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DETECCION DE ESPECIES DE STREPTOMYCES EN TUBERCULOS DE PAPA Y SUELOS CULTIVADOS
EN ARGENTINA MEDIANTE PCR
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Streptomyces scabies
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Sarna común de la papa
Los órganos más afectados son los tubérculos. Síntomas característicos Pústulas o lesiones levantadas de forma circular y aspecto corchoso. Lesiones hundidas. Lesiones necróticas poliédricas o estrelladas.
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Agente causal
Streptomyces scabies, con cadenas de esporas dispuestas en forma helicoidal, produce melaninas, pH óptimo entre 5.2 y 7. En Argentina fue reportada en Buenos Aires, Mendoza y Córdoba (Escande y Melegari) y en Chaco por Bonasic Kresic. (Atlas Fitopatológico de Argentina).
S. acidiscabies, con cadenas de esporas flexuosas y puede sobrevivir en suelos ácidos (hasta pH 4.5).
S. turgidiscabies, con cadenas de esporas flexuosas, sin producción de melaninas. Fue descripta por primera vez en Japón, actualmente se reportó su presencia al N de Europa.
Los genes responsables de la patogenicidad fueron transferidos desde S. scabies hacia las otras dos especies.
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Zonas productoras de papa en Argentina (Caldiz & Struik, 1999)
Período de crecimiento: • temprano. invierno • semitemprano. primavera • semitardío. verano • tardío. otoño
Localidad Producción
Tucumán temprana
Córdoba semitemprana
Mendoza semitemprana
semitardía
Santa Fe y Bs As NW semitemprana
tardía
Bs As SE semitardía
Río Negro y Chubut semitardía
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Mecanismos de control
Semillas de tubérculos sanos
Rotar el cultivo con maíz, trigo, cebada, alfalfa, evitar la rotación con plantas hospedantes como remolacha, zanahoria y trébol rojo.
Mantener pH del suelo entre 5 y 5.2
Evitar o limitar las aplicaciones de estiércol.
Mantener la humedad del suelo en capacidad de campo.
Resistencia
Fungicidas (mancozeb, pentacloronitrobenceno, urea formaldehídalíquida).
Control biológico uilizando cepas no patogénicas de Streptomyces spp. y Trichoderma spp.
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Método
1) Extracción y purificación de ADN de suelo y lesiones de tubérculos. 2) PCR diagnóstica usando primers especie-específicos para: Streptomyces scabies S. acidiscabies S. turgidiscabies 3) Comparación de las secuencias obtenidas con las secuencias presentes en bases de datos.
Conocer las especies productoras de sarna común en papa en Argentina
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Table 1. Soil sampling sites and main crops
Location Province Main crop
Balcarce Buenos Aires PotatoVedia Buenos Aires SoybeanChoele Choel Río Negro PotatoMarcos Juárez Córdoba SoybeanLeones Córdoba SoybeanVilla Alberdi Tucumán Tobacco
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M 1 2 3 4 5 6 1 2 3 4 5 6 1 2 3 4 5 6
S. acidiscabies S. scabies S. turgidiscabies
bp
1000
500
Table 2. Primer sequences and respected sizes of PCR products in the present experiment
Species Primer Sequence (5'-3') Size (bp)
Streptomyces acidiscabies AC-03 TACCGGATATCACTCCTGCCTAC-04 GGCGACCATCTCTGGCCGTT
S. scabies SC-05 CCGGTAGCCCAACCCGTAAGSC-06 GTAGTACTCACAGCCTCCGG
S. turgidiscabies TU-01 GGAAACATCCAGAGATGGGTGTU-02 GACAGTACTGGAAGGAGAAGA
236
686
836
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Table 5. Homology of the sequences of PCR bands with the reference sequence
Accession number of the
Species referece sequence Homology (%)
Streptomyces acidiscabies AB026220 99.4
S. scabies AB026199 98.7
S. turgidiscabies AB026221 97.2
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Table 3. Detection of Streptomyces species in lesions using PCR
Location Cultiver Tuber
Market Unknown A 2 2 0 0 0
B 2 1 1 0 0
C 2 1 0 0 1
Balcarce Shepody A 5 5 0 0 0
B 5 5 0 0 0
C 4 4 0 0 0
D 4 4 0 0 0
E 1 1 0 0 0
F 1 1 0 0 0
Innovator A 5 3 0 2 0
1 AC,S. acidiscabies ; SC, S. scabies ; TU, S. turgidiscabies
No. of tested
lesions
No. of lesions infested with1
AC+SC+TU AC+SC SC+TU SC
Detección en lesiones
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Table 4. Detection of Streptomyce s species in soil using PCR
Location Soil pH Replicate AC1
SC2
TU3
Balcarce
4 6.6 1 + + +
6.3 2 + + +6.5 3 + + +
Tucumán 6.1 1 - + -6.1 2 - + +6.1 3 - + +
Choele Choel4 6.7 1 - + -
6.6 2 - + -6.7 3 - + -
Vedia 6.5 1 + + -6.4 2 + + +6.5 3 - + +
Leones 6.3 1 - + +6.1 2 + + +6.2 3 + + +
Marcos Juarez 6.1 1 - + +6.1 2 + + +
1 S. acidiscabies2 S. scabies3 S. turgidiscabies4 Potato production areas.
Detección en suelos
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Presencia de las distintas
especies en los suelos muestreados
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Se cita por primera vez para Argentina la presencia de S. acidiscabies y S. turgidiscabies. Detección de la presencia de los patógenos en áreas de producción papera y no papera. Se comprobó que este método de detección es preciso y rápido Para diagnosticar la presencia de especies de Streptomyces en suelo.
Conclusiones
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Muchas gracias