la iniciativa internacional del gbif y la criptogamia en españa: retos y oportunidades

F. PandoFund. Areces, 2004

La iniciativa internacional del GBIF y La criptogamia en

España: retos y oportunidades

Francisco PandoGBIF.ES, Unidad de

Coordinación

pando@gbif.eswww.gbif.es

• Que es GBIF• ¿por qué GBIF?• Programa de GBIF• Implementación de GBIF en España • Participación y resultados• Criptogamia en España y GBIF• Los portales de datos de GBIF• Oportunidades de financiación• Retos • Reflexiones finales

Sumario

Iniciativa GBIF

• Es una iniciativa internacional, a 10 años vista, para hacer accesible por Internet toda la información disponible sobre los organismos vivos conocidos a nivel mundial (se ha hablado de GBIF como el “proyecto genoma humano” de la biodiversidad)

• A instancias de la OCDE (1996, MegaScience Forum)• Los miembros ordinarios de GBIF son estados• Los estados miembros se comprometen a establecer un

nodo nacional de GBIF que –entre otras cosas-- será portal de esta información, además contribuyen económicamente a la inciativa

Global Biodiversity Information Facility

Infraestructura Mundial de Información en Biodiversidad

•Junio de 1999: el Consejo de Ministros de la OCDE acuerda crear GBIF•Marzo del 2001: GBIF nace oficialmente•2002: La Secretaría Mundial del GBIF se instala en Copenague •2003: Primer plan de trabajo anual de GBIF y primeras convocatorias de proyectos y contratos

Cronología de GBIF

¿Por qué GBIF?• "Saber que sabemos" resulta complicado --cuando no

imposible-- porque:• La información se generar y almacena de modo disperso en

proyectos, colecciones y centros, de manera que no hay un punto donde podamos obtener toda la información que existe sobre una especie --o conjunto de especies-- para un ámbito determinado (geográfico, de hábitat, temporal,…). Proporcionar acceso unificado a todos esos recursos existentes, accesibles pero dispersos es objetivo de GBIF.

• Las estilización propia de los trabajos científicos --derivada de las limitaciones impuestas por la publicación en papel-- hace que sólo se publique los resultados, omitiendo toda la información generada y recopilada para llegar a los mismos. Esto obliga a los botánicos a repetir los mismos trabajos una y otra vez, con toda la ineficiencia que conlleva. Esto no es algo nuevo como ya lo dijo HEYWOOD (1974). Contribuir y promocionar que todos esos datos científicos sean accesible y reutilizables también es objetivo de GBIF.

• Contenido–Informatización de las colecciones de Historia Natural–Catálogo electrónico de nombres científicos–“Species bank”: bases de datos con información sobre especies (descripciones, claves, imágenes, …)–Biblioteca Virtual de la Biodiversidad

• Informática–Tecnología e interoperabilidad de bases de datos (estándares, infraestructura informática)

• Formación y cooperación–Nuevos miembros–Convenios Internacionales–Formación

Programas temáticosIniciativa GBIF

El catálogo electrónico de nombres de organismos conocidos para la ciencia posibilitará el enlace entre muchos tipos de bases de datos biológicas y no biológicas

Iniciativa GBIFContenidos y relaciones

Museo Nacional de Ciencias Naturales

Real Jardín Botánico

Resolución del MCYT

Consejo Superior de Investigaciones Científicas

Nodo Nacional de GBIFUnidad de Coordinación

ImpleméntaciónGBIF en España

España firma el MoUPlan de actuaciónAbril 2001

Resolución del MCYT

Sesiones informativas

Trabajos iniciales

GBIF.ES UC, arranca

De la voluntad política a la realidadGBIF en España

Febrero 2001

Invierno 2002

Otoño 2002

Julio 2002

Julio 2003

– Estructura en red (U. coordinación + centros y proyectos)

– Unidad de Coordinación dentro de un centro– Sin presupuesto para financiar proyectos

Propuesta de implementaciónGBIF en España

ANEP

El sistema de información del nodo español del GBIF está formado por una Unidad de Coordinación (UC) y por una federación de bases de datos integrada por los Centros Asociados a la Red (CAR)

GBIF.ES = UC +CARGBIF en España

• Acceso unificado • Información distribuída

Los proveedores de datos retienen el control sobre los mismos

Esta misión se plasma en las siguientes tareas:• Proporcionar soporte técnico (información, formación,

estándares, software y asesoramiento)• Asegurar la coherencia entre las iniciativas nacionales

y la arquitectura informática de GBIF, para garantizar la interoperabilidad

• Investigar como maximizar el valor de los datos, al desarrollar herramientas de análisis, validación y visualización de los mismos

• Recopilar y difundir información relevante para las colecciones y para el conocimiento y gestión de la información sobre biodiversidad

GBIF en EspañaUnidad de Coordinación

Misión: apoyar a las colecciones, centros y proyectos relevantes sobre biodiversidad para que participen en GBIF

• Base de datos de centros y proyectos (http://www.gbif.es/InformeColecciones.php)

• Apoyo y seguimiento a proyectos y centros participantes• Software de informatización y gestión de colecciones y

proyectos• Informatización de datos• Otras herramientas informáticas• Portal de comunicación• Portal de datos y servicio de alojamiento de datos• Talleres de bioinformática• Difusión y fomento de la participación• Participación a nivel internacional (con TDWG, con el

Secretariado de GBIF, con otros Nodos)

GBIF en EspañaActividades

Participación: centros y proyectos GBIF en España

37 centros83 bases de datos1.577.304 registros

http://www.gbif.es/Participantes.php

Que hay de criptogamia• Algas y Fitoplancton

– CeDoc de Biodiversitat Vegetal: BCN-Phycophyta– Institut d'Ecologia Litoral: IEL_Algae– Institut d'Ecologia Litoral: IEL_Phyto– Real Jardín Botánico Madrid: MA-Algae– SANT herbarium algae collection– Universidad de Málaga: MGC-Algae

• Hongos y Líquenes– Universidad Complutense, Dpto. de Biolog. Veg. II, Fac. Farmacia, , Madrid: MAF-Lich– Universidad de Córdoba. Dpto. de Botánica, Ecología y Fisiología Vegetal: Fungi-COFC– Flora Mycologica Iberica– Real Jardín Botánico, Madrid: MA-Fungi– Real Jardín Botánico, Madrid: MA-Funhist– Real Jardín Botánico, Madrid: MA-Lichen

• Musgos y Hepáticas– Universidad de Murcia, Dpto. Biología Vegetal (Botánica): MUB-HEPATICAE– Real Jardín Botánico, Madrid: MA-Musci– Real Jardín Botánico, Madrid: MA-Hepat

• Los datos consultables son importantes (más de 220.000 registros en total) pero aún tan solo una fracción de lo que existe y debería ser accesible.

Que más hay

• Un aspecto interesante de GBIF y que muestra su dimensión colaborativa es que no solo permite consultar los datos provenientes de España, en este caso, si no también los concerniente a su territorio que están en bases de datos de fuera del país.

Un ejemplo: hongos de la Península Ibérica

46 bases de datos16 países45.000 registros con

coordenadas

http://data.gbif.org

www.gbif.es/datos

Ejemplo del nuevo portal de GBIF

http://data.gbif.org/

demo de data.gbif.org

• En el Nodo Nacional de GBIF la participación de todas las instituciones depositarias de colecciones, y proyectos con información en biodiversidad es fundamental. La información que contiene cada colección –grande o pequeña- es única. Al participar en GBIF, los centros y colecciones contribuirán con sus datos a la visión de la biodiversidad que, a todas las escalas, proporcionará la red de GBIF; obteniendo y obtendrán además apoyo técnico, visibilidad y reconocimiento.

• Para que esta participación tenga un efecto real, los centros y proyectos implicados pueden financiar la informatizando de sus datos y su publicación en internet -entre otras maneras - mediante las “Acciones Complementarias" específicas de GBIF del Plan Nacional I+D+I

Oportunidades de financiación

http://www.gbif.es/financiacion.php

http://www.gbif.es/financiacion.php

Retos

• Criptogamia para todos los públicos

• Comunicar datos, no solo resultados

• Nuevas técnicas requiere formación

Retos

• Los datos hechos públicos exigen mayor rigor en su presentación y una documentación meticulosa ya que datos serán usados en contextos muy diferentes del original.

Ejemplo: el helecho machoFl. ibericaDryopteris filix-masDryopteris affinis

ssp. affinisssp. borrerissp. stilluppensis

Dryopteris oreadesDryopteris submontanaDryopteris pallida

ssp. pallidaspp. balearica

Dryopteris carthusanaDryopteris expansaDryopteris dilatata

Fl. Països Catalans Dryopteris austriaca

ssp. assimilisssp. dilatatassp. spinulosa

 Dryopteris filix-mas

ssp. borrerissp. filix-masssp. oreades

 Dryopteris villarii

ssp. submontanassp. balearica

Conocimiento explícito e implícito

nombre

quien

cuando

…

Donde estamos

• Establecer el significado de una identificación es en el mejor de los casos un ejercicio de exegesis basado en conocimiento implícito y asunciones

• Esto es un tremendo obstáculo para que la colección sea útil a un mayor número de usuarios y por tanto para su importancia

Explicitar el conocimiento…

Quien hace la identificación Cuando • Tipo de identificación (fiabilidad)• Calificadores de la identificación (precisión)• Exactitud ( sistema de referencia taxonomia)

Exactitud (ref. a taxonomía)

Retos• La publicación de datos debe ser

promocionada. Las iniciativas a favor del "Scientific Data Open Access", que distintas instituciones (Comisión Europea, Convenio de la biodiversidad, GBIF) apoyan,

• pero además ésta debe ser considerada como un mérito científico (para que los investigadores hagan de esta actividad parte de su rutina de trabajo.

• las publicaciones científicas deben hacer constar el uso en las mismas (citar) de los datos obtenidos por Internet, como se hace en la actualidad con las publicaciones impresas.

• Formación. La puesta de datos en Internet es el colofón de una serie de procesos donde los datos se compilan, depuran, almacenan y mantiene. El aprendizaje de las técnicas que estas tareas conllevan debe ser parte de la formación del investigador.

Retos

20 talleres en 3 años

Gestion de datos, modelado de la biodiversidad, calidad de datos, georeferenciación, gestión de colecciones, etc.

A modo de conclusion

La criptogamia ya no es lo que era:

– La información que producimos es (debe ser) consumida por un público más amplio

– Los datos (y no solo los resultados) son valiosos y deben ser “publicados”

– De la fragmentación a la integración: primero las citas, después las especies

Francisco Pando

ResponsableAlberto G. Talaván

Coordinador de proyectosSilvia Lusa

Administradora del sistema informático y red de datosIsabel Ortega

Soporte a usuarios y documentaciónIbon Tamayo

Desarrollos informáticos

GBIF-ES es el Nodo Nacional de Información sobre Biodiversidadpatrocinado por el Ministerio Español de Educación y Ciencia, gestionado por el Consejo Superior de Investigaciones Científicas

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Unidad de CoordinaciónGBIF en España