Campeón de la Libertadores A partir de 1987, bajo la orientación técnica de Francisco

Maturana, Nacional ha vivido el proceso más laureado que ha tenido en su historia. Desde ese año nunca ha bajado del cuarto lugar en el rentado colombiano y, en 1989, se consagró campeón de la Copa Libertadores al derrotar en la final al Olimpia de Paraguay, un partido que se disputó en Bogotá, que se definió en tiros desde los 12 pasos y en donde René Higuita desequilibró la balanza al atajar varios de estos cobros.Era la época de Leonel Alvarez, Luis Carlos Perea, Luis Fernando Herrera, Andrés Escobar (q.e.p.d), Alveiro Uzuriaga, Luis Alfonso Fajardo, John Jairo Tréllez, Alexis García y muchos más que vivieron la etapa más gloriosa de un club colombiano en el exterior. El sueño culminó en el último minuto de los tiempos suplementarios de la Copa Intercontinental, cuando Alberigo Evani, del Milan de Arrigo Sacchi, marcó el único gol de lagfinal de clubes.Cuando Francisco Maturana abandonó la dirección técnica del Nacional y se ocupó de la Selección Colombia en 1990

Intercontinental

El 17 de Diciembre de 1989 Colombia fue representada en la Copa Intercontinental Toyota por nuestro querido Atlético Nacional. Se enfrentó nada más y nada menos que al AC Milan, equipo considerado como el club más poderoso del mundo en ese momento y perdió por la mínima diferencia, en tiempo extra, cuando faltaban dos minutos para que llegara la definición por penales.Asi es como la historia oficial de Toyotacup recuerda lo que sucedió en ese encuentro. (Traducido del Japones, e Ingles):

"...Ambos equipos están sin anotar, no han sido capaces de encontrar una oportunidad clara en tiempo extra, y con solo dos minutos para el final, parece casi seguro que el partido se irá a definición por penales.Costacurta de AC Milan pasó el balon a Anceloti, y este a Simone, buscando la última esperanza, luego pasaron la bola a Van Basten. Justo cuando Van Basten se acercaba al área de penal, Herrera desesperadamente lo derribó; el tiro libre fue dado a AC Milan. Nacional puso todos los jugadores en el area y supuestamente formó una barrera perfecta con siete hombres. Comoquiera, el tiro de Devani se fue por el lado de la barrera, y antes de que Higuita reaccionara, el balón ya había entrado.AC Milan y Nacional de Medellin, mostraron tenacidad buscando la victoria, y trabajaron con tácticas similares controlando, y marcando severamente.Esta final, se recordará como una de las más vibrantes desde la primera copa de 1981."