biodiversidad microbiana en la cueva de altamira curie research training/14... · 2014-02-18 ·...
Post on 07-Apr-2020
4 Views
Preview:
TRANSCRIPT
•1
Seminario de Guadalupe, diciembre 2004Seminario de Guadalupe, diciembre 2004Las Humanidades y el Patrimonio Cultural: Los Monumentos y la MeLas Humanidades y el Patrimonio Cultural: Los Monumentos y la Memoriamoria
CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS
Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Mª del Carmen Portillo GuisadoInstituto de Recursos Naturales y Agrobiología de Sevilla
Consejo Superior de Investigaciones CientíficasSevilla
Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Introducción
Objetivos
Materiales y Métodos
Métodos para el estudio microbiológico
Comparaciones de perfiles moleculares
Resultados
Conclusiones
•2
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Introducción Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
La cueva de Altamira se encuentra en Cantabria
Descubierta en 1868 por Modesto Cubillas
Marcelino Sanz de Sautuola en 1879 descubre las pinturas
Introducción
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Introducción Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
La cueva de Altamira tiene unos 250 m de longitud
Se ha dividido en distintassalas
La sala con mayor concentración de pinturas esla Sala de los Polícromos
El animal más representadoes el bisonte
Entrada Actual
Sala de Polícromos
Cocina
Sala de los Muros
Gran Sala
Sala del Pozo
Cola de Caballo
Sala de la Hoya
10 20mt0 5
•3
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Introducción Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
La cueva de Altamira posee pinturas paleolíticas de 14000 ± 500 años. La conservación de estaspinturas es muy importante.
Presumiblemente, lasvisitas masivas son el factor desencadenante del deterioro progresivo quesufre este ambientehipogeo.
En la actualidad la cueva se encuentra cerrada al público desde 2002.
Estudio multidisciplinar: arqueología, geología, microclima, hidrogeoquímica, microbiología,
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Introducción Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Los microorganismos puedendesarrollarse en cualquier habitat del planeta, natural o artificial.
Las acciones de los microorganismos puedentraducirse en una alteración del sustrato en el que desarrollan quepuede dar lugar su deterioro.
Importancia de conocer los componentes de un ecosistemapara determinar el papel quedesempeña cada uno y el funcionamiento global.
Colonizaciones blancas
•4
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Introducción Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
EjemplosColonizaciones verdes
Colonizaciones amarillas y grises
“Leopard spots”
“Moonmilk”
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Objetivos Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Objetivos
Análisis de las comunidades microbianas que se desarrollanen la Cueva de Altamira.
Determinar los microorganismos más representativos en lasprincipales colonizaciones observadas.
Análisis en profundidad de grupos específicos y sudistribución en la cueva.
Análisis global de la diversidad microbiana en la Cueva de Altamira
•5
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Materiales y Métodos Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Análisis de las comunidadesmicrobianas
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Materiales y Métodos Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Análisis de las comunidadesmicrobianas
Materiales y Métodos
Métodos tradicionales
Basados en cultivo
Métodos moleculares
Basados en ácidos nucleicos(ADN y ARN)
•6
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Materiales y Métodos Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
MuestraExtracción
ADN ARNAmplificación PCR o MDA
ADN amplificado ADNc
DGGE ClonaciónSelección
Secuenciación
Búsqueda de homólogos
Perfil de la comunidad e identificación demicroorganismos
Cultivos
Trascripción inversa
microorganismospresentes
microorganismosmetabólicamente
activos
Comparación deperfiles
Estimación deabundancia
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Resultados
1. Determinación de los grupos de microorganismos más representativos en las principales colonizaciones y otras muestras.
2. Detección de grupos de microorganismos que no habían sido detectados en la Cueva de Altamira ni en otras cuevas con pinturas rupestres.
3. Análisis de grupos específicos de microorganismos en la Cueva de Altamira.
4. Determinación de los microorganismos presentes y los que están metabólicamente activos en las muestras analizadas.
5. Análisis global de la diversidad microbiana en la Cueva de Altamira
•7
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
1. Determinación de los grupos de microorganismos más representativos en las principales colonizaciones y otras muestras
Colonizaciones blancasColonizaciones amarillasColonizaciones grisesDepósitos “moonmilk”
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Colonizaciones blancasADN
5967
156
210221
269
364
408425
438493514538556573587
612624638
684740778
720
304
129
315350
378
463
694
664
877891
672
597
11891
176
256
409446
473486511
560574
588614638
739
780
721
327
130
348
465
692664
860891
Cyanobacteria (90%)*
Escherichia (Gamma-Proteobacteria) (98%) *
Actinobacteria (99%) *
Pseudonocardia (Actinobacteria) (92%)
Escherichia (Gamma-Proteobacteria) (98%)*
Sphingomonas (Alpha-Proteobacteria) (94%)
Actinobacteria (89%) *
Chondromyces (Delta-Proteobacteria) (92%)
Chondromyces (Delta-Proteobacteria) (97%) *Rhodothermus (Bacteroidetes) (92%) *
Microbacterium (Actinobacteria) (91%)
Chondromyces (Delta-Proteobacteria) (97%) *Firmicutes (99%) *
Planctomycetes (91%)*
Planctomycetes (93%)*Rhodobacter (Alpha-Proteobacteria) (90%)*
Planctomycetes (97%)
Plactomycetes (93%) Pseudonocardia (Actinobacteria) (98%)
Plactomycetes (91%)
Cyanobacteria (89%) *
Pseudomonas (Gamma-Proteobacteria) (99%)*
Rhodothermus (Bacteroidetes) (92%)*
Sphingomonas (Alpha-Proteobacteria) (94%)*
Methylocaldus (Gamma-Proteobacteria) (92%) Pseudonocardia (Actinobacteria) (92%)
Escherichia (Gamma-Proteobacteria) (97%)
Beta-Proteobacteria (94%)
Gordonia (Actinobacteria) (97%)
Actinobacteria (98%)
Acidobacteria (99%) *
Methylobacterium (Alpha-Proteobacteria) (93%) *
Sphingomonas (Alpha-Proteobacteria) (94%)
ARN
•8
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
A
B
Alpha-ProteobacteriaBeta-ProteobacteriaGamma-ProteobacteriaDelta-ProteobacteriaActinobacteriaFirmicutesPlanctomycetesAcidobacteriaVerrucomicrobiaBacteroidetesCyanobacteriaCloroplastosChloroflexiSPAM
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Colonizaciones blancas
ADN
ARN
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
6887
320308
231257
348375
408425456
491518
553 568596 609
632650682706737756
779784803
877
935
286
129
ARN
386
470504
813
6885
155
206232258
335375406424459491519543555570
576 598611633648 683695708 740
759776
787807833865
935
284
Lysobacter (Gamma-Proteobacteria) (92%) * Delta-Proteobacteria (90%) *
Ectothiorhodospiraceae (Gamma-Proteobacteria) (91%) *
Gamma-Proteobacteria (98%) *Acidobacteria (94%) *
Desulfovibrio (Delta-Proteobacteria) (90%) *Actinobacteria (98%)*
Gamma-Proteobacteria (98%)*
Acidobacteria (98%) * Pseudomonas (Gamma-Proteobacteria) (100%)
Gamma-Proteobacteria (98%) *
Delta-Proteobacteria (98%) *
Gamma-Proteobacteria (93%) *
Beta-Proteobacteria (91%)
Beta-Proteobacteria (93-95%)
Delta-Proteobacteria (98%)*
Pseudomonas (Gamma-Proteobacteria) (100%) Microbacterium (Actinobacteria) (92%)
Acidobacteria (97%)
Nitrospirae (97%) *
Sphyngomonas (Alpha-Proteobacteria) (100%) *Hyphomicrobiaceae (Alpha-Proteobacteria) (94%)*
Gamma-Proteobacteria (94%)
Delta-Proteobacteria (90%)Nostocoida (Actinobacteria) (97%)
Pseudonocardia (Actinobacteria) (98%)
Actinobispora (Actinobacteria) (94%)*
Acidobacteria (91%)*
Pseudomonas (Gamma-Proteobacteria) (98%) *
Beta-Proteobacteria (97%)* Streptococcus (Firmicutes) (99%) *
Actinobacteria (95%)
ADN
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Colonizaciones amarillas
•9
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Colonizaciones amarillas
Alpha-ProteobacteriaBeta-ProteobacteriaGamma-ProteobacteriaDelta-PproteobacteriaActinobacteriaFirmicutesAcidobacteriaNitrospiraeGemmatimonadetes
ARN
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
ARN
127
295
347
461492
570
612
744733
756
235
281
384
937
653633
409
586
322
445
522
686
761780
838860
824
307
874
123
207185
264
321
349
436
461490
570544
606
747732
770
251
151
299
384
939
665635
407
105
586
332
450
56
511527
6688
673
798808
953
850883
833824
Pseudomonas (Gamma-Proteobacteria) (99%)
Pseudonocardia (Actinobacteria) (94%)
Enterobacteraceae (Gamma-Proteobacteria) (99%)
Enterobacteraceae (Gamma-Proteobacteria) (98%)
Gamma-Proteobacteria (98%)*
Alpha-Proteobacteria (98%)* Thauera (Beta-Proteobacteria) (96%)*
Myxococcus (Delta-Proteobacteria) (98%)* Delta-Proteobacteria (100%) *
Acidobacteria (93%) *Acidobacteria (97%)*
Pseudonocardia (Actinobacteria) (94%)Acidobacteria (97%) *
Beta-Proteobacteria (93%)
Beta-Proteobacteria (89%)
Pseudomonas (Gamma-Proteobacteria) (98%)*
Delta-Proteobacteria (90%) *Gamma-Proteobacteria (98%) *
Enterobacteaceae (Gamma-Proteobacteria) (99%)
Acidobacteria (94%) *
Beta-Proteobacteria (95%)
Alpha-Proteobacteria (95%)
ADN
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Colonizaciones grises
•10
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
A
B
Alpha-ProteobacteriaBeta-ProteobacteriaGamma-ProteobacteriaDelta-ProteobacteriaActinobacteriaAcidobacteria
β
A
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Colonizaciones grises
ADN
ARN
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
127
237
323347
385
539
757744
800
409
587
636665676
718696
790
821
854
Methylobacterium (Alpha-Proteobacteria) (94%)
Sphingomonas (Alpha-Proteobacteria) (96%)
Hyphomicrobium (Alpha-Proteobacteria) (90%)
Bdellovibrio (Delta-Proteobacteria) (98%)
Methylobacterium (Alpha-Proteobacteria) (98%)
Taxeobacter (Bacteroidetes) (87%)
Hydrogenophaga (Beta-Proteobacteria) (93%)
Pseudomonas (Gamma-Proteobacteria) (97%)
Verrucomicrobia (97%)
Hydrogenophilus (Beta-Proteobacteria) (98-99%)
Herbaspirillum (Beta-Proteobacteria) (97%)
Propionibacterium (Actinobacteria) (99%)
Moraxella (Gamma-Proteobacteria) (99%)
Acinetobacter (Alpha-Proteobacteria) (99%)
Synechocystis (Cyanobacteria) (99%)
Staphylococcus (Firmicutes) (99%)
Tsukamurella (Actinobacteria) (99%)
Streptococcus (Firmicutes) (98%))
Enterococcus (Firmicutes) (96%)
Propionibacterium (Actinobacteria) (99%)
Aquabacterium (Beta-Proteobacteria) (98%)
Gamma-Proteobacteria (98%)
Gamma-Proteobacteria (98%)
Moraxella (Gamma-Proteobacteria) (99%)
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Depósitos de “moonmilk”
•11
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
A
B
αβγδAFPAVBCCSTTO
Alpha-ProteobacteriaBeta-Proteobacteria
Delta-ProteobacteriaGamma-Proteobacteria
ActinobacteriaFirmicutesPlanctomycetesAcidobacteria
BacteroidetesVerrucomicrobia
ChloroflexiSPAMTM8
Cloroplastos
OP1TM6
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Depósitos de “moonmilk”
ADN
ARN
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
2. Detección de grupos de microorganismos que no habían sido detectados en la Cueva de Altamira ni en otras cuevas con pinturas rupestres.
CrenarchaeotaFusobacteriaNitrospiraeVerrucomicrobiaGemmatimonadetes
•12
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Grupos bacterianos detectados
Acidobacteria: sólo tres especies descritas , aunque muchas subdivisiones determinadas por secuencias consegudas de muestras ambientales.
Actinobacteria (Propionibacterium y Pseudonocardia): formación de esporasen suelos participan en la descomposición de materia orgánica, algunos pueden fijar N2 atmosférico y otros producen metabolitos secundarios que han servido para la producción de antibióticos.
Bacteroidetes (Flavobacterium): aeróbico y heterótrofo en ambientes terrestres o acuáticos
Chloroflexi: frecuentes componentes de “films” microbianos y ambientes acuáticos. Algunos fototrofos y poseen morfología filamentosa y pigmentos (bacterioclorofila d)
Firmicutes (Bacillus, Clostridium y Paenibacillus): formación de esporas
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Grupos bacterianos detectados
Nitrospirae: quimioorganotrofos aerobios, oxidan nitrito a nitrato.
Planctomycetes: la mayoría conocidos a través de secuencias, carecen de pared de Peptidoglicano, reproducción por gemación e implicados en el ciclo del Nitrógeno (oxidación anaeróbica del amonio).
Proteobacteria: todos los tipos de metabolismos (Pseudomonas y Escherichia) normalmente aerobios y heterótrofos, aunque Escherichia puede ser anaerobio facultativo.
Verrucomicrobia: aerobios estrictos, heterótrofos y anaerobios o endosimbiontesde nematodos.
Otros grupos detectados: microorganismos fototrofos (cianobacterias y microalgasunicelulares) y euciarotas heterótrofos (hongos).
•13
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
3. Análisis de grupos específicos de microorganismos en la Cueva de Altamira
Bacterias Reductoras de Sulfato (SRB)Crenarchaeota de baja temperatura
• Ninguno ha sido detectado en estudios previos
• SRB y Crenarchaeota suelen ser abundantes en suelos
• SRB pueden ser originar efectos negativos en las pinturas
• De las Crenarchaeota no se conoce su metabolismo
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Bacterias Reductoras de Sulfato (SRB)
Anaerobias estrictasMetabolismo: Reducción de sulfatos produciendo sulfurosUtilizan una amplia gama de sustratos orgánicos de bajo peso molecularSulfatos son abundantes en suelosPosibles efectos negativos de las SRB:
- Alcalinización- Sulfuros metálicos- Precipitación de carbonatos
Importancia de su metabolismo, ecología, actividad corrosiva y producción de H2S.
•14
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
A BDesulfovibrio vulgaris (98%)
Desulfomicrobium (90%)
Desulfomicrobium hypogeium (97%)
Desulfovibrio (99%)Desulfomicrobium hypogeium (97%)Desulfovibrio (96%)Desulfovibrio desulfuricans (99%)Desulfovibrio desulfuricans (96%)Desulfomicrobium (98%)Desulfomicrobium hypogeium (99%)Desulfomicrobium hypogeium (93%)Desulfomicrobium hypogeium (98%)Anaeromyxobacter (98%)
Desulfomicrobium (99%)Desulfomicrobium escanbiense (98%)Desulfovibrio vulgaris (98%)Desulfovibrio (92%)Desulfovibrio vulgaris (97%)Desulfovibrio vulgaris (94%)Desulfovibrio vulgaris (98%)Desulfovibrio vulgaris (98%)Desulfovibrio vulgaris (98%)
Desulfovibrio vulgaris (98%)Desulfovibrio vulgaris (98%)Desulfovibrio vulgaris (98%)
Desulfomicrobium hypogeium (98%)
Desulfovibrio vulgaris (98%)1 3
2003 2004 2003 2004
2 1 32
Identificación de las bandas que se han asignado a bacteriasreductoras de sulfato en perfiles moleculares de muestras de suelo
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
AY960257, clon 875, cueva de AltamiraOTU1, cueva de Altamira
OTU2, cueva de Altamira AJ853587, clon GZKB93, Residuo urbano sólido
AY328748, clon DSSD50, agua potableAF175636, clon WJGRT-118, acuífero contaminado
EF188717, cueva de Altamira EF188720, cueva de Altamira
EF188751, cueva de Altamira
EF188475, cueva de Altamira EF188718, cueva de Altamira
AF132738, Desulfomicrobium hypogeium cepa CN-AAJ277896, Desulfomicrobium baculatum cepa DSM1742U64865, Desulfomicrobium apsheronum cepa DSM5918AJ237604, Desulfobacterium macestii cepa DSM4194
DQ069214, clon MAB1, ambiente subterráneoAF280859, clon mle1-31, agua residual
EF188721, cueva de Altamira
EF188723, cueva de Altamira EF188474, cueva de Altamira
EF188478, cueva de Altamira DQ093951, clon ga89, suelo
DQ092636, Desulfovibrio desulfuricans cepa F28-1
U42221, Desulfovibrio fairfieldensis cepa FH 26001/95AJ295680, Desulfovibrio intestinalis cepa JG-G12
EF188749, cueva de Altamira EF188470, cueva de Altamira EF188736, cueva de Altamira
DQ122124, Desulfovibrio vulgaris subsp. oxamicus cepa DSM 1925
X87409, Desulfovibrio termitidis cepa HI1
EF188746, cueva de AltamiraEF188745, cueva de Altamira
AE017319, Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris cepa Hildenborough
DQ173816, clon F4P35, marisma saladaAY960231, cueva de Altamira
AY651813, clon 3ML-89, agua subterráneaAY491577, clon oc34, pozo petrolíferoAJ306780, clon SHA-100, suelo
AY960234, cueva de AltamiraAY960226, cueva de Altamira
AY960239, cueva de AltamiraAY960232, cueva de Altamira
AY960225, cueva de AltamiraM34407, Desulfosarcina variabilis cepa DSM 2060EF188779, cueva de Altamira
AJ421896, clon Alt9-K55, cueva de AltamiraAJ421200, clon C3-K4, cueva de Tito BustilloAJ421892, clon Alt9-K47, cueva de Altamira
DQ022161, clon HKT 546, agua residualAF097803, clon 1959, agua residual
AY592087, clon Kazan-1B-10/BC19-1B-10, fango de volcánDQ123792, clon PAH-Feed-72, sueloAJ504432, Anaeromyxobacter subgroup (O. Myxococcales), cepa FAc12
AF382400, Anaeromyxobacter dehalogenans cepa 2CP-3 OTU17, cueva de Altamira
AY374745, clon PI_r120_c2, marisma salada
88 5773
98
88
7892
52
65
9791
52
708090
67
70
62
8161
72
887983
8653
72 10%
69
71
51
Árbol filogenético de bacterias reductoras de
sulfato
•15
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Crenarchaeota de baja temperatura
• Miembros del dominio Archaea
• Presentes también en ambientes moderados, como los suelos
• Hasta muy recientemente, ningúnmiembro perteneciente a Crenarchaeotade baja temperatura había sido cultivado.
• En 2005 ha sido propuesta la primeraespecie cultivada de Crenarchaeota de baja temperatura: “Nitrosopumulus maritimus”quimiolitotrofa y oxidadora de amonio)
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Perfil de la comunidad de Archaea pertenecientes a una muestra
Crenarchaeota de baja temperatura
RNA
•16
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
Cre
narc
haeo
ta c
ultiv
adas
de a
lta te
mpe
ratu
ra
AY972865, cueva de Altamira, 935-E, AY972865
AY972857, cueva de Altamira, 914
U62814, suelo, SCA1154, AY972860, cueva de Altamira, 858
AF418934, agua continental, HTA-D6AY972855, cueva de Altamira, 855AY972856, cueva de Altamira, 905
AY972861, cueva de Altamira, 908
AY972862, cueva de Altamira, 936
AF418938, agua continental, HTA-G6
U62816, suelo, SCA1166U62820, suelo, SCA11
AJ535120, subsuelo, Gitt-GR-39
D85505, Acidianus infernus
96
9166
88
67
99
81
79
80 97
96Acidianus brierleyi, U38359
AY247901, Sulfolobus islandicusX03235, Sulfolobus solfataricus
X14835, Thermofilum pendensM35966, Thermoproteus tenax
M21087, Pyrodictium occultum
M366474, Desulfurococcus mobilis
95
8951
54
77
10%
100
Cre
narc
haeo
ta d
e ba
ja te
mpe
ratu
ra
AY972858, cueva de Altamira, 856AY972859, cueva de Altamira, 939
AB050241, agua continental, SAGMA-11 U87518, sedimento de agua continental, LMA137 AF201367, sedimentos de estuario, DOURO13
AJ294881, sedimentos marinos, 19a-27
AJ715802, agua marina, ECS4A-09 AY820231, piedra, CCSD_RK1930_A9 AF316803, agua continental, CL500-AR1 U87519, sedimentos de agua continental, LMA229
AB113625, agua subterránea, HAuD-MA13
AJ567622, sedimentos marinos, MBAA16 AF083071, Candidatus Cenarchaeum symbiosum
DQ085099, Nitrosopumilus maritimus
67
86
90
54
99
87
70
80
86
95
72
100
Árbol filogenético de Archaea
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
A
B
Actinobacterias
Acidobacterias
Firmicutes
Planctomycetes
Verrucomicrobia
Bacteroidetes
Cloroplasto
OtrosOtros
Cloroplastos
Delta-Proteobacteria
Gamma-Proteobacteria
Beta-Proteobacteria
Alpha-Proteobacteria
4. Determinación de los microorganismos presentes y los que están metabólicamente activos en las muestras analizadas.
Proporción de los distintos grupos bacterianos
encontrados en la Cueva de Altamira a partir de
ADN (A) y ARN (B)
•17
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
0
5
10
15
20
25
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500 550
Número de clones
Div
isio
nes
0
50
100
150
200
250
300
350
400
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500 550
Número de clones
OTU
s
B
A
Representación de los clones analizados frente a los grupos bacterianos encontrados (A) yfrente a las especies diferentes
encontradas (B)
5. Análisis global de la diversidad microbiana en la Cueva de Altamira
TTéécnicas avanzadas de diagncnicas avanzadas de diagnóóstico. Cesstico. Cesááreo reo SSááiziz
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA, SEVILLA Y RED TEMATICA DEL CSIC DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
Resultados Biodiversidad Microbiana en la Cueva de Altamira
ConclusionesLas comunidades microbianas pueden ser caracterizadas porperfiles moleculares que permiten su comparación y la cuantificación de los grupos principales.Se han determinado los microorganismos más característicos de las principales colonizaciones y muestras en base al ADN y al ARN. El principal grupo microbiano detectado tanto en base del ADN como en base del ARN es Proteobacteria.Se han detectado grupos microbianos que no se habíandetectado previamente.Se ha estimado que la diversidad total de los microorganismosde la Cueva de Altamira es mucho mayor a la observada y obtenida en este estudio.
•18
Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología de Sevilla (CSIC)
http://www.irnase.csic.es/
MC Portillo(mcpg@irnase.csic.es)
RED TEMATICA DE PATRIMONIO HISTORICO Y CULTURAL
top related