genetica 2014 parte ii: herencia teórica 3. tamaño del genoma el contenido de adn es designado con...

GENETICA2014

PARTE II: HERENCIATeórica 3

Tamaño del genoma

• El contenido de ADN es designado con la letra C• El número de cromosomas es designado con la letra n

VARIACIÓN DEL TAMAÑO DEL GENOMA DENTRO DE GRUPOS de ESPECIES

VARIACIÓN DE Tamaño DEL GENOMA ENTRE ESPECIES CON FENOTIPOS SEMEJANTES

Valor C, n y mitosis

Valor C, n y meiosis

Del Tamaño del genoma pasamos a MARKERS especificos que permiten IDENTIFICAR a un genoma

Regiones INTERGÉNICAS repetitivas en el ADN

Nomenclatura:

MINISATELITES: VNTR

MICROSATELITES: STR

DISPERSOS: LINES y SINES

En tandem

Short (100 nt)Long (6000 nt)

VNTR EN HUMANOS: la huella genética

Problema: si individuo 2 es la madre e individuo 5 es el hijo:Cuales pueden ser los padres?

VNTR: QUIEN ES EL ASESINO?

VNTR: QUIEN ES EL PADRE/QUIEN ES EL HIJO?

PARA IDENTIFICAR LAS DIFERENTES SECUENCIAS SATELITE A NIVEL CROMOSOMICO, SE UTILIZAN

DISTINTAS TECNICAS DE TINCION :BANDEO G, BANDEO C, FISH

BANDEO C

FISH Y CHROMOSOME PAINTING

Marker no repetitivos : SNPs: la forma mas comun de variacion en el genoma (> 1%)

•1:1000 pb es un SNP•Sinonimos o no-sinonimos

WHOLE GENOME WIDE ASSOCIATION STUDIES: GWAS

Comparan el ADN de 2 grupos: individuos con una enfermedad (casos) e individuos similares sin la enfermedad (controles). En una muestra de ADN de cada individuo, millones de variantes genicas (SNPs) son analizadas. Si una de las variantes esta presente con mayor frecuencia en el grupo de individuos con la enfermedad, el SNP se considera “asociado” con el rasgo patologico.

A partir de aca el SNP se considera que “marca” una region del genoma humano con influencia sobre el riesgo a padecer esa enfermedad.

El llamado “effect size” es la fuerza de asociacion entre el SNP y el rasgo fenotipico.

En contraste con estudios que analizan especificamente un numero acotado de regiones genomicas, los estudios GWAS analizan el genoma entero. El estudio se considera por ende “non-candidate-driven” en contraste con los estudios “gene-specific-candidate driven”

ASSOCIATION STUDIES

Para estudiar la herencia (cómo se transmite el material genético de una generación a la siguiente), los marcadores repetitivos (VNTR, STR, Alu, ) y los marcadores no repetitivos (SNPs) son útiles.

Por qué estos estudios parecieran haber resultados menos informativos de lo

esperado?

Que paso con la HEREDABILIDAD esperada?

Algunos posibles errores de diseño de los estudios de asociación

Tamaño de la muestraCantidad de SNPs incluidos

Elección de la poblacion “control”Elección de poblaciones europeas

Algunos error conceptuales

Sobrestimar la simplicidad del genomaSubestimar el rol de la interacción genoma-medio

Subestimar la selección naturalSubestimar la interacción génica

Subestimar otras alteraciones: CNV!