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BIG DATA: IoT en la ingeniería
clínica. Escenarios posibles y
aplicaciones.
Institut Català de la Salut.
Toni Fuentes Peláez
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¿De qué va esto?
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Big Data
– Velocidad– Volumen– Variedad– …– Variabilidad– Veracidad– Valor
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Para hacerse una idea
¿Cuanto cuesta leer un disco duro 5TB?
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Para hacerse una idea
¿Cuanto cuesta leer un disco duro 5TB?
1Gbit/s 11h y pico
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El reto tecnológico
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Streaming: Características
BBDD Stream
Datos Persistente Volátil
Acceso Aleatorio Secuencial
Consultas Puntuales Continuas
Soporte Disco “ilimitado” RAM limitada
Velocidad actualización Relativamente lenta Muy rápida
Temporalidad de la demanda Poca Real - time
Precisión Datos exactos Datos imprecisos
Heterogeneidad Datos estructurados Imperfecciones
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Estrategia procesado datos
● Procesamiento en Batch (Spark):
● Proceso de grandes volúmenes de datos existentes.
● Latencia alta.
● Proceso de stream al vuelo (Storm):
● Se procesa cada elemento conforme llega.
● Micro – Batch (Spark streaming):
● Similar al proceso en batch pero en tamaño muy
pequeño.
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Arquitectura lambda
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Definición Machine Learning
“A computer program is said to learn from experience E with
respect to some class of tasks T and performance P, if its
performance at tasks in T, as mesured by P, improves with
experience E”.
Deep Learning – Ian Goodfellow,Yoshua Bengio, Aaron Courville
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Tendencias históricas
● Tiene una larga historia, con varios nombres.
● En la medida que los datos para entrenar los algoritmos han
aumentado, estos han sido mas útiles.
● Se han podido desarrollar modelos mas complejos en la
medida que la tecnología (software + hardware) han
mejorado.
Deep Learning – Ian Goodfellow,Yoshua Bengio, Aaron Courvillec
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En la cresta de la ola
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Generando valor de IoT
La clave está en generar inteligencia operacional:
• Soportar acciones/decisiones operacionales.
• Se estima que los datos IoT incrementaran 200% próximos años.
• Incremento de la competitividad.
• Reto tecnológico en la ingesta y análisis.
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Generando valor de IoT
• Consolidar datos operacionales + IoT.
• Reducir inconsistencias y latencia de procesamiento.
• Desarrollar analítica para resolver problemas.
• Autoservicio para la visualización.
• Colaboración Negocio – IT.
• Estrategia de gobernanza y seguridad.
TDWi – Chekclist report. Six steps for generating Business Value from Operational IoT 2018
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Transformándose hacia la era AI
● Implementar proyectos pilotos para ganar
momento.
● Construir un equipo interno de AI.
● Formación transversal en AI.
● Desarrollar una estrategia en AI.
● Crear comunicaciones internar y externas.
Landing AI – Andrew Ng
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AI – riesgos y seguridad en
salud
• Corto plazo: reconocimiento contexto, insensibilidad
en el impacto de la decisión, la decisión responde a la
respuesta de una caja negra.
• Medio plazo: aceptación por defecto, refuerzo en
practicas en desuso, autocomplacencia en la
predicción.
• Largo plazo: Efectos secundarios no considerados,
búsqueda de la recompensa, exploración de riesgos
no aceptables.
Artificial intelligence, bias and clinical safety – Robert Challen, Joshua Denny, Martin
Pill
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¿Qué estamos haciendo?
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¿Qué estamos haciendo?
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¿Qué estamos haciendo?
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Arquitectura actual
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Del ETL al ELT
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Arquitectura futura
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Objetivos principales• Obtener una base de datos con la
información obtenida.• Incluir procesos automatizados en la
plataforma tecnológica de HC3.• Incorporar la información en las
herramientas de BI.• Procesamiento al vuelo. Aplicaciones
en near-real time.
Entorno• HC3 (Historia Clínica
Compartida de Catalunya)• 75% de la información recibida
es no estructurada (texto en pdf).
• Actualmente disponemos de 200,000,000 documentos pdf.
• Objetivo es estructurar variables clínicas de interés.
• Generar alertas en tiempo real en Hce basadas en la información del texto.
Proyectos en curso.
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Proyectos en curso.
Extensión de la información estructurada de los
informes de Anatomia Patologica.
Análisis con técnicas de Text Mining (IR, IE,
Similarity, Semi-supervised Classification, NLP)
de los informes de Anatomia Patológica con el
objetivo de extender la información estructurada
utilizando diccionarios SNOMED elaborados por
el Plan Director de Oncología.
Objetivos. (de menor a mayor complejidad):
1) Expandir el detalle de la codificación estructurada
de los tumores, con diferentes escalas para cada
tipo de tumor.
2) Expandir la especificidad de los diagnósticos
codificados, basándose en el texto escrito por los
patólogos en los informes.
3) Desarrollar modelos de clasificación automática.
Arquitectura tecnológica
Estado: Validación clínica de los resultados.