Ustilago maydis en su etapa como saprófita crece como células de levadura haploides, mientras que en la etapa invasiva crece como un micelio formado por células diploides. La forma de micelio sólo se muestra en planta por las células dicarióticas o diploides, no hay crecimiento micelial se había obtenido en cultivo líquido. En concreto, hemos encontrado 12 grupos de genes que codifican pequeñas proteínas secretadas con función desconocida.

El tamaño de su genoma es de 20.5 Mb con 6902 modelos de genes, registrados en la base de datos de Ustilago maydis (MUMDB; http://mips.gsf.de/genre/proj/ustilago/). Un análisis de expresión mostró que la mayoría de los genes contenidos en estos grupos están regulados juntos e inducidos en el tejido infectado.

Podemos decir que Ustilago maydis tiene muy pocos genes comparado con los ascomicetos fitopatógenos, por ejemplo 12,841 genes en Magnaporthe grisea, 16,597 genes en Stagonospora nodorum y 11,640 genes en Fusarium graminearum. Es muy notable la diferencia, pues estos hongos llegan a doblar e incluso hasta triplicar la cantidad de genes de Ustilago maydis.

U. maydis también tiene pocos intrones y un genoma relativamente pequeño, el promedio de intrones por gen es de 0.46, con el 70% de los genes careciendo de intrones. Por otro lado, los basidiomicetos relacionados Cryptococcus neoformans, Coprinus cinereus y Phanerochaete Chrysosporium contienen un promedio de 5.3, 4.5 y 2.6 intrones por gen, respectivamente.

destacado de gen sin intrones de U. maydis es del gen altamente conservado tor1 gen quinasa. En perspectiva, este mismo gen contiene 23 intrones en C. neoformans.

Algunas investigaciones sugieren que el genoma de U. maydis ha sido moldeado por perdidas masivas de linajes de intrones especificos, como se ha observado en las levaduras Saccharomyces cerevisiae y ascomycetous Schizosaccharomyces pombe.

Se ha propuesto que la perdida de intrones se produce por la recombinación de los transcritos de transcripción inversa. El pequeño número de intrones observados en U. maydis lo tanto, podría ser una consecuencia del sistema 10 altamente eficiente recombinación homóloga.

19A cluster de U. maydis. Tiene 6 Familias génicas involucradas. Al retirarlo, no se pueden formar los "tumores" y baja su virulencia, presenta 24 genes. El efecto virulento del grupo 19A está en la primera mitad del clúster.

Fuera del 19A clúster, el genoma de U. maydis no contiene paralogos a cualquier familias de genes reconocibles. Los 24 efectores codificados por 19A clúster no contienen dominios de la proteína reconocibles ni tampoco muestran una separación característica de restos de cisteína descritos para varios otros efectores U. maydis