construcción de árboles filogenéticos
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CONSTRUCCIÓN DE ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
Vamos a construir un árbol filogenético con tres especies diferentes, lo primero que hay que hacer es conocer el nombre científico de éstas (por lo menos el género):
• Ballena Balaenoptera acutorostrata• Cerdo Sus scrofa• Foca Halichoerus grypus
Construcción de árboles filogenéticos
géneronombreespecífico
Construcción de árboles filogenéticos
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
En esta página web vamos a buscar la secuencia genética de las tres especies para poder compararlas.
Construcción de árboles filogenéticos
En la pestaña que pone “All Databases”, poner “Nucleotide”, ya que lo que vamos a comparar van a ser secuencias de nucleótidos.
Construcción de árboles filogenéticos
Escribir:Nombre de la especie [GROUP] AND MITOCHONDRION [TITL]
En el ejemplo:BALAENOPTERA ACUTOROSTRATA [GROUP] AND MITOCHONDRION [TITL]
Construcción de árboles filogenéticos
Se pone “MITOCHONDRION” porque el genoma que vamos a comparar va a ser el de la mitocondria.
Las mitocondrias tienen su propio ADN y su propio aparato de síntesis proteica que incluye ribosomas, ARNt y ARNm. Los ribosomas mitocondriales de las células animales contienen dos tipos de ARN ribosómico, el 12S y el 16S.
Construcción de árboles filogenéticos
Dar a “Search”.
Construcción de árboles filogenéticos
Salen todos los resultados, en este caso, del género Balaenoptera. Hay que escoger uno que tenga la secuencia entera: “complete genome”. Vamos a trabajar con la secuencia de Balaenoptera acutorostrata.
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De todas las secuencias de ADN que salen, vamos a coger la que codifica para el ARNr 16S.
Le damos a esta opción y nos aparece la secuencia de nucleótidos del ADN.
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Hay que darle a “FASTA”, para pasar la secuencia a un formato informático determinado.
Construcción de árboles filogenéticos
Copiamos la secuencia.
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www.phylogeny.fr
Esta es la página que nos va a permitir construir los árboles filogenéticos. En “Phylogeny Analysis” seleccionamos “Advanced”.
www.phylogeny.fr
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Quitamos la selección del segundo proceso, y marcamos “step by step”.
Una vez hecho, le damos a “Create workflow”.
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Pegamos la secuencia de nucleótidos que habíamos copiado ya antes en el formato FASTA.
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Se realiza el mismo proceso con el resto de especies, en este caso con el cerdo (Sus scrofa) y la foca (Halichoerus grypus). Se copia la secuencia, también del 16S (todo igual) y se pega justo en la siguiente línea.
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Una vez tenemos ya todas las secuencias pegadas, le damos a “Submit”.
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En este paso vemos que compara los nucleótidos de las tres especies. Los fragmentos en los que los tres genomas coinciden aparecen en azul, en los que coinciden dos en gris, y los que no coinciden en blanco.
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Abajo del todo, darle a “Next step” y en la página que sale, darle a “Submit” (también aparece en la parte de abajo).En la siguiente página nos sale ya el árbol filogenético construido.
¿Qué especies están más emparentadas?
Haz el mismo procedimiento con 3 animales que quieras y averigua sus parentescos evolutivos. Cuando tengas las respuestas de los dos ejemplos no olvides mandármelas al correo.
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