-cite-seq シングルセル -死細胞除去 受託解析 single cell rna ......
TRANSCRIPT
国内ラボでの実施なら. . . 不安定な細胞サンプルでも安心、海外長時間輸送時のリスクも低減
GENEWIZ / 日本ジーンウィズゲノミクス受託のリーディングカンパニー
Single Cell RNA-Seqなら見えないものが見えてくる！
従来のRNA-Seq
Single Cell RNA-Seq
細胞ごとにライブラリ調製
まとめてライブラリ調製
各細胞ごとの遺伝子発現を検出
サンプル全体での平均的な発現を検出
発現パターンに基づき細胞を特徴付け、分類
個々の細胞の不均質性や集団中の少数細胞の特性は検出不可能
細胞集団
＊ 持ち込み、出張実施の場合、実施予定日の少なくとも1週間以上前のご予約が必要となります。予約状況によりご対応できないことがございます。＊ 出張実施の際には、出張費および機器・試薬等の輸送費を別途申し受けます。
選べる3つのご利用スタイルサンプル再提出の場合でも時間と輸送費をセーブ
持ち込み・出張実施の利点・ 凍結融解による生存率の低下がない・ 細胞状態への影響が少ない・ より少ない細胞数にも対応可能・ お客様と直接ご連絡できるため作業がスムーズ・ 高い成功率
国内ラボ初10x scRNA受託
細胞サンプルの調製 凍結保存 ドライアイス
発送
細胞数・生存率の確認ライブラリ調製シークエンシングと
データ解析
- 死細胞除去
Single Cell RNA-Seq 大好評受付中
- CITE-Seq
シングルセル受託解析 対応します！
お客様
ジーンウィズ
1. 凍結での送付2. 凍結せず、生細胞のまま弊社ラボに持ち込み3. 弊社スタッフが機器試薬と出張、お客様のラボにて実施
10x Genomics Chromiumなら最大10,000細胞/ウェルのハイスループットな解析が可能
利用例1: がん研究への応用
細胞懸濁液バーコディングと
ライブラリ調製（下記参照）次世代シークエンシング
Cell Rangerを中心とした
解析パイプライン
ルーぺブラウザによる可視化や
遺伝子発現比較解析
出発材料 ライブラリ調製 シークエンシング データ解析 データの可視化
10xバーコードを含むゲルビーズ
Chromiumチップ流路でのビーズと細胞−酵素溶液/オイルの混合
液滴の回収
細胞 1…
細胞 3,000
遺伝子 1 遺伝子 2… 遺伝子 2,000
遺伝子 1 遺伝子 2… 遺伝子 2,000
AlignmentBarcode
ProcessingTranscriptCounting
Report
ExpressionAnalysisGene-cell
Matrix
個々の細胞での遺伝子発現量を同定
利用例2: 抗体による細胞種同定と遺伝子発現解析
Normal PBMCs AML PBMCs
TSNE1
TSNE
2
TSNE1
TSNE
2
Bulk Cells(54)
• 急性骨髄性白血病患者と非患者由来の末梢血単核細胞での遺伝子発現を細胞レベルで解析
• 骨髄性細胞集団について着目
Significant gene sets
• 細胞全体では幹細胞遺伝子の発現が増大一方、骨髄性細胞のみについて着目するとFLT3経路遺伝子の特異的な増大が判明
Myeloid Cells(114)
• サンプル提出要件： 分散済みの細胞； 細胞数：>1x 106 細胞/ml（推奨）、5x 104 細胞/500μl（最小）； 細胞生存率：80-90%以上• 標準仕様： 1サンプルあたり約3,000細胞を対象、 1細胞あたり約50,000-100,000リード（1サンプルあたり合計約1.5億-3億リード）
生データ（FASTQフォーマット）細胞のクラスタリング、発現量を含む解析レポート
ルーペブラウザでの可視化、解析をするためのデータ
代理店・取扱店記入欄
P5 Read 1
10xBarcode
UMI
Poly(dT)VN
Read 2
SampleIndex
P7
シークエンシングライブラリ断片
〒333-0844 埼玉県川口市上青木3-12-18埼玉県産業技術総合センター508号室（オフィス）・553号室（ラボ）
電話： 048-483-4980電子メール： [email protected]ウェブサイト： https://www.genewiz.com/ja-JP
日本ジーンウィズ株式会社 − お問い合わせ先 −
https://www.10xgenomics.com/wp-content/uploads/2016/04/10x_Single_Cell_App_Note.pdf
https://www.10xgenomics.com/wp-content/uploads/2016/04/10x_Single_Cell_App_Note.pdf より一部改変
解析の流れ、仕様および納品物
ChromiumによるSingle Cell RNA-Seqライブラリ調製の概要
Feature Barcoding/CITE-Seq - 細胞表面タンパク質と遺伝子発現の同時解析好評受付中
BioLegend社より提供のオリゴDNA標識抗体TotalSeq を用いた細胞表面タンパク質の同定と同一細胞での遺伝子発現を同時に解析（CITE-Seq）
MyeloidPopulation
MyeloidPopulation
mRNA
mRNA Protein
Protein
・ オリゴDNA結合抗体により、10x シングルセル解析フローを用いた細胞種の同定と同一細胞での遺伝子発現解析を実施。
・ 細胞膜表面に発現するタンパク質マーカーの同定により、遺伝子発現に基づいた細胞の分類を改善、複数種類の抗体が利用可能。
・ BioLegendのTotalSeq-AあるいはTotalSeq-Bに対応（https://www.biolegend.com/totalseq）。詳細はお問い合わせください。
10x Genomics, AD034_Single_Cell_Feature_Barcoding_Rev_A.pdfより抜粋、改変
• 細胞表面タンパク質により細胞集団の分類を改善
• アイソフォーム特異的抗体を利用してスプライシングパターンを区別（右赤枠）
• 微量発現のマーカー遺伝子でも抗体マーカーで正確に細胞同定（下赤枠）
• 納品物：
＊ 解析対象の細胞数、1細胞あたりのリード数はご希望に応じて変更可能（1ウェルあたり500-10,000細胞、1チップ8ウェル使用で最大80,000細胞）。
＊ 上記サンプル提出要件は凍結送付の場合。持ち込み・出張実施でのサンプル要件、CITE-Seqの要件につきましてはお問い合わせください。
逆転写反応 オイルの除去
各細胞に特異的なな10xバーコードと各mRNA分子に特有な分子バーコードで標識されたcDNA
• 各ビーズは固有の10xバーコードを持つとともに、各キャプチャ配列は個別のUMI（分子バーコード）を持つ。
• Poly-A mRNA、BioLegend TotalSeq-B抗体は、それぞれ、Poly(dT)、Capture Seq 1でキャプチャーされる。
©2019 GENEWIZ Inc. 本サービスは研究用のみに使用できます。診断目的に使用することはできません。当印刷物に記載されている会社名および商品名などは、各社の商標または登録商標です。本印刷物記載の内容は2019年9月現在のものです。
細胞と酵素反応液
オイル