programa de formación introducción crítica al acceso abierto (open access, oa) remedios melero....

Programa de formación

Introducción crítica al acceso abierto (Open Access, OA)

Remedios Melero. Instituto de Agroquímica y Tecnología de Alimentos. CSIC, Valencia, EspañaAlicia López Medina. UNED, Madrid, España

Resultados de la investigación en ciencias de la salud: el proceso de publicación y el acceso abierto


Open access

• Orígenes

• Significado

• Implicaciones

• Más allá del acceso

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Cronología del OA

Timeline-Open access directory.http://oad.simmons.edu/oadwiki/Timeline


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¿Open Access?Acceso libre sin restricciones a través de internet a la literatura científica.

“Open-access (OA) literature is digital, online, free of charge, and free of most copyright and licensing restrictions” (Suber, 2006).

GRATIS LIBRE

Se eliminan las barreras económicas

Se eliminan las barreras económicas y al menos algunas derivadas de los derechos de explotación (copyright)

Nueva matización……( ver “Gratis and libre open access” http://www.earlham.edu/~peters/fos/newsletter/08-02-08.htm )


http://www.earlham.edu/~peters/fos/newsletter/08-02-08.htm


Open access

• No implica bajar el listón de la calidad de los recursos en acceso abierto

• No está reñido con las leyes de copyright

• Los trabajos publicados en revistas OA pasan por los mismos sistemas de evaluación (peer review) que el resto


• Facilitar el acceso abierto al conocimiento reduce esfuerzos al evitar duplicaciones

• Se rompen barreras entre países pobres y ricos

• La investigación llega a mayor audiencia, las instituciones ganan reputación debido al aumento de al visibilidad de sus investigadores y profesores

• Aumenta el impacto de los trabajos debido a esa mayor visibilidad

• Se recupera parte de lo invertido en la financiación de proyectos de investigación

• Aumenta el impacto de las publicaciones…..favorable también para las editoriales

•El sociedad en general también puede participar en el compartir

Argumentos a favor del acceso abierto


Visibilidad

Aceleración

Altruismo

Impacto

Aprovechamiento de recursos (ahorrro)

Avance de la ciencia

Compartir y reutilizar

Acceso gratuito


Es sólo la punta del iceberg

Los repositorios permiten el alojamiento de cualquier recurso, siempre que esté en formato digital

El acceso a estos recursos

El objeto digital


• Compartir

• Preservar

• La interoperabilidad

• La web semántica

Permiten generar servicios y nuevos productos a partir de ellos


• Recursos

• Políticas

• Colaboración entre agentes implicados

• Implementación de servicios

éxito E-ciencia


Obstáculos a este éxito• Inercia al estatus quo

• Mecanismos clásicos de evaluación y valoración profesional muy arraigados en la comunidad científica

• Miedo al plagio

• El sistema de peer review es intocable

• La calidad de los recursos

• El tiempo necesario

•Temas de derechos (copyright)


El sistema de la comunicación de la ciencia está cambiando pero más despacio de lo esperado

Peeero…el acceso abierto es una oportunidad

para todos

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No todas las comunidades científicas se comportan de igual manera……..



Bjork B-C, Welling P, Laakso M, Majlender P, Hedlund T, et al. (2010) Open Access to the Scientific Journal Literature: Situation 2009. PLoS ONE 5(6)


Del impacto cuantitativo a la valoración cualitativa

No sólo importa el peso de las citas (impacto), sino qué trabajos se citan y la calidad de los mismos (prestigio)

Promoción del cambio

Creación de valores añadidos

Al propio recurso

A la institución

Iniciativas para la compartir datos

Algunas medidas para acelerar el avance del OA

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NIH’s Public Access Policy. Elias A. Zerhouni, M.D. DirectorSubcommittee on Courts, the Internet, and Intellectual Property. 145th Meeting of the National Cancer Advisory Board February 5, 2008


Casos………

Valor añadido, resultado de data mining


Localización en bases de datos de genes, proteínas, especies y compuestos químicos

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En las ciencias de la salud el acceso abierto a la producción científica todavía resulta más relevante el compartir los datos de investigación



Aumentar la disponibilidad de los datos de la investigación

Para acelerar los avances científicos en salud pública


The complete list of signatories to the joint statement of purpose is:

Mark Walport, the Wellcome Trust, UK

Paul Brest, The Hewlett Foundation, USA

Warwick Anderson, National Health and Medical Research Council, Canberra, Australia

Alain Beaudet, Canadian Institutes of Health Research, Ottawa, Canada

Paul Boyle, Economic and Social Research Council, Swindon, UK

Carolyn M Clancy, Agency for Healthcare Research and Quality, Rockville, USA

Francis S Collins, National Institutes of Health, Bethesda, USA

Thomas R Frieden, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, USA

Ed Henry, Doris Duke Charitable Foundation, New York, USA

Pamela S Hyde, Substance Abuse and Mental Health Services Administration, Rockville, USA

Matthias Kleiner, Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), Bonn, Germany

Tamar Manuelyan Atinc, The World Bank, Washington DC, USA

Robin Olds, Health Research Council of New Zealand, Auckland, New Zealand

John Savill, Medical Research Council, London, UK

André Syrota, INSERM, Paris, France

Mary K Wakefield, Health Resources and Services Administration, Rockville, USA

Tachi Yamada, Bill and Melinda Gates Foundation, Seattle, USA


To address these issues, the funders set out three core principles in the statement that underlie their commitment to data sharing. They agree to increase access to and use of data in ways that are:

Equitable: recognising and balancing the needs of researchers who generate and use data, other analysts who might want to reuse those data, and communities and funders who expect health benefits to arise from research

Ethical: protecting the privacy of individuals and the dignity of communities, while respecting the imperative to improve public health through the most productive use of data

Efficient: always sharing data in a way that improves the quality and value of research and increases its contribution to improving public health - adopting approaches that are proportionate, build on existing practice and reduce unnecessary duplication and competition.The funders recognise that there are significant challenges that will need to be overcome to build the culture and resources necessary to support data sharing. The statement identifies immediate and longer term goals to address these issues.

• Capacity and skills • Culture and incentives • Infrastructure and tools

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Partes implicadas en el acceso abierto…..


El acceso abierto va más allá de la comunidad científica…..

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La sociedad

www.taxpayeraccess.org

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Los estudiantes

http://righttoresearch.org/


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A coalition of national and campus student organizations has released the Student Statement on The Right to Research:… Learning and inquiry are impeded when scholars lack access to fellow researchers’ work, and when students lack access to the work of scholars before them.At the same time, digital technologies have opened new opportunities for research. New tools facilitate faster discoveries, speed the development of new technologies, and accelerate the progress of science. Patients could have access to the latest medical research, citizens could evaluate scientific information on environmental impacts, and developing countries could apply the most recent scholarship to public health and development efforts. But access barriers leave these opportunities under-explored. …


http://righttoresearch.org/


En resumen

El acceso abierto supone:

• Algo mas que exponer públicamente publicaciones o datos

• Poder compartir

• Poder reutilizar

• Poder crear servicios a partir de los recursos compartidos

• Los recursos OA han de ser intercambiables e interoperables, lo que conduce a la idea de la e-ciencia a través de la e-infraestructura


E-ciencia/e-investigación

– Uso intensivo de las herramientas computacionales

– Entornos distribuidos en red– Uso intensivo de los datos – En colaboración– Comunidades de investigación virtuales: sin

fronteras geográfica, de tiempo o institucionales

Los contenidos accesibles libremente, sin restricciones y de forma permanente a través de Internet

Representación interactiva global, del conocimiento (operable por las máquinas)

Para ser usados: Leer, procesar, visualizar, reutilizar, compartir, analizar, minería de datos, a través de disciplinas, en entornos de colaboración, en red, en acceso abierto

Avanzando la investigación global a través de la tecnología y compartiendo los datos y el conocimiento

En todas las fasesdel ciclo completode la investigación científica

Thanks to Mario Campolargo

network

e-Infrastructura - implementation

middleware

Data: sharing and federating scientific data

virtual labs

user communities


• “Con el fin de hacer realidad la visión de una representación global y accesible del conocimiento, la futura Web tiene que ser sostenible, interactiva y transparente. El contenido y las herramientas de software deben ser libremente accesibles y compatibles”

• “Una versión completa del trabajo […] se deposita […] en por lo menos un repositorio online, que utilice estándares técnicos adecuados […] que busque la implementación del acceso abierto […] interoperabilidad […]”

Declaración de Berlín, 2003


Acceso Abierto (a las personas)

(se refiere a una propiedad de los contenidos)

‘sus contenidos están accesibles libremente, sin restricciones y de forma permanente a través de Internet para ser usados”

Interoperabilidad (acceso abierto a las máquinas)

(se refiere a una propiedad del propio sistema)

“… que puede intercambiar procesos, servicios o datos con otros sistemas de manera que puedan trabajar juntos de forma eficiente”


El nuevo objeto científico


Flujos globales de información

Im ag e O b jectW e b r e so ur c e

G ra ph ite O v e rla y Fra g m e n t

L A N LR e p o s i t o r y

S erv ice-B

U R I-1 0

T yp eU R I-1

T yp eU R I-3

T yp eU R I-4

T ypeU R I-7T ypeU R I-8

arX iv F ed ora

T yp eU R I-6

T ypeU R I-2

U R I-1

U R I-4

U R I-7

U R I-9

Gr id da t a se t

U R I-2

D o cu m en t

T yp eU R I-5

U R I-8

U R I-6

U R I-5

U R I-3

Cornell/LANL Pathways Project

La propagación mundial de la gripe aviar H5N1 exigía que los científicos de diferentes campos de experiencia tuvieran pleno acceso a la secuencia genética completa, y a los datos clínicos y epidemiológicos de los animales y el virus de las cepas humanas.

Global Inititative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID)

• Los datos se depositan en las tres bases de datos públicas que participan en el proyecto (EMBL, DDBJ and GenBank) tan pronto como sea posible después del análisis y validación, en un plazo máximo de seis meses

"Nuestro entendimiento es que el progreso científico será más rápido e innovador si se dispone de datos fácilmente accesibles a todos los investigadores en las comunidades que investigan la gripe, crean herramientas de diagnóstico, tratamiento y prevención "

Ilaria Capua, Berlin 5 Open Accesshttp://hdl.handle.net/10760/10882


Semantic Web for Health Care and Life Sciences Interest Group

La misión de HLC es desarrollar, promover y apoyar el uso de tecnologías de Web Semántica para

Ciencias Biológicas Medicina Traslacional Cuidado de la salud

Estas áreas pueden obtener enormes beneficios mediante la adopción de tecnologías de Web Semántica, ya que dependen de la interoperabilidad de la información de diferentes ámbitos y procesos para apoyar las decisiones eficientes


W3CHCLS Grupos de trabajo

BioRDF – federación de bases de datos de neurociencias

Interoperabilidad de Observaciones clínicas Linking Open Drug Data Ontología de Medicina Translacional – Discurso Científico


Linking Open Drug Data (LODD)

Relacionar diferentes fuentes de datos de medicamentos para responder a interesantes preguntas de carácter científico y empresarial


El discurso científico estructurado

Parece esencial que, si queremos permitir que los ordenadores ayuden a los científicos a dar sentido a las vastas colecciones de trabajos de investigación, tenemos que desarrollar formas de identificar los principales componentes argumentales, sus conexiones y las conexiones a sus pruebas correspondientes a través del espacio y el tiempo, y presentar estos elementos conectados redes de conocimiento a los usuarios.


Neurocommons.org

• Un proyecto de ScienceCommons• Trabajando con artículos de acceso abierto de BioMed Central y PLoS• En colaboración con los principales hospitales de investigación,

infraestructura de neurociencia, W3HCLSIG, editoriales de Acceso Abierto• Un intento de definir las mejores prácticas / estándares para el

enriquecimiento semántico de los artículos: grafo (RDF) de dominio público de los hechos neurológicos construido sobre el Acceso Abierto y bases de datos públicas.

• Tanto la minería de datos como herramientas mejoradas de edición tienen un papel en el proyecto.

• Construyendo sobre los beneficios del Acceso Abierto


• El Acceso abierto entonces:

- Permite el acceso universal al conocimiento

- El acceso abierto implica también a las máquinas (interoperabilidad)

- Fuera las islas de información

- Permitir que las máquinas y las personas puedan reutilizar ese conocimiento de manera que se puedan hacer cosas interesantes, útiles y nuevas (afrontar los retos globales de nuestro mundo)


Reme

[email protected]

Alicia

[email protected]

¿??

mailto:[email protected]

mailto:[email protected]

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