Download - Manejo de archivos con python
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Manejo de
archivos con
python Semiramis Castro
Laboratorio de Genómica Evolutiva
Licenciatura en Ciencias Genómicas - CCG UNAM
Febrero 2015
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Pasos
1. ¿Para qué necesitamos el archivo?
2. Elegir directorio de trabajo
3. Elegir modo en que se abrirá
4. Elegir tipo de lectura
5. Escribir
6. Cerrar
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Elegir directorio de trabajo
import os
os.chdir(r”/MyPath/”)
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Modo de apertura
r Abre un archivo de sólo lectura. El
puntero del archivo se coloca en el
principio del archivo. Este es el modo
predeterminado.
w Abre un archivo para escribir
solamente. Sobrescribe el archivo si el
archivo existe. Si el archivo no existe, se
crea un nuevo archivo para escritura.
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Modo de apertura
r+ Abre un archivo para lectura y
escritura. El puntero del archivo estará en
el principio del archivo.
w+ Abre un fichero para escritura y
lectura. Sobrescribe el archivo existente si
existe el archivo. Si el archivo no existe, se
crea un nuevo archivo para la lectura y la
escritura.
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Modo de apertura
rb Abre un archivo de sólo lectura en
formato binario.
rb+ Abre un archivo para la lectura y la
escritura en formato binario. El puntero
del archivo estará en el principio del
archivo.
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Modo de apertura
wb Abre un archivo para escribir sólo en
formato binario. Sobrescribe el archivo si
el archivo existe. Si el archivo no existe, se
crea un nuevo archivo para escritura.
wb+ Abre un archivo, tanto para la
escritura y la lectura en formato binario.
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Abrir el archivo
Instanciamos un objeto de tipo archivo
open(“myFile.txt”,”r”) as f
ó
f=open(“myFile.txt”,”r”)
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Tipos de lectura
read.line()
read.lines()
read.xlines()
csv.reader()
otros
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read.line()
Lee la línea que se le especifique
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read.lines()
Lee caracter por caracter a varias líneas
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read.xlines()
Lee línea por línea. Es más rápido que
read.lines()
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csv.reader()
csv.reader() necesita guardar en listas
temporales cada columna. El delimitador
puede ser un tabulador, coma, punto y
coma, etc.
Es necesario importar a csv
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csv.reader() import.csv n1, n2= [], []
nodo1, nodo2= [], [] redLista= [] with open(archivo, "r") as f: next(f) # skip headings reader=csv.reader(f,delimiter='\t')
for n1, n2 in reader: nodo1.append(n1) nodo2.append(n2) redLista.append((n1,n2)) f.close()
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Otros
Dependen del propósito específico; por
ejemplo, Seq::IO de BioPython tiene sus
métodos internos y no es necesario
especificar el tipo de lector
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Escribir
open(“myOutputFile.txt”,”w”) as output
output.writelines(“MyHeader\n”)
output.writelines(“MyText\n”)
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Cerrar
f.close()
output.close()