Ejercicio 4: Acoplamiento

El objetivo de este ejercicio de computadora es el acoplar un inhibidor en el sitio activo de catepsina L. Antes del ejercicio, usted debe leer el artculo de H. Tsuge, et. al, Biochem. Biophys. Res. Commun. 266 (1999) 411: ''Inhibition mechanism of cathepsin-L specific inhibitors based on the crystal structure of papain-CLIK148 complex".

1. Si usted no lo ha hecho ya tome la mejor conformacin de nuestro inhibidor SB412515

obtenida por usted en el ejercicio de muestreo conformacional y gurdelo como un archivo de pdb en Spartan.

2. Preparando la protena para el acoplado. Baje los archivos pdb de Cathepsin L de http://www.teokem.lu.se/~patrik/medchem/ Empiece el software Arguslab y abra el archivo del pdb. Quite todas las cadenas excepto UN y B. Usted tiene un monomer de Cathepsin L.

Las cadenas quitando: A la izquierda en el molcula rbol vista clic ms a la cadena usted desea quitar, pulse el botn ms al acids'' de ''Amino. El clic salido el aminocido de la cima, desfile abajo al aminocido del fondo, cambio de la prensa y clic izquierdo l. Todos los aminocidos se vuelven el clic rojo, correcto ahora y seleccionan anule. Si usted hace simplemente clic correcto de nuevo a un mensaje del error y anula de nuevo.

Quite todas las molculas de agua Quite el ''NAG ''molecule encontr bajo ''Misc ''

3. 3. Defina el sitio activo. Primero localice el CYS activo 25 residuo en la vista del rbol. El

clic correcto en l y ''Make selecto un grupo de este residue'', nmbrelo el site'' de ''Binding y tipo del juego el site'' de ''Binding. Usted puede encontrar su sitio obligatorio ahora en la vista del rbol bajo ''Groups ''.

4. 4. Defina su ligand. Primero abra que sus pdb archivan con nuestro inhibidor. El clic correcto en el nombre del residuo en la vista del rbol y escoge ''Make un grupo del ligand de este residue''.

5. 5. Realice el cercenando. Vaya al men ''Calculation '' y escoge ''Dock un ligand''. Pulse el botn el size'' de ''Calculate para las escenas de la caja Limitando automticas (stos deciden cmo el volumen grande los ligand intentarn cercenar en). Ajuste las escenas si usted encuentra la caja demasiado grande o demasiado pequeo (El tiempo del clculo es proporcional al tamao de la caja para que no lo hace demasiado grande, pero hechura seguro cubre el sitio activo y es grande bastante para que los ligand pueden ligar de las maneras diferentes dentro de esta caja). Pulse el botn ''Advanced '' si usted quiere ajustar el nmero de propone eso se probar (el valor por defecto es 150,

normalmente el ok). Entonces pulse el botn ''Start '' y el cercenando empezarn. (Esto tardar de 10min a 3 horas que dependen de su tamao de la caja, 10-30 minutos estn bien para este ejercicio) (Despus del cercenar su ligand se encontrar ahora como un grupo en la vista de rbol de protena.)

6. 6. Evaluando el cercenando. En la vista del rbol usted encontrar sus resultados cercenando ahora bajo ''Calculations ''. En su clculo cercenando usted encontrar que todos el mejor propone con su energies. Parezca al propone por derecho que pulsa el botn un proponga y seleccione ''Display ''. Pase por todos propone y escribe abajo ellos en los grupos por cmo similar ellos son. Para el mejor proponga (y algunos de los otros grupos si usted quiere a) parece en el detalle cmo liga a la protena. Usted puede ver el hidrgeno une seleccionando el ligand agrpese en la vista del rbol, el derecho pulsando el botn y seleccionando el ''show hidrgeno bonds''. Si usted no quiere ver la protena entera pero slo la parte que ligan al ligand hacer a lo siguiente: Derecho-pulse el botn el ligand y ''Make selecto un sitio obligatorio para este group''. Entonces seleccione el men de ''viewesconda el protein''. Y entonces derecho-pulsa el botn el nuevo grupo del sitio obligatorio y ''show selecto ''. Imprima fuera una vista detallada del ligand en el mejor proponga con los residuos del neighbouring. Tambin imprima fuera las vistas de la protena entera con algn diferente propone. Imprimiendo se hace ms fcil escogiendo ''export '' entonces en el men del archivo, los jpg estructuran e insertando el archivo de la imagen en la palabra. Muestre que los ms buenos proponen y van archivar el men y ahorrar como el archivo de PDB. Esto se usar en el ejercicio de la dinmica molecular. As que asegrese para mandarlo electrnicamente en alguna parte era usted puede sacarlo sin tener que estar en el cuarto de la computadora.

7. 7. Modifique el inhibidor segn el overleaf de la figura (asegura que los grupos diferentes

prueban el substituents diferente). Empiece del mejor proponga del cercenar a menos que usted piensa que otro propone ser con toda seguridad bueno las modificaciones. El

ataque se mejora o deterior? Modificar el inhibidor lo abren en el espartano (usted ya lo tiene), modifiqelo, minimice por MMFF y la exportacin a PDB archive el formato. Entonces cargue el nuevo archivo en ArgusLab y carrera que cercenan con las mismas escenas como antes.

8. 8. Qu predicciones generales usted puede dibujar sobre el varios substituents en este anillo, usando las estructuras cercenadas? Qu compuesto usted hara pensar en? Prubelo con ArgusLab.

9. 9. Abra el papain-inhibidor complejo usted transmiti para ejercicio 3 (1CVZ.pdb). Estudie la

estructura y apunte todas las interacciones entre la protena y el inhibidor (el hidrgeno une y der del carro de mudanzas las interacciones de Waals).

Guarde todas las estructuras a los prximos ejercicios! Modelo de fuera el inhibidor.

R1 = H o COO.

R2 = H o COO.

R3 = CHO, COOCH3, o COO. 10.