ecología molecular – tp 7

Poblaciones estructuradas, flujo génico & sistemas de reproducción

Ecología Molecular – TP 6

Estudio de caso N°1:

Estimación del número de padres en el erizo incubante Abatus agassizii

Claudia Maturana

GERUD 2.0

1

2: Abrir archivo: Frec_adultos.txt

1

Abrir archivo: Madre2.txt

Antes de apretar aquí, los datos deben estar correctamente alineados.1

1

2

Ordenar por likelihood

Estudio de caso N°2:

Relaciones de parentesco en poblaciones de Guanaco

Muestreo invasivo

Para este estudio:

- 1 población- 40 individuos, 20 machos + 20 hembras- 17 microsatélites

Open guanaco.txt

1

1

¿CONCLUSIONES?

Estudio de caso N°3:

Polinización de Voluptuosa labilis y su efecto sobre la estructura genética

Vive en parches aislados, de 300 a 3500 m de altura

400 m

3000 m

Polinización

La próxima vez, simularé los datos

20 km20 km

20 km

1

23

4 400 m

3000 m

4 muestras de 50 individuos

10 loci, microsatélites

Abrir archivo: Voluptuosa.gtx

Paso 1: Fis en cada población

Análisis en detalle

Locus por locus¿Conclusiones?

¿Cómo interpretar un Fis estadísticamente significativo?

• Sistema de reproducción• Efecto Wahlund• Selección• Alelos nulos

s

sFis

2

is

is

F

Fs

1

2

S: tasa de autofertilización

Población Fis s

1

2

3

4

s

sFis

2

is

is

F

Fs

1

2

S: tasa de autofertilización

Población Fis s

1 0,544 0,70

2 0,598 0,75

3 0,177 0,3

4 0,173 0,29

Primer resultado del estudio

El cambio en el agente polinizador está asociado a una diferencia en la tasa de auto fertilización.

¿Interpretación?

Terreno!!!

Paso 2: AFC 3D

Paso 3: Fst global y permutaciones

Paso 4: Fst por pares y permutaciones

Paso 5: Modelo de diferenciación

Resultados

R2 = 0,2453

0

0,05

0,1

0,15

0,2

0,25

0,3

19 21 23 25 27 29

Km

Fst

Conclusiones e interpretación

Mariposa = dispersion = flujo genico

outcrossing

3 años más tarde…

?

Estudio de caso N°4:

El caracol curador

4 muestras de 400 individuos

10 loci, izoenzymas

2

3 Isla

1

20 km

Abrir archivo: caracol.gtx

Paso 1: Fis en cada población

Análisis en detalle locus por locus

¿Conclusiones?

¿Ideas?

2

3 Isla

1

2

3 Isla

1a1b

Abrir archivo: caracol2.gtx

Paso 1: Fis en cada población

Paso 2: AFC 3D sobre poblaciones

Otra especie

Abrir archivo: caracolcont.gtx

Paso 2: AFC 3D sobre poblaciones

Paso 3: Fst global y permutaciones

Paso 4: Fst por pares y permutaciones

Paso 5: Modelo de diferenciación

Resultados

R2 = 0,1756

0,06

0,08

0,1

0,12

0,14

0,16

0,18

0 10 20 30 40

km

Fst

/1-F

st

R2 = 0,7082

R2 = 0,583

0,06

0,08

0,1

0,12

0,14

0,16

0,18

0 10 20 30 40

km

Fst

/1-F

st1a otros

Conclusiones e interpretación