Deteksi dan IdentifikasiDickeya sp. Sebagai OPT Karantina

pada Tanaman Kentang di Jawa

Balai Besar Karantina Pertanian Tanjung PriokBadan Karantina Pertanian

Haerani, SP, M. Si

Outline Presentasi

Pendahuluan

Klasifikasi Dickeya spp.

Ruang Lingkup Penelitian

Perkembangan Status Dickeya spp.

• Kentang sebagai komoditas penting

Pendahuluan

(sumber: E-plaq, iQFast)

0

1000

2000

3000

4000

5000

6000

7000

2010 2011 2012 2018 2019 2020 2021

Jum

lah

Imp

ort

asi B

enih

Ken

tan

g (T

on

)

Tahun

Importasi Bibit Kentang Melalui BBKP Tanjung Priok

Tindakan Karantina Tumbuhan di Tempat Pemasukan

Pengambilan Sampel

Pemeriksaan Administratif

Pemeriksaan

Kesehatan Bibit

Laporan Hasil

Pemeriksaan

Sertifikat Pelepasan

Pre Shipment Inspection

• Permohonan tertulis dari importir ke Barantan

• AROPT

• Tim PSI

Survey lokasi lahanPengambilan

sampel

Pemeriksaan kesehatan

bibit kentang

30 Jenis OPTK serangga, nematoda, virus, cendawan, bakteri

Erwinia carotovora subsp. atroseptica

Erwinia chrysanthemi

Pantoea agglomerans

Target Pemeriksaan Kesehatan Bibit KentangNo 93/Permentan/OT.140/12/2011

Erwinia chrysanthemi (Dickeya spp.) merupakan emerging pathogen

pada tanaman kentang (Toth et al. 2011)

Pectobacterium

(Gardan et al. 2003)

Pantoea

(Margaert et al. 1993)

Dickeya

(Samson et al. 2005;

van der Wolf 2014)

Erwinia(Winslow et al. 1917)

Atypical

E. uredovora

E. stewartiiTrue

Erwinia

Pectolitic soft rot

E. carotovora

var. atroseptica

var. rhapontici,

var. cypripedii

var. chrysanthemi

Soft rot

Erwinia

Waldee (1945) Dye (1968; 1969)

Yellow pigmented

E. herbicola var. herbicola;

var. ananas

White non pectolytic

E. amylovora

Breneria

Erwinia

Pantoea

Pectobacterium

Hauben et al. (1998)

Klasifikasi Pectobacterium spp. dan Dickeya spp. yang berasosiasi dengan penyakit soft rot dan blackleg pada kentang (Solanum tuberosum L.) Czajkowski et al. 2014

Status Dickeya spp. di Indonesia

PERMENTAN NO 93/2011

• Peraturan Menteri Pertanian No 93/Permentan/OT.140/12/2011

OPTK A2 ; Lampung, Bogor

• 2002 E. chrysanthemi pada lidah buaya

• 2011 E. chrysanthemi biovar 3 pada lidah buaya

• 2012 Dickeya dadantii pada tanaman Phalaenopsis

Tujuan

Menelusuri penyebaran Dickeya sp. pada tanaman kentang di

Jawa

Keterangan:(a, e, i) Pangalengan; (b, f, j) Garut; (c, g, k) Dieng; (d, h, l) Malang

Gejala layu dan busuk lunak

Insidensi E. chrysanthemi

Berdasarkan Uji Serologi

Pangalengan (3/100)

Garut (1/100)

Dieng* (98/100)

Malang (2/100)

35P, 49P, 96P

71G

3D, 11D, 23D, 44D

12M, 14M

*Sampel Dieng hanya diambil 4 sampel dengan NAE tertinggi

Isolasi 10 sampel

Isolasi dan Pemurnian Isolat

Pangalengan (35P, 49P, 96P)

Garut (71G)

Dieng (3D, 11D, 23D, 44D)

Malang (12M, 14M)

37 isolat

Reaksi Hipersensitif

49P-5

71G-6

71G-1

K+

14M6-6-6

A B

C

37 isolat

19 isolat

positif HR

Isolat

Uji Fisiologis

Gram Katalase OksidaseOksidasi/

Fermentasi

Pembusukan

umbi kentang

49P-5

71G-1

71G-6

14M-6

E. chrysanthemi*

-

-

-

-

-

+

+

+

+

+

-

-

-

-

-

+/+

+/+

+/+

+/+

+/+

+/-

+/-

+/-

+

+

Tabel 1 Hasil pengujian fisiologi isolat bakteri asal tanaman kentang dari

beberapa sentra pertanaman kentang di Jawa

*Hyman et al. (2002)

Karakter Fisiologi Isolat

Tabel 2 Hasil identifikasi isolat bakteri asal tanaman kentang berdasarkan

pemanfaatan sumber karbon dengan Biolog system

IsolatSpesies

Probability

(%)

Similarity

(%)Distance

49P-5 Flavimonas oryzihabitans 64.6 64.6 5.161

71G-1 Pantoea dispersa 84.7 64.1 3.410

71G-6 Pantoea agglomerans 74.0 54.8 3.621

14M-6 Pseudomonas syringae pv.

primulae

58.2 58.2 6.115

Identifikasi Berdasarkan

Pemanfaatan Sumber Karbon

Gambar 2. Visualisasi hasil PCR (a) menggunakan primer spesifik Ec3F dan

Ec4R (b) menggunakan primer universal 27F dan 1492R. M= Marker;

1= isolat 49P-5; 2= isolat 71G-1; 3=isolat 71G-6; 4=isolat 14M-6

a b

M 1 2 3 4 K- K+ M 1 2 3 4 K+ K-

1500 pb

171 pb

548 pb

a b

Deteksi Molekuler

Tabel 3 Hasil perunutan basa nukleotida 16S rRNA isolat bakteri asal tanaman

kentanga b

a b

Isolat SpesiesHomologi

(%)Asal

No. Aksesi

Genbank

49P-5 Pseudomonas oryzihabitans 98 China JX067903.1

71G-1 Erwinia herbicola 92 Korea U80202.1

71G-6 Pantoea agglomerans 85 Finland KJ529102.1

14M-6 Pseudomonas viridiflava 97 Spanyol GQ398129.1

Identifikasi Berdasarkan Sikuen 16S DNA

Dickeya sp. belum ditemukan di wilayah pengambilan

sampel tanaman kentang yaitu Jawa Barat

(Pangalengan dan Garut), Jawa Tengah (Dieng), dan

Jawa Timur (Malang).

SIMPULAN

No. 93/Permentan/OT.140/12/2011

Erwinia chrysanthemi OPTK A2: Sumatera (Lampung), Jawa (Barat /Bogor).

Perkembangan Status Dickeya spp.

Berdasarkan Permentan 2011 - 2020

No. 51/Permentan/KR.010/9/2015 (OPTK A1)

• Dickeya chrysanthemi (= Erwinia chrysanthemi)

• Dickeya dadantii

• Dickeya dianthicola

• Dickeya dieffenbachiae

• Dickeya paradisiaca

• Dickeya solani

• Dickeya zeae

No. 31/Permentan/KR.010/7/2018 (OPTK A1)

• Dickeya chrysanthemi. (= Erwinia chrysanthemi)

• Dickeya dadantii

• Dickeya dianthicola

• Dickeya dieffenbachiae

• Dickeya paradisiaca

• Dickeya solani

• Dickeya zeae (= Erwinia chrysanthemi biovar 8 )

No. 25 tahun 2020 (OPTK A1 kecuali D. zeae)

• Dickeya chrysanthemi (= Erwinia chrysanthemi)

• Dickeya dadantii (=Erwinia chrysanthemi pv. dieffenbachiae )

• Dickeya dianthicola (= Erwinia chrysanthemi pv. dianthicola)

• Dickeya dieffenbachiae

• Dickeya paradisiaca (=Erwinia chrysanthemi pv. paradisiaca)

• Dickeya solani van der Wolf et al., 2014

• Dickeya zeae (=Erwinia chrysanthemi biovar. 8, Erwinia chrysanthemi pv. zeae) OPTK A2; Kalimantan Barat, Sulawesi Barat, Lampung)

Terima Kasih