BIOINFORMÁTICA:CONSULTAS CRUZADAS A BASES DE

DATOS BIOMÉDICAS REMOTAS

Antonio Rodríguez CíaTutores: Mario Huerta, Juan José Villanueva

Julio 2008

INTRODUCCIÓN

OBJETIVOS

ACCESOS A BASES DE DATOS REMOTAS

PARÁMETROS PARA CRUCES DE DATOS

PROBLEMAS EN EL ACCESO REMOTO

METODOLOGÍA EMPLEADA

CONCLUSIONES

BIBLIOGRAFÍA

ÍNDICE

Estudio de parámetros genéticos contenidos en

bases de datos remotas.

Cruzar información de genes y obtener resultados.

Ámbito de la Investigación.

Mayor funcionalidad de aplicación existente.

Interfaz gráfica, completa e intuitiva.

INTRODUCCIÓN

Establecer entorno web, facilita realización de consultas.

Informatizar proceso de búsqueda a partir de parámetros.

Velocidad y completitud en los resultados.

Interfaz sencilla, intuitiva y amigable.

Completo entorno de desarrollo para la investigación.

Minería de datos existentes en bases remotas.

Red de interconexión entre características de genes.

Integración en un solo sistema bases de datos genéticas de interés mundial.

OBJETIVOS

ACCESOS A BASES DE DATOS REMOTAS

EEUU JAPÓN

BARCELONA

CRUCES GENÉTICOS

PARÁMETROS PARA CRUCE DE DATOS

Funciones, Procedimientos y Componentes celulares del gen.

Patologías.

Interacciones entre genes.

Publicaciones científicas.

Vecindad y posición en el cromosoma.

Mapas de interacciones y reacciones moleculares.

Redes de metabolismo genéticas.

Descarte de genes homólogos.

Los cruces de datos se combinan entre sí.

PROBLEMAS EN EL ACCESO REMOTO

Restricciones

Herramienta Eutils para consultas remotas.

Número determinado de consultas por minuto.

Inadmisible para las expectativas de la aplicación.

Solución

Estudio de datos genéticos relevantes para la aplicación.

Viabilidad de almacenar datos en local.

Minería de datos y construcción de robots de actualización

CRUCE DE DATOS REMOTOS

Minería de Datos Aplicación de cruces

GENES RESULTADO DE LA INVESTIGACIÓN

GENES ORIGEN DE LA INVESTIGACIÓN

Desarrollo con MÉTRICA Versión 3

Desarrollo con técnicas de UML 1.2

METODOLOGÍA UTILIZADA

MÉTRICA V3

PLANIFICACIÓN Y COSTE

DISEÑO Y PRODUCCIÓN

MODELO DE ANÁLISIS

MODELO CONCEPTUAL DE DOMINIO

MAPAS DE NAVEGACIÓN

DISEÑO DE PANTALLAS

MODELO DE COMPORTAMIENTO

CONSTRUCCIÓN DEL SISTEMA

REFINAMIENTO DIAGRAMA CLASES

Herramientas de diseño:

Magic Draw UML 5.5.

Herramientas de desarrollo (software libre):

Perl

PHP 4.1.1.

MySQL 3.23.48

JavaScript

Dinamic HTML

Java Applets

ESPECIFICACIONES TÉCNICAS

Finalización con éxito dentro de los plazos establecidos.

Sistema seguro y eficaz.

Abierto a posibles mejoras y adaptaciones.

Interfaz sencilla, intuitiva, vistosa, amena y amigable.

Potente herramienta para la búsqueda de genes.

Explotación de una vasta cantidad de información en

tiempos muy asequibles.

CONCLUSIONES

Velocidad en navegación y carga de la aplicación.

Complicaciones debido a accesos remotos restringidos.

Cumplimiento de los requisitos expuestos inicialmente.

Consecución de resultados de interés científico que, de

otra forma serían imposible de conseguir.

CONCLUSIONES (Continuación)

[METRICA V3] Métrica Versión 3

[METRICA V2.1] Metodología de Planificación y Desarrollo deSistemas de Información

[RAMBAUGH 96] Object-Oriented Modeling and Design

[PRE 01] Ingeniería del Software. Un enfoque práctico

[ORTA-RUIZ 99] Análisis y diseño estructurado de aplicacionesinformáticas de gestión

http://www.ncbi.nlm.nih.gov Página oficial del NCBI

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov Manejo de herramientas eUtils

http://www.genome.jp/kegg Página oficial del KEGG

http://www.php.net/docs Manual oficial de PHP

http://www.mysql.com Manual oficial de MySQL

BIBLIOGRAFÍA