bioinformÁtica: interfaz web para mostrar que relaciones mantienen los genes al expresarse. alberto...

BIOINFORMÁTICA: INTERFAZ WEB PARA MOSTRAR QUE RELACIONES MANTIENEN LOS GENES AL

EXPRESARSE.

Alberto Medrano Nájera

Tutores: Mario Huerta Jordi Gonzàlez

ÍNDICE

1. Introduccion.2. Estado del arte.3. Objetivos.4. Funcionalidades Implementadas

1. Asignacion dinamica de URL.2. Cambio de directorio de trabajo.3. Preproceso Local de los datos.4. Interfaz de colorear relaciones de expresion.

5. Conclusiones.6. Future Works.

1- INTRODUCCIÓN

Microarrays y relaciones de expresión entre Genes

1- INTRODUCCIÓNRELACIONES DE EXPRESION:

Relación de Expresión “Switch”.

2- ESTADO DEL ARTEPCOP theoretical definition Delicado, P.(2001) Another look at principal curves and surfaces. Journal of Multivariate Analysis, 77, 84-116 .

PCOP theoretical and computational Improvements Delicado, P. and Huerta, M. Computational Statistics 18, 293-315.

Applied Pattern analysis, clustering and classification based on PCOP Cedano J, Huerta M, Estrada I, Ballllosera F, Conchillo O, Delicado P, Querol E Comput Biol Med. 37:1672-1675.

Navigation trhough lineal and non-lineal gene-expression relationships Huerta M, Cedano J, Querol E. (2008) J Bioinform Comput Biol. 6:367-386.

Navigation trhough non continuous gene-expression relationships Cedano J, Huerta M, Querol E. Advances in Bioinformatics, vol. 2008

Summaries and tutorials on expression-analysis based on PCOP NCR-PCOPGene ( web-application server for continuous and non-continuous expression-relationships analysis)

• Calcular dinámicamente las URL de la aplicación web.

• Implementar la funcionalidad de cambio de directorio de trabajo de la aplicación web.

• Generar una interficie gráfica sobre una aplicación web existente. Que posibilite el estudio de las relaciones de expresión de los genes de un microarray.

3- OBJETIVOS

4- IMPLEMENTACIÓNCalculo dinámico de las URL.

-Se calcula dinámicamente la URL del directorio base en el que se ejecuta el Applet.

-La estructura de directorios de la aplicación web debe mantenerse.

4- IMPLEMENTACIÓNCambio de directorio de trabajo: Descripción

4- IMPLEMENTACIÓNCambio de directorio de trabajo: Soluciones posibles.

Solución Final adoptada: Query a través de archivo PHP.

4- IMPLEMENTACIÓNInterface para mostrar relaciones de expresión entre genes.

4- IMPLEMENTACIÓNInterface para mostrar relaciones de expresión entre genes.

PREPROCESO LOCAL

-Se realiza dentro de la aplicación web.

-El grafo debe estar generado antes de aplicarse.

4- IMPLEMENTACIÓNInterface para mostrar relaciones de expresión entre genes: Diseño

• Máxima sencillez.

• Referencia visual rápida.

• Mínimo tamaño de iconos

4- IMPLEMENTACIÓNInterface para mostrar relaciones de expresión entre genes: Efecto sobre el

Grafo

4- IMPLEMENTACIÓNInterface para mostrar relaciones de expresión entre genes: Colores Utilizados

Colores Degradables Colores Vivos

Uso con Correlaciones bajas.

( Relaciones de expresión fuertes )

Uso con correlaciones elevadas.

(Relaciones de expresión débiles)

5- CONCLUSIONES

• Se han cumplido los objetivos de las tres partes del proyecto.

•El rendimiento de la aplicación web permite aplicar cambios en tiempo real.

• Exploradas otras áreas del mundo de la BioInformática y la BioMedicina.

• Implementación de un interface para mostrar clusters de Genes con relaciones de expresión.

• Migración del interface web a la versión 2.0 de la librería Java de gestión de grafos.

6- FUTURE WORKS

• Muchas gracias por la atención.