Bsicamente, la pelcula se centra en el siglo IV, en Egipto/ Alejandra, que para ese entonces, era provincia del Imperio Romano. Alejandra destaca en este caso ya que era la ltima fortaleza en el mundo tan catico que haba en ese entonces. Durante esa poca, se logr crear una institucin en Alejandra que posea todos los conocimientos, o mejor dicho gran parte de la sabidura de los Romanos que se haba logrado hasta ese entonces, y esta institucin fue una especie de biblioteca donde la protagonista, Hipatia, se dedic a ser una astrnoma y filsofa, y a su vez tambin se dedic en gran parte a instruir de su conocimiento a sus alumnos al comenzar a dirigir una escuela filosfica. Hipatia en un mundo gobernado por hombres, lucha por salvar y apoyar la sabidura de los antiguos filsofos, ya que ella era atea.Afuera de las paredes de la fortaleza, haba un mundo lleno de caos y peleas entre los ateos y los cristianos. Constantemente debatan y se enfrentaban con afanes de defender a sus respectivos dioses o superiores. Los cristianos defendan evidentemente a Jesucristo, y los ateos defendan a los filsofos. Para este entonces los Cristianos ya no sufren de persecuciones y no tienen ms motivos de esconderse, y ahora buscan imponer sus creencias a los ateos a toda costa.Hipatia en este caso, al dirigir la escuela, aceptaba tanto a cristianos como a ateos. Hipata se ve envuelta en ciertas tensiones amorosas con uno de sus alumnos, Orestes, y su esclavo, Davo. Davo toma un papel casi igualado a la protagonista, ya que el contempla gran parte de la vida y logros de su ama Hipatia, y comienza a mostrar una gran admiracin y afecto en secreto por ella. La crisis comienza cuando los cristianos deciden llegar en masa y atacan la fortaleza de Alejandra para destruir todas las creencias paganas y crear una nueva sociedad basada en el cristianismo. Lamentablemente para Hipata, Davo antes del ataque ya se haba involucrado directamente con los cristianos al conocer a Amonio, un cristiano con fuertes motivaciones y espritu apoyando su religin y tomando la misin de atraer a ms creyentes. Logra mostrar lo suficiente para convencer a Davo que se convierta, brindndole la posibilidad de poder ser libre.Al concretarse el ataque de los cristianos, los ateos resistieron en el interior de la fortaleza por un tiempo considerable, pero al final son forzados a abandonar la biblioteca y los cristianos logran entrar y dominar toda Alejandra, destruyendo todas las creencias paganas que haban reunido hasta hoy en da. Pasando un tiempo, la sociedad se dividi en dos tipos de religiones: Los cristianos y los judos. En ese ataque Davo termina abandonando a su ama y sus compaeros, para convertirse en cristiano. Algunos de los alumnos de Hipatia terminan convirtindose y asumiendo cargos importantes, como Orestes que termina convirtindose en Prefecto de Alejandra y Sinesio que se convierte en Obispo de Cirene. Ahora los enfrentamientos eran entre los judos y los cristianos, que a pesar de tener un concepto religioso igualado, aun poseen diferencias remarcables. Los judos en ese entonces poseen cargos ms importantes que mantienen bajo el dominio el lugar. La situacin se vuelve an ms catica, cuando los conflictos entre los cristianos y los judos se agravan, provocando muchas muertes y heridos entre ellos.Y llega el punto en que la vida de Hipatia entra en riesgo cuando ella demuestra ser claramente una mujer devota a la ciencia y la filosofa, atea, sin mando de un hombre que le domine. Los superiores religiosos muestran un gran desprecio e intolerancia a la postura que toma, ms por el simple hecho de ser mujer, siendo acusada de creencias paganas que contrastaban totalmente entre los judos y los cristianos.As es como ocurre un serio detonante, donde el prefecto Orestes, a partir de la palabra de la biblia inducida por Cirilo de Alejandra, comienza a ser obligado a reprimir por completo su fidelidad hacia Hipatia. Todos confabulan con la intencin de hacerle entender que Hipatia no era ms que una mujer descarada, que con sus creencias paganas era practicante de brujera. Cuando Orestes se haba negado a postrarse frente a la palabra dictada por Cirilo, los oyentes cristianos comienzan a crear un alboroto, y as es como, Amonio, se condena por lanzar una roca a Orestes provocndole una herida seria. Los soldados que protegan a Orestes terminaron hacindole una herida de muerte.Cirilo, al observar la muerte de Amonio, lo declara un santo en su funeral, y eso, indirectamente, incita a sus seguidores a hacer un plan que vengara la muerte de Amonio y dar un golpe severo a Orestes. Los cristianos al haber escuchado la acusacin que dio Cirilo contra Hipatia, pretenden capturarla y condenarla por su paganismo. Hipatia sabe que si sale a las calles de Alejandra terminar siendo ejecutada por los cristianos, Orestes intenta impedirlo, pero ella decide enfrentar lo que le depara. Para ese entonces, ella haba descubierto que la teora de Aristteles era real, pero a su vez, se percat del descubrimiento de que la tierra daba giros elpticos alrededor del sol.Al salir Hipata a las calles, termina siendo capturada por los cristianos, donde indirectamente Cirilo le haba condenado a la lapidacin. Davo al haberse enterado de lo que pretendan hacer a Hipatia, pretenda salvarle pero no lo logra. Davo decide seguirles, y, poco antes de ser ejecutada, Davo le arrebata con sus propias manos la vida a Hipatia, para que no sintiera dolor alguno en su ejecucin, llevndose a la tumba su ms reciente descubrimiento sobre el universo.