Instalación de Chaste en modo usuario utilizando el sistema operativo Ubuntu 15.04

Instalando Java

Java viene con 2 versiones diferentes, Java Development Kit (JDK) donde puedes desarrollar apps de Java usando herramientas de compilación. Otra version es la JRE o Java Runtime Environment, si solo necesitas correr una aplicación de Java.

Instalando Java Development Kit 8 (JDK 8)Instalaremos el JDK 8 de Webupd8 PPA. Primero vamos a añadir webupd8 al repositorio.

sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java

sudo apt-get update

Ahora, podemos instalar el Oracle JDK 8.

sudo apt-get -y install oracle-java8-installer

Package configuration. Choose OK

Accepting Oracle Binary Code Lisence Terms. Choose Yes

Despues de instalar el Java 8, podemos verificar que version está corriendo por medio del comando:

java –version

java version "1.8.0_45"

Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_45-b14)

Setting Up JAVA_HOMELet’s check first where java installed

sudo update-alternatives --config javaThere is only one alternative in link group java (providing /usr/bin/java): /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/bin/javaNothing to configure.

from the output above we can see that the JAVA_HOME that we need is /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/

On /etc/environment, add JAVA_HOME on the last line :

JAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/

Instalando Chaste utilizando el paquete de Ubuntu

Para la instalación en modo usuario se deben seguir las indicaciones básicas, para adecuar el entornohttps://chaste.cs.ox.ac.uk/trac/wiki/InstallGuides/InstallGuide

Accediendo al paquete de ChasteEl paquete se puede descargar usando el gestor de paquetes normales (e.g. aptitude) mediante la adiciónde nuestro repositorio a su configuración. esto se puede hacer mediante, por ejemplo, la apertura de un terminal y ejecuta

sudo gedit /etc/apt/sources.list.d/chaste.list

y, dependiendo de la versión de ubuntu, agregue una de las siguientes líneas al archivo de texto:

Ubuntu Version Ubuntu codename Line to add

13.10 or older - deb http://www.cs.ox.ac.uk/chaste/ubuntulegacy/

14.04 LTS trusty deb http://www.cs.ox.ac.uk/chaste/ubuntutrusty/

14.10 utopic deb http://www.cs.ox.ac.uk/chaste/ubuntuutopic/

15.04 vivid deb http://www.cs.ox.ac.uk/chaste/ubuntuvivid/

15.10 wily deb http://www.cs.ox.ac.uk/chaste/ubuntuwily/

Para evitar las advertencias, y trabajar con el instalador gráfico de paquetes, a continuación, debe instalar la clave de licencia pública chaste, en el terminal ingresamos la siguiente linea

sudo apt-key adv --recv-keys --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 422C4D99

En este punto podemos decidir si queremos ser un usuario de código o un desarrollador de código.Nosotros hemos decidido ser usuarios de código, son personas que quieren trabajar con una versión estable liberada del código de chaste (una nueva versión se hace más o menos cada seis meses ) .

Después de seguir el punto anterior, deberíamos de ser capaz de instalar la última versión estable del código fuente de chaste, además de todas las dependencias, ejecutando:

sudo apt-get updatesudo apt-get install chaste-source

Esto creará un archivo tar de código fuente en /usr/src, y alguna documentación podria aparecer en

/usr/share/doc/chaste-source. El código fuente puede ser desempaquetado y construido

donde sea conveniente, por ejemplo:

cd $HOMEtar -jxf /usr/src/chaste-source.tar.bz2cd chaste-sourcescons

Nota: En caso de error con la librería hdf5, instalar python

sudo add-apt-repository ppa:fkrull/deadsnakes

sudo apt-get update

sudo apt-get install python3.5

cd /usr/bin sudo rm python3 sudo ln -s python3.5 python3

compilar ‘scons debug=1’

A la hora de verificar los preparativos para la ejecución de las pruebas, configuramos la carpeta anim situada en chaste, encargada de la animación, compilando dos archivos

javac Visualize2dCentreCellsjavac Visualize2dVertexCells

Ahora debemos hacer la comprobación de la instalación de nuestro chaste:https://chaste.cs.ox.ac.uk/trac/wiki/ChasteGuides/RunningFirstTests

Si queremos correr alguna simulación, dentro de la carpeta chaste ejecutamos el siguiente comandoscons test_suite = <ruta del archivo hpp>

Ejemplo:scons test_suite = cell_based/test/tutorial/TestRunningContactInhibitionSimulationsTutorial.hpp