La poliproteína, sintetizada por el virus, varía en longitud entre 3.010 y 3.033 aminoácidos y origina al menos 10 proteínas maduras, las liberadas desde el extremo aminoterminal de la lipoproteína se cree que son las proteínas estructurales que incluyen la proteína de la nucleocápside de 21 Kilodalton y 2 proteínas de cubierta, la E1 de 37 kilodalton y la D2 de 61 kilodalton. Junto a la E2 se sintetiza una pequeña proteína de 7 kilodalton, llamada P7, cuya función actual es desconocida. Las poliproteínas no estructurales denominadas NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5 y NS5B tienen funciones aún no completamente conocidas, así la NS2 es una autoproteasa, la NS3 tiene función serín proteasa y RNA helicasa, la proteína NS4A parece ser un cofactor de la serín proteasa codificada por la NS3, la proteína NS5A parece que participa en la replicación viral, aunque tiene funciones no claramente conocidas. También se sabe que participa en la resistencia del virus C al tratamiento con Interferón Alfa, de tal manera que, cambios en los aminoácidos 2.209 a 2.248 sugieren una relación entre la respuesta al Interferón Alfa y mutaciones en esta región de la proteína NS5A. Esta región se llama también región determinante de la sensibilidad al Interferón. La proteína NS5B parece que está relacionada con la síntesis de una RNA polimerasa RNA-dependiente.

No se conoce completamente como se replica el virus C. Se cree, que una vez que entra el citoplasma de la célula huésped, perdería la cubierta y el genoma viral actuaría como un templete de transcripción de una molécula de RNA complementaria (negativa). Esta molécula negativa serviría a su vez como un templete para la síntesis de la molécula RNA genómica positiva. Los enzimas capaces de realizar estos pasos, normalmente serían proteínas codificadas por el virus.

Heterogeneidad viral del virus C

Inicialmente, se observó una clara diferenciación genética entre las secuencias de virus aisladas de pacientes de Japón, comparadas con la secuencia prototipo del virus C clonada de un chimpancé experimentalmente infectado con virus no A no B. Encontraron una gran similitud entre los dos inóculos japoneses, pero éstos eran menos del 80 por ciento similares con el virus C del chimpancé. Posteriormente, se han visto aún muchas más divergencias entre diferentes inóculos de pacientes de diferentes partes del mundo. Esto ha conducido a la diferenciación de diferentes genotipos fundamentales, y dentro de ellos a variantes cercanamente relacionadas. La variabilidad del virus C está distribuida a través del genoma, con secuencias que codifican para proteínas no estructurales, tales como NS3 o NS5B, mostrando grados comparables de variabilidad sobre el valor medio del genoma completo. La parte más conservada son las regiones no codificadas al extremo del genoma. Por el contrario, los genes codificados por las lipoproteínas E1 y E2 son los más variables, conteniendo la lipoproteína E2 una de las regiones hipervariables del virus C, que está constituido por 20-30 aminoácidos y que varían considerablemente, no sólo entre los genotipos, sino también dentro del mismo subtipo. Esta variabilidad parece establecerse con el paso del tiempo, y así se ha podido encontrar que individuos que fueron infectados inicialmente por un mismo inóculo de virus C, 17 años después de la inoculación, presentaban divergencias de más del 36 por ciento de la secuencia genómica. La respuesta del huésped, posiblemente se realiza sobre estas proteínas de la cubierta, y se cree que esto es la causa de tan alto grado de cambio de secuencias en la región hipervariable. Estos cambios de secuencia originarían cambios en las proteínas de cubierta, lo cual permitiría al virus escapar de los anticuerpos neutralizantes sintetizados por el organismo ante su presencia.

Actualmente, se reconocen según la clasificación de Peter Simmonds, 6 genotipos mayores, y dentro de cada uno de ellos múltiples subtipos. Para genotipar un virus no se utiliza la secuenciación genómica completa de los 6 genotipos mayores, sino que la mayoría de los métodos publicados para identificar los genotipos se basan en la amplificación de secuencias del virus de especímenes clínicos por PCR, que usa varios sets de primers, cada uno de los cuales amplifica selectivamente secuencias de diferentes genotipos. Estos primeros pueden ser de diferentes regiones del virus, como el core o la región NS5 o la región 5 prima no

codificada y en función de ellos, permiten distinguir diferentes genotipos. También se pueden estudiar los serotipos, lo que es más rápido y económico que la determinación del genotipo por PCR. Se pueden estudiar los serotipos por medición de anticuerpos tipo específico a los peptidos de la proteína NS4. Con esta técnica se pueden distinguir los 6 genotipos, aunque no subtipos dentro de ellos. Genotipo 1, 2, 3, 4, 5, y 6. La distribución de los genotipos en el mundo es variable. En Europa, el genotipo más frecuente es el 1b que constituye casi el 50 por ciento y más del 70 por ciento en España. El genotipo 1a también es frecuente constituyendo casi un 20 por ciento, pero en España es menos del 7 por ciento. El genotipo 2 constituye en nuestro país el 5 por ciento y el genotipo 3 un 5,7 por ciento. El genotipo 4 es poco frecuente y constituye menos del 5 por ciento.

Ns5a

No estructural 5A proteína (NS5A) es una fosfoproteína hidrófilo zinc vinculante y rica en prolina que juega un papel clave en la hepatitis C la replicación del ARN de virus. [1] [2] que parece ser una forma dimérica sin hélices trans-membrana. [3 ]

NS5A se deriva de una poliproteína grande que ha sido traducida a partir del genoma del VHC, y somete a un procesamiento posterior a la traducción de la proteína no estructural 3 (NS3) proteasa viral. [4] A pesar de ninguna actividad enzimática inherente de ser atribuido a NS5A, su función es mediada a través de la interacción con otro no estructural (NS) proteínas virales y celulares [2] [4] NS5A tiene dos formas fosforiladas:.. p56 y p58, que difieren en la movilidad electroforética [3] p56 se basalmente fosforilado por anfitrión proteína celular quinasa en el centro y cerca de el extremo C terminal, mientras que p58 es una forma de NS5A hyperphorylated en el centro de la región rica en serina. [3] se ha predicho que el N-terminal 30 aa de NS5A formar una hélice α-hélice con una característica altamente conservada, que es esencial para modular la asociación entre NS5A y la membrana ER. [3] [4] la región de IFN-sensibilidad determinar (ISDR) en el extremo C-terminal de la NS5A se ha informado para realizar una fuerte actividad activadora trans, lo que sugiere que NS5A probable funciona como un activador transcripcional. [3]

NS5A tiene tres dominios estructuralmente distintos: el dominio I demostró ser una estructura dimérica alternativa por cristalografía, mientras que el dominio II y III se mantuvo desplegada [1] Por otra parte, la flexibilidad conformacional de NS5A juega un papel importante en varias etapas de infección HCV [1.. ] también es posible que NS5A es un componente crítico durante la replicación del VHC y la localización subcelular, que puede arrojar luz sobre el ciclo de vida del VHC mal entendido. [1] [4] además, NS5A se ha demostrado que modulan la actividad de la polimerasa de NS5B, una ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRp). [3] Curiosamente, NS5A puede ser una proteína de unión de ARN, ya que es capaz de unirse a la 3'UTR de las cadenas de ARN más y menos de HCV. [3] Además, NS5A es una mediador clave en la regulación de la función de la célula huésped y la actividad después de la infección por VHC. [4] por lo tanto, NS5A ha sido ampliamente estudiado en la investigación del VHC también debido a su capacidad para regular la respuesta de interferón (IFN) de las células huésped. Debido NS5A ejerce efectos funcionalmente esenciales en la regulación de la replicación viral, el montaje y la salida, se ha considerado una diana de fármaco potencial para la intervención terapéutica antiviral. [1] [4] De hecho, fármacos de moléculas pequeñas de segmentación eficiente NS5A muestra una potencia mucho mayor en el control de infección por el VHC que otras drogas. [1] Por lo tanto, las investigaciones relacionadas con NS5A tendrían importantes implicaciones en el diseño de fármacos de moléculas individuales y terapias de combinación antiviral de acción directa pegIFN libre (DAA). [1]