El Reto de la Bioinformática

¡Empieza con

una serie

ingente de

datos de MS

sin procesar!

La Espectrometría de

Masas aplicada a

Proteómica genera una

ingente cantidad de datos

Spectrum Mill

15 de febrero de 2011Página 1

Respuestas Biológicas Claras!:

Requieren un Potente y Completo

Software Bioinformático

Agilent Spectrum Mill

Conversión de espectros MS y MS/MS

en identificación y cuantificación de proteínas

Spectrum Mill

Spectrum Mill

15 de febrero de 2011Página 2

Jaume C. Morales

LC/MS Product Specialist

Agilent Technologies

Software

BioquímicaColumnas

&

Software

BIOINFORMATICO

• “Spectrum Mill Bioinformatics Workbench”

Spectrum MillProductos para la Proteómica

Spectrum Mill

15 de febrero de 2011Página 3

Sistemas

LC & MS• Aislamiento

• PTM’s

• Etiquetado

• etc.

Columnas

&

Bio-Fungibles

BIOINFORMATICO

para proteómica

Instrumentos

Aplicación basada en un Servidor Webcon Amplia Variedad de Herramientas

para una Rápida y Fiable Identificación de Proteínas

Spectrum Mill

• Muy flexible y potente comparación de resultados y niveles de expresión entre distintas muestras.

• Rápidas búsquedas con muy pocos falsos positivos

Spectrum Mill

15 de febrero de 2011Página 4

• Búsquedas en modo homología para identificar PMT’s .

•“Sherenga De Novo Sequencing” para secuenciar péptidos no asignados a ninguna proteína. Compatible con disociación ETD (TRAP).

• Semi-cuantificación directa sin marcaje (color según nivel expresión).

• Expresión Diferencial de muestras con todo tipo de técnicas de marcaje isotópico: ICAT, ITRAQ, SILAC,..

• Posibilidad de procesar datos de múltiples fabricantes

Motor Búsqueda�Masa Exacta

� Masa+Fragmentos

Nivel Expresión sin marcaje

0.0

0.5

1.0

Intensity

X 104

0.4

0.6

0.8

x104

Espectro MS/MS automático

m/z 769

m/z del péptido: da información de los AAS presentes (no de su

secuencia)

Spectrum Mill – Procesado y Motor de Búsqueda

Cromatograma 100 amol PéptidosMezcla Proteínas Digerida

0.2

0.4

0.6

0.8

1.0

IntensidadX 105 BPC (cromatograma no selectivo)

MS: TOF

769.0

445.2

574.2

645.3

675.9

758.5

905.7 963.5

1077.7

0.0

0.5

1.0

Intensity

X 104

0.2

0.4

0.6

0.8

x104

[Glu] Fibrinopéptido B

ADSGEGDFLAEGGVR

y3

b4

y7

y6

y5b10

y11y9

y8

MS1

Espectro de Masas

Spectrum Mill

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Proteínas identificadas

Nivel Expresión sin marcajeisotópico (diferencial de SPMill)

0.0

0.2

Auto-MS/MS: Q-TOF, TRAP

331.70.0

Efectuar Búsqueda en Base de Datos

de Proteínas

Adquirir datosLC/MS/MS o

MALDI MS/MS

Transferir los datosa Spectrum Mill

Extracción de losdatos

Manualmente validarlos resultados de puntuación media

Autovalidar resultados con alta puntuación

Spectrum Mill – Ruta de Trabajo

Spectrum Mill

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de Proteínaspuntuación media

Procesados Adicionalesde los Datos

alta puntuación

• Nuevas Búsquedas en Base Datos• Búsquedas por Homología *A

• “Sherenga de novo sequencing” *B

*A para buscar mutaciones y PTM’s (modificaciones post-traduccionales)

*B para identificar péptidos de proteínas no encontradas en la base de datos