En los fluormetros pueden usarse filtros y/o monocromadores. Un monocromador transmite luz de una longitud de onda y tolerancia ajustables. El tipo ms comn de monocromador utiliza un retculo de difraccin; es decir, la luz colimada entra en una rejilla y sale con un ngulo diferente dependiendo de la longitud de onda. El monocromador puede entonces seleccionar qu longitudes de onda transmite. Para permitir mediciones de anisotropa se aaden dos filtros de polarizacin: uno despus del monocromador de excitacin o filtro, y otro antes del monocromador de emisin o filtro.

Como se mencion antes, la fluorescencia se mide ms a menudo en un ngulo de 90 en relacin a la luz de excitacin. Esta geometra se utiliza en lugar de colocar el sensor en la lnea de la luz de excitacin en un ngulo de 180 a fin de evitar la interferencia de la luz de excitacin transmitida. El monocromador no es perfecto y transmitir la luz con otras longitudes de onda diferentes a las establecidas. Un monocromador ideal slo transmite luz en el rango especificado y tiene una transmisin independiente de la longitud de onda. Al medir en un ngulo de 90, slo la luz dispersa por la muestra provoca luz. Esto se traduce en una mejor relacin seal-ruido, y reduce el lmite de deteccin a un factor de aproximadamente 10000, si se compara con la geometra de 180. Por otra parte, la fluorescencia tambin puede ser medida desde la parte delantera, procedimiento que se utiliza a menudo para las muestras turbias.