capÍtulo 4. fuentes de datos en antropogenÉtica bases de datos del genoma humano

CAPÍTULO 4. FUENTES DE DATOS ENCAPÍTULO 4. FUENTES DE DATOS ENANTROPOGENÉTICAANTROPOGENÉTICA

Bases de datos del Genoma Humano. Bases de datos del Genoma Humano. Bases de datos de frecuencias y secuencias. Bases de datos de frecuencias y secuencias. Datos lingüísticos, arqueológicos y paleontológicos.Datos lingüísticos, arqueológicos y paleontológicos.

Bases de datos del Genoma humanoBases de datos del Genoma humano

La mayor parte de la información acerca de genomas que es interesante en Antropogenética, se encuentra en la página del NCBI (National Center for Biotechnology Information), (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) incluyendo:

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GenBank.Para cualquier región del genoma, bibliografía, secuencias, SNPs asociados, primers, algunas frecuencias

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Database of Short Genetic Variations (dbSNP).La base de datos de SNPs, donde podemos encontrar bibliografía, mapas, secuencias, etc.

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UniSTS. En esta sección se puede encontrar información sobre microsatélites: posición, cebadores PCR, bibliografía.

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Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM). Información exahustiva sobre todas las enfermedades con un origen genético.

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Base de datos de Genotipos y Fenotipos. Podemos encontrar genes, SNPs asociados y trabajos con resultados significativos para un gran número de caracteres, patológicos o no.

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Hay diferentes secciones en función de los tejidos, órganos, etc.

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Database of Major Histocompatibility Complex (dbMHC). Información de diversa índole sobre el Complejo Mayor de Histocompatibilidad.

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PubMed. Para una búsqueda exahustiva de bibliografía en revistas con índice de impacto. Si el manuscrito es accesible, aparece un enlace a la revista.

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NCBI - Bookshelf. Ediciones electrónicas de algunos libros interesantes.

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BLAST. Busca secuencias determinadas en el genoma humano o de chimpancé, entre otros.

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También permite diseñar cebadores para una secuencia concreta.

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HapMap (http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/).La base de datos HapMap surgió de un consorcio de varios centros de investigación de varios países.Se encuentran almacenadas los genotipos de una gran cantidad de SNPs de más de 1000 individuos de diferentes continentes, así como algunas informaciones complementarias.

* Population is made of family trios

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1000 genomes(http://www.1000genomes.org/).La base de datos 1000 genomas incluye la secuencia completa de todos los SNPs de más de 1000 individuos de diferentes continentes.

Bases de datos de frecuencias y secuenciasBases de datos de frecuencias y secuencias

ALFRED, ALlele FREquency Database (http://alfred.med.yale.edu/alfred/)Incluye frecuencias de alelos de genes, SNPs, inserciones Alu, STRs, etc. para un gran número de poblaciones

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YHRD, Y Chromosome Haplotype Reference Database (http://www.yhrd.org/)Base de datos de STRs y SNPs del cromosoma Y

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MITOMAP A human mitochondrial genome database (http://www.mitomap.org/)Base de datos sobre el ADNmt. Incluye la secuencia consenso, mutaciones específicas de continentes, frecuencias por subcontinentes, referencias y enlaces a la base de datos de las secuencias completas individuales del NCBI.

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Pueden conseguirse secuencias individuales completas de ADNmt a través del NCBI

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STR Data Base. Short Tandem Repeat DNA Internet DataBase (http://www.cstl.nist.gov/div831/strbase/index.htm)Información exahustiva sobre los STRs del sistema CODIS principalmente, con primers, bibliografía y varias fuentes de frecuencias. También hay algunos programas útiles.

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Frecuencias HLA. (http://www.allelefrequencies.net/)Frecuencias alélicas y haplotípicas de genes HLA

Datos lingüísticos, arqueológicos y paleontológicosDatos lingüísticos, arqueológicos y paleontológicos

Ethnologue. (http://www.ethnologue.com/)(http://www.ethnologue.com/)Base de datos con todos los idiomas del mundo, incluyendo su distribución y clasificación.

Datos lingüísticos, arqueológicos y paleontológicosDatos lingüísticos, arqueológicos y paleontológicos

Wikipedia. Lista de grupos étnicos. http://en.wikipedia.org/wiki/Lists_of_ethnic_groups

Datos lingüísticos, arqueológicos y paleontológicosDatos lingüísticos, arqueológicos y paleontológicos

La base de datos de Howells tiene medidas craneales de poblaciones de todo el mundo. http://konig.la.utk.edu/howells.htm

Datos lingüísticos, arqueológicos y paleontológicosDatos lingüísticos, arqueológicos y paleontológicos

ADAM. Base de datos de medidas osteológicas de diferentes yacimientos. http://anthro.unige.ch/lap/paleo/ADAM/Recopila una gran cantidad de datos de los yacimientos y medidas de los restos en excavaciones arqueológicas de diferente antigüedad.