Coordinación científica:Dr. Fernando Rivera HerreroHospital Universitario Marqués de Valdecilla,

Santander

Organizado por: Fundación para el progreso

de la oncología en Cantabria

Secuenciación Masiva en CáncerJavier Freire Salinas

Dr. Biología Molecular

HUMV

Medianasupervivencia

(meses)

1 año(%)

2 año(%)

1980s 4-6 10 -

2000 8 30-35 10-15

2005 12 50 20

2015 14-15 60 30

2016… Medicina personalizada…?

Cáncer de pulmón

Clasificación morfológica

Escamoso

34%

otros

11%

Adenocarcinoma

Genotipado del NSCLC

CCnP

Escamoso

Hematox

p40, TTF1 ALK & EGFR

Hematox

21

2/5

Diagnóstico diferencial y

molecular

9

10

11...

20

Nuevos dianas moleculares

Y después de EGFR and ALK?

Ensayos clínicos ultimas fase y dianas ya aprobadas

SECUENCIACIÓN DEL GENOMA

7

ACGTGGTAA CGTATACAC TAGGCCATA

GTAATGGCG CACCCTTAG

TGGCGTATA

CATA…

ACGTGGTAATGGCGTATACACCCTTAGGCCATA

Short fragments of DNA

AC..GC

TT..TCCG..CA

AC..GC

TG..GT TC..CC

GA..GCTG..AC

CT..TG

GT..GC AC..GC AC..GC

AT..ATTT..CC

AA..GC

Short DNA sequences

ACGTGACCGGTACTGGTAACGTACA

CCTACGTGACCGGTACTGGTAACGT

ACGCCTACGTGACCGGTACTGGTAA

CGTATACACGTGACCGGTACTGGTA

ACGTACACCTACGTGACCGGTACTG

GTAACGTACGCCTACGTGACCGGTA

CTGGTAACGTATACCTCT...

Sequenced genome

Genome

SECUENCIACIÓN DEL EXOMA (WE)

Muchas menos bases Mayor cobertura

28X 280X

Data tsunami

SECUENCIACIÓN DE PANELES DE GENES

Y después de EGFR y ALK?

Ensayos clínicos y dianas ya aprobadas

Y ahora TMB!!!! Hematox

Hematox

21

5

/

1

Diagnóstico diferencial y

molecular 6

7

8...

20

NGS

IHC panel: p40, TTF1

ALK & EGFR

Qué es el TMB?:

Carga mutacional tumoral

Se define como el número de mutaciones

somáticas, de tipo SNP, o pequeñas inserciones

o deleciones, por megabase del genoma

secuenciado

Porqué es útil para predecir respuesta a inmunoterapia?

Sharabi et al The Oncologist 2017, 22:631–637

Anagnostou et al. Cancer Discov March 1 2017 (7) (3) 264-276

De

via

tio

n f

rom

ac

tua

l T

MB

(%

)

Snyder A et al. N Engl J Med. 2014;371(23):2189-2199

Datasheet Oncomine™ Tumor Mutation Load Assay

Correlación GENOMA con Paneles pequeños

15

OTROS MARCADORES NO DEPENDIENTES DE TMB

Ensayo multigénico para

biomarcadores

& TMB

Ensayo multigénico

expresión de puntos de

control para

inmunoterapia

Decisión clínica con

todos los datos

MUESTRA

NGS Y ONCOLOGÍA

• Objetivos que hay que alcanzar para NGS generalizada

–Alta cobertura con precio razonable

– Tiempo clínicamente relevante

• Desafíos

– Alto coste de infraestructuras

– Personal con cualificación

– BIG DATA

The New Yorker

"Here's my sequence”

Tratamiento del cáncer en el futuro…?