Un modelo cuantitativo para la afinidad de ligandos en hemoproteínas

Leonardo Boechi y María Eugenia Szretter

Instituto de CálculoUniversidad de Buenos Aires

Hemoproteínas

Hemoglobina,mioglobina…

koffkon

Quantum/Classical(QM/MM)DinámicaMolecularClásicayGuiada

Migración y estabilización de ligandos en familia de hemoproteínas

Nicole2etal.JACS2011ArroyoMañezetal.Biochemistry2011Droghe2etal.Biochemistry2010Nicole2etal.Biochemistry2010MarEetal.Proteins2007

koff -Unaproteínaalavez-Cualita2vo

Bustamanteetal.JPC-B2014Boechietal.JBC2013Pesceetal.JBC2011Boechietal.IUBMBLife2011Boechietal.Proteins2010

MarEJPChemB2009Boechietal.Proteins2008MarEetal.JACS2008MarEetal.JACS2008Bidon-ChanalProteins2006

kon

Quantum/Classical(QM/MM)DinámicaMolecularClásicayGuiada

Migración y estabilización de ligandos en familia de hemoproteínas

Apar=rdelaecuacióndeEyring:

AGUATUNEL

Migración:

O2

Cte

Apar=rdelaecuacióndeEyring:

AGUATUNEL

Migración:

O2 N=26

Cte

Modeloestadís=co

ModelolinealmúlEple(condosvariablespredictorasoexplicaEvas)

Migración:

Migración:

LasdosvariablesexplicaEvassonsignificaEvas(osea,sirvensimultáneamente)

Resultados

Validamosmodelopropuesto+coeficientespropuestos!

R20.78

ModelosreducidosMigración:

Además,enestecaso,elcuadradodelacorrelaciónentreambasvariableses0.09oseaqueEeneninformacióndisEnta

Valoresdeβsimilaresalcasodelmodelocompleto

Migración: ¿Predicción?

EstabilizacióndeO2coordinadoalFe

log!(!!""!"#!) = !! +!!RT ∙ log ! ∙ !!!!! ! +

γ!RT ∙ log!(!) ∙ ∆!!

‡! + !!!

Equation Coefficient To validate /

estimate

Estimated value

and 95% CI p-value

F5

!! 0 -0.36 ± 2.84 0.78

!! −!1 -0.85 ± 0.46 2.3 ∙ 10!!

!! −1 0.16 ± 1.10 0.76

!R2=0.74

Estabilización:

EnlaceFe-O2 Tunel(out)

O2

Equation Coefficient To validate /

estimate

Estimated value

and 95% CI p-value

F6 !! 0 0.12!±!0.47 0.60

!! −1 -0.82!±!0.23 4.57 ∙ 10!!

!

R2=0.746

log!(!!""!"#!) = !! +!!RT ∙ log ! ∙ !!!!! ! + !!!

Modeloreducido

EnlaceFe-O2

Estabilización:O2

Agradecimientos:

Agradecimientos:

Agradecimientos:

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