module 6b - es - nuevas herramientas de gbif ii: portal 2013 y npt startup

GBIF Governing Board 20

Módulo 6B: Nuevas herramientas de GBIF IIPortal 2013 y NPT Startup

Daniel AmarilesLíder TI, Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia Global Biodiversity Information Facility (GBIF)

Sábado, 5 de Octubre, 2013

RESUMEN

El desarrollo del nuevo portal de GBIF ofrece una API completa para la consulta de datos publicados en la red.

Esta es una introducción al nuevo sistema, para aquellos que consideran construir aplicaciones web que usen la nueva API.

Esta presentación corresponde al módulo 6B del curso de entrenamiento para Nodos en el GB20, realizado en Octubre de 2013 en Berlín, Alemania.

Aquí también se presentará una introducción al desarrollo del NPT Startup y sus características principales.

ÍNDICE

1. Introducción al NPT Startup

2. Introducción al Portal de Datos 2013

3. El API del Portal de Datos

4. Del Portal al API

5. El API de mapas

6. Usando los datos del API de mapas

7. Ejercicio práctico

INTRODUCCIÓN ALNPT STARTUP

“NPT Startup es un sitio Drupal que establece una presencia en la web para nodos participantes de GBIF..”

Sitio demo http://nptstartup.gbif.org/

https://github.com/gbif/gbif-npt-startup/releases

Repositorio en GitHub

http://vimeo.com/63640790

Vídeo de presentation

INTRODUCCIÓN ALNPT STARTUP

CARACTERISTÍCAS DEL NPT STARTUP• Información sobre biodiversidad proveniente del Portal

de Datos de GBIF y de Encyclopedia of Life.

CARACTERÍSTICAS DEL NPT STARTUP• Carácteristicas comunes en los sitios web como

noticias, foros y blogs. Así que el sitio puede ser usado por un Nodo Participante de GBIF como sitio de comunicación.

CARACTERÍSTICAS DEL NPT STARTUP

• Incluye una lista de chequeo taxonómica inicial para el país, generado por la unión nombres científicos que se extraen de los datos de registros biológicos de especies dentro del país disponibles en la red de GBIF.

• Los datos sobre biodiversidad de una especie son mostrados como mapas estáticos de distribución de especies.

CARACTERÍSTICAS DEL NPT STARTUP• Más información disponible acerca de una especie

incluyendo descripción y multimedia proveniente de Encyclopedia of Life (EOL).

CARACTERÍSTICAS DEL NPT STARTUPA nivel de país, El NPT Startup muestra algunas cifras

sobre la actividad de publicación de datos.

CARACTERÍSTICAS DEL NPT STARTUP• Muestra artículos científicos e informes usando datos

de los medios de GBIF, publicados por autores del país y/o acerca de biodiversidad del país.

ÍNDICE

1. Introducción al NPT Startup

2. Introducción al Portal de Datos 2013

3. El API del Portal de Datos

4. Del Portal al API

5. El API de mapas

6. Usando los datos del API de mapas

7. Ejercicio práctico

INTRODUCCIÓN AL PORTAL DE DATOS 2013

SECCIONES PRINCIPALES

BÚSQUEDA DE ESPECIES

Resultados de la búsqueda

Filtros- Taxonomía base- Taxones principales- Rango- Estado- Habitat- Tipo de nombre

VISTA DE LA ESPECIE

Información general

Contenido externo

Cifras básicasInformation

taxonómica

Distribución de registros

ÍNDICE

1. Introducción al NPT Startup

2. Introducción al Portal de Datos 2013

3. El API del Portal de Datos

4. Del Portal al API

5. El API de mapas

6. Usando los datos del API de mapas

7. Ejercicio práctico

API DEL PORTAL DE DATOS

Una interfaz para acceder a los datos publicados en la red de GBIF usando servicios Web.

API DEL PORTAL DE DATOS

API del Registro del Portal : http://portaldev.gbif.org/developer/registry

API de todos los servicios web de GBIF: http://dev.gbif.org/wiki/display/POR/Webservice+API

“Todos los servicios reciven parámetros como una cadena de consulta codificada como parámetros GET clave=valor y responden con un contenido tipo json”

API DISPONIBLE

• Checklist Bank Services: Name usage• Checklist Bank Services: GBIF Backbone Taxon Lookup• Checklist Bank Services: Search Service• Checklist Bank Services: Metrics• Registry Services: Node• Registry Services: Organization• Registry Services: Network• Registry Services: Technical Installation• Registry Services: Dataset• Registry Services: Dataset Search Service• Occurrence Services: Occurrence Record• Occurrence Services: Search Service• Occurrence Services: Download Service• Cube Metrics Services: Occurrence Service • Crawler Services: Dataset Crawl Service

Names APIhttp://api.gbif.org/lookup/name_usage/?name=oenanthe&kingdom=plants

Dataset API

http://api.gbif.org/dataset/52a423d2-0486-4e77-bcee-6350d708d6ff

Organization APIhttp://api.gbif.org/organization/10980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a862

Names Usage APIhttp://api.gbif.org/name_usage/1

Occurrence search APIhttp://api.gbif.org/occurrence/search?TAXON_KEY=6746

EJEMPLOS DE LLAMADOS AL API

ÍNDICE

1. Introducción al NPT Startup

2. Introducción al Portal de Datos 2013

3. El API del Portal de Datos

4. Del Portal al API

5. El API de mapas

6. Usando los datos del API de mapas

7. Ejercicio práctico

CONSULTANDO UNA ORGANIZACIÓN

Obtener el UUID de la organización

10980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a86210980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a862

URL Base API + URL término + UUID Organización

CONSULTANDO UNA ORGANIZACIÓN

http://api.gbif.org/organization/10980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a86210980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a86210980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a862

Construye la URL de llamado al API:

Usa el cliente REST para EXPLORAR EL CÓDIGO

USANDO LOS DATOS DEL API

Ejemplo: http://data.sibcolombia.net/publicadores/provider/3

ÍNDICE

1. Introducción al NPT Startup

2. Introducción al Portal de Datos 2013

3. El API del Portal de Datos

4. Del Portal al API

5. El API de mapas

6. Usando los datos del API de mapas

7. Ejercicio práctico

API DE MAPAS v1.0

“¿Busca sobreponer contenido de GBIF en su mapa? Pruebe con este servicio flexible y fácil de usar para la renderización de capas”http://uat.gbif.org/developer/maps

Este servicio está diseñado para ser usado con los clientes de mapas más comunes tales como el API de Google Maps o con Leaflet JS.

Estas bibliotecas permiten visualizar las capas de GBIF con otro contenido, tales como los que vienen de proveedores de Servicios Web de Mapas (WMS). Cabe anotar que el API de Mapas no es un WMS ni tampoco soporta funcionalidades WFS.

http://leafletjs.com/

MAPPING API v1.0

PERSONALIZANDO EL CONTENIDO DE LA CAPA

El formato de la URL es el siguiente:

Con los siguientes parámetros obligatorios:

type : TAXON, DATASET, COUNTRY o PUBLISHER

key : La clave apropiada según el type seleccionado (clave de taxón, UUID del conjunto/publicador o código ISO de país de 2 letras)

http://api.gbif.org/map/density/tile?x={x}&y={y}&z={z}

PERSONALIZANDO EL CONTENIDO DE LA CAPA

• Basis of record– Fossil– Living specimen

• Year Range– Observations year range– Specimens’ year range– Other year ranges

El parámetro layer es un campo opcional y multievaluado en el cual son declaradas las capas para ser combinadas por en el servidor en el mosaico.

&layer=OBS_2010_2020&layer=SP_2010_2020&layer=OTH_2010_2020&layer=LIVING&layer=FOSSIL

Ejemplo:

DANDOLE ESTILO A LA CAPA

“Para dar estilo a la capa configurada se puede hacer a través del parámetro colors o del párametro palette.”

&colors=%2C100%2C%23FF000033%7C100%2C10000%2C%2300FF0033%7C10000%2C%2C%230000FF33

Usando el parámetro colors:

&palette=greens

Usando el parámetro palette:

ÍNDICE

1. Introducción al NPT Startup

2. Introducción al Portal de Datos 2013

3. El API del Portal de Datos

4. Del Portal al API

5. El API de mapas

6. Usando las capas del API de mapas

7. Ejercicio práctico

USANDO LOS DATOS DEL API

Contruir una consulta al API de Mapas de

GBIF

Configura la capa en tu navegador de mapas

USANDO LOS DATOS DEL API

Ejemplo: http://maps.sibcolombia.net/

ÍNDICE

1. Introducción al NPT Startup

2. Introducción al Portal de Datos 2013

3. El API del Portal de Datos

4. Del Portal al API

5. El API de mapas

6. Usando los datos del API de mapas

7. Ejercicio práctico

EJERCICIO PRÁCTICO:EXPERIMIENTANDO EL API DEL PORTAL1. Explora los datos con un cliente REST

2. Intenta imaginar cómo le gustaría usar esos datos en su aplicación o portal.

3. Haz uno o más prototipos visuales acerca de cómo integrar esos datos

4. Tarea: Implementar un cliente JSON para obtener los datos

HERRAMIENTAS DE SERVICIOS WEB

Clientes REST recomendados

Advanced REST client

Google Chrome extensions

http://code.google.com/p/rest-client/

https://chrome.google.com/webstore/detail/advanced-rest-client/hgmloofddffdnphfgcellkdfbfbjeloo

PROTOTIPADO VISUAL

Herramienta recomendada de prototipado visual

https://cacoo.com/

GBIF Governing Board 20

Módulo 6B: Nuevas herramientas de GBIF IIPortal 2013 y NPT Startup

Daniel AmarilesLíder TI, Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia Global Biodiversity Information Facility (GBIF)

Sábado, 5 de Octubre, 2013