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LICENCE mention Sciences de la VieLMD5
L3 MIC semestre 6
Responsable : Marie-Hélène BOYER
marie-helene.boyer@umontpellier.fr
Bât 24 - 3ème étage droite (labo DGIMI)
2ème semestre : 17 janvier au 29 avril 2022Vacances : semaines 9 et 18
1ème session semestre 6 : 10 mai au 20 mai2ème session semestre 5 : 17 au 23 juin2ème session semestre 6 : 24 au 30 juinex
am
ens
L3 semestre 6 parcours MIC
8 UE obligatoires :
ECTS Code UE
3 HAV623V Infection & Immunité Robert Zumbihl
4 HAV620V Ecologie microbienne Tatiana Vallaeys
4 HAV604V Microorganismes eucaryotes Mauld Lamarque
4 HAV648V Virologie Anne-Sophie Gosselin &Yannick Simonin
2 HAV610V Bioéthique Stephen Baghdiguian
4 HAV624V Ingénierie moléculaire Nelly Godefroy
6 HAV647V Travaux Pratiques de Biologie Moléculaire Nelly Godefroy & Sébastien Lainé
3 HAV644V STAG Projet ou stage Ians Robbins
ECOLOGIE
MICROBIENNE
PRESENTATION DE L UNITÉ
D’ENSEIGNEMENT HAV620V
NOMBRE ECTS : 4
NOMBRE D’HEURES CM : 22 ; TP : 4 ; TD : 3
Responsable Tatiana Vallaeys
contact Tatiana.vallaeys@umontpellier.fr
PRÉSENTATION GÉNÉRALE
LES THEMES ABORDES
Évolution et biodiversité
microbiennes
Microorganismes et environnements
cycles biogéochimiques
Microbiote et santé
valorisation de la biodiversité
TP et TD
examens
LA BIODIVERSITÉ MICROBIENNE
ANALYSE DE LA
BIODIVERSITE
MICROBIENNE
EVOLUTION- DE LUCA AUX GRANDS GROUPES MICROBIENS
W. Ford Doolittle , 1999 Science 25 :
Vol. 284. no. 5423, pp. 2124 - 2128
« The universal tree of life »
MICROORGANISMES ET
ENVIRIONNEMENTS
LES GRANDS CYCLES
BIOGEOCHIMIQUES
MICROBIOTE ET
SANTÉ
LE TUBE DIGESTIF UN ORGANE ANCIEN,UNE TECHNOLOGIE ROBUSTE
VALORISATION DE LA BIODIVERSITÉ MICROBIENNE
Le biohydrogène
Arthrospira sp. PCC 8005 gasvesicles at cross-walls
TRAVAUX DIRIGES
ECOLOGIE
MICROBIENNE ET
BIOTECHNOLOGIES
TRAVAUX
PRATIQUES
ANALYSES
DE L EAU
MODALITÉS DE CONTRÔLE DES CONNAISSANCES
Contrôle Continu 100%
Le Contrôle Continu (CC) intégrera
une note de travaux pratiques,
un oral qui concernera la présentation des résultats du TD, se fera par
groupe et devra mettre en avant un travail collectif
un écrit en session 1
….et un écrit en session 2.,
HAV604V
CM = 7,5hTD = 4,5hTP = 21h
MICROBIOLOGIE DES EUCARYOTES
Cette UE vise à approfondir les connaissances sur lesmicroorganismes eucaryotes et à explorer en particulier ladiversité des unicellulaires eucaryotes à mode de vie libre ouparasitaire.
Cette diversité sera étudiée non seulement d’un point de vuethéorique (CM, TD) mais aussi pratique (TP).
•Modalités de contrôle des connaissances:
- Examen final: écrit (50%)
- Note TP: rapport écrit et une présentation orale (50%)
Enseignants:
Mauld Lamarque
(mauld.lamarque@umontpellier.fr)
Stéphane Pont
(stephane.pont@umontpellier.fr)
• Travaux pratiques: Bât. 26Regroupés sur 2 semaines en Février pour tous les groupes
• 4 modèles d’étude
Dictyostelium discoideum Toxoplasma gondii Plasmodium falciparum
Globule rouge sain Globule rouge infecté
Tetrahymena
Cycle végétatif
Cycle social
Cellules haploïdes
Division cellulaire
I. Amibe sociale Dictyostelium discoideum
Etude des différentsfacteurs quiinfluencent l’entrée encycle social
II. Parasite Apicomplexe Toxoplasma gondii
DIC RON9 ISP1 Merge
Mise en évidence des organites sécrétoires spécifiques des Apicomplexes et impliqués dans l’invasion d’une cellule hôte
Accès à la plateforme d’imagerie MRI
III. Parasite Apicomplexe Plasmodium falciparum
Analyse du développementintracellulaire de P. falciparumdans des globules rougeshumains
IV. Cilié Tetrahymena
Des microorganismes nonpathogènes, maisphylogénétiquementassez proches desApicomplexa: divergenceet conservation
Echantillons fixés
Echantillons fixés
HAV648V : Virologie4 ECTS (CM 12h/TD 6h/ TP 15h)
• Description : • Approfondissement des connaissances en virologie fondamentale et appliquée :
spécificité et physiopathologie des interactions hôte-virus(vertébrés/insectes/plantes).
• aspects d'écologie virale, d'émergence et de risques associés pour la santéhumaine et animale
• Présentation des méthodes d'études utilisées en recherche, les outils dedétection et de diagnostic virologiques et les applications des virus enbiotechnologies. Phagothérapie.
• TP: purification d’un virus d’insecte, observation des virions au MET et desprotéines virales par WB, quantification par qPCR.
• MCC : Ecrit 40% ; CC 60% Evaluation en CC:
• Responsables :
Anne-Sophie Gosselin-Grenet anne-sophie.gosselin-grenet@umontpellier.fr
Yannick Simonin yannick.simonin@umontpellier.fr
Histoire de la biologie :- Les voyages naturalistes et la découverte de la biodiversité- Biodiversité, taxonomie et théories de l’évolution- Histoire du concept de récapitulation ; aux origines de l’Evo/Devo- Importance des modèles biologiques- La recherche en biologie marine ; une quête vers l’immortalité ?
Bioéthique :- De la physiognomonie à la craniologie et de la craniologie à l’eugénisme ;
histoire des dérives d’un concept biologique- La liberté académique des chercheurs à l’épreuve du COVID-19
Le module se fera sous forme de cours magistraux uniquement.Ils seront assurés par Stephen Baghdiguian ; stephen.baghdiguian@umontpellier.fr
HAV610V 2ECTS
L3 semestre 6 MIC
8 UE obligatoires :
ECTS Code UE
3 HAV623V Infection & Immunité Robert Zumbihl
4 HAV620V Ecologie microbienne Tatiana Vallaeys
4 HAV604V Microorganismes eucaryotes Mauld Lamarque
4 HAV648V Virologie Anne-Sophie Gosselin &Yannick Simonin
2 HAV610V Bioéthique Stephen Baghdiguian
4 HAV624V Ingénierie moléculaire Nelly Godefroy
6 HAV647V Travaux Pratiques de Biologie Moléculaire Nelly Godefroy & Sébastien Lainé
3 HAV644V STAG Projet ou stage Ians Robbins
Correspondances LMD5/LMD4
HAV623V Infection & Immunité HLBI501
HAV624V Ingénierie Moléculaire HLBI604
HAV640V Projet ou stage HLBI630
HAV647V Travaux Pratiques de Biologie Moléculaire HLBI603
HAV648V Virologie HLBI617
HAV604V Microorganismes Eucaryotes HLB613
Modalités de Contrôle des
Connaissances (MCC)
Une unité d’enseignement (UE) est acquise lorsque sa moyenne est ≥10/20
Une UE qui fait partie d’un semestre acquis par compensation semestrielle est validée, même si la note de l’UE elle- même est inférieure à 10/20.
Les UE acquises ou validées par compensation semestrielle ou annuelle ne peuvent pas être repassées en session2
Dans le cadre d’une évaluation par un examen terminal, les étudiants qui présentent une absence justifiée pourront demander à repasser la session 2 pour ces épreuves
Le jury annuel se réunit en fin d’année universitaire à l’issue des secondes sessions de semestre d’automne et de printemps. Il examine la validation des semestres et de l’année
Donne accès :
• au Master Biologie Santé UM• au Master IMHE (interactions microorganismes hôtes environnement)UM2• autres Masters en France
L3 Microbiologie
Les débouchés en microbiologie :
- en recherche fondamentale ou médicale
- dans l’industrie pharmaceutique
- en l’agroalimentaire,
- le diagnostic,
- le contrôle qualité
- protection de l’environnement
- toutes les applications en Biotechnologies ….
Master BS - Parcours Infection Biology
ResponsablesYannick Simonin (yannick.simonin@umontpellier.fr)Mauld Lamarque (mauld.lamarque@umontpellier.fr)Vincent Foulongne (v-foulongne@chu-montpellier.fr)
Interactions Hôte
Pathogène
Bacteriologie
Virologie ParasitologieThématique• Processus infectieux et agents pathogènes de l’Homme• Interactions hôte pathogène:- Aspects moléculaires et cellulaires- Réponse immunitaire à l’infection
Master BS - Parcours Infection Biology
Enseignements• Cours / TD• Séminaires• Séances thématiques avec analyse d’articles scientifiques et discussions sur des
enjeux actuels de l’infectiologie• Projets tutorés• Stages en laboratoires de recherche
Les Unités d’Enseignement (UEs)
Semestre 7
4 UEs obligatoires = 20 ECTS- HAV719V : recherches actuelles en immunologie- MAM1GTNS: statistiques appliquées à la biologie
- HAV714V : Bases moléculaires des maladies infectieuses- HAV708V: experimental approaches in infection biology (analyse d’articles)
2UEs TC au choix parmi = 10 ECTS- HAV710V: Génomique fonctionnelle- HAV703V: biologie cellulaire- HAV712V: biologie structurale
Semestre 8
2 UEs obligatoire = 10 ECTS- Immunopathologie- TER = analyse article sur le sujet de stage
2 stages obligatoires = 20 ECTS- Stage 1 = 2 mois. En France.- Stage 2 = 2 mois ou plus. En France ou à l’étranger.
Le stage de M2 peut se faire dans lemême labo que le stage de M1
Majoritairement Français Anglais + Français
Semestre 9
4 UEs obligatoires = 20 ECTS. Après le TC- HAV913V: Molecular and cellular bacteriology- HAV914V: Molecular and cellular parasitology- HAV915V: Molecular and cellular virology- HAV907V: Immune responses to pathogens
2 UEs de TC au choix parmi = 10 ECTS- HAV909V: Information génétique, épigénétique…- HAV923V: Signalisation – Méthodes et concepts- HAV901V: Bioinformatics and system biology- HAV919V: Physiopathologie intégrée- HAP918P: Physical biology
Les Unités d’Enseignement (UEs)
Majoritairement anglais Anglais (+ Français?)
Semestre 10
1 UE obligatoire = 10 ECTS- TER = présentation du sujet de stage (biblio + compréhension stage)- Projet de recherche fictif (PRF) = doit correspondre à un sujet de thèse (activité de recherche sur 3 ans)
doit être originaldoit rester dans le cadre de la microbiologievous devez y réfléchir dès le semestre 9 et nous proposer des idées que nous devons valider (fin nov, début déc)
1 stage obligatoire = 20 ECTS≥ 4 mois
Présentation en anglais ou en français
Master BS - Parcours Infection Biology
Pré-requis• Bases fondamentales en biologie moléculaire, biologie cellulaire, microbiologie,
immunologie• Niveau d’anglais B2
Débouchés• Recherche académique• Poursuite d’études en thèse• Secteur privé …
Contacts• Association des étudiants Master Infection Biology• Page LinkedIn: https://fr.linkedin.com/in/master-infection-biology-
mtp?trk=public_profile_browsemap• mauld.lamarque@umontpellier.fr ; yannick.simonin@umontpellier.fr
s
IBION-Tec (Ingénierie
Biomoléculaire et Nanobiotechnologies)
ICOA(Ingénierie pour l'Eco-
Conception des Aliments)
www.bioagro.edu.umontpellier.fr/master-biologie-agrosciences/
Interactions Microorganismes-Hôtes-Environnements
IMHE(Interactions
Microorganismes-Hôtes-Environnements)
4 parcours PLANTES
La formation IMHE vise à approfondir les connaissances sur la diversité desmicroorganismes (procaryotes, eucaryotes et virus) et leurs interactions avecleur(s) hôtes(s) et leur(s) environnement(s) biotique(s) et abiotique(s).
Connaître la diversité microbienne et les techniques d'étude de cette diversité .
Comprendre le fonctionnement des microorganismes et leur implication dansl’histoire évolutive du vivant
Comprendre leurs rôles dans le fonctionnement des écosystèmes (approcheintégrée : aspects moléculaires et cellulaires, populations et communautésmicrobiennes, concept One Health).
Comprendre les facteurs environnementaux qui expliquent la dynamique etl'émergence de microorganismes en tant que pathogènes de l'homme, desanimaux et des plantes.
Connaître les applications possibles de la biomasse microbienne .
Objectifs spécifiques
Initiation à la recherche et à sa démarche.
Maîtrise de la recherche bibliographique et de leur analyse avec un espritscientifique critique, la rédaction de rapports et synthèses, la communication orale.
Respect des règles légales, d’éthique et de déontologie scientifiques liées àl’expérimentation, la publication et l’utilisation de documents, au partage deressources biologiques et au partenariat.
Maîtrise des outils statistiques d'analyses des données.
Maîtrise de l'anglais scientifique à l'écrit et à l'oral.
Acquisition d'expériences professionnelles par la réalisation de 2 stages longs (stagede 4 mois en M1 et de 6 mois en M2).
Objectifs Transversaux
Diversité des organismes microbiens (bactéries, archées, virus, parasites eucaryotes,champignons, micro-algues) et de leurs hôtes (plantes, insectes, mollusques, homme…) et vecteurs.
Diversité des relations : biotiques (symbioses mutualistes, compétition, parasitisme)et abiotiques (sols, eaux)
Diversité des domaines d’applications : Santé humaine et animale, Agronomie,Productions microbiennes, Bioénergies, Biorémédiation, ….
Diversité des intervenants : Universités, L’Institut Agro, INRAe, INSERM, CNRS, CIRAD,IRD, CHU Montpellier et Nîmes, Industriels…
Mots clés : Microorganismes, Microbiologie environnementale, Ecologie microbienne,Microbiotes, (Méta)génomique, Symbioses, Parasitisme, Emergence, Résistance,Adaptations, Valorisations microbiennes...
Modèles d’étude et mots clés
Spécificités et partenaires
2 profils : Recherche fondamentale et R&D (avec un objectif prioritaire de poursuite en doctorat)
Stages longs en M1 (4 mois) et M2 (6 mois)
Co-accréditation Université de Montpellier / L’Institut Agro
Ecole doctorale GAIA
Réseau IMH (Interactions Microorganismes-Hôtes)
Partenaires : Plus de 40 laboratoires nationaux et internationaux (INRAe, CNRS, IRD, Cirad, INSERM, Ifremer…), CHU et entreprises privées.
Insertion professionnelle
Métiers et Insertion professionnelle :
Enseignants-chercheurs, chercheurs et ingénieurs,
Cadres R&D (protection des plantes, agro-alimentaires, biotechnologie microbienne pour la médecine, la pharmacie, l’agronomie ou l’aquaculture), Assurance qualité
Devenir des diplômés : Suivi individuel (mail et rencontre annuelle entre M2 et anciens IMHE) Suivi global OVE
Experts et chargés de mission (ex : valorisation biomasse microbienne).
Statut en dec 2020 Statut en sept 2021
Hélène Marchandin(Pharma)
Responsable MasterAnne-Sophie Gosselin
Responsables M1 Responsables M2
Marie-Hélène Boyer(FdS)
Pierre Czernic(FdS)
Rutger De Wit(CNRS)
Mylène Ogliastro(INRAE)
Brigitte Brunel(L’Institu Agro)
L’équipe pédagogique
Sabine Galindo (Polytech)Estelle Grousseau (FdS)Ruth Pevsner (Anglais)
Caroline Addis (Anglais)
Collaborateurs associés:Jean-Christophe Avarre (IRD)
Anna-Sophie Fiston-Lavier (Bioinfo)Didier Tousch
Stéphane Blanc (INRAE)François Boutin (Stats)
Corinne Teyssier(Pharma)
Anne-Sophie Gosselin(FdS)
Alain Givaudan(INRAE)
Alyssa Carré-Mlouka(FdS)
Organisation des enseignements M1S1 (30 ECTS)
TRONC COMMUN (21 ECTS)
Ecologie microbienne (CM, TD, TP) (6 ECTS)
Emergences Résistances Adaptations (3 ECTS)
Immunité et génétiques des interactions microorganismes-hôtes (2 ECTS)
Biostatistique avec R (5 ECTS)
Anglais scientifique (5 ECTS)
Molecular basis of infectious diseases (BS)Microbiologie et toxicologie alimentaires et
environnementales 1 et 2
Phylogénie et évolution (B2E)
Profil 1 : Recherche fondamentale
Eléments de pathologie végétale
Profil 2 : R&D
Interactions symbiotiques et parasitaires (B2E)
1 UE parmi :
+ 1 UE parmi :
Eléments de pathologie végétale
1 UE obligatoire (6 ECTS):
Phytochimie et valorisation des biomolécules
+ 1 UE parmi
Phylogénie et évolution (B2E)
MicrobiEAU (3ECTS) MicrobiEAU
Bioénergies (mutualisé avec Master ENERGIE)
1 UE parmi
Management de projets
Pollutions agro-environnementales
TRONC COMMUN (27 ECTS)
Ecologie microbienne moléculaire 1 (CM, TD, TP) (3 ECTS)
Ecologie microbienne moléculaire 2 (TP) (2 ECTS) mutualisé avec Master BioInfo
Bioinformatics Learning Lab (Bioinfo) (2 ECTS) mutualisé avec Master BioInfo
Préparation au stage et insertion professionnelle (2 ECTS) réalisé au S1
Stage 4 mois (18 ECTS)
Organisation des enseignements M1S2 (30 ECTS)
Profil 1 : Recherche fondamentale Profil 2 : R&D
Virologie Virologie
2 UE parmi :
Ecole thématique
Bioproduction et valo biodiversité microbienne
2 UE parmi :
Gestion de projets
Profil 1 : Recherche fondamentale Profil 2 : R&D
Interactions et signalisations
Bioproduction et valo biodiversité microbienne
Molecular and cellular bacteriology (BS) (6 ECTS)
TRONC COMMUN (24 ECTS)
Interactions des microorganismes avec les hôtes (6 ECTS)
Rôles des microorganismes dans les écosystèmes (6 ECTS)
Synthèse et analyse critique d’articles scientifiques (6 ECTS)
Projet de recherche (3 ECTS)
Anglais (3 ECTS)
Organisation des enseignements M2S3 (30 ECTS)
Stage en laboratoire 6 mois (27 ECTS) Stage en entreprise 5 mois (25 ECTS)
Organisation des enseignements M2S4 (30 ECTS)
Profil 1 : Recherche fondamentale Profil 2 : R&D
Réseaux et projet professionnels (3 ECTS)Création et montage de projets R&D
(5 ECTS)
+ rencontre annuelle avec les anciens IMHE
BILL : BioInformatics Learning LabProjets collaboratifs
Analyse Bioinformatique des données de
séquençage
Séquençage ADN
Échantillonnageterrain /
Expérimentations labo
Val
ori
sati
on
Extraction ADN Préparation des
banques
Projets en cours :
• Projet 1 : Evolution virale et saut d’espèce (herpesvirusde poisson) en collaboration avec les M1 Bioinfo(séquençage haut débit).
• Projet 2 : Analyse de la diversité microbienne du sol , d’échantillons d’eau ou de produits fermentés (barcoding 16S).
• Projet 3 : Cyanobactéries et toxines.
Dans le cadre des UEs Ecologie microbienne et Ecologie microbienne moléculaire de M1
BILL : BioInformatics Learning Lab
2020-2021
Séquençage MinION (en salle de TP)
Analyses bioinfo en salle BILL
Extraction et banques d’ADN
Séquençage ADN
Short-reads(Illumina)
ÉchantillonnageTerrain
Extraction ADN Préparation des
banques
Analyse Bioinformatique des données de
séquençage
Val
ori
sati
on
BILL : BioInformatics Learning Lab
Publications
BILL : BioInformatics Learning Lab
Posters présentés en congrès
https://theconversation.com/le-saut-despece-quand-un-virus-animal-engendre-lemergence-dune-maladie-humaine-136204
Article écrit avec les M1 IMHE promo 2019-2020
PAGE WEB du master IMHE
https://bioagro.edu.umontpellier.fr/master-biologie-agrosciences/interactions-microorg-hotes/
https://www.linkedin.com/groups/7454079/
Association étudiante IMHEmail : asso.milesim@gmail.com
asso_milesim
Master MEEF 2nd degréBiotechnologies
option Biochimie Génie Biologique
• Responsable : Pascal Chillet (pascal.chillet@umontpellier.fr)
• Ce parcours s’adresse aux étudiants qui se destinent à devenir Professeur Certifié de Biotechnologies-Biochimie-Génie biologique :
– en lycée dans les séries STL et ST2S,
– en BTS de Biologie appliquée,
– et en IUT de Génie biologique.
• Toutes les informations concernant les conditions d’accès en M1 et les conditions d’inscription au concours sont sur le site http://capetbio.edu.umontpellier.fr/
• Le parcours en M1 comprend :
• des enseignements disciplinaires : biochimie, génétique moléculaire, microbiologie, physiologie humaine, biologie cellulaire, immunologie, technologie, génie biologique,
• des travaux pratiques : microbiologie, culture cellulaire, hématologie, immunologie, biochimie, biologie moléculaire, enzymologie,
• des enseignements de pédagogie et de didactique,
• un stage d’un mois en lycée général et technologique.
• Le concours du CAPET est passé à l’issu de l’année de M2.
Master MEEF 2nd degréBiotechnologies
option Biochimie Génie Biologique
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