caracterizaciÓn de genomas completos de vih-1: identificaciÓn de clusters filogenÉticos y...
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CARACTERIZACIÓN DE GENOMAS COMPLETOS DE VIH-1:
IDENTIFICACIÓN DE CLUSTERS FILOGENÉTICOS Y
RECOMBINANTES INTRA E INTERSUBTIPO EN PANAMÁ
Sara Ahumada-Ruiz, Dario Flores Figueroa, Iván Toala González y Miguel
Thomson
Centro Nacional de Microbiología
Instituto de Salud Carlos III
Majadahonda (Madrid)
0.1
C. BR025-dC. ETH2220
1.00
H. VI997H. 056
1.00A1. Q23A1. U4551.00A2. 97CDKFE4
A2. 94CY0171.00
1.00
G. HH8793 G. DRCBL1.00
02 AG. 97CM02 AG. IBNG02 AG. DJ264
02 AG. SE78121.00
1.001.00
J. SE7887J. SE7022
1.00
F1.93BR020F1. MP411
1.00
F2. MP255 F2. MP2571.001.00
K. EQTB11CK. MP535
1.00D. ELI
D. 94UG1140.99
PA 31 PA 26 PA 10PA 75
B. RF PA 113PA 142
PA 48PA 72
1.00
PA 150PA 38
PA 28 PA 57PA 55
PA 118PA 206
PA 101PA 203
1.00
PA 58 PA 117PA 125
PA 851.00
PA 141PA 61 PA 132
PA 1541.00
PA 17PA 54 PA 62
1.000.95
PA 35PA 86
PA 67 PA 74
0.90
PA 112PA 21
PA 130 PA 471.00
PA 129PA 205
PA 136PA 103PA 871.00
1.001.00
PA 7PA 65PA 120
PA 147PA 63
1.000.98
0.99
B. JRFL PA 46PA 208
PA 155PA 36 PA 50
PA 102PA 210
1.00
PA 34PA 43 PA 133
PA 128PA 2141.001.001.00
0.98
PA 82PA 104
PA 40PA 119
PA 790.94
PA 144PA 124
PA 2PA 80
PA 110PA 137PA 212
PA 8 PA 138PA 152
PA 841.00
0.97PA 12
PA 131.00
PA 105 PA 127PA 68
0.991.00
PA 45 PA 201PA 122
PA 211 PA 70PA 126
PA 05 52PA 209
PA 691.00
1.00PA 115
PA 1481.00
0.89
PA 53 PA 33PA 41
PA 106PA 66
1.001.00
PA 29PA 30
1.00
PA 207PA 107
PA 153 PA 23PA 6
PA 2020.99PA 71
PA 60 PA 108PA 180.961.00
PA 143PA 217 PA 114
B. WEAU160 PA 109PA 134
1.00
PA 123PA 42
0.99
PA 59PA 73
1.00PA 116
PA 1311.00
PA 151 PA 140PA 3
PA 2161.00PA 14
PA 2040.95
0.931.00
0.99
PA 146PA 25
1.00
PA 49PA 04 P52
1.00
PA 139PA 76
PA 145PA 78
0.921.00
B HXB2
0.99
1.00
1.00
0.99
0.95
B-PA1
B-PA2
B-PA3
B-PA4
B-PA5
Subtipo B
B-PA6
B-PA7
ÁRBOL DE SECUENCIAS DE SUBTIPO B EN PR-TI DE PANAMÁ
El cluster B-PA1 está asociado significativamente con Panamá Oriental y los clusters B-PA2 y B-PA4 con Panamá Occidental.
* (p<0.05, Test Exacto de Fisher).
DISTRIBUCIÓN GEOGRÁFICA DE MUESTRAS Y CLUSTERS EN PANAMÁ
39
2
6
9
9
4
4
6
5
1
31
40
5
10
15
20
25
30
35
40
45
B-PA1* B-PA2* B-PA3 B-PA4* B-PA5 B-PA6 B-PA7Panamá Oriental Panamá Occidental
96 (76%)
30 (24%)
Panamá Oriental Panamá Occidental
ARNExtracción
Plasma
Nuclisens
PCR anidada
Purificación (Exonucleasa + Fosfatasa Alcalina)
Secuenciación (ABI Prism BigDye Terminator Cycle)
ADNc
A B C D
5’ 3’
RT
Obtención de secuencias de genomas completos de VIH-1
ÁRBOL DE SECUENCIAS DE GENOMAS COMPLETOS DE PANAMÁ
B-PA2
B-PA1
Subtipo B
B-PA3
B-PA3
B-PA5
0.1
C 92 BR025-d C 86 ETH2220
100
D NDK M27323D ELI
100
B WEAU160 PA 145
PA 78100
PA 25B HXB2
B JRFL
86
PA 71PA 34
PA 73PA 59
100
PA 204PA 216
PA 149PA 140
100100
100
76
PA 214PA 79
PA 201PA 144
PA 212PA 80
PA 203PA 105
PA 6810097
80
100
PA 8PA 132
PA 61100
PA 57PA 55
100
PA 35PA 74
10088100
PA 21PA 47
PA 13010099
PA 63PA 65100
PA 205PA 87PA 103100
100
96
B RF PA 1075
100
100
K MP535 K EQTB11C 100
F2 MP255 F2 MP257 100F1 MP411 F1 93BR020
PA 3912 BF A32989
12 BF ARMA159 12 BF URTR23
12 BF URTR35 96100
10097
98100
100
100
97
H VI997 H 056
100
J SE7022 J SE7887 100G SE6165
G 92NG083 100A2 94CY017
A2 97CDKTB48 100PA 15
02 AG 97GHAG102 AG 97CM MP807
02 AG SE7812 02 AG IBNG
02 AG DJ263
8184
100
A3 DDJ369A3 DDJ360
A3 DDJ579100
100
A1 92UG037 A1 SE7253 100
100
99
100
C 92 BR025C 86 ETH2220
D NDK M27323D ELI
B WEAU160
PA 71
PA 73
PA 204PA 216
PA 149PA 140PA 214
PA 79PA 201PA 144
PA 212PA 80
PA 105PA 68
PA 132PA 61
PA 57PA 55PA 35
PA 74PA 21
PA 47PA 130
PA 63PA 65
PA 205
100
PA 10K MP535
K EQTB11C F2 MP255 F2 MP257 F1 MP411 F1 93BR020
12 BF A3298912 BF ARMA159
12 BF URTR23 12 BF URTR35
H VI997 H 056
J SE7022 J SE7887 G SE6165
G 92NG083 A2 94CY017
A2 97CDKTB48
02 AG 97GHAG102 AG 97CM MP807
02 AG SE7812 02 AG IBNG
02 AG DJ263 A3 DDJ369
A3 DDJ360A3 DDJ579
A1 92UG037 A1 SE7253
60
B-PA4
B-PA7
B-PA6
CRF12_BF
CRF02_AG
B-PA2
B-PA1
Subtipo B
B-PA3
B-PA3
B-PA5
0.1
C 92 BR025C 86 ETH2220
D NDK M27323D ELI
100
B WEAU160 PA 145
PA 78PA 25
86
PA 71PA 34 (PA-1)
PA 73PA 59
PA 204PA 216
PA 149PA 140
100100
100
76
PA 214PA 79
PA 201PA 144
PA 212PA 80
PA 203 (PA-5)PA 105
PA 6810097
100
PA 8 (PA-1)PA 132
PA 61100
PA 57PA 55
100
PA 35PA 74
10088100
PA 21PA 47
PA 13010099
PA 63PA 65100
PA 205PA 87PA 103100
100
96
PA 1075
100
100
K MP535 K EQTB11C 100
F2 MP255 F2 MP257 100F1 MP411 F1 93BR020
PA 3912 BF A32989
12 BF ARMA159 12 BF URTR23
12 BF URTR35 96100
10097
98100
100
100
97
H VI997 H 056
100
J SE7022 J SE7887 100G SE6165
G 92NG083 100A2 94CY017
A2 97CDKTB48 100PA 15
02 AG 97GHAG102 AG 97CM MP807
02 AG SE7812 02 AG IBNG
02 AG DJ263
8184
100
A3 DDJ369A3 DDJ360
A3 DDJ579100
A1 92UG037 A1 SE7253 100
100
99
100
C 86 ETH2220 D NDK M27323D ELI
PA 71
PA 73
PA 204PA 216
PA 149PA 140PA 214
PA 79PA 201PA 144
PA 212PA 80
PA 105PA 68
PA 132PA 61
PA 57PA 55PA 35
PA 74PA 21
PA 47PA 130
PA 63PA 65
PA 205
100
PA 10K MP535
K EQTB11C F2 MP255 F2 MP257 F1 MP411 F1 93BR020
12 BF A3298912 BF ARMA159
12 BF URTR23 12 BF URTR35
H VI997 H 056
J SE7022 J SE7887 G SE6165
G 92NG083 A2 94CY017
A2 97CDKTB48
02 AG 97GHAG102 AG 97CM MP807
02 AG SE7812 02 AG IBNG
02 AG DJ263 A3 DDJ369
A3 DDJ360A3 DDJ579
A1 92UG037 A1 SE7253
60
B-PA4
B-PA6
CRF12_BF
0.1
C 86 ETH2220 C 92 BR025-d
100
H 056 H VI997
100
F2 MP255 F2 MP257
100
F1 MP411 F1 93BR020
100100
K EQTB11C K MP535
100
100
D NDK M27323D ELI
100
* B CO 2001 PCM001PA 214PA 212
PA 144PA 80
PA 105PA 68100
91
PA 201PA 79
88
100
100
PA 25* B HXB2
PA 145PA 78
100
* B JRFL * B WEAU160 74
81
PA 205
PA 103PA 87100
100
PA 63PA 65100
100
PA 21PA 47
PA 130100
98
* B UY 2001 01UYTRA1179PA 57PA 55
100
PA 74PA 35
10084
PA 61PA 132
100
100
* B BR 2005 BREPM1093* B BR 2003 BREPM103587
71
87
PA 71PA 59PA 73
100
PA 204PA 216
PA 149PA 14073
100100
10088
96
B RF PA 10
100
100
91
J SE7887 J SE7022
100
G SE6165 G 92NG083
100
A2 94CY017A2 97CDKTB48
100
A1 92UG037 A1 SE7253
100100
99
B-PA1
B-PA7
B-PA3
B-PA5
B-PA6
0.1
C 86 ETH2220 C 92 BR025-d
100
H 056 H VI997
100
F2 MP255 F2 MP257
100
F1 MP411 F1 93BR020
100100
K EQTB11C K MP535
100
100
D NDK M27323D ELI
100
* B CO 2001 PCM001PA 214PA 212
PA 144PA 80
PA 105PA 68100
91
PA 201PA 79
88
100
100
PA 25* B.FR.HXB2
PA 145PA 78
100
* B.US.JRFL * B .US.WEAU160 74
81
PA 205
PA 103PA 87100
100
PA 63PA 65100
100
PA 21PA 47
PA 130100
98
* B UY 2001 01UYTRA1179PA 57PA 55
100
PA 74PA 35
10084
PA 61PA 132
100
100
* B BR 2005 BREPM1093* B BR 2003 BREPM103587
71
87
99
PA 71PA 59PA 73
100
PA 204PA 216
PA 149PA 14073
100100
10088
96
B RF PA 10
100
100
91
J SE7887 J SE7022
100
G SE6165 G 92NG083
100
A2 94CY017A2 97CDKTB48
100
A1 92UG037 A1 SE7253
100100
99
B-PA1
B -PA7
B- PA3
B- PA5
B -PA6
Subtipo B
ANÁLISIS DE RECOMBINANTES INTRA E INTERSUBTIPO
A)
B)
7.0006.0005.0004.0003.0002.0001.0000
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
B-PA1B-PA5B-PA6CH
PA_8
7.0006.0005.0004.0003.0002.0001.0000
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
B-PA1B-PA5B-PA6CH
7.0006.0005.0004.0003.0002.0001.0000
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
B-PA1B-PA2CH
7.0006.0005.0004.0003.0002.0001.0000
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
PA_34
B-PA1B-PA2CH
7.0006.0005.0004.0003.0002.0001.0000
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
B-PA1B-PA5CH
7.0006.0005.0004.0003.0002.0001.0000
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
PA_203
B-PA1B-PA5CH
7.0006.0005.0004.0003.0002.0001.0000
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
A3CRF02_AGCH
7.0006.0005.0004.0003.0002.0001.0000
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
PA_15
A3CRF02_AGCH
7.0006.0005.0004.0003.0002.0001.0000
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
CRF12_BFBCH
7.0006.0005.0004.0003.0002.0001.0000
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
PA_39
CRF12_BFBCH
CONCLUSIONES• La epidemia de VIH-1 de Panamá está dominada por el subtipo B, en el
que una mayoría de virus agrupa en clusters filogenéticos bien definidos, algunos de ellos con asociaciones geográficas, los cuales han sido confirmados mediante análisis de genomas completos.
• Dichos análisis han permitido establecer las relaciones de 5 de los 7 clusters de subtipo B de Panamá con virus de Sur y Norteamérica.
• Los análisis mediante bootscanning de genomas completos han permitido identificar formas genéticas inter e intrasubtipo en Panamá
• Los resultados de este estudio apoyan la importancia de analizar genomas completos de VIH-1, que proporciona información adicional sobre el origen y propagación epidémica de los virus, y permite la identificación y caracterización de formas recombinantes intra e intersubtipo, lo cual podria tener implicaciones para estudios epidemiológicos y biológicos del VIH-1.
