operacións sinxelas con secuencias

8/13/2019 Operacins sinxelas con secuencias

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OPERACIONESSENCILLAS CONSECUENCIAS

L a b o r a t o r i o d e A n l i s i s y

C o n t r o l d e C a l i d a d

E n s a y o s B i o t e c n o l g i c o s

8 d e D i c i e m b r e d e 2 0 1 3

Rosa Lpez Villar


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1) Recolle aqu unha secuencia de ADN. (5 ->3)

ATGTGCGACCATACCAAGCTGAAAATACTGCATCCCGTCTGATCTGCACAGTCAAGCAGCTTAGGGCCCAGTCAGTAGTGCGGTGGGGGACCATGCGCGAACATTGTGGTGTTGCACTTATGTGCGACCATACCAAGCTGAAAATACTGCATCCCGTCTGATCTGCACAGTCAAGCAGCTTAGGGCCCAGTCAGTAGTGCGGTGGGGGACCATGCGCGAACATTGTGGTGTTGCACTTATGTGCGACCATACCAAGCTGAAAATACTGCATCCCGTCTGATCTGCACAGTCAAGCAGCTTAG

GGCCCAGTCAGTAGTGCGGTGGGGGACCATGCGCGAACATTGTGGTGTTGCACTTATGTGCGACCATACCAAGCTGAAAATACTGCATCCCGTCTGATCTGCACAGTCAAGCAGCTTAGGGCCCAGTCAGTAGTGCGGTGGGGGACCATGCGCGAACATTGTGGTGTTGCACTT

2) Ontn a seguinte informacion a partires dela:

a) Secuencia reversa (segundo a pauta de lectura 3'->5').

0001 TTCACGTTGTGGTGTTACAAGCGCGTACCA 00300031 GGGGGTGGCGTGATGACTGACCCGGGATTC 0060

0061 GACGAACTGACACGTCTAGTCTGCCCTACG 00900091 TCATAAAAGTCGAACCATACCAGCGTGTAT 01200121 TCACGTTGTGGTGTTACAAGCGCGTACCAG 01500151 GGGGTGGCGTGATGACTGACCCGGGATTCG 01800181 ACGAACTGACACGTCTAGTCTGCCCTACGT 02100211 CATAAAAGTCGAACCATACCAGCGTGTATT 02400241 CACGTTGTGGTGTTACAAGCGCGTACCAGG 02700271 GGGTGGCGTGATGACTGACCCGGGATTCGA 03000301 CGAACTGACACGTCTAGTCTGCCCTACGTC 03300331 ATAAAAGTCGAACCATACCAGCGTGTATTC 03600361 ACGTTGTGGTGTTACAAGCGCGTACCAGGG 03900391 GGTGGCGTGATGACTGACCCGGGATTCGAC 04200421 GAACTGACACGTCTAGTCTGCCCTACGTCA 04500451 TAAAAGTCGAACCATACCAGCGTGTA 0476

b) Secuencia complementaria (cadena molde).

0001 TACACGCTGGTATGGTTCGACTTTTATGAC 00300031 GTAGGGCAGACTAGACGTGTCAGTTCGTCG 00600061 AATCCCGGGTCAGTCATCACGCCACCCCCT 00900091 GGTACGCGCTTGTAACACCACAACGTGAAT 01200121 ACACGCTGGTATGGTTCGACTTTTATGACG 01500151 TAGGGCAGACTAGACGTGTCAGTTCGTCGA 01800181 ATCCCGGGTCAGTCATCACGCCACCCCCTG 02100211 GTACGCGCTTGTAACACCACAACGTGAATA 02400241 CACGCTGGTATGGTTCGACTTTTATGACGT 02700271 AGGGCAGACTAGACGTGTCAGTTCGTCGAA 03000301 TCCCGGGTCAGTCATCACGCCACCCCCTGG 03300331 TACGCGCTTGTAACACCACAACGTGAATAC 03600361 ACGCTGGTATGGTTCGACTTTTATGACGTA 03900391 GGGCAGACTAGACGTGTCAGTTCGTCGAAT 04200421 CCCGGGTCAGTCATCACGCCACCCCCTGGT 0450

0451 ACGCGCTTGTAACACCACAACGTGAA 0476
http://www.bioxeo.com/moodle/pluginfile.php/595/mod_assign/intro/Secuencia%20ADN%20para%20GeneBoy.txthttp://www.bioxeo.com/moodle/pluginfile.php/595/mod_assign/intro/Secuencia%20ADN%20para%20GeneBoy.txt


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c) Trnscrito de ARN.

0001 AUGUGCGACCAUACCAAGCUGAAAAUACUG 00300031 CAUCCCGUCUGAUCUGCACAGUCAAGCAGC 0060

0061 UUAGGGCCCAGUCAGUAGUGCGGUGGGGGA 00900091 CCAUGCGCGAACAUUGUGGUGUUGCACUUA 01200121 UGUGCGACCAUACCAAGCUGAAAAUACUGC 01500151 AUCCCGUCUGAUCUGCACAGUCAAGCAGCU 0180

0181 UAGGGCCCAGUCAGUAGUGCGGUGGGGGAC 02100211 CAUGCGCGAACAUUGUGGUGUUGCACUUAU 02400241 GUGCGACCAUACCAAGCUGAAAAUACUGCA 02700271 UCCCGUCUGAUCUGCACAGUCAAGCAGCUU 03000301 AGGGCCCAGUCAGUAGUGCGGUGGGGGACC 03300331 AUGCGCGAACAUUGUGGUGUUGCACUUAUG 03600361 UGCGACCAUACCAAGCUGAAAAUACUGCAU 03900391 CCCGUCUGAUCUGCACAGUCAAGCAGCUUA 0420

0421 GGGCCCAGUCAGUAGUGCGGUGGGGGACCA 04500451 UGCGCGAACAUUGUGGUGUUGCACUU 0476

d) Protena codificada (estructura primaria). Cantas solucins posibles hai para asecuencia problema? Porque?

Empleando un recurso de internet para la traduccin de fragmentos de ADN o ARNm (ExPASyBioinformatic Resource Portal) se obtuvo el siguiente resultado:

http://web.expasy.org/cgi-bin/translate/dna_aa

En la imagen se observan 6 posibles pautas de lectura (3 pautas de lectura 5 ->3 y 3 pautas de lectura3->5); esto es debido a que, tal y como se presenta la secuencia problema, no se especifica si se tratade la hebra molde o de la codificante.As que si la secuencia problema se tratase de la hebra codificante, el ARNm sera el obtenido en elapartado anterior, y dependiendo de dnde estuviese el codn de inicio nos daran las siguientes pautasde lectura para la traduccin de la protena:
http://web.expasy.org/cgi-bin/translate/dna_aahttp://web.expasy.org/cgi-bin/translate/dna_aahttp://web.expasy.org/cgi-bin/translate/dna_aa


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Reading Frame RF1MCDHTKLKILHPV*SAQSSSLGPSQ*CGGGPCANIVVLHLCATIPS*KYCIPSDLHSQAA*GPVSSAVGDHARTLWCCTY

VRPYQAENTASRLICTVKQLRAQSVVRWGTMREHCGVALMCDHTKLKILHPV*SAQSSSLGPSQ*CGGGPCANIVVLH

Reading Frame RF2CATIPS*KYCIPSDLHSQAA*GPVSSAVGDHARTLWCCTY

VRPYQAENTASRLICTVKQLRAQSVVRWGTMREHCGVALMCDHTKLKILHPV*SAQSSSLGPSQ*CGGGPCANIVVLHLCATIPS*KYCIPSDLHSQAA*GPVSSAVGDHARTLWCCT

Reading Frame RF3VRPYQAENTASRLICTVKQLRAQSVVRWGTMREHCGVALM

CDHTKLKILHPV*SAQSSSLGPSQ*CGGGPCANIVVLHLCATIPS*KYCIPSDLHSQAA*GPVSSAVGDHARTLWCCTYVRPYQAENTASRLICTVKQLRAQSVVRWGTMREHCGVAL

Si la secuencia problema por el contrario fuese la hebra molde, para obtener la hebra codificantetendramos que conocer su secuencia inversa complementaria y transcribirla a ARNm, lo que setraducira en tres nuevas pautas de lectura:

0001 AAGTGCAACACCACAATGTTCGCGCATGGT 00300031 CCCCCACCGCACTACTGACTGGGCCCTAAG 0060

0061 CTGCTTGACTGTGCAGATCAGACGGGATGC 00900091 AGTATTTTCAGCTTGGTATGGTCGCACATA 01200121 AGTGCAACACCACAATGTTCGCGCATGGTC 01500151 CCCCACCGCACTACTGACTGGGCCCTAAGC 01800181 TGCTTGACTGTGCAGATCAGACGGGATGCA 02100211 GTATTTTCAGCTTGGTATGGTCGCACATAA 02400241 GTGCAACACCACAATGTTCGCGCATGGTCC 02700271 CCCACCGCACTACTGACTGGGCCCTAAGCT 0300

0301 GCTTGACTGTGCAGATCAGACGGGATGCAG 03300331 TATTTTCAGCTTGGTATGGTCGCACATAAG 03600361 TGCAACACCACAATGTTCGCGCATGGTCCC 0390

0391 CCACCGCACTACTGACTGGGCCCTAAGCTG 04200421 CTTGACTGTGCAGATCAGACGGGATGCAGT 0450

0451 ATTTTCAGCTTGGTATGGTCGCACAT 0476

ARNm


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0001 AAGUGCAACACCACAAUGUUCGCGCAUGGU 00300031 CCCCCACCGCACUACUGACUGGGCCCUAAG 0060

0061 CUGCUUGACUGUGCAGAUCAGACGGGAUGC 0090

0091 AGUAUUUUCAGCUUGGUAUGGUCGCACAUA 01200121 AGUGCAACACCACAAUGUUCGCGCAUGGUC 01500151 CCCCACCGCACUACUGACUGGGCCCUAAGC 0180

0181 UGCUUGACUGUGCAGAUCAGACGGGAUGCA 02100211 GUAUUUUCAGCUUGGUAUGGUCGCACAUAA 02400241 GUGCAACACCACAAUGUUCGCGCAUGGUCC 02700271 CCCACCGCACUACUGACUGGGCCCUAAGCU 0300

0301 GCUUGACUGUGCAGAUCAGACGGGAUGCAG 03300331 UAUUUUCAGCUUGGUAUGGUCGCACAUAAG 03600361 UGCAACACCACAAUGUUCGCGCAUGGUCCC 03900391 CCACCGCACUACUGACUGGGCCCUAAGCUG 0420

0421 CUUGACUGUGCAGAUCAGACGGGAUGCAGU 04500451 AUUUUCAGCUUGGUAUGGUCGCACAU 0476

Reading Frame RF1FTLWCYKRVPGGGVMTDPGFDELTRLVCPTS*KSNHTSVY

SRCGVTSAYQGVA**LTRDSTN*HV*SALRHKSRTIPACI

HVVVLQARTRGWRDD*PGIRRTDTSSLPYVIKVEPYQRVFTLWCYKRVPGGGVMTDPGFDELTRLVCPTS*KSNHTSV

Reading Frame RF2SRCGVTSAYQGVA**LTRDSTN*HV*SALRHKSRTIPACI

HVVVLQARTRGWRDD*PGIRRTDTSSLPYVIKVEPYQRVFTLWCYKRVPGGGVMTDPGFDELTRLVCPTS*KSNHTSVYS

RCGVTSAYQGVA**LTRDSTN*HV*SALRHKSRTIPAC

Reading Frame RF3HVVVLQARTRGWRDD*PGIRRTDTSSLPYVIKVEPYQRVF

TLWCYKRVPGGGVMTDPGFDELTRLVCPTS*KSNHTSVYSRCGVTSAYQGVA**LTRDSTN*HV*SALRHKSRTIPACIHVVVLQARTRGWRDD*PGIRRTDTSSLPYVIKVEPYQRV

e) Estadstica da secuencias e.1) Porcentaje de nucletidos.

A:C:G:T:

112 nucleotides120 nucleotides136 nucleotides108 nucleotides

23.52%25.21%28.57%22.68%


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e.2) Porcentaje de dmeros (parejas de bases diferentes)

AA: 24 dimers 5.04%

AC: 28 dimers 5.88%AG: 32 dimers 6.72%AT: 28 dimers 5.88%CA: 48 dimers 10.08%CC: 28 dimers 5.88%CG: 20 dimers 4.2%CT: 24 dimers 5.04%

GA: 20 dimers 4.2%

GC: 44 dimers 9.24%GG: 32 dimers 6.72%GT: 40 dimers 8.4%TA: 19 dimers 3.99%TC: 20 dimers 4.2%

TG: 52 dimers 10.92%TT: 16 dimers 3.36%

e.3) Porcentaje de tripletes (codones)

AAA: 8 trimers 1.68%AAC: 4 trimers 0.84%AAG: 8 trimers 1.68%AAT: 4 trimers 0.84%ACA: 8 trimers 1.68%ACC: 12 trimers 2.52%ACG: 0 trimers 0%ACT: 8 trimers 1.68%AGA: 0 trimers 0%

AGC: 12 trimers 2.52%

AGG: 4 trimers 0.84%AGT: 16 trimers 3.36%ATA: 8 trimers 1.68%ATC: 8 trimers 1.68%ATG: 8 trimers 1.68%ATT: 4 trimers 0.84%CAA: 8 trimers 1.68%CAC: 8 trimers 1.68%CAG: 16 trimers 3.36%CAT: 16 trimers 3.36%CCA: 16 trimers 3.36%

CCC: 8 trimers 1.68%CCG: 4 trimers 0.84%CCT: 0 trimers 0%

CGA: 8 trimers 1.68%CGC: 4 trimers 0.84%CGG: 4 trimers 0.84%CGT: 4 trimers 0.84%CTA: 0 trimers 0%CTC: 0 trimers 0%

CTG: 16 trimers 3.36%CTT: 8 trimers 1.68%

GAA: 8 trimers 1.68%GAC: 8 trimers 1.68%GAG: 0 trimers 0%

GAT: 4 trimers 0.84%GCA: 16 trimers 3.36%GCC: 4 trimers 0.84%GCG: 16 trimers 3.36%GCT: 8 trimers 1.68%GGA: 4 trimers 0.84%GGC: 4 trimers 0.84%

GGG: 16 trimers 3.36%GGT: 8 trimers 1.68%GTA: 4 trimers 0.84%GTC: 12 trimers 2.52%GTG: 20 trimers 4.2%GTT: 4 trimers 0.84%TAA: 0 trimers 0%

TAC: 8 trimers 1.68%TAG: 8 trimers 1.68%TAT: 3 trimers 0.63%TCA: 8 trimers 1.68%

TCC: 4 trimers 0.84%TCG: 0 trimers 0%TCT: 8 trimers 1.68%TGA: 8 trimers 1.68%TGC: 24 trimers 5.04%TGG: 8 trimers 1.68%TGT: 12 trimers 2.52%TTA: 7 trimers 1.47%TTC: 0 trimers 0%

TTG: 8 trimers 1.68%TTT: 0 trimers 0%


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3) Indica o enderezo (ou enderezos) de internet que usaches para resolver oexercizo.

http://www.recercat.cat/bitstream/handle/2072/12321/MolToolsAquacult_Spanish.pdf?sequence=1

http://www.fcnym.unlp.edu.ar/catedras/antro_biologica3/lecturas/Temas_Integrados/2_Transcripcion_y_Traduccion_parte_1.pdf

http://clubensayos.com/Ciencia/Transcripci%C3%B3n-Y-Traducci%C3%B3n/168718.html

http://es.wikipedia.org/wiki/Traducci%C3%B3n_(gen%C3%A9tica)

http://web.expasy.org/cgi-bin/translate/dna_aa

http://learn.genetics.utah.edu/es/units/basics/transcribe/

http://biomodel.uah.es/biomodel-misc/anim/inicio.htm#trad
http://www.recercat.cat/bitstream/handle/2072/12321/MolToolsAquacult_Spanish.pdf?sequence=1http://www.recercat.cat/bitstream/handle/2072/12321/MolToolsAquacult_Spanish.pdf?sequence=1http://www.recercat.cat/bitstream/handle/2072/12321/MolToolsAquacult_Spanish.pdf?sequence=1http://www.fcnym.unlp.edu.ar/catedras/antro_biologica3/lecturas/Temas_Integrados/2_Transcripcion_y_Traduccion_parte_1.pdfhttp://www.fcnym.unlp.edu.ar/catedras/antro_biologica3/lecturas/Temas_Integrados/2_Transcripcion_y_Traduccion_parte_1.pdfhttp://www.fcnym.unlp.edu.ar/catedras/antro_biologica3/lecturas/Temas_Integrados/2_Transcripcion_y_Traduccion_parte_1.pdfhttp://clubensayos.com/Ciencia/Transcripci%C3%B3n-Y-Traducci%C3%B3n/168718.htmlhttp://clubensayos.com/Ciencia/Transcripci%C3%B3n-Y-Traducci%C3%B3n/168718.htmlhttp://es.wikipedia.org/wiki/Traducci%C3%B3n_(gen%C3%A9tica)http://es.wikipedia.org/wiki/Traducci%C3%B3n_(gen%C3%A9tica)http://web.expasy.org/cgi-bin/translate/dna_aahttp://web.expasy.org/cgi-bin/translate/dna_aahttp://learn.genetics.utah.edu/es/units/basics/transcribe/http://learn.genetics.utah.edu/es/units/basics/transcribe/http://biomodel.uah.es/biomodel-misc/anim/inicio.htm#tradhttp://biomodel.uah.es/biomodel-misc/anim/inicio.htm#tradhttp://biomodel.uah.es/biomodel-misc/anim/inicio.htm#tradhttp://learn.genetics.utah.edu/es/units/basics/transcribe/http://web.expasy.org/cgi-bin/translate/dna_aahttp://es.wikipedia.org/wiki/Traducci%C3%B3n_(gen%C3%A9tica)http://clubensayos.com/Ciencia/Transcripci%C3%B3n-Y-Traducci%C3%B3n/168718.htmlhttp://www.fcnym.unlp.edu.ar/catedras/antro_biologica3/lecturas/Temas_Integrados/2_Transcripcion_y_Traduccion_parte_1.pdfhttp://www.fcnym.unlp.edu.ar/catedras/antro_biologica3/lecturas/Temas_Integrados/2_Transcripcion_y_Traduccion_parte_1.pdfhttp://www.recercat.cat/bitstream/handle/2072/12321/MolToolsAquacult_Spanish.pdf?sequence=1http://www.recercat.cat/bitstream/handle/2072/12321/MolToolsAquacult_Spanish.pdf?sequence=1

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