinfectaron superficialmente con hipoclorito de sodio al 2% y se dejo secar, estos

fueron llenados hasta 3/4 partes con una mezcla 1:1 de vermiculita y peat-moss

esterilizado (autoclave durante 1 h por dos ciclos) el soporte se hidrato inicialmente con

agua destilada estéril, y se colocaron 4 semillas por macetero, se utilizaron 8 maceteros

por tratamiento para tener un total de 32 plantas por tratamiento.

Para alfalfa se utilizaron contenedores de polietileno con diámetro de 4 cm y una

profundidad de 8 cm (volumen 100.53 cm3) los cuales se desinfectaron de la misma

manera que los del trigo. Por cada contenedor se colocaron 3 plántulas y por cada serie

de tratamiento se utilizaron 12 contenedores para tener un total de 36 plantas por

tratamiento.

Preparación de inóculo

Se inocularon matraces con 25 mL de medio PY y se incubaron a 28°C durante 48 h

en agitación, posteriormente las células se cosecharon y se lavaron con solución salina

isotónica para eliminar el medio de cultivo, se ajustó el inoculo a 107

células mL-1

.

(Wang et al. 2006).

Se inocularon las plántulas directamente con 100 μL de la suspensión celular, se

cubrió con el soporte y se rego hasta 24 horas después de inocular. Se realizaron los

siguientes tratamientos:

T1: Azospirillum sp. (Control positivo)

T2: sin inóculo (Control negativo)

Page 33: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

22

T3: Aislado BE048

T4: Aislado BE036

Las plantas se mantuvieron en condiciones de invernadero durante 50 días

(Beneduzi et al. 2008) y se regaron cada 72 h con 200 ml de solución nutritiva completa

para trigo (García 1992) y alfalfa solución Fáhraeus (Somasegaran & Hoben 1994).

Las variables ecofisiológicas en ambas plantas fueron:

Biomasa seca de la planta

Longitud de la parte radicular

Parte aérea

Longitud total

Número de hojas

Los datos obtenidos para los diferentes tratamientos fueron analizados mediante un

análisis de varianza (ANOVA) comparando las medias de los tratamientos mediante la

prueba de Tukey (p ≤ 0.05). Estos análisis se realizaron con el software SAS (SAS

1989). Los datos mostrados son medias de veinte valores (N = 20). Para observar

gráficamente el efecto de los tratamientos en cada variable de las dos plantas se realizó

un análisis descriptivo de cada bioensayo con una gráfica de coplot;. Se utilizó la

función co-plot del paquete graphics del ambiente R (R Development Core Team 2008).

Se realizó un Análisis de Componentes Principales (ACP) para determinar la

relación entre las variables ecofisiológicas evaluadas, y los tratamientos usando una

rotación ortogonal/VARIMAX Las variables se auto escalaron antes del ACP. El

número de componentes se determinó por el criterio del valor propio. Por otra parte, se

realizó una prueba para corroborar los resultados, se conservaron componentes

principales con valores propios >1 y que explicaron > 10% de la variación total. Se

realizó una rotación VARIMAX para realzar la interpretación de los componentes sin

correlación. El ACP revela a menudo asociaciones no previstas entre variables y de tal

modo permite una interpretación que no sería posible de otra manera. Para el efecto de

la fijación biológica de nitrógeno, con una matriz de 200 filas (10 tratamientos, 20

repeticiones) y 5 columnas (variables numéricas).

Page 34: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

23

Se utilizó el paquete Ade4 ACP (Chessel et al. 2004) con la función dudi.pca, se

utilizó el ambiente R 2.9 (R Development Core Team, 2008) para cada planta con todas

sus variables más importantes e independientes entre si.

5.7.2 Bioensayo para evaluar la capacidad de los aislados de solubilizar fosfato

tricálcico en plantas de trigo y alfalfa

5.7.2.1 Diseño experimental

El ensayo se estableció bajo un diseño multifactorial en donde los factores a

evaluar fueron: la capacidad de movilización de Ca3(PO4)2 en soporte y fósforo en

solución.

La combinación de estos factores género 10 tratamientos los cuales contaron con

6 repeticiones dando lugar a 60 individuos por tratamiento. Cada macetero tenia 5

plantas, teniendo un total 300 plantas para este análisis.

5.7.2.3 Trigo (Tritricum aestivum) y alfalfa (Medicago sativa)

La germinación de las semillas se siguió según la metodología descrita

anteriormente, así como también la preparación de los maceteros.

Para esta prueba se consultó la cantidad de fósforo que se agrega en campo para

cultivo de trigo; estableciéndose que la dosis recomendada de fosforo para trigo según

el INIFAP son 120 kg por ha. Además se considera como superficie arable de 15 cm de

profundidad; por lo tanto, se removió la capa superficial del macetero y se mezcló con

0.0164 g de Ca3(PO4)2.

Para el cultivo de alfalfa la dosis recomendada de fosforo es de 80 kg por ha del

cultivo (INIFAP 2004). Se aplicó 0.00536 g de Ca3(PO4)2 por cada macetero.

Preparación de inóculo y tratamiento

Se inocularon matraces con 25 mL de medio PY y se incubaron a 28°C durante 48 h

en agitación, posteriormente las células se cosecharon y se lavaron con solución salina

isotónica para eliminar el medio de cultivo, se ajustó el inoculo a 107

células mL-1

.

(Wang et al. 2006).

Page 35: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

24

Las plántulas se inocularon directamente con 100 μL de la suspensión celular, se

cubrió con el soporte y se rego hasta 24 horas después de inocular. Se realizaron los

siguientes tratamientos:

T1: regadas con solución nutritiva completa

T2: regadas con solución nutritiva sin fósforo

T3: soporte con Ca3 (PO4)2 regado con solución completa

T4: soporte con Ca3 (PO4)2 regado con solución sin fosforo

T5: aislado BE080 + T1

T6: aislado BE080 + T3

T7: aislado BE080 + T4

T8: aislado BE068 + T1

T9: aislado BE068 + T2

T10: aislado BE068 + T4

5.7 Análisis estadístico

Las variables ecofisiológicas en ambas plantas fueron:

Biomasa seca de la planta

Longitud de la parte radicular

Parte aérea

Longitud total

Número de hojas

Los datos obtenidos para los diferentes tratamientos fueron sometidos a un análisis

de varianza (ANOVA) utilizando un modelo lineal. Estos análisis se realizaron con el

software PROC GLM (SAS 1989), comparando las medias de los tratamientos y

considerando datos significativos mediante la prueba de Tukey (p ≤ 0.05). Los datos

mostrados son medias de veinte valores (N = 20). Para observar gráficamente el efecto

de los tratamientos en cada variable de las dos plantas se realizó un análisis descriptivo

de cada bioensayo con una gráfica de coplot. Se utilizó la función co-plot del paquete

graphics del ambiente R (R Development Core Team 2008).

Se realizó un Análisis de Componentes Principales (ACP) para determinar la

relación entre las variables ecofisiológicas evaluadas y los tratamientos usando una

Page 36: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

25

rotación ortogonal/VARIMAX Las variables se auto escalaron antes del ACP. El

número de componentes se determinó por el criterio del valor propio. Por otra parte, se

realizó una prueba para corroborar los resultados, se conservaron componentes

principales con valores propios >1 y que explicaron > 10% de la variación total. Se

realizó una rotación VARIMAX para realzar la interpretación de los componentes sin

correlación. El ACP revela a menudo asociaciones no previstas entre variables y de tal

modo permite una interpretación que no sería posible de otra manera. Para el efecto de

la fijación biológica de nitrógeno, con una matriz de 200 filas (10 tratamientos, 20

repeticiones) y 5 columnas (variables numéricas).

Se utilizó el paquete Ade4 ACP (Chessel et al. 2004) con la función dudi.pca, se

utilizó el ambiente R 2.9 (R Development Core Team, 2008) para cada planta con todas

sus variables más importantes e independientes entre si. Dos ACP se realizaron por

planta: Para el efecto de la FOSFORO, con una matriz de 200 filas (10 tratamientos, 20

repeticiones) y 5 columnas (variables numéricas). Se utilizó el paquete Ade4 ACP

(Chessel et al., 2004) con la función dudi.pca. Para la ejecución de todos los programas

estadísticos se utilizó el ambiente R 2.9 (R Development Core Team, 2008). Para mayor

detalle del programa ver Anexo.

Page 37: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

26

VI. RESULTADOS

La plantas recolectadas fueron colocadas en bolsas negras de polietileno junto con

una porción de suelo para poderlas transportar al laboratorio; fueron procesadas

inmediatamente.

6.1 Análisis fisicoquímico del suelo

Para este análisis se obtuvieron dos muestras de suelo de donde provenían las

plantas del Estado de México y la otra de Guanajuato. Se realizó un análisis del tipo de

suelo en para cada región. Estos resultados (Tabla 3) se compararon con los índices ya

reportados en la Norma Oficial Mexicana NOM-021-SEMARNAT-2000.

Tabla 3. Características fisicoquímicas de los suelos.

Características fisicoquímicas del suelo

Determinación Edo. México Guanajuato NOM-021

pH 5.7 6.4 ligeramente ácido a

medio

Nitrógeno total

(método de

Kjeldahl)

0.13% 0.13% Bajo

Fósforo (método

Olsen) 9.5 mg kg

-1 7.34 mg kg

-1 Medio

Potasio

(flavometría) 4,193.4 mg kg

-1 224.7 mg kg

-1 Suelo salino

Se puede apreciar que las plantas provienen de un suelo ligeramente ácido, con baja

concentración de nitrógeno y fósforo; estos resultados no varían mucho en cuanto a la

procedencia de la planta sólo se observa una mayor cantidad de potasio en el suelo del

Estado de México (Tabla 3).

6.2 Cuantificación y aislamiento de bacterias endofíticas

Se realizó un conteo de UFC g-1

de bacterias endofíticas cultivables en tejido fresco

de hojas y raíces. Se obtuvieron valores 102 y 10

3 de UFC g

-1 para hoja, mientras que

para raíz se obtienen valores de 105 hasta 10

7 UFC g

-1, siendo estas las que presentan

una mayor colonización de bacterias endofíticas (Tabla 4).

Page 38: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

27

En total se obtuvieron 39 aislados provenientes de tejidos de la planta de fresa. Estos

fueron agrupados de acuerdo a sus características morfológicas donde se observaron 10

morfotipos. Los aislados se nombraron con las siglas BE0 y el número del 01, 02, 03,

etc; la observación microscópica de los aislados muestra que el 45% pertenecen a

Bacilos Gram positivos, 46% de Bacilos Gram negativos, 9% Cocos Gram positivos.

Tabla 4. Abundancia de bacterias endofíticas provenientes de hojas y raíces de la planta de fresa.

Estado de México (UFC g-1

tejido fresco)

Estado de Guanajuato (UFC

g-1

tejido fresco)

Planta Hoja Raíz Hoja Raíz

1 8 ×102 6.7 × 10

5 2 × 10

2 1.3 × 10

5

2 6 ×102 5.3 × 10

7 2.5 × 10

2 2.3 ×10

5

3 2.5 ×103 2 × 10

5 3 ×10

2 6 ×10

4

4 3 × 102 4 × 10

5 7 × 10

3 5.3 × 10

7

5 2 × 103 1.1 × 10

7 1 ×10

3 7.6 × 10

6

6.4 Identificación molecular mediante la amplificación del gen 16S rDNA

Se extrajo DNA con la técnica de Allers & Lichten 2000 y se uso para amplificar

el gen 16S rDNA; en la Figura 4, se muestra un gel representativo donde se obtuvo un

amplificado específico de 1500 pares de bases (pb) el cual corresponde a el gen 16S

rDNA.

Figura 4. Electroforesis en gel de agarosa 1% 70 Volts durante 1h, mostrando el amplificado del gen 16S

de la talla esperada. Carril 1 MTM, Carril 2 BE008, Carril 3 BE021, Carril 4 BE064, Carril 5 BE080, Carril 6

BE088, Carril 7 BE028, Carril 9 BE030.

Con las secuencias obtenidas a partir del producto purificado de la amplificación

del gen 16S rRNA, con los iniciadores FD1 y RD1 se han identificado siete géneros

bacterianos en donde predomina Pseudomonas (Tabla 6).

1500 pb

Page 39: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

28

Rhodococcus erythropolis (GU991529) Rhodococcus sp. (GU944775)

BE037R Uncultured bacterium (HM341193)

BE004R Uncultured bacterium (HM341194) Staphylococcus sp. (FJ897492) Staphylococcus haemolyticus (FJ999931)

BE012H Staphylococcus sp. (AB558502)

BE003H Staphylococcus pasteuri (DQ298129)

BE011H Bacillus sp. (EU571157) Bacillus senegaliensis (EF690434)

BE097R BE042H

BE023H Bacillus simplex (FJ644693)

Brevibacterium sp. (AB536974) BE002H

Bacillus pumilus (EU379282) BE008R

BE017R Bacillus sp. (HM103322) BE073H

Bacillus megaterium (GQ889251) BE016R

Paenibacillus polymyxa (EU362606) Paenibacillus sp. (GU328694)

BE013R Stenotrophomona sp. (GQ985466)

Stenotrophomona maltophilia (GQ861457) BE068R Pseudomonas tolaasii (AF348507) Pseudomonas sp. (AF348508)

BE086R BE070H

Pseudomonas fluorescens (FN675867) BE064R

Pseudomonas sp. (DQ885950) BE0101R Pseudomonas brassicacerum (EU195810) Pseudomonas mediterraneum (EF673038)

BE0105H BE043H

BE047R Pseudomonas trivialis (HM134251) Pseudomonas trivialis (HM134248)

BEO48R Pseudomonas sp. (AY700023)

Pseudomonas brenneri (EU169146) BE036R

BE026R Burkholderia cepacia (GQ149776)

Rhizobium sp. (GU128887) Rhizobium sp. (EF437250)

BE028R Agrobacterium tumefaciens (GQ140317) Agrobacterium tumefaciens (GU902302)

50 100

47

100

100

69 100

45 100

54 100

49 99

52 68

100

60 100

43 100

88

100

42 94

99

44 82

99

48

45

91

100

99

100 78

61 60

59

49

100

36

0.02

Page 40: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

29

Figura 5. Dendograma de las secuencias parciales del gen 16s rRNA con el iniciador fD1. Análisis

basado en los datos de las secuencias parciales del gen 16S rRNA con 1000 repeticiones tipo “Bootstrap”,

por el método de agrupamiento “Neighbor Joining” usando el índice de distancia Kimura 2 parámetros.

La barra indica el número de cambios en todas las secuencia.

6.5 Caracterización fenotípica de los aislados

6.5.1 Producción de indoles: Ácido Indolacético (IAA)

Se realizó una curva de calibración de IAA. Los datos obtenidos se interpolaron en

dicha gráfica para cuantificar la concentración de fitohormona producida por aislados.

(Figura

Figura 6. Aislados de hoja que presentaron producción de IAA

Figura 7. Aislados que se obtuvieron de raíz con producción de IAA

Page 41: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

30

6.5.2 Solubilización de Fosfatos

Algunos aislados formaron un halo de solubilización dentro de los que destacan

BE080, BE018, BE068, BE087, BE086 y BE002 que presentan índices de

solubilización mayores a 5 (Tabla 6). En la Figura 8(a) se muestra el porcentaje de

bacterias solubilizadoras fosfato de acuerdo a tejido de donde se aislaron, donde la

mayoría corresponden a bacterias provenientes de raíz.

15%

9%

4%

8%

Estado de México

Guanajuato

raíz hoja

Figura 8. Solubilización de fosfato. (a)Porcentaje de bacterias endofíticas solubilizadoras de fosfato. (b)

formación de halos de solubilización

Tabla 6. Resumen de los aislados identificados y sus características fenotípicas

AISLADO 16S rDNA %

SIMILITUD PHYLUM

IAA

(µgml-1

) I.S.

BE008R Bacillus pumilus Firmicutes 3.48 -

BE013R Stenotrophomona maltophillia 94% γ Proteobacteria 0.64 -

BE016R Paenibacillus polymyxa 100% Firmicutes 3.37 -

BE017R Bacillus sp. Firmicutes 3.29 -

BE026R Burkholderia cepacia 97% β proteobacteria - 4

BE028R Agrobacterium tumefaciens 97% α Proteobacteria 5.45 -

BE030R Pseudomonas sp. γ Proteobacteria 3.10 -

BE036R Pseudomonas fluorescens 98% γ Proteobacteria 7.05 3.3

BE045R Pseudomonas brenneri 92% γ Proteobacteria 4.88 -

BE047R Pseudomonas trivialis 98% γ Proteobacteria 5.51 -

BE064R Pseudomonas fluorescens 98% γ Proteobacteria 0.86 4.5

BE066R Pseudomonas fluorescens 98% γ Proteobacteria 1.51 4.5

BE068R Pseudomonas corrugata 99% γ Proteobacteria 1.02 7

(a) (b)

Page 42: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

31

BE080R Pseudomonas fluorescens γ Proteobacteria 0.32 8

BE086R Pseudomonas fluorescens 95% γ Proteobacteria 0.24 5.5

BE097R Bacillus slirevahn 94% Firmicutes 1.02

BE101R Pseudomonas sp. γ Proteobacteria - 1

BE002H Bacillus pumilus 94% Firmicutes - 5

BE003H Sthapylococcus pasteuri 99% Firmicutes - -

BE004H Uncultured (kocuria) 96% Actinobacteria 0.51 -

BE007H Rhodococcus erytrhopolis 95% Actinobacteria 1.70 -

BE011H Bacillus dentrensis 99% Firmicutes 2.53 -

BE012H Staphyloccus haemolyticus 98% Firmicutes 2.10 -

BE021H Arthrobacter sp. 93% Actinobacteria - -

BE023H Bacillus simplex 96% Firmicutes 1.59 -

BE042H Bacillus sp. 99% Firmicutes 2.61 -

BE043H Pseudomonas trivialis 96% γ Proteobacteria - -

BE048H Pseudomonas fluorescens 94% γ Proteobacteria 7.37 -

BE062H Rhizobium sp. 90% α Proteobacteria - -

BE063H Bacillus subtilis 95% Firmicutes 1.29 -

BE070H Pseudomonas corrugata 97% γ Proteobacteria 4.43 -

BE073H Bacillus megaterium 99% Firmicutes 0.53 1

BE088H Rhodococcus sp. Actinobacteria - -

BE093H Pseudomonas sp. γ Proteobacteria 2.43 -

BE105H Pseudomonas thivervalensis 98% γ Proteobacteria - 1

BE107H Bacillus amyloliquefaciens 92% Firmicutes - 1

NOTA: R (aislado proveniente de raíz); H (aislado proveniente de hoja); I.S. (índice de solubilización de fosfato tricálcico); -

negaitvo

6.5.3 Fijación de Biológica de nitrógeno: Reducción de Acetileno (ARA)

Para esta prueba 40 aislados tuvieron la capacidad de crecer en medio de cultivo

sin nitrógeno. Después los positivos se inocularon en viales con agar semisólido en

donde 17 viales tuvieron un crecimiento microaerofílico.

Se realizó la prueba de reducción de acetileno a los aislados positivos pero no se

detecto actividad de la enzima nitrogenasa en el cromatógrafo de gases, utilizando este

medio.

Page 43: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

32

6.6 Evaluación de la producción de fitohormona en plantas

Los resultados del análisis estadístico mediante un ANOVA se muestran en la

Tabla 7. En donde se evalúa el efecto de la producción de fitohormona por bacterias

endofíticas sobre plantas de alfalfa con el análisis de Tukey (P≤0.05) donde muestra la

diferencia significativa de cada variable.

En este bioensayo se utilizaron los aislados BE048 y BE036 identificados como

Pseudomonas fluorescens los cuales produjeron mayor cantidad de IAA en la

caracterización fenotípica.

Para el caso de BTS (Biomasa Total Seca) solo existe diferencia del tratamiento T3

(aislado BE048) en comparación con los demás tratamientos. En cuanto a la longitud de

raíz y longitud total no existe diferencia significativa entre T1 y T3 pero si de estos con

respecto a T2 y T4. Para el tallo los tratamientos T1, T3, T4 presentan diferencia en

comparación con T2 (control negativo); el número de hojas el T3 muestra una

diferencia significativa en comparación con los demás tratamientos.

Tabla 7. Evaluación del efecto de la producción de fitohormona en alfalfa. Resumen de los

resultados de ANOVA y prueba de Tukey.

TRATAMIENTO BTS*

(g)

LONGITUD NÚMERO DE

HOJAS RAIZ

(cm)

TALLO

(cm)

TOTAL

(cm)

T1 0.00897b 11.07b

a 9.33

a 20.68

a 13.78

b

T2 0.00775b 8.22

c 7.25

b 15.46

b 13.75

b

T3 0.04321a 11.74

a 9.37

a 21.39

a 16.65

a

T4 0.01654b 9.69b

c 9.11

a 17.31

b 14.60

ba

Nota: *=Biomasa Total Seca; T1= control positivo Azospirillum; T2= sin inóculo; T3= inóculo

B048; T4= Inóculo B036.

Letras minúsculas señalan diferencias significativas entre los tratamientos.

En la figura 7, la gráfica (a) las variables que se utilizaron para hacer el Análisis

de los Componentes Principales (ACP), tres de las cuales se relacionan entre si: Hoja,

Biomasa Total Seca (BTS) y longitud de raíz (LR) que no fue el caso para la tallo. En la

gráfica (b) se observan las mismas variables pero con todas las repeticiones de los

Page 44: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

33

tratamientos. Según el esquema (c) el tratamiento T3 tuvo influencia en cuanto al

número de hojas, BTS y LR, mientras que el T1 y T4 influyen en la longitud del tallo.

Figura 7. Análisis de los componentes principales (ACP) para fitohormona en alfalfa. (a) las variables y

los tratamientos (b) los eigen values y la dispersión de los datos con las variables analizadas (c)

diferentes tratamientos.

Según los resultados obtenidos en la Tabla 7.1 la cual evalúa el efecto de la

producción de fitohormona en trigo, se puede decir que al igual que en alfalfa en BTS

T3 tiene diferencia significativa en comparación con los demás tratamientos al igual que

BAS. Según las variables BRS y raíz no existe diferencia significativa. Hay diferencia

significativa en cuanto al número de hojas con T3 y T4 en comparación con T1.

Tabla 7.1 Evaluación del efecto de la producción de fitohormona en trigo. Resumen de los resultados de

ANOVA y prueba de Tukey (P<0.05).

TRATAMI

ENTO

BTS*

(g)

BAS**

(g)

BRS***

(g)

LONGITUD NÚMERO

DE

HOJAS RAIZ

(cm)

TALLO

(cm)

TOTAL

(cm)

T1 0.210ba

0.162ba

0.0466a 17.98

a 36.95

b 53.61

b 6.73

ba

T2 0.189ba

0.142ba

0.0469a 16.23

a 38.60

ba 54.72

ba 6.36

b

T3 0.220aa

0.174a 0.0699

a 18.68

a 40.0

ba 59.03

a 7.03

a

T4 0.178bb

0.134b 0.0571

a 18.56

a 38.71

ba 55.76

ba 6.73b

a

Nota: *=Biomasa Total Seca, **=Biomasa Aérea Seca, ***=Biomasa Radical Seca, T1= control positivo

Azospirillum; T2= sin inóculo; T3= aislado B048; T4= aislado B036.

Letras minúsculas señalan diferencias significativas entre los tratamientos.

(a) (b) (c)

Page 45: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

34

En la figura 7.1, la gráfica (a) indica que BAS, Tallo y hoja se relacionan entre si

pero distan de raíz y BRS. Según la gráfica (c) el tratamiento T3 tuvo influencia en con

todas las variables excepto BRS.

Figura 7. ACP para fitohormona en trigo. (a) las variables y los tratamientos (b) los eigen values y la

dispersión de los datos con las variables analizadas (c) diferentes tratamientos.

6.6. Movilización de fósforo inorgánico a nivel de invernadero

En este bioensayo se utilizaron los aislados que solubilizaron el Ca3(PO4)2 y

presentaron un mayor índice de solubilización BE080 y BE068 los cuales son

Pseudomonas fluorescens, los cuales fueron sometidos a diferentes tratamientos como

se describió en la metodología.

En la Tabla 7.2 se muestra que para BTS, raíz, tallo existe diferencia

significativa en cuanto a T1 y T4. En cuanto al número de hojas existe diferencia entre

el T4 y T5 respectivamente.

Tabla 7.2 Evaluación del efecto de la Solubilización de fosfato en alfalfa. Resumen de los resultados de

ANOVA y prueba de Tukey

TRAT BTS*

(g)

LONGITUD NÚMERO DE

HOJAS RAIZ

(cm)

TALLO

(cm)

TOTAL

(cm)

(a) (b) (c)

Page 46: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

35

T1 0,030a 13,6

a 13,50

a 26,96

a 14,85

bc

T2 0,019bdec

10,55ba

11,15bdac

21,45bdc

14,95bc

T3 0,018dec

12ba

12,35bac

23,35bac

16,65bac

T4 0,013e 9,8

b 8,65

d 18,45

d 13,75

c

T5 0,029ba

13,15ba

12,95ba

25,6ba

19,3a

T6 0,014de

11,57ba

9,95dc

19,92dc

15,75bc

T7 0,018bdec

11,2ba

10,85bdc

21,45dbc

15,55bc

T8 0,026bac

11,4ba

13,1ba

24,6ba

16,1bac

T9 0,024bdac

10,85ba

11,7bac

22,25bdc

15,65bc

T10 0,026bac

11,1ba

13,45a 24,55

ba 17,1

ba

Nota: *=Biomasa Total Seca, T1= solución completa, T2= sin fósforo, T3= soporte Ca3(PO4)2 regado con completa,

T4= soporte Ca3(PO4)2 regado sin fosforo, T5 (aislado BE080+ T1); T6 (aislado BE080 + T3); T7 (aislado BE080 +

T4); T8 (aislado BE068+ T1); T9 (aislado BE068 + T3); T10 (aislado BE068 + T4).

Letras minúsculas señalan diferencias significativas entre los tratamientos.

Según la Figura 7.2 la gráfica (a) muestra las variables que se relacionan entre si

como lo son Hoja, BTS y Tallo; que no fue el caso para raíz. En la gráfica (b) se

observan las mismas variables pero con todas las repeticiones de los tratamientos en

donde casi todos los tratamientos se ubicaron en el centro. En este caso solo se podría

argumentar que los tratamientos T5, T1, T10, T8 favorecen al desarrollo del tallo hoja y

BTS principalmente. En cuanto a la raíz el tratamiento T1 tuvo mayor influencia en el.

Por otro lado el tratamiento T4 fue el que presentó el menor beneficio a la Alfalfa en la

medición de estas variables.

Figura 7.2 ACP para solubilización de fosfatos en alfalfa. (a) las variables y los tratamientos (b) los eigen

values y la dispersión de los datos con las variables analizadas (c) diferentes tratamientos.

Para la solubilización de fósforo en el caso del trigo los resultados se muestran

en la Tabla 7.3; en donde existe diferencia entre T1 y T9 en cuanto BTS. Existe

diferencia entre T1 y los T9, T10 para el caso de BAS; en BRS existe diferencia en

(a) (b) (c)

Page 47: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

36

cuanto T8 con respecto a T3. No existe diferencia entre tratamientos en cuanto a la

longitud de raíz, total y número de hojas.

Tabla 7.3 Evaluación del efecto de la Solubilización de fosfato inorgánico en trigo. Resumen de los

resultados de ANOVA y prueba de Tukey.

TRAT BTS*

(g)

BAS**

(g)

BRS***

(g)

LONGITUD NÚMERO

DE

HOJAS RAIZ

(cm)

TALLO

(cm)

TOTAL

(cm)

T1 0.247a 0.192

a 0.056

ba 18.02

a 45.52

ba 63.95

a 5.45

a

T2 0.170cd

0.122bc

0.046ba

17.25a 44.85

ba 61.25

a 5.1

a

T3 0.159cd

0.123bc

0.040b 17.2

a 43.55

b 61.35

a 5.25

a

T4 0.18bcd

0.176ba

0.042ba

18.5a 44.12

ba 62.9

a 5.5

a

T5 0.198bc

0.153bac

0.041ba

15.55a 47.95

ba 62.9

a 5.7

a

T6 0.201bc

0.160bac

0.045ba

16.65a 44.95

ba 61.32

a 5.45

a

T7 0.201bc

0.160bac

0.045ba

16.65a 44.95

ba 61.32

a 5.45

a

T8 0.218ba

0.159bac

0.058a 15.6

a 48.15

a 63.85

a 5.4

a

T9 0.152d 0.112

c 0.041

ba 17.75

a 46.2

ba 63.6

a 5.4

a

T10 0.170cd

0.115c 0.055

ba 16.15

a 44.75

ba 61.5

a 5.15

a

Nota: *=Biomasa Total Seca;**= Biomasa Aérea Seca; ***= Biomasa Raíz Seca; T1= solución completa, T2= sin fósforo, T3=

soporte Ca3(PO4)2 regado con completa, T4= soporte Ca3(PO4)2 regado sin fosforo. T5 (aislado BE080+ T1); T6 (aislado BE080 +

T3); T7 (aislado BE080 + T4); T8 (aislado BE068+ T1); T9 (aislado BE068 + T3); T10 (aislado BE068 + T4). Letras minúsculas señalan diferencias significativas entre los tratamientos.

En las Figura 7.3 de ACP para trigo se puede decir que existe relación entre las

variables de BAS, BRS y Tallo. En (c) todos los puntos se encuentran en el centro y se

puede apreciar ligeramente que T2, T3, T10 y T9 no influyen en ninguno de los

tratamientos. En cambio el T1 tiene influencia en cuanto a Raíz, BRS, BAS, y tallo. El

T5 es se relaciona mas con el número de hojas.

Figura 7.3 ACP para solubilización de fosfatos en trigo. (a) las variables y los tratamientos (b) los eigen

values y la dispersión de los datos con las variables analizadas (c) diferentes tratamientos.

Page 48: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

37

VII. DISCUSIÓN

Las condiciones óptimas para el cultivo de fresa se ven influenciadas por las

características del suelo, su estructura física y contenido químico es una de las bases

para el desarrollo de la planta, ésta requiere suelos equilibrados, ricos en materia

orgánica, aireados y bien drenados (Parker 2000).

Los resultados indican que este suelo se encuentra cerca del pH óptimo para el

desarrollo de este cultivo, además según la norma NOM-021-SEMARNAT-2000 se

encuentra dentro de la clasificación de un suelo de moderadamente ácido a medio, no

existe diferencia en los pH de ambas estados ya que entran en esta clasificación.

El contenido de nitrógeno analizado comparado con la NOM-021-SEMARNAT-

2000 se clasifica como muy bajo; tal vez, esto se deba al periodo en que se recolectó la

muestra, ya que fue durante la época de cosecha donde la planta ya utilizó los nutrientes

necesarios para su desarrollo, ya se ha reportado que esta planta se desarrolla muy bien

en suelos con altos niveles de nitrógeno. Según la NOM-021-SEMARNAT-2000 el

contenido de fósforo de estos suelos se encuentra dentro de la clasificación de un suelo

medio.

Los cultivos de fresa en México se concentran en los estados de Michoacán,

Guanajuato, Baja California Norte y Estado de México (Fundación PRODUCE 2003),

estos reportes se tomaron en cuenta para seleccionar los estados de la recolección de las

muestras, además la planta es muy susceptible al manejo y transporte de la muestra

hacia el laboratorio para su análisis.

Generalmente, se considera que las bacterias endofíticas tienen una abundancia

de 104 a 10

7 UFC por g de tejido fresco (Rosenblueth & Martínez 2006). Existen

reportes de poblaciones de organismos endofíticos diazotróficos en el cultivos de arroz

de 102 a 10

3 UFC g

-1 (peso fresco) de raíces y tejidos (Gyaneshwar et al. 2001), también

en la parte aérea de plantas cítricas se ha reportado de 103 a 10

4 UFC g

-1 (peso fresco)

(Araújo et al. 2002) y se han reportado en cultivos de caña de azúcar 102 a 10

6 CFU g

-1

(Mendes et al. 2007). Nuestros resultados coinciden con los valores reportados en otros

cultivos de interés agrícola en la cuantificación de microorganismos presentes en la

Page 49: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

38

planta, ya que la mayor proporción de bacterias endófitas obtenidas fue aislada de las

raíces, esto se atribuye a que en la rizósfera hay una mayor cantidad de

microorganismos y actividad microbiana que en todo el suelo y por lo tanto mayor

competencia por los sustratos, lo cual favorece a que las bacterias penetren en estos

tejidos para la obtención de fuentes de carbono u otros nutriente, además dentro de la

raíz la condiciones de humedad y temperatura son más favorables que en las hojas.

Los aislados se seleccionaron con base en su morfología colonial y se realizó

una tinción de Gram para su caracterización microscópica con base en la composición

de su pared celular; en donde la mayor proporción de aislados son bacilos Gram (-) y

bacilos Gram (+).

La estimulación del crecimiento de la planta por los microorganismos

endofíticos puede ser consecuencia de la fijación biológica de nitrógeno (Rosenblueth et

al. 2006; Hurek et al. 2002), ya que se ha sugerido que en el interior de las plantas se

presenta un ambiente propicio para que se lleve a cabo la fijación biológica de nitrógeno

(FBN), ya que en este ambiente se presentan tensiones de oxígeno bajas y una gran

cantidad de moléculas que funcionan como fuentes de carbono (James 2000); por esta

razón se realizaron pruebas fenotípicas como la fijación biológica de nitrógeno en donde

los resultados obtenidos nos muestran que algunos aislados son capaces de crecer en un

medio sin fuente de nitrógeno, sin embargo frecuentemente se ha observado que aunque

puedan crecer sin nitrógeno, no siempre dan resultados positivos en la prueba de

reducción de acetileno, lo cual puede ser debido a que no sea el medio adecuado para

que se realice la actividad enzimática de la nitrogenasa o bien pueden llevar a cabo la

reducción del dinitrógeno de otra forma usando una nitrogenasa alternativa o diferente.

También pueden ser microorganismos oligonitrofilos que crecen en

concentraciones muy bajas de nitrógeno aprovechando la mínima presencia de

nitrógeno en diferentes formas que tenga el medio de cultivo como derivados de sus

componentes principales.

El fósforo después del nitrógeno, es el nutriente inorgánico más requerido por

plantas y microorganismos y además, en el suelo es el factor limitante del desarrollo

vegetal a pesar de ser abundante tanto en formas inorgánicas como orgánicas

Page 50: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

39

(Alexander 1980). Las plantas deben absorberlo del suelo, donde se encuentra en muy

baja concentración, normalmente en niveles que varían entre 5 y 30 mg kg-1

. Estos

índices bajos del nutriente se deben a que el fósforo soluble reacciona con iones como el

calcio, el hierro o el aluminio que provocan su precipitación o fijación, disminuyendo su

disponibilidad para los vegetales (Rodríguez & Fraga 1999). Los fosfatos inorgánicos

aplicados como fertilizantes químicos también son inmovilizados en el suelo y como

consecuencia no son solubles para ser aprovechados por los cultivos (Peix et al. 2001).

Por lo tanto se considera, que la solubilización de distintas rocas fosfatadas y de otras

fuentes de fósforo inorgánico por los microorganismos del suelo es una alternativa

fundamental para incrementar la cantidad de nutriente disponible para las plantas

(Illmer & Schinner 1992). Es posible que las bacterias endofíticas incrementen la

capacidad de las plantas de absorber este nutriente del suelo, mediante la solubilización

de los fosfatos (Li et al. 2007). Con respecto a los resultados obtenidos se encontraron

un 40% de bacterias endofíticas que son solubilizadoras de fosfato, dentro de la planta

ya que estos iones fosfato y ortofosfato se almacenan en raíz, por lo tanto es de

esperarse que las bacterias endofíticas presenten mecanismos de solubilización de

fosfatos debido a que es una fuente rica de dichos compuestos no asimilables que se

encuentran en un ambiente propicio para la solubilización y transferencia de los

macronutrientes.

El ácido indolacético es una auxina natural presente en la mayoría de las plantas.

Las auxinas son hormonas vegetales que regulan diversos procesos del desarrollo

vegetal (Castillo et al 2005). Algunas auxinas, como el AIA, son sintetizadas por

algunos microorganismos como Azospirillum sp., Azotobacter sp., Pseudomonas sp.,

Rhizobium sp., etc. (Patten & Glick 1996). Considerando que las bacterias endófitas se

ubican en contacto íntimo con las plantas, ellas podrían brindar beneficios más directos

a su hospedero en comparación con las bacterias rizosféricas. Se ha demostrado que

algunas fitohormonas como el ácido indolacético, producidas por los microorganismos

rizosféricos pueden provocar un aumento de la superficie de contacto de la raíz con el

suelo, permitiendo a la planta una mayor absorción de nutrientes (Okon et al 1994). Los

aislados que tienen una mayor producción de AIA se encuentran en raíz considerándose

como importantes los aislados BE036, BE028, BE047, BE47.2, BE045, BE005 y

BE048, BE070 en hoja. Es importante señalar que aquellos aislados con altos índices de

solubilización no se comparten con las bacterias productoras de fitohormona; esto nos

Page 51: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

40

lleva a suponer que quizá el aumento en el crecimiento en las plantas se no es exclusivo

de un género sino de la relación sinérgica que existe entre diferentes géneros de

microorganismos endofíticos en las plantas.

Con base en la secuencia parcial del gen 16s rDNA que ha funcionado como

marcador molecular se logró identificar a cuatro grupos de: Alfaproteobacterias,

Gammaproteobacteria, Firmicutes y Actinomicetos dentro de los cuales se encuentran

géneros como Pseudomonas, Bacillus, Staphylococcus, Rhizobium, Rhodococcus,

Arthrobacter.

El género que con mayor abundancia en el Bacillus sp., el cual se ha encontrado

como endófito en raíces de papa (Sturtz 1995), hoja de uva (Bell et al. 1995), maíz,

algodón (Brooks et al. 1994), cítricos, zanahoria (Araújo et el 2001) este género se

conoce también por su capacidad de solubilizar fosfatos y producir sustancias que

ayuden a promover el crecimiento de las plantas.

Otro género Pseudomonas se ha encontrado como endófito de mayor abundancia en

zanahoria, soya (Araujo et al. 2001), papa (Sturtz 1995) y guisantes (Recuenco E.

&Vuurde van 2000), las especies mas comunes son Pseudomonas fluorescens y P.

viridiflava como principales colonizadores de plantas de guisantes (Elvira-Recuenco &

Vuurde van 2000). Este género solubiliza el fosfato inorgánico, coincide con nuestros

resultados siendo este el que produce un mayor índice de solubilización, además de que

también se ha encontrado en estudios que produce fitohormonas (González et al., 2000)

que también en nuestro trabajo fue el que produjo mayor cantidad de AIA; de ahí que se

utilizaron los aislados BE036 y BE048 para la prueba de producción de fitohormona;

BE080 y BE048 para la prueba de movilización de fosfato en plantas.

En la evaluación de la solubilización de fosfato por parte de los aislados BE068 y

BE080 no se observa diferencia significativa entre cada uno de los tratamientos, quizá a

que las características de los exudados radicales o bien la interacción planta

microorganismo no se pudo establecer.

Finalmente en el bioensayo para evaluar la producción de AIA por parte de los

aislados BE048 y BE036 (Pseudomonas fluorescens) uno proveniente de hoja y otro de

Page 52: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

41

raíz; los cuales habían producido una buena cantidad de fitohormona. Se observa que el

aislado BE048 regado como solución nutritiva completa tuvo un efecto significativo en

comparación con el control positivo (Azospirillum sp.) lo cual indica que este aislado

dentro de la planta se podría comportar como una PGPB, para esto es necesario realizar

mas estudios sobre las interacciones planta- bacterias endofíticas.

Page 53: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

42

VIII. CONCLUSIONES

En la raíz se encuentran el mayor número de microorganismo endófitos aislados

que en las hojas de la planta de fresa.

El análisis del gen 16S rDNA de los aislados revela que existe una gran

diversidad de bacterias endofíticas tales géneros como, Pseudomonas,

Staphylococcus, Bacillus, Rhizobium, Rhodococcus, Paenibacillus,

Burkholderia, Caulobacter, Stenotrophomonas, Agrobacterium, en la planta de

fresa.

El género predominante dentro de los microorganismos endofíticos es el de

Pseudomonas que demostró ser capaz de solubilizar nutrientes y producir

fitohormonas.

Se puede considerar a BE048 quien fue identificada como Pseudomonas

fluorescens presentan efecto significativo en la prueba de AIA para ambas

plantas, por lo que pudiera ser utilizada como PGPB, sin embargo se requieren

mas estudios.

Page 54: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

43

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Page 61: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

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VIII. ANEXOS

Aislamiento de bacterias endofíticas

Se seleccionaron de hojas y raíces; se lavaron con agua corriente para eliminar el

exceso de suelo,

Se pesaron 1 g de muestra de raíz y hoja; se desinfestaron con etanol (EtOH)

70% durante 40 s y con un tratamiento de Hipoclorito de sodio 1% durante 5

min; Se lavaron con agua estéril 4 veces para eliminar el exceso de hipoclorito .

Para comprobar la efectividad de éste proceso se sembró el agua del último

lavado en placas con medio PY (extracto de levadura 3 g, peptona de caseína 5

g, CaCl2 0.6 g, agar 18 g en un litro de agua destilada) y se incubaron a 28 ºC

durante 24hr.

Cuantificación de Bacterias endofíticas

Colocar 1g de hoja o raíz previamente desinfestadas en un mortero con 9 ml de

agua destilada estéril y se maceró por 10 min hasta tener un buen rompimiento

del tejido y obtener una consistencia uniforme.

Realizar diluciones seriadas de 10-1

hasta 10-5

.

100 μl de cada una de las diluciones de 10-1

hasta 10-3

para hojas y de 10-3

hasta

10-5

en raíces fueron sembradas en placas de medio PY. Estas diluciones se

sembraron por duplicado.

Se incubó a 28ºC durante 48hr.

Técnica de extracción de DNA genómico usando CTAB (Bromuro de cetil metil

trimetil amonio):

1. Se hizo un cultivo masivo de la colonia bacteriana, se cosecho la biomasa y se

congeló con N2 líquido, se maceró en un mortero estéril, hasta la obtención de

un polvo fino.

2. Se adicionó de 1 a 2 mL de CTAB nuclear (CTAB al 2%, EDTA 50 mM,

Trisma base 200 mM pH 8.0, NaCl 2 M y Polivinil pirrolidona 0.5%) y se

mezcló hasta obtener una suspensión homogénea.

3. La muestra se separó en tubos de 1.5 mL y se adicionó 2 L de RNAasa 10

mg/mL, posteriormente se incubó a 65°Cpor 1 h.

4. Se dejó que la muestra alcanzará temperatura ambiente,

Page 62: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

51

5. Se adicionó 1 volumen (500 L) de cloroformo:alcohol isoamílico (24:1) y se

mezcló en vortex hasta que se formo emulsión. Se centrifugó a 13000 g/10 min.

a temperatura ambiente y la fase acuosa se transfirió a un tubo nuevo.

6. Se adicionó 1/10 de volumen de CTAB 10% (CTAB al 10% y NaCl 0.7 M) y se

remitieron tres extracciones con cloroformo:alcohol isoamílico (24:1), se

conservó la fase acuosa.

7. Se transfirió el sobrenadante a un tubo limpio y se adicionó un volumen de

isopropanol (para favorecer la precipitación del DNA) y se mezcló por

inversión, se incubó a –20°C por 2 horas o toda la noche.

8. El DNA se recuperó por centrifugación a 13000 g/10 min. a 4°C. La pastilla se

lavó dos veces con etanol al 70% y se dejó secar la pastilla.

9. El DNA se resuspendió en 30 ó 50 L de agua desionizada estéril.

Para evaluar la calidad del DNA extraído primero se realizó una electroforesis

colocando 3 µL del DNA en un gel de agarosa al 1% (w/v) corrido a 70 volts durante 45

minutos utilizando un regulador de TBE 1X, después el gel fue teñido con 0.5 µg/mL de

bromuro de etidio durante 5 min y se observó bajo luz UV (Sambroock et al. 2002).

Análisis estadístico para los bioensayos realizados

library(ade4)

Fito1 <- read.table("/JANO/Post-doc/2010/Denisse/fitodeni.txt", head=T)

str(Fito1)

Fito1$HOJA <- as.numeric(Fito1$HOJA)

coplot(HOJA~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito1, col="blue", pch=20,

bar.bg=c(fac="light blue"),panel = function(x, y, ...) panel.smooth(x, y, span = 0.0, ...))

coplot(TOTAL~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito1, col="blue", pch=20,

bar.bg=c(fac="light blue"),panel = function(x, y, ...) panel.smooth(x, y, span = 0.0, ...))

coplot(TALLO~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito1, col="blue", pch=20,

bar.bg=c(fac="light blue"),panel = function(x, y, ...) panel.smooth(x, y, span = 0.0, ...))

coplot(RAIZ~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito1, col="blue", pch=20,

bar.bg=c(fac="light blue"),panel = function(x, y, ...) panel.smooth(x, y, span = 0.0, ...))

coplot(BRS~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito1, col="blue", pch=20,

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coplot(BRF~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito1, col="blue", pch=20,

Page 63: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

52

bar.bg=c(fac="light blue"),panel = function(x, y, ...) panel.smooth(x, y, span = 0.0, ...))

coplot(BAS~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito1, col="blue", pch=20,

bar.bg=c(fac="light blue"),panel = function(x, y, ...) panel.smooth(x, y, span = 0.0, ...))

coplot(BAF~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito1, col="blue", pch=20,

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coplot(BTS~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito1, col="blue", pch=20,

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coplot(BTF~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito1, col="blue", pch=20,

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Fito2 <- read.table("/JANO/Post-doc/2010/Denisse/fosfa_deni.txt", head=T)

Fito2$BTF <- as.numeric(Fito2$BTF)

Fito2$HOJA <- as.numeric(Fito2$HOJA)

str(Fito2)

coplot(HOJA~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito2, col="blue", pch=20,

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coplot(TOTAL~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito2, col="blue", pch=20,

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coplot(TALLO~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito2, col="blue", pch=20,

bar.bg=c(fac="light blue"),panel = function(x, y, ...) panel.smooth(x, y, span = 0.0, ...))

coplot(RAIZ~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito2, col="blue", pch=20,

bar.bg=c(fac="light blue"),panel = function(x, y, ...) panel.smooth(x, y, span = 0.0, ...))

coplot(BRS~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito2, col="blue", pch=20,

bar.bg=c(fac="light blue"),panel = function(x, y, ...) panel.smooth(x, y, span = 0.0, ...))

coplot(BRF~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito2, col="blue", pch=20,

bar.bg=c(fac="light blue"),panel = function(x, y, ...) panel.smooth(x, y, span = 0.0, ...))

coplot(BRF~BRS|PLANTA*TRATAMIENTO, data=Fito2, col="blue", pch=20,

bar.bg=c(fac="light blue"),panel = function(x, y, ...) panel.smooth(x, y, span = 0.9, ...))

coplot(BAS~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito2, col="blue", pch=20,

bar.bg=c(fac="light blue"),panel = function(x, y, ...) panel.smooth(x, y, span = 0.0, ...))

coplot(BAF~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito2, col="blue", pch=20,

bar.bg=c(fac="light blue"),panel = function(x, y, ...) panel.smooth(x, y, span = 0.0, ...))

coplot(BTS~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito2, col="blue", pch=20,

bar.bg=c(fac="light blue"),panel = function(x, y, ...) panel.smooth(x, y, span = 0.0, ...))

coplot(BTF~TRATAMIENTO|PLANTA, data=Fito2, col="blue", pch=20,

Page 64: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

53

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coplot(BTF~BTS|PLANTA*TRATAMIENTO, data=Fito2,, col="blue", pch=20,

bar.bg=c(fac="light blue"),panel = function(x, y, ...) panel.smooth(x, y, span = 0.9, ...))

_________

#Trabajo para Fito1

dim(Fito1)

Fito1.Trigo <- Fito1[1:120,]

dim(Fito1.Trigo)

Fito1.Trigo1 <- na.omit(Fito1.Trigo)

dim(Fito1.Trigo1)

names(Fito1.Trigo1)

Lista.Fito1.Trigo<- list(var=Fito1.Trigo1[,1:3],species=Fito1.Trigo1[,c(7,9:11,13)])

#El mismo trabajo pero para Alfalfa

Fito1.Alfalfa <- Fito1[121:200,c(1:3,5,10,11,13)]#Aqui ya se eliminaron las columnas

con NA's

dim(Fito1.Alfalfa)

Fito1.Alfalfa1 <- na.omit(Fito1.Alfalfa)

dim(Fito1.Alfalfa1)

names(Fito1.Alfalfa1)

Lista.Fito1.Alfalfa<- list(var=Fito1.Alfalfa1[,1:3],species=Fito1.Alfalfa1[,4:7])

par(mfrow=c(1,3))

Trigo.pca <- dudi.pca(Lista.Fito1.Trigo$species[,], scannf=F)

s.corcircle(Trigo.pca$co, sub="Variables", possub="topleft", csub=1.5)

scatter(Trigo.pca, sub="PCA")

#s.arrow(Trigo.pca$co, sub="VARIABLES")

#s.class(Trigo.pca$li, Lista.Fito1.Trigo$var$TRATAMIENTO, xax=1, yax=2,

cellipse=1)

s.class(Trigo.pca$li, Lista.Fito1.Trigo$var$TRATAMIENTO, xax=1, yax=2, xlim =

c(-2,2) , ylim = c(-2,2), cellipse=1, col=c(1:4),clab=1.2,cstar=0.7, pch=30,

add.p=F,sub="Tratamiento de fitohormonas en trigo", possub="topleft", csub=1.5)

par(mfrow=c(1,3))

Alfalfa.pca <- dudi.pca(Lista.Fito1.Alfalfa$species[,], scannf=F)

s.corcircle(Alfalfa.pca$co, sub="Variables", possub="topleft", csub=1.5)

scatter(Alfalfa.pca, sub="PCA")

s.class(Alfalfa.pca$li, Lista.Fito1.Alfalfa$var$TRATAMIENTO, xax=1, yax=2, xlim =

c(-2.5,2) , ylim = c(-2,2), cellipse=1, col=c(1:4),clab=1.2,cstar=0.7, pch=30,

add.p=F,sub="Tratamiento de fitohormonas en Alfalfa", possub="topleft", csub=1.5)

##Trabajo para Fito2

dim(Fito2)

names(Fito2)

summary(Fito2)

Fito2[1:200,1]

Page 65: DIVERSIDAD DE BACTERIAS ENDOFITICAS Y SUS IMPACTOS …

54

Fito2.Trigo <- Fito2[1:200,]

dim(Fito2.Trigo)

Fito2.Trigo1 <- na.omit(Fito2.Trigo)

dim(Fito2.Trigo1)

names(Fito2.Trigo1)

Lista.Fito2.Trigo<- list(var=Fito2.Trigo1[,1:3],species=Fito2.Trigo1[,c(7,9,10,11,13)])

#El mismo trabajo pero para Alfalfa

names(Fito2)

Fito2.Alfalfa <- Fito2[201:400,c(1:5,10,11,13)]#Aqui ya se eliminaron las columnas

con NA's

names(Fito2.Alfalfa)

dim(Fito2.Alfalfa)

Fito2.Alfalfa1 <- na.omit(Fito2.Alfalfa)

dim(Fito2.Alfalfa1)

head(Fito2.Alfalfa1)

str(Fito2.Alfalfa1)

Lista.Fito2.Alfalfa<- list(var=Fito2.Alfalfa1[,1:3],species=Fito2.Alfalfa1[,c(5:8)])

par(mfrow=c(1,3))

Trigo.pca1 <- dudi.pca(Lista.Fito2.Trigo$species[,], scannf=F)

s.corcircle(Trigo.pca1$co,sub="Variables", possub="topleft", csub=1.5)

scatter(Trigo.pca1, sub="PCA")

s.class(Trigo.pca1$li, Lista.Fito2.Trigo$var$TRATAMIENTO, xax=1, yax=2,xlim =

c(-2.5,2.5) , ylim = c(-2,2), cellipse=1, col=c(rep(1:4,2),1,2), clab=1.2,cstar=0.5,

pch=30,sub="Tratamiento de Fósforo en trigo", possub="topleft", csub=1.5)

par(mfrow=c(1,3))

Alfalfa.pca1 <- dudi.pca(Lista.Fito2.Alfalfa$species[,], scannf=F)

s.corcircle(Alfalfa.pca1$co,sub="Variables", possub="topleft", csub=1.5)

scatter(Alfalfa.pca1, sub="PCA")

s.class(Alfalfa.pca1$li, Lista.Fito2.Alfalfa$var$TRATAMIENTO, xax=1, yax=2,xlim

= c(-3,3) , ylim = c(-2,2), cellipse=1, col=c(rep(1:4,2),1,2), clab=1.3,cstar=0.5,

pch=30,sub="Tratamiento de Fósforo en Alfalfa", possub="topleft", csub=1.5)

ls()

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